2016年云南省脊髓灰质炎疫情输入传播风险评估 被引量：5

1

作者 樊帆 丁峥嵘 +4 位作者 李琼芬 赵智娴 孔毅 汤晶晶 张杰 《疾病监测》 CAS 2017年第7期548-552,共5页

目的评估云南省各州(市)2016年脊髓灰质炎(脊灰)疫情输入传播的风险,为制定应对策略并采取针对性措施阻止脊灰疫情输入传播提供参考。方法在中国2014年脊灰野病毒输入传播风险评估工具的基础上,用改良的两级指标体系评估云南省2016年脊... 目的评估云南省各州(市)2016年脊髓灰质炎(脊灰)疫情输入传播的风险,为制定应对策略并采取针对性措施阻止脊灰疫情输入传播提供参考。方法在中国2014年脊灰野病毒输入传播风险评估工具的基础上,用改良的两级指标体系评估云南省2016年脊灰输入传播的风险。通过收集相关资料,对各指标进行相应评分,累加得到各州(市)综合评分,并以此研判各州(市)脊灰疫情输入传播的风险水平。结果本次评估从人群免疫情况、急性弛缓性麻痹病例监测信息报告管理系统运转质量和境外输入风险三方面对各州(市)进行评估,西双版纳傣族自治州、临沧市、红河哈尼族彝族自治州、文山壮族苗族自治州、昭通市综合评分最高为高风险;玉溪市等6个州(市)为中风险;大理白族自治州等5个州(市)为低风险。结论利用调整后的评估工具将云南省16个州(市)分为脊灰疫情输入传播高、中、低3类风险地区,为不同风险水平地区和不同薄弱环节采取针对性措施和巩固无脊灰成果提供了参考依据。 展开更多

关键词 脊髓灰质炎 输入与传播 风险评估

原文传递

云南省2000-2017年急性弛缓性麻痹病例残留麻痹流行病学特征 被引量：5

2

作者 何思然 汤晶晶 +3 位作者 樊帆 李凯 龚琼宇 丁峥嵘 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2019年第4期383-387,共5页

目的分析云南省2000-2017年急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例残留麻痹的流行病学特征。方法收集2000-2017年云南省AFP病例监测系统报告的<15岁儿童残留麻痹AFP病例,进行描述流行病学分析;采用Logistic回归分析残留... 目的分析云南省2000-2017年急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例残留麻痹的流行病学特征。方法收集2000-2017年云南省AFP病例监测系统报告的<15岁儿童残留麻痹AFP病例,进行描述流行病学分析;采用Logistic回归分析残留麻痹的影响因素。结果云南省2000-2017年报告<15岁儿童AFP病例4 302例,其中残留麻痹876例(20.36%)。圆形分布分析显示,AFP病例发生残留麻痹的时间无明显季节性。Logistic回归分析显示,女性(OR=1.23,95%CI:1.05-1.44)、麻痹时肌肉疼痛(OR=1.48,95%CI:1.25-1.74)、初始麻痹程度严重(OR=2.41,95%C I:2.05-2.84)、深部腱反射减弱或消失(OR=2.38,95%C I:2.02-2.81)、粪便标本脊灰病毒疫苗株阳性(OR=3.18,95%C I:2.22-4.55)、四肢麻痹(OR=1.67,95%C I:1.38-2.02)为AFP病例残留麻痹的危险因素。结论云南省2000-2017年<15岁儿童AFP病例残留麻痹发生率较高。需加强AFP病例早期科学治疗和残留麻痹病例早起康复训练。 展开更多

关键词 急性弛缓性麻痹 残留麻痹 流行特征

原文传递

云南省2011-2014年急性弛缓性麻痹病例非脊髓灰质炎肠道病毒分子流行病学特征 被引量：4

3

作者 汤晶晶 张杰 +3 位作者 李凯 樊帆 李琼芬 丁峥嵘 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2017年第6期608-612,646,共6页

