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单纯疱疹病毒Ⅰ型和水痘-带状疱疹病毒双重微滴式数字PCR检测方法的建立
1
作者 张天姿 王瑞晨 +6 位作者 付士红 李樊 殷启凯 李海 聂凯 王环宇 许松涛 《中国热带医学》 CAS 北大核心 2024年第3期340-348,共9页
目的建立单纯疱疹病毒Ⅰ型和水痘-带状疱疹病毒的双重微滴式数字PCR检测方法。方法基于单纯疱疹病毒Ⅰ型和水痘-带状疱疹病毒的保守区域,设计特异性引物探针,通过筛选引物探针组合,优化双重微滴式数字PCR反应退火温度及引物探针浓度比,... 目的建立单纯疱疹病毒Ⅰ型和水痘-带状疱疹病毒的双重微滴式数字PCR检测方法。方法基于单纯疱疹病毒Ⅰ型和水痘-带状疱疹病毒的保守区域,设计特异性引物探针,通过筛选引物探针组合,优化双重微滴式数字PCR反应退火温度及引物探针浓度比,建立双重单纯疱疹病毒Ⅰ型和水痘-带状疱疹病毒双重微滴式数字PCR检测反应体系,对其他病毒进行检测,对临床样本进行验证,对建立的双重微滴式数字PCR方法的灵敏性、特异性及重复性进行分析。结果单纯疱疹病毒Ⅰ型和水痘-带状疱疹病毒双重微滴式数字PCR检测方法最佳引物和探针浓度分别为800 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度是56℃;双重微滴式数字PCR检测方法的标准曲线相关系数(R2)为0.99,呈现良好的线性关系;灵敏度高,单纯疱疹病毒Ⅰ型最低检测下限为2.97拷贝/µL,水痘-带状疱疹病毒最低检测下限为2.73拷贝/µL;重复性好,变异系数小,检测结果稳定;特异性强,未发现与单纯疱疹病毒Ⅱ型、EB病毒、腺病毒、柯萨奇病毒、巨细胞病毒、人巨细胞病毒、肠道病毒71型、流行性乙型脑炎病毒、西尼罗病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒以及人类核酸有交叉反应。结论本试验建立的单纯疱疹病毒Ⅰ型和水痘-带状疱疹病毒双重微滴式数字PCR方法灵敏性强、特异性高、重复性好,可为不同场景下2种病毒的快速定量检测提供解决方案。 展开更多
关键词 单纯疱疹病毒Ⅰ型 水痘-带状疱疹病毒 双重微滴式数字PCR 定量检测
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五株人冠状病毒NL63的基因型鉴定及S1 domain基因特征分析 被引量：3
2
作者 何佩 崔爱利 +5 位作者 徐瑾 高立冬 余鹏博 孙凯旋 许文波 许晓光 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期202-210,共9页
为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 do-main基因特征分析。通过对HCoV-NL63... 为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 do-main基因特征分析。通过对HCoV-NL63棘突蛋白(Spike glycoprotein,S)基因的S1 domain区域进行基因扩增和序列测定,同时结合GenBank数据库下载的1983～2018年其他国家74条HCoV-NL63代表株序列和2007～2010年中国流行的12条HCoV-NL63代表株序列,构建基因亲缘性关系树,并对S蛋白的S1 domain区域进行核苷酸序列比对分析。结果提示全球HCoV-NL63流行株可划分为A和B两个基因型;A基因型可进一步划分为A0,A1,A2和A3四个基因亚型,其中本研究将GenBank中2008年中国流行的2株HCoV-NL63毒株划分为新基因亚型(A3);B基因型可进一步划分为B0,B1和B2三个基因亚型。A和B基因型的HCoV-NL63代表株序列在地域分布上无明显差异,但A基因型不同基因亚型的HCoV-NL63序列在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。在我国A和B基因型HCoV-NL63均已被检测到,但主要以A基因型流行为主,且主要集中在A1和A2基因亚型。不同基因型HCoV-NL63序列在S1 domain区域核苷酸和氨基酸序列上存在特征性差异。本研究通过对五株HCoV-NL63基因型鉴定及S1 domain基因特征分析,初步阐明了我国部分地区流行的HCoV-NL63基因型/基因亚型分布情况及基因特征,丰富了我国本土流行的HCoV-NL63基因数据库,为我国HCoV-NL63分子流行病学研究及分子检测和监测技术的改进和验证提供了基础基因数据。 展开更多
关键词 人冠状病毒NL63(HCoV-NL63) 基因型 基因特征 分子流行病学
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一株引起严重急性呼吸道感染病例的A亚型人呼吸道合胞病毒全基因组基因特征分析 被引量：4
3
作者 杜佳 徐瑾 +2 位作者 崔爱利 许文波 张燕 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期27-36,共10页
人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是导致儿童急性呼吸道感染的最重要的呼吸道病毒之一。根据对单克隆抗体的反应,HRSV分为A、B两个亚型。为探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respi-ratory infection,SARI... 