《中国植物志》和"Flora of China"是目前世界上最大型、记录植物种类最多的植物志,它为有效保护和合理利用我国的植物资源提供了极为重要的基础信息和科学依据。近年来,基于分子系统学研究提出的APG系统被广泛接受,相应方法...《中国植物志》和"Flora of China"是目前世界上最大型、记录植物种类最多的植物志,它为有效保护和合理利用我国的植物资源提供了极为重要的基础信息和科学依据。近年来,基于分子系统学研究提出的APG系统被广泛接受,相应方法得到的系统也相继应用于整个维管植物中。以APG系统为代表的维管植物新系统为全面和系统地修订植物志提供了新的系统框架。本文依据最新的分子系统学"线性排列"成果与《中国植物志》和"Flora of China"在科级水平上进行对比,确定了以APG系统为代表的分子系统框架下中国维管植物为309科,其中石松类和蕨类植物38科,裸子植物10科和被子植物261科。尽管中国维管植物不少科的界限发生了较大的变化,其总数却变化不大,在《中国植物志》中为300科,"Flora of China"为309科。此外,还重点介绍了一些主要科的变动情况。展开更多
胚后熟发育对人参种子休眠解除具有重要影响。为探索人参胚后熟发育的分子机制,本研究利用Illumina Hi Seq X-ten平台对人参种子五个后熟发育时期(心形胚,鱼雷胚,子叶胚,成熟胚和芽胚)的胚组织进行转录组测序,共获得412604390条高质量re...胚后熟发育对人参种子休眠解除具有重要影响。为探索人参胚后熟发育的分子机制,本研究利用Illumina Hi Seq X-ten平台对人参种子五个后熟发育时期(心形胚,鱼雷胚,子叶胚,成熟胚和芽胚)的胚组织进行转录组测序,共获得412604390条高质量reads。以心形胚为对照,在鱼雷胚、子叶胚、成熟胚和芽胚时期分别鉴定到2359个、3048个、6180个、12067个差异表达基因(DEGs),去重复后四个时期共获得13724个DEGs。GO富集分析显示,四个时期的和总的DEGs主要共同富集到催化活性、细胞和发育过程等GO条目。与种子休眠结束中胚发育相关的DEGs编码蛋白构成的蛋白互作网络分析显示,指导m RNA合成的RNA聚合酶Ⅱ第二大亚基(NRPB2)、脯氨酸合成的关键酶Δ1-吡咯啉-5-羧酸合成酶(P5CS1和P5CS2)为核心节点蛋白,它们可以通过调控mRNA合成、脯氨酸合成和与其互作蛋白的表达来影响人参种胚的发育。KEGG富集分析发现,四个发育时期的DEGs主要共同富集到代谢过程、次生代谢合成和植物激素信号转导通路。其中,在植物激素信号转导通路中参与生长素和脱落酸信号转导的DEGs最多。因此,我们认为NRPB2、P5CS1、P5CS2蛋白互作和植物激素信号转导可能对人参胚的后熟发育至关重要。本研究结果对揭示人参胚的发育和种子休眠解除的分子调控机制有一定的参考意义。展开更多
为评估四款主流的miRNA鉴定工具(miRDeep-P2,Mirnovo,ShortStack,UEA s RNA workbench)在非模式植物中应用的有效性和普适性,本研究选取模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)以及非模式植物玉米(Zea mays)和智利草莓(Fragaria chiloens...为评估四款主流的miRNA鉴定工具(miRDeep-P2,Mirnovo,ShortStack,UEA s RNA workbench)在非模式植物中应用的有效性和普适性,本研究选取模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)以及非模式植物玉米(Zea mays)和智利草莓(Fragaria chiloensis)3个物种的小RNA高通量数据作为测试数据集,从用户体验、运行性能、结果评估、参数设置等方面对这四款工具进行了系统比较。结果表明,就用户体验而言,miRDeep-P2和ShortStack在总体易用性上优于Mirnovo和UEA s RNA workbench;就运行性能而言,miRDeep-P2和UEA s RNA workbench运行较高效;经过从头鉴定和同源性注释之后的结果比较发现,miRDeep-P2和ShortStack在不同物种间的miRNA鉴定结果整体好于另外两款工具,表明这两款工具可能也适用于其他非模式植物;另外,从评估指标来看,ShortStack鉴定的未注释的miRNAs数量最低,表明其可能具有较低假阳性,而miRDeep-P2具有最高的敏感性和准确性。最后选择不同的比对参数(错配数为0,1,2)对miRDeep-P2和ShortStack的鉴定结果进行比较,结果表明即使在不同的错配数设置下,ShortStack的鉴定结果在种内较为一致,而miRDeep-P2鉴定的miRNAs总数变化范围较大。总体而言,miRDeep-P2在综合表现上优于其他三款工具,但推荐在鉴定非模式植物的miRNAs时最好结合其他证据过滤假阳性,以及必要时对鉴定的miRNAs结构进行手动检查。本研究可为从事相关领域的研究者在工具选择和参数设置上提供一定参考。展开更多
