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滇龙胆居群遗传多样性和遗传结构分析
1
作者 沈涛 虞泓 王元忠 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期926-938,共13页
目的揭示不同分布区滇龙胆Gentiana rigescens的遗传多样性与遗传结构。方法基于GBS(genotyping-by-sequencing)简化基因组(reduced-representation genome sequencing,RRGS)技术对采自云南、四川和贵州的19个居群147株滇龙胆进行测序;... 目的揭示不同分布区滇龙胆Gentiana rigescens的遗传多样性与遗传结构。方法基于GBS(genotyping-by-sequencing)简化基因组(reduced-representation genome sequencing,RRGS)技术对采自云南、四川和贵州的19个居群147株滇龙胆进行测序;利用样本SNPs数据集结合聚类树分析、主成分分析、遗传结构分析、Mantel检验等方法,从基因组水平研究滇龙胆居群的遗传多样性与遗传结构;结果聚类树分析、主成分分析及遗传结构分析显示,不同分布区采集的样品有明显的基因型差异;依据样品地理来源,19个居群大致可分为横断山区(分布于滇西北和川西南的居群)及云贵高原(分布于滇西、滇中、滇东南及贵州的居群)2个亚群。通过观测观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)、多态信息含量(polymorphic information,PIC)、Shannon多样性指数(shannon’s diversity index,I)、Nei’s多样性指数(Nei’s gene diversity,Nei’s)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,π)比较,发现云贵高原的居群遗传多样性高于横断山区的居群(云贵高原居群遗传多样性参数均值:Ho=0.052,He=0.110,PIC=0.088,I=0.164,Nei’s=0.127,π=1.677×10^(-3);横断山区居群遗传多样性参数均值:Ho=0.051,He=0.098,PIC=0.077,I=0.144,Nei’s=0.114,π=1.175×10^(-3));居群遗传分化系数(genetic differentiation index,FST)和基因流(gene flow,Nm)分析显示,滇龙胆居群间存在一定的遗传分化和基因流;遗传变异分析(AMOVA)显示滇龙胆种内变异主要来自居群内;基于23个环境变量的环境差异分析显示,横断山亚群与云贵高原亚群生境的热量与UV-B辐射存在差异;Mantel检验显示,居群间的遗传分化主要由环境差异导致,其中UV-B辐射与居群FST呈极显著正相关(P<0.01)。结论横断山区与云贵高原滇龙胆居群遗传结构和遗传多样性具有差异,分布区UV-B辐射变化可能是驱动滇龙胆居群遗传分化的重要因素 展开更多
关键词 滇龙胆 遗传多样性 遗传结构 简化基因组测序 资源评价
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蛹虫草菌丝体挥发性成分分析 被引量：2
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作者 侯东海 尹明 +1 位作者 陈小兰 虞泓 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2022年第4期55-68,共14页
采用同时蒸馏萃取和气相色谱质谱联用法对采集自7个地区的10株蛹虫草(Cordyceps militaris)的发酵菌丝体进行挥发性成分分析,共鉴定到65种挥发性成分,主要包括酸类、酯类、萘、烷烃类、醛类、蒽等物质,在挥发性成分中的平均含量分别为71... 采用同时蒸馏萃取和气相色谱质谱联用法对采集自7个地区的10株蛹虫草(Cordyceps militaris)的发酵菌丝体进行挥发性成分分析,共鉴定到65种挥发性成分,主要包括酸类、酯类、萘、烷烃类、醛类、蒽等物质,在挥发性成分中的平均含量分别为71.16%、10.57%、5.25%、5.13%、4.04%、1.23%。所有样本中均检出亚油酸、棕榈酸、萘、正己醛、马索亚内酯、α-蒎烯、亚油酸甲酯、2-正戊基呋喃8种成分,平均含量分别为37.41%、29.09%、5.25%、3.26%、2.65%、2.27%、1.53%、0.65%。蛹虫草菌丝体中还检测到石竹素、α-毕橙茄醇、α-柏木烯、马索亚内酯等药用挥发性成分。主成分分析和聚类分析显示,云南地区和辽宁地区蛹虫草菌丝体挥发性成分差异较大。相对气味活度值分析表明,蛹虫草菌丝体中醛类对其气味贡献最大,正己醛和2-正戊基呋喃等可能是蛹虫草关键性香气成分;不同地区蛹虫草菌株的菌丝体气味特征存在差异。 展开更多