目的了解非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(Non-polio enterovirus,NPEV)的型别分布及分子进化特征。方法对2011-2014年从云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的148株NPEV进行VP1完整编码区核苷酸的扩增与序列测... 目的了解非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(Non-polio enterovirus,NPEV)的型别分布及分子进化特征。方法对2011-2014年从云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中分离到的148株NPEV进行VP1完整编码区核苷酸的扩增与序列测定。所获得的云南地方株基因序列与各基因型原型株进行核苷酸与氨基酸同源性比较,并与Gen Bank中选取的代表株构建系统进化树。结果在148株NPEV分离株中,肠道病毒(Enterovirus,EV)A组(EV-A)、EV-B、EV-C分别占31.1%(46株,8个血清型)、64.9%(96株,27个血清型)、4.1%(6株,3个血清型);基因进化树显示,各种血清型病毒株与对应原型株及代表株聚集;除埃可病毒10型(E-10)和EV-C96型外,云南地方株与原型株位于不同分支。在4年的流行过程中,同一个型别的分离株之间的遗传变异程度最高的是EV-C96、E-18和E-5,分别达到21.5%、21.3%和20.4%。结论云南省存在EV多个型别的循环,需持续性监测和探索EV分子流行病学和进化规律。 展开更多

关键词 急性弛缓性麻痹 非脊髓灰质炎肠道病毒 分子流行病学

原文传递

上呼吸道感染儿童中肠道病毒流行病学特征分析

4

作者 王钰 汤晶晶 +1 位作者 柏桂珍 丁峥嵘 《中国病毒病杂志》 CAS 2024年第2期152-158,共7页

目的了解上呼吸道感染患儿中肠道病毒(enterovirus,EV)流行病学特征,为防控肠道病毒相关呼吸道感染提供依据。方法2021年1月─2022年9月在昆明市儿童医院门诊采集上呼吸道感染患儿咽拭子标本,提取标本RNA,使用实时荧光定量反转录聚合酶... 目的了解上呼吸道感染患儿中肠道病毒(enterovirus,EV)流行病学特征,为防控肠道病毒相关呼吸道感染提供依据。方法2021年1月─2022年9月在昆明市儿童医院门诊采集上呼吸道感染患儿咽拭子标本,提取标本RNA,使用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(real-time quantitative reverse transcription PCR,real-time qRT-PCR)检测肠道病毒核酸,阳性标本采用半巢式反转录PCR(semi-nested reverse transcription PCR,semi-nested RT-PCR)方法进行VP1编码区扩增、测序和基因定型,用生物信息学软件进行分子流行病学相关分析;采用SPSS20.0统计分析软件进行数据分析。结果1023例患儿中肠道病毒阳性率为46.82%(479/1023),对94例(19.62%,94/479)标本成功扩增并测序,鉴定出17种基因型:60例(63.83%,60/94)鉴定为EV-A种中的7种基因型;33例(35.11%,33/94)鉴定为EV-B种中的10种基因型;1例(1.06%,1/94)为EV-C种的脊髓灰质炎病毒Ⅰ型疫苗株病毒。监测期间除个别月份外,肠道病毒月检出率均≥40.00%。<1岁、1~<6岁、6~<9岁和≥9岁年龄段儿童肠道病毒检出率分别为42.89%(169/394)、48.85%(213/436)、47.17%(75/159)和64.71%(22/34),不同年龄段肠道病毒阳性检出率差异无统计学意义(χ^(2)=7.54,P=0.057)。发热、咳嗽和疱疹为主要临床症状,临床诊断以疱疹性咽峡炎(20/90,22.22%)和感染性发热(19/90,21.11%)为主。系统进化分析结果显示,同型别本地序列、参考株与原型株汇聚在一大分支内,本地序列具有相对较近亲缘关系,与原型株距离较远;同时间段内,同型别本地序列呈现多条传播链共循环;或在不同时空,同一毒株发生了远距离跨区域传播。结论肠道病毒是昆明市本地呼吸道感染的重要病原,由多种型别引起,本地肠道病毒形成了独特的进化分支。 展开更多