本文报道了采自西藏吉隆县的金丝桃属金丝桃组一中国新记录种,即罗汉松叶金丝桃(Hypericum podocarpoides N. Robson)。结合野外考察和标本研究,本论文对该种进行了详细的形态描述,并对其花粉和种子微形态特征进行了显微观察和测量。此...本文报道了采自西藏吉隆县的金丝桃属金丝桃组一中国新记录种,即罗汉松叶金丝桃(Hypericum podocarpoides N. Robson)。结合野外考察和标本研究,本论文对该种进行了详细的形态描述,并对其花粉和种子微形态特征进行了显微观察和测量。此外,本文还编制了西藏产7种金丝桃组植物的检索表。展开更多
文摘《中国植物志》和"Flora of China"是目前世界上最大型、记录植物种类最多的植物志,它为有效保护和合理利用我国的植物资源提供了极为重要的基础信息和科学依据。近年来,基于分子系统学研究提出的APG系统被广泛接受,相应方法得到的系统也相继应用于整个维管植物中。以APG系统为代表的维管植物新系统为全面和系统地修订植物志提供了新的系统框架。本文依据最新的分子系统学"线性排列"成果与《中国植物志》和"Flora of China"在科级水平上进行对比,确定了以APG系统为代表的分子系统框架下中国维管植物为309科,其中石松类和蕨类植物38科,裸子植物10科和被子植物261科。尽管中国维管植物不少科的界限发生了较大的变化,其总数却变化不大,在《中国植物志》中为300科,"Flora of China"为309科。此外,还重点介绍了一些主要科的变动情况。
文摘胚后熟发育对人参种子休眠解除具有重要影响。为探索人参胚后熟发育的分子机制,本研究利用Illumina Hi Seq X-ten平台对人参种子五个后熟发育时期(心形胚,鱼雷胚,子叶胚,成熟胚和芽胚)的胚组织进行转录组测序,共获得412604390条高质量reads。以心形胚为对照,在鱼雷胚、子叶胚、成熟胚和芽胚时期分别鉴定到2359个、3048个、6180个、12067个差异表达基因(DEGs),去重复后四个时期共获得13724个DEGs。GO富集分析显示,四个时期的和总的DEGs主要共同富集到催化活性、细胞和发育过程等GO条目。与种子休眠结束中胚发育相关的DEGs编码蛋白构成的蛋白互作网络分析显示,指导m RNA合成的RNA聚合酶Ⅱ第二大亚基(NRPB2)、脯氨酸合成的关键酶Δ1-吡咯啉-5-羧酸合成酶(P5CS1和P5CS2)为核心节点蛋白,它们可以通过调控mRNA合成、脯氨酸合成和与其互作蛋白的表达来影响人参种胚的发育。KEGG富集分析发现,四个发育时期的DEGs主要共同富集到代谢过程、次生代谢合成和植物激素信号转导通路。其中,在植物激素信号转导通路中参与生长素和脱落酸信号转导的DEGs最多。因此,我们认为NRPB2、P5CS1、P5CS2蛋白互作和植物激素信号转导可能对人参胚的后熟发育至关重要。本研究结果对揭示人参胚的发育和种子休眠解除的分子调控机制有一定的参考意义。
文摘为评估四款主流的miRNA鉴定工具(miRDeep-P2,Mirnovo,ShortStack,UEA s RNA workbench)在非模式植物中应用的有效性和普适性,本研究选取模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)以及非模式植物玉米(Zea mays)和智利草莓(Fragaria chiloensis)3个物种的小RNA高通量数据作为测试数据集,从用户体验、运行性能、结果评估、参数设置等方面对这四款工具进行了系统比较。结果表明,就用户体验而言,miRDeep-P2和ShortStack在总体易用性上优于Mirnovo和UEA s RNA workbench;就运行性能而言,miRDeep-P2和UEA s RNA workbench运行较高效;经过从头鉴定和同源性注释之后的结果比较发现,miRDeep-P2和ShortStack在不同物种间的miRNA鉴定结果整体好于另外两款工具,表明这两款工具可能也适用于其他非模式植物;另外,从评估指标来看,ShortStack鉴定的未注释的miRNAs数量最低,表明其可能具有较低假阳性,而miRDeep-P2具有最高的敏感性和准确性。最后选择不同的比对参数(错配数为0,1,2)对miRDeep-P2和ShortStack的鉴定结果进行比较,结果表明即使在不同的错配数设置下,ShortStack的鉴定结果在种内较为一致,而miRDeep-P2鉴定的miRNAs总数变化范围较大。总体而言,miRDeep-P2在综合表现上优于其他三款工具,但推荐在鉴定非模式植物的miRNAs时最好结合其他证据过滤假阳性,以及必要时对鉴定的miRNAs结构进行手动检查。本研究可为从事相关领域的研究者在工具选择和参数设置上提供一定参考。
文摘本文报道了采自西藏吉隆县的金丝桃属金丝桃组一中国新记录种,即罗汉松叶金丝桃(Hypericum podocarpoides N. Robson)。结合野外考察和标本研究,本论文对该种进行了详细的形态描述,并对其花粉和种子微形态特征进行了显微观察和测量。此外,本文还编制了西藏产7种金丝桃组植物的检索表。
