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基于宏病毒组学技术挖掘猪腹泻粪便的病毒群落组成
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作者 陶洁 李本强 +5 位作者 程靖华 石迎 刘佩红 何桂霞 徐伟杰 刘惠莉 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期131-139,共9页
为系统鉴定现阶段上海地区仔猪腹泻样品中的病毒群落组成,本研究利用宏病毒组学技术对临床采集的猪腹泻粪便进行了宏病毒高通量测序。结果显示,测序获得了1,676,726个RNAcontig和95,111个DNAcontig,RNA病毒和DNA病毒序列分别占比38.58%... 为系统鉴定现阶段上海地区仔猪腹泻样品中的病毒群落组成,本研究利用宏病毒组学技术对临床采集的猪腹泻粪便进行了宏病毒高通量测序。结果显示,测序获得了1,676,726个RNAcontig和95,111个DNAcontig,RNA病毒和DNA病毒序列分别占比38.58%和3.10%。其中星状病毒科、杯状病毒科和小RNA病毒科是病毒总群落中占比最高的前3个科。虽然DNA病毒在病毒总群落中的占比较低,但其单组分环状DNA(CRESS-DNA)病毒种类丰富多样,包含有18种CRESS-DNA病毒。经基因组序列深度拼接,共获得了46条病毒全基因组序列,包括2株猪星状病毒和3株类似星状病毒、2株札幌病毒、16株小双节RNA病毒和23株CRESS-DNA病毒。其中1株札幌病毒归属于GII/3亚型,与人札幌病毒亲缘性较近。16株小双节RNA病毒中有4株归属于GGI亚型,其余12株归属于GGII亚型。23株CRESS-DNA病毒中有1株归属于类双生病毒科、12株CRESS-DNA病毒归属于小环状DNA病毒科,另外10株CRESS-DNA病毒未分类。本研究揭示现阶段猪腹泻粪便中以RNA病毒为主导,且存在宿主多样性,提示可能存在种间基因重组,病原潜在危害性需进一步挖掘和验证。研究数据将为临床猪腹泻病防控提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 仔猪腹泻病 宏病毒组学 病毒群落 全基因组序列
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肉鸽肠道微生物菌群差异分析和抗生素耐药基因预测
2
作者 陶洁 李本强 +3 位作者 程靖华 石迎 刘佩红 刘惠莉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期5293-5300,共8页
本研究旨在利用宏基因组学深入分析上海某鸽场青年鸽(RP)和产鸽(LP)粪便样品的微生物菌群差异。结果显示,肉鸽肠道菌群的优势菌门为厚壁菌(Firmicutes)、变形菌(Proteobacteria)和放线菌(Actinobacteria)。RP组中双歧杆菌(Bifidobacteri... 本研究旨在利用宏基因组学深入分析上海某鸽场青年鸽(RP)和产鸽(LP)粪便样品的微生物菌群差异。结果显示,肉鸽肠道菌群的优势菌门为厚壁菌(Firmicutes)、变形菌(Proteobacteria)和放线菌(Actinobacteria)。RP组中双歧杆菌(Bifidobacterium)、棒状杆菌(Corynebacteriun)、嗜冷杆菌(Psychrobacter)、链球菌属(Streptococcus)含量显著高于LP组,而LP组金黄色葡萄球菌属(Staphyloccus)、短状杆菌属(Brachybacterium)、库特氏菌属(Kurthia)和埃希氏菌属(Escherichia)含量显著高于RP组。LEfSe分析显示,LP和RP组的差异表达基因主要富集于5个KEGG通路。抗生素耐药基因(antibiotic resistance genes,ARGs)鉴定显示,肉鸽体内存在198种ARGs,其中多重耐药类ARGs流行率40%以上,说明该场肉鸽抗生素耐药情况较严重。本研究为后续深入研究肠道菌群与健康养殖、抗生素耐药机制等提供了科学数据。 展开更多
关键词 肉鸽 宏基因组学 肠道菌群 抗生素耐药基因
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