关键词 呼吸道感染 肠道病毒 测序 基因分型 流行病学特征

原文传递

上呼吸道感染患儿中柯萨奇病毒A10病例临床特征与分子流行病学分析

5

作者 汤晶晶 蒋芳 +3 位作者 王钰 丁峥嵘 张杰 赵智娴 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期725-733,共9页

为了解上呼吸道感染患儿中柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CVA10)感染状况及其基因组特征,于2019年10月⁃2022年9月期间收集昆明市儿童医院门诊病例标本,分析CVA10相关病例流行病学特征与临床表现;对45株CVA10分离株进行完整VP1区... 为了解上呼吸道感染患儿中柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CVA10)感染状况及其基因组特征,于2019年10月⁃2022年9月期间收集昆明市儿童医院门诊病例标本,分析CVA10相关病例流行病学特征与临床表现;对45株CVA10分离株进行完整VP1区和3D区逆转录⁃聚合酶链反应扩增和核苷酸序列测定,将测序结果进行同源性分析和系统发生学研究;对25株CVA10分离株进行全基因组序列测定。结果显示,研究期间共在281例(13.32%)上呼吸道感染患儿中检出EV,其中68例鉴定为CVA10,男女比例为1∶1.06;1~5岁年龄组占比较高(67.65%);95.59%患儿伴发热症状;临床诊断以疱疹性咽峡炎(48.53%)为主。CVA10云南株与原型株及云南株之间的核苷酸同源性分别为76.0%~77.1%和90.8%~99.6%。VP1区系统发生学分析显示本地毒株均属于C2亚型,其中有41株属于Cluster 1,4株属于Cluster 3;本地毒株在3D区域各分支间的分布趋势与VP1区大体一致。全基因组序列分析显示,与原型株相比,本研究序列在5'NTR端和VP4区出现了碱基的插入和缺失现象;P1、P2和P3编码区系统发育分析提示部分本地毒株相互间发生了多个型内重组事件。本研究结果丰富了我国上呼吸道感染患者中的CVA10的分子流行病学数据,开展基于呼吸道疾病的肠道病毒监测对于了解其致病谱具有重要的价值。 展开更多

关键词 上呼吸道感染 柯萨奇病毒A组10型 测序 基因特征

原文传递

2021年云南省环境污水中检出1株疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 被引量：2

6

作者 汤晶晶 张杰 +6 位作者 张筱碟 李江嵘 祝双利 李晓嫘 严冬梅 李凯 丁峥嵘 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1289-1296,共8页

为了解云南省污水中脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Poliovirus,PV)的变异特征,为维持无脊灰工作提供依据,本研究于2021年1-12月在昭通市开展了环境污水监测研究。每月采集某污水处理厂水样标本800mL,采用阴离子膜吸附洗脱法对样品进行浓缩处理,... 为了解云南省污水中脊髓灰质炎(脊灰)病毒(Poliovirus,PV)的变异特征,为维持无脊灰工作提供依据,本研究于2021年1-12月在昭通市开展了环境污水监测研究。每月采集某污水处理厂水样标本800mL,采用阴离子膜吸附洗脱法对样品进行浓缩处理,进行PV分离。PV分离物进行实时荧光定量RT-PCR型内鉴定和VP1区核苷酸序列分析,并对发现的一株Ⅲ型疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine derived poliovirus,VDPV)进行全基因组序列测定与生物学特征分析。昭通市2021年的12份水样中,3份(3/12,25%)分离到10株PV,其中1株为Ⅲ型VDPV,与Ⅲ型Sabin株相比,VP1编码区存在10个变异;另外9株为疫苗相关株。该VDPV基因组全长7432 nt,编码2207个氨基酸,与SabinⅢ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的相似性分别为99.2%和99.5%。系统进化分析显示,昭通VDPV株在进化树中处独立分支,同其他国家及地区的Ⅲ型VDPV序列无明显相关性。关键位点分析显示该VDPV毒株有2个减毒位点(nt 472、nt 2493)发生了回复突变。温度敏感性实验表明该Ⅲ型VDPV分离物的温度敏感性有所降低。本研究结果证明了PV的环境监测具有较高的敏感性,是急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例监测的有效补充。在我国边境省份开展环境监测对于防控VDPV的潜在传播甚至脊灰野病毒的输入及将防控关口前移具有重要的意义。 展开更多

