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浙江省衢州市2017年输入性基孔肯雅病毒全基因组序列特征分析
1
作者
王晓光
杨瑞军
+3 位作者
黄世腾
曹国平
雷永良
叶灵
《中国媒介生物学及控制杂志》
CAS
2019年第6期621-625,共5页
目的对衢州市2017年1例曾有孟加拉国旅行史的发热患者血清标本进行基孔肯雅病毒(CHIKV)全基因组序列测定及遗传进化分析。方法无菌采集患者血液,分离血清后采用实时荧光定量PCR检测CHIKV和登革热病毒核酸,反转录PCR扩增CHIKV全基因组靶...
目的对衢州市2017年1例曾有孟加拉国旅行史的发热患者血清标本进行基孔肯雅病毒(CHIKV)全基因组序列测定及遗传进化分析。方法无菌采集患者血液,分离血清后采用实时荧光定量PCR检测CHIKV和登革热病毒核酸,反转录PCR扩增CHIKV全基因组靶向基因片段并测序,采用生物信息学软件(Contig Express、SeqMan、Clustalx V2.0、BioEdit V7.0、GENEDOC和MEGA X)分析全基因序列。结果患者血清为CHIKV核酸阳性。测序数据拼接处理后获得CHIKV全基因组序列(QZ0823株),包含11 787 bp核苷酸,非结构蛋白主要结构位点未发现变异,结构蛋白缺乏E1中的适应性突变A226V和E2中可能影响CHIKV神经毒力的新取代K252Q突变,不存在增强埃及伊蚊的适应性突变E1:K211E和E2:V264A。全基因组序列进化分析显示,QZ0823与孟加拉国、印度、巴基斯坦流行株彼此紧密聚集,具有密切的进化相关性。结论衢州市输入性基孔肯雅病毒QZ0823全基因组和结构基因C-E3-E2-6K-E1核苷酸序列均符合CHIKV特征,与孟加拉国流行株同属东中南非洲遗传谱系(ECSA)。
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关键词
基孔肯雅病毒
全基因组
序列测定
进化分析
原文传递
题名
浙江省衢州市2017年输入性基孔肯雅病毒全基因组序列特征分析
1
作者
王晓光
杨瑞军
黄世腾
曹国平
雷永良
叶灵
机构
丽水市
疾病
预防
控制中心
微生物
检验科
衢州
市
疾病
预防
控制中心
出处
《中国媒介生物学及控制杂志》
CAS
2019年第6期621-625,共5页
基金
2019年浙江省医药卫生科技面上项目计划(2019KY237)~~
文摘
目的对衢州市2017年1例曾有孟加拉国旅行史的发热患者血清标本进行基孔肯雅病毒(CHIKV)全基因组序列测定及遗传进化分析。方法无菌采集患者血液,分离血清后采用实时荧光定量PCR检测CHIKV和登革热病毒核酸,反转录PCR扩增CHIKV全基因组靶向基因片段并测序,采用生物信息学软件(Contig Express、SeqMan、Clustalx V2.0、BioEdit V7.0、GENEDOC和MEGA X)分析全基因序列。结果患者血清为CHIKV核酸阳性。测序数据拼接处理后获得CHIKV全基因组序列(QZ0823株),包含11 787 bp核苷酸,非结构蛋白主要结构位点未发现变异,结构蛋白缺乏E1中的适应性突变A226V和E2中可能影响CHIKV神经毒力的新取代K252Q突变,不存在增强埃及伊蚊的适应性突变E1:K211E和E2:V264A。全基因组序列进化分析显示,QZ0823与孟加拉国、印度、巴基斯坦流行株彼此紧密聚集,具有密切的进化相关性。结论衢州市输入性基孔肯雅病毒QZ0823全基因组和结构基因C-E3-E2-6K-E1核苷酸序列均符合CHIKV特征,与孟加拉国流行株同属东中南非洲遗传谱系(ECSA)。
关键词
基孔肯雅病毒
全基因组
序列测定
进化分析
Keywords
Chikungunya virus
Whole genome
Sequencing
Phylogenetic analysis
分类号
R373.9 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
浙江省衢州市2017年输入性基孔肯雅病毒全基因组序列特征分析
王晓光
杨瑞军
黄世腾
曹国平
雷永良
叶灵
《中国媒介生物学及控制杂志》
CAS
2019
0
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