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用SARS冠状病毒全基因组芯片杂交方法分析SARS-CoV 被引量：6
1
作者 吴小兵 任鲁风 +8 位作者 马鑫 何新洲 袁振华 刘凤杰 赵革新 杨宇 张猛 董小岩 侯云德 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 2003年第7期89-93,97,共6页
为从临床样品中检测和分析SARS CoV病毒打基础 ,并为分析SARS CoV病毒的复制和转录等机理提供一种有效方法。以SARS冠状病毒TOR2株序列作为标准设计和制备一种覆盖SARS冠状病毒全基因组的寡聚核苷酸芯片 ,探针长度为 70nt,每相邻的探针... 为从临床样品中检测和分析SARS CoV病毒打基础 ,并为分析SARS CoV病毒的复制和转录等机理提供一种有效方法。以SARS冠状病毒TOR2株序列作为标准设计和制备一种覆盖SARS冠状病毒全基因组的寡聚核苷酸芯片 ,探针长度为 70nt,每相邻的探针序列重复 2 5nt,共660条。用该芯片分析了细胞培养的SARS CoV病毒总RNA、7个SARS CoV病毒的基因克隆片段。对RNA样品用随机引物进行反转录PCR获得cDNA。对DNA用随机引物扩增和dUTP cy3标记。结果用这种芯片杂交检测SARS CoV病毒RNA可见阳性信号呈全基因组分布 ,并且有多处连续的阳性信号点 ;用正常人的白细胞RNA为对照 ,杂交未出现明显阳性信号。检测 7个SARS CoV病毒基因克隆片段 ,在该片段相应的探针区段出现连续阳性信号点。这种方法可有效地检测和分析样品中SARS冠状病毒全基因组的信息。 展开更多
关键词 SARS冠状病毒 全基因组 杂交方 SARS-COV 基因芯片
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全基因组扩增策略在基因芯片分析SARS冠状病毒实验中的应用 被引量：2
2
作者 赵革新 任鲁风 +4 位作者 刘凤杰 何新舟 董小岩 吴小兵 侯云德 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 2004年第3期54-58,共5页
针对SARS冠状病毒的分子生物学检测是控制SARS流行的关键环节。为评价全基因组扩增对SARS微量样本检测的影响 ,采用 6 mer随机引物反转录 ,用加接头的随机引物合成第二链 ,再以接头序列为引物扩增并掺入荧光标记 ,最后与带有 70 mer探... 针对SARS冠状病毒的分子生物学检测是控制SARS流行的关键环节。为评价全基因组扩增对SARS微量样本检测的影响 ,采用 6 mer随机引物反转录 ,用加接头的随机引物合成第二链 ,再以接头序列为引物扩增并掺入荧光标记 ,最后与带有 70 mer探针的基因芯片杂交。此非特异方法基本覆盖了样本中的全部DNA ,结果发现SARS冠状病毒全基因组的扩增效果对基因芯片杂交结果的均匀性有较大影响 ,PCR循环次数增多会导致扩增均匀性的降低。分析了不同的引物对全基因组扩增均匀性的影响 ,探讨了全基因组扩增策略的缺陷。 展开更多
关键词 严重急性呼吸道综合症 SARS 冠状病毒 全基因组扩增 基因芯片
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