关键词 环境监测 疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 基因特征 序列测定和分析

原文传递

云南省2011-2017年急性弛缓性麻痹病例残留麻痹流行病学和脊髓灰质炎病毒分离株基因特征 被引量：2

7

作者 何思然 汤晶晶 +2 位作者 樊帆 李凯 丁峥嵘 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2019年第1期1-7,共7页

目的分析云南省2011-2017年急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis, AFP)病例残留麻痹的流行病学特征和脊髓灰质炎病毒(Poliovirus,PV)分离株的基因特征。方法通过AFP病例监测信息报告管理系统收集2011-2017年残留麻痹AFP病例数据进... 目的分析云南省2011-2017年急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis, AFP)病例残留麻痹的流行病学特征和脊髓灰质炎病毒(Poliovirus,PV)分离株的基因特征。方法通过AFP病例监测信息报告管理系统收集2011-2017年残留麻痹AFP病例数据进行描述性分析;选择5例病例的Ⅲ型PV分离株进行全基因组序列测定,进行变异和重组分析。结果云南省2011-2017年共报告AFP病例1 722例,其中残留麻痹病例269例(15.64%)。Logistic回归分析显示,四肢麻痹、麻痹程度严重、PV疫苗株分离阳性是AFP病例发生残留麻痹的危险因素。在5例Ⅲ型PV分离株中,4株在nt472的回复突变与Ⅲ型PV野病毒序列完全一致;4株在其生活周期内均发生了1次以上重组。结论云南省2011-2017年AFP病例的残留麻痹率不高,且Ⅲ型PV分离株的回复突变和重组较为常见。应加强对严重AFP病例的及时治疗与管理,以及病例流行病学特征与分子病毒学特征的关联分析。 展开更多

关键词 急性弛缓性麻痹 残留麻痹 流行病学 脊髓灰质炎病毒 基因特征

原文传递

肠道病毒D组68型的流行特征和基因型分布 被引量：1

8

作者 蒋芳 王艳春 +3 位作者 汤晶晶 李凯 李江嵘 丁峥嵘 《中国病毒病杂志》 CAS 2020年第6期476-480,共5页

肠道病毒D组68型(enterovirus D68,EV-D68)属于小核糖核酸病毒科肠道病毒属,为无包膜单股正链病毒。EV-D68主要通过呼吸道传播,引起急性呼吸道感染,其诊断方法主要是通过聚合酶链式反应(PCR)对呼吸道标本进行核酸序列测定、病毒分离、... 肠道病毒D组68型(enterovirus D68,EV-D68)属于小核糖核酸病毒科肠道病毒属,为无包膜单股正链病毒。EV-D68主要通过呼吸道传播,引起急性呼吸道感染,其诊断方法主要是通过聚合酶链式反应(PCR)对呼吸道标本进行核酸序列测定、病毒分离、血清学诊断。近年来全球不断有EV-D68相关疾病暴发,尚无有效的疫苗或抗病毒治疗方法,故需进一步监测EV-D68的流行趋势,为将来防控EV-D68引发的呼吸道感染暴发奠定基础。 展开更多