关键词 蛹虫草 挥发性成分 气相色谱质谱联用 同时蒸馏萃取 主成分分析 聚类分析
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昆明野鸭湖森林公园虫草物种多样性 被引量：3
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作者 范琪 王元兵 +3 位作者 汤德相 王垚 徐志鸿 虞泓 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2020年第2期101-108,共8页
为探清昆明野鸭湖森林公园虫草物种多样性,笔者于2017~2019年在该公园进行多次虫草资源调查,通过形态学观察和多基因系统发育分析进行物种鉴定,基于α多样性分析揭示虫草物种多样性特征,共获得839份样本,隶属于3科8属27种,包含潜在新物... 为探清昆明野鸭湖森林公园虫草物种多样性,笔者于2017~2019年在该公园进行多次虫草资源调查,通过形态学观察和多基因系统发育分析进行物种鉴定,基于α多样性分析揭示虫草物种多样性特征,共获得839份样本,隶属于3科8属27种,包含潜在新物种13个。结果表明,昆明野鸭湖森林公园虫草物种多样性丰富,优势属种现象明显,优势属为和虫草属(Cordyceps)和线虫草属(Ophiocordyceps),优势种为垂头虫草(Ophiocordyceps nutans)。虫草寄主涉及鳞翅目(Lepidoptera)、鞘翅目(Coleoptera)、半翅目(Hemiptera)、膜翅目(Hymenoptera)、等足目(Isopoda)和蜘蛛目(Araneae)动物。本研究为进一步认识云南丰富的虫草资源和虫草的开发利用提供基础资料。 展开更多
关键词 α多样性分析 广义虫草 虫草属 线虫草属 Samsoniella
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双孢线虫草真菌群落结构及多样性分析 被引量：1
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作者 汤德相 王笑研 +3 位作者 王元兵 孙涛 胡卫红 虞泓 《云南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期619-626,共8页
双孢线虫草Ophiocordyceps bispora是线虫草属Ophiocordyceps古老的物种.非生物因子与微生物对其生长发育和适应环境具有重要作用.基于Illumina MiSeq高通量测序技术对5组双孢线虫草样本进行ITS2(Internal Transcribed Spacer 2)区域测... 双孢线虫草Ophiocordyceps bispora是线虫草属Ophiocordyceps古老的物种.非生物因子与微生物对其生长发育和适应环境具有重要作用.基于Illumina MiSeq高通量测序技术对5组双孢线虫草样本进行ITS2(Internal Transcribed Spacer 2)区域测序,以比较不同海拔梯度和光照强度下真菌多样性、丰富度和群落结构.测序共得到445个OTUs,经鉴定共有3门、13纲、41目、69科、66属和257种真菌物种.其中子囊菌门为优势门,线虫草属为优势属.α多样性指数与海拔梯度相关性分析发现,真菌群落多样性和丰富度与海拔梯度不存在显著相关性,光照强度、植被类型和人为活动可能是影响真菌群落丰富度和多样性的主要环境因子.真菌群落和海拔梯度相关性分析表明,其中14个属与海拔梯度呈正相关.同时,Anosim分析发现双孢线虫草真菌群落组间存在显著差异.以上研究结果表明,双孢线虫草蕴藏着丰富的真菌资源,海拔对其群落结构具有一定影响,但对其丰富度和多样性影响较小,推测光照强度、人为活动和植被类型可能是影响其真菌群落结构、丰富度以及多样性的主要环境因素.该研究为双孢线虫草微生物群落中真菌资源的挖掘与利用提供参考,同时为虫草真菌群落与环境相互作用提供研究思路. 展开更多
关键词 双孢线虫草 群落结构 多样性 海拔梯度 光照强度
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