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牛视紫红质蛋白质中视黄醛的活性位点
被引量:
3
1
作者
徐四川
邓圣荣
+3 位作者
马丽英
史强
葛茂发
张兴康
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第7期1290-1296,共7页
视紫红质蛋白是一个跨膜蛋白,视黄醛(RET)在该蛋白中的活性结合位点涉及到视觉过程机理,与一些眼科疾病病理有关.基于牛视紫红质蛋白1U19的蛋白质晶体结构数据,采用密度泛函理论的B3LYP方法计算RET-Lys296残基与视黄醛分子周围半径为0....
视紫红质蛋白是一个跨膜蛋白,视黄醛(RET)在该蛋白中的活性结合位点涉及到视觉过程机理,与一些眼科疾病病理有关.基于牛视紫红质蛋白1U19的蛋白质晶体结构数据,采用密度泛函理论的B3LYP方法计算RET-Lys296残基与视黄醛分子周围半径为0.6nm的空间范围30个氨基酸残基相互作用和结合能.数值显示1U19蛋白中的残基Glu113、Glu181和Glu122是质子化的RET-Lys296残基的活性结合位点,结合能分别为-333.38、-205.67和-194.56kJ·mol-1.这些氨基酸残基带有一个负电荷,与质子化的RET-Lys296残基发生强烈的离子静电相互作用.另外几个残基Ala292、Cys187、Phe293、Pro291以及Trp265等与质子化RET-Lys296残基也有相互吸引作用.当RET-Lys296残基非质子化,上述相互作用消失,促使视黄醛分子与视蛋白分离.研究发现残基Glu113和Glu181周围各自有一个结晶水分子通过双氢键形式起着稳定作用.
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关键词
视紫红质
视黄醛
1U19
活性位点
密度泛函理论
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职称材料
星际媒介H_2NCH_2CN与H_2O反应中的H_2O分子偶合质子转移机理和氢隧道效应(英文)
被引量:
1
2
作者
徐四川
马丽英
+3 位作者
卞富永
史强
葛茂发
张兴康
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第11期2312-2318,共7页
H2NCH2CN+H2O→H2NCH2C(OH)NH是一个重要的反应,涉及到星际媒介中甘氨酸的形成,与早期地球上的氨基酸起源有关.如果没有考虑氢隧道效应,在MP2/6-311+G(d,p)级别上计算反应能垒是254.7kJ·mol-1,在星际媒介中该气相反应很难进行.在...
H2NCH2CN+H2O→H2NCH2C(OH)NH是一个重要的反应,涉及到星际媒介中甘氨酸的形成,与早期地球上的氨基酸起源有关.如果没有考虑氢隧道效应,在MP2/6-311+G(d,p)级别上计算反应能垒是254.7kJ·mol-1,在星际媒介中该气相反应很难进行.在星际媒介冰颗粒表面上,水分子催化反应增强了该化学反应的活性.H2NCH2CN与(H2O)3反应中的两个水分子作为催化剂降低活化能77.5kJ·mol-1和活化自由能70.9kJ·mol-1,并且通过氢键桥协同传递质子.量子氢隧道对于该反应进行至关紧要,采用小弯曲隧道(SCT)近似和正则变分过渡态理论(CVT)方法研究.温度50K时,速率常数kSCT/CVT为1.86×10-23cm3·molecule-1·s-1,表明在星际媒介中通过质子隧道机理该反应容易进行.研究结果与地球上的氨基酸起源于地球本身物质的观点相一致.
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关键词
H2NCH2CN
H2NCH2C(OH)NH
星际媒介
氨基酸起源
质子转移
氢原子隧道
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职称材料
题名
牛视紫红质蛋白质中视黄醛的活性位点
被引量:
3
1
作者
徐四川
邓圣荣
马丽英
史强
葛茂发
张兴康
机构
云南
大学化学
科学
与
工程技术
学院
生命
起源
研究室
中国
科学
院
化学
研究
所
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第7期1290-1296,共7页
基金
中国科学院百人计划项目
云南省人才科研基金(2006PY01-29)资助~~
文摘
视紫红质蛋白是一个跨膜蛋白,视黄醛(RET)在该蛋白中的活性结合位点涉及到视觉过程机理,与一些眼科疾病病理有关.基于牛视紫红质蛋白1U19的蛋白质晶体结构数据,采用密度泛函理论的B3LYP方法计算RET-Lys296残基与视黄醛分子周围半径为0.6nm的空间范围30个氨基酸残基相互作用和结合能.数值显示1U19蛋白中的残基Glu113、Glu181和Glu122是质子化的RET-Lys296残基的活性结合位点,结合能分别为-333.38、-205.67和-194.56kJ·mol-1.这些氨基酸残基带有一个负电荷,与质子化的RET-Lys296残基发生强烈的离子静电相互作用.另外几个残基Ala292、Cys187、Phe293、Pro291以及Trp265等与质子化RET-Lys296残基也有相互吸引作用.当RET-Lys296残基非质子化,上述相互作用消失,促使视黄醛分子与视蛋白分离.研究发现残基Glu113和Glu181周围各自有一个结晶水分子通过双氢键形式起着稳定作用.
关键词
视紫红质
视黄醛
1U19
活性位点
密度泛函理论
Keywords
Rhodopsin
Retinal
1U19
Active site
Density functional theory
分类号
R77 [医药卫生—眼科]
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职称材料
题名
星际媒介H_2NCH_2CN与H_2O反应中的H_2O分子偶合质子转移机理和氢隧道效应(英文)
被引量:
1
2
作者
徐四川
马丽英
卞富永
史强
葛茂发
张兴康
机构
云南
大学化学
科学
与
工程技术
学院
生命
起源
研究室
中国
科学
院
化学
研究
所
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009年第11期2312-2318,共7页
基金
中国科学院百人计划项目
云南省人才科研基金(2006PY01-29)资助~~
文摘
H2NCH2CN+H2O→H2NCH2C(OH)NH是一个重要的反应,涉及到星际媒介中甘氨酸的形成,与早期地球上的氨基酸起源有关.如果没有考虑氢隧道效应,在MP2/6-311+G(d,p)级别上计算反应能垒是254.7kJ·mol-1,在星际媒介中该气相反应很难进行.在星际媒介冰颗粒表面上,水分子催化反应增强了该化学反应的活性.H2NCH2CN与(H2O)3反应中的两个水分子作为催化剂降低活化能77.5kJ·mol-1和活化自由能70.9kJ·mol-1,并且通过氢键桥协同传递质子.量子氢隧道对于该反应进行至关紧要,采用小弯曲隧道(SCT)近似和正则变分过渡态理论(CVT)方法研究.温度50K时,速率常数kSCT/CVT为1.86×10-23cm3·molecule-1·s-1,表明在星际媒介中通过质子隧道机理该反应容易进行.研究结果与地球上的氨基酸起源于地球本身物质的观点相一致.
关键词
H2NCH2CN
H2NCH2C(OH)NH
星际媒介
氨基酸起源
质子转移
氢原子隧道
Keywords
H2NCH2CN
H2NCH2C(OH)NH
Interstellar medium
Amino acid origin
Proton transfer
Hydrogen tunneling
分类号
O621.13 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牛视紫红质蛋白质中视黄醛的活性位点
徐四川
邓圣荣
马丽英
史强
葛茂发
张兴康
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
3
下载PDF
职称材料
2
星际媒介H_2NCH_2CN与H_2O反应中的H_2O分子偶合质子转移机理和氢隧道效应(英文)
徐四川
马丽英
卞富永
史强
葛茂发
张兴康
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2009
1
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职称材料
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