关键词 肠道病毒 EV-D68 基因型 急性呼吸道感染 流行特征 流行病学 预防 控制 急性弛缓性脊髓炎

原文传递

云南省急性弛缓性麻痹病例中柯萨奇病毒B5感染情况及病毒基因特征分析 被引量：1

9

作者 汤晶晶 樊帆 +4 位作者 李江嵘 李凯 张杰 柏桂珍 丁峥嵘 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期879-885,共7页

为了解云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)感染情况及病毒基因特征,采用回顾性研究的方法,收集AFP监测系数据资料,描述CV-B5感染AFP病例的流行病学特征及临床表现;对CV... 为了解云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例中柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)感染情况及病毒基因特征,采用回顾性研究的方法,收集AFP监测系数据资料,描述CV-B5感染AFP病例的流行病学特征及临床表现;对CV-B5分离株进行完整VP1区逆转录-聚合酶链反应扩增和核苷酸序列测定,测序结果进行同源性分析和系统发生学研究。结果显示,15例CV-B5阳性的AFP病例散在分布于7个云南省内州市、贵州省及缅甸;男女比例为1∶2,5岁以下儿童占73.3%,53.3%(8/15)的病例麻痹时伴发热,以双侧下肢麻痹(66.7%,10/15)为主,临床诊断多为肌炎(33.3%,5/15),1例病例残留麻痹。CV-B5云南株之间以及与原型株之间的核苷酸同源性分别为75.0%~100.0%和77.2%~82.0%。云南本地存在两个基因型的CV-B5共循环,大多数云南株(16株)与中国大陆CV-B5分离株均属于D基因型(D3亚型),另外两株云南株属于国外优势流行的C基因型,与其他云南株之间存在较大的核苷酸差异(20.4%~25.0%)。本研究描述了CV-B5云南地方株的分子流行病学特征,首次发现我国存在C基因型。研究显示分离自不同疾病来源及健康人群的CV-B5在亲缘关系树上无特异性区分。 展开更多

关键词 急性弛缓性麻痹 柯萨奇病毒B组5型 流行 监测

原文传递

云南省健康儿童中1株肠道病毒新毒株EV—C99的分离及其基因特征分析 被引量：2

10

作者 张杰 胡筱莛 +2 位作者 樊帆 丁峥嵘 田炳均 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期451-455,共5页

目的对云南省2016年健康儿童中1株肠道病毒（enterovirus，EV）新毒株EV-C99进行分离并对其基因特征进行分析。方法按世界卫生组织（World Health Organization，WHO）推荐的方法对该名儿童的大便标本进行病毒分离，提取该病毒RNA并对其... 目的对云南省2016年健康儿童中1株肠道病毒（enterovirus，EV）新毒株EV-C99进行分离并对其基因特征进行分析。方法按世界卫生组织（World Health Organization，WHO）推荐的方法对该名儿童的大便标本进行病毒分离，提取该病毒RNA并对其VP1区基因进行RT-PCR和基因测序，用Sequencher 5.0软件对序列进行编辑和拼接。所得序列在GenBank进行＂BLAST＂搜索，得到初步结果，再用MEGA5.2软件计算与原型株的核苷酸和氨基酸同源性，按目前肠道病毒测序定型标准确定病毒最终型别并进行基因特征分析。结果该病毒能被494/496和495/497引物扩增，经Sequencher 5.0软件拼接和编辑后得到约1 200 bp的序列，该序列在GenBank进行＂BLAST＂搜索，初步结果为新型肠道病毒EV-C99。与EV-C99病毒的原型株BAN00-10461（基因库编号：EF015008）对比分析后得到该病毒VP1区完整序列为909 bp，与原型株的核苷酸（nucleotide，nt）同源性（identity）为77.05%，氨基酸（amino acid，aa）同源性为90.04%，按肠道病毒测序定型标准，确定该病毒为EV-C99，是人类肠道病毒C组中的一种新型病毒。结论2016年云南省健康儿童肠道病毒带毒调查中分离到一株肠道病毒新毒株EV-C99，是国内第3次报道该病毒。基因进化分析表明，云南分离株与新疆分离株、山东分离株都为B基因型，但3个省的分离株位于不同的进化分支，该病毒具有基因多样性特点。 展开更多

关键词 健康儿童 EV-C99 测序定型 基因特征

原文传递

2007-2018年云南省急性弛缓性麻痹病例肠道病毒A71型基因特征

11

作者 汤晶晶 李江嵘 +3 位作者 李凯 张杰 樊帆 丁峥嵘 《中国疫苗和免疫》 北大核心 2020年第5期529-533,共5页

目的分析云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EVA71)的基因特征。方法收集云南省2007-2018年AFP病例EV-A71阳性分离株,对分离株进行VP1编码区逆转录-聚合酶链反应扩增和核苷酸序列测... 目的分析云南省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)病例肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EVA71)的基因特征。方法收集云南省2007-2018年AFP病例EV-A71阳性分离株,对分离株进行VP1编码区逆转录-聚合酶链反应扩增和核苷酸序列测定,分析核苷酸同源性和基因亲缘关系。结果从2007-2018年云南省AFP病例中分离获得46株EV-A71,与A、B、C基因型代表株和云南省既往其他来源的分离株之间的核苷酸同源性分别为80.6%-83.0%、81.4%-85.4%、85.4%-99.1%、81.7%-99.8%;同年份分离株之间的核苷酸差异在2018年3株的0.63%至2014年9株的3.75%之间,不同年份分离株之间的核苷酸平均差异在1.77%-7.81%之间;基因亲缘进化分析显示,分离株与C4a基因亚型代表株处于同一分支。结论云南省2007-2018年AFP病例的EV-A71分离株均为C4a基因亚型,与本省其他来源EV-A71分离株的基因亲缘关系相近。 展开更多

关键词 急性弛缓性麻痹 肠道病毒A71型 基因特征

原文传递

2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒带毒调查研究

12

作者 熊庆 胡筱莛 +4 位作者 樊帆 张杰 丁峥嵘 文卫华 田炳均 《中国病毒病杂志》 CAS 2018年第4期268-274,共7页

目的了解2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况及病毒型别,为今后预防和控制EV提供实验室基础。方法于2016年采集云南省10个边境县(市)<15岁健康儿童粪便标本500份(均为单份便),进行病毒分离和基因测序定... 目的了解2016年云南省边境地区健康儿童肠道病毒(enterovirus,EV)带毒情况及病毒型别,为今后预防和控制EV提供实验室基础。方法于2016年采集云南省10个边境县(市)<15岁健康儿童粪便标本500份(均为单份便),进行病毒分离和基因测序定型。结果 500份便标本中共检测到EV 41株(带毒率为8.20%,41/500)。41株EV中,EV-A病毒3株(阳性率0.60%,3/500);EV-B病毒35株(阳性率7.00%,35/500),其中新型病毒EV-B73 1株(阳性率0.20%),EV-B80 1株(阳性率0.20%);EV-C病毒3株(阳性率0.60%),EV-C病毒中脊髓灰质炎(简称脊灰)病毒(poliovirus,PV)1株(阳性率0.20%),为疫苗株,未发现脊灰野病毒,EV-C99病毒1株(阳性率0.20%)。结论 2016年云南省边境地区健康儿童粪便标本EV病毒检测结果以EV-B组病毒为主,并分离到新型病毒EV-B73、EV-B80和EV-C99各1株。云南省维持无脊髓灰质炎状态良好。对E-30和E-3病毒的基因进化特征分析表明这两种病毒具有基因多样性特点。 展开更多

关键词 肠道病毒 健康儿童 边境地区 测序定型 EV-B73 EV-B80 EV-C99 基因特征分析

原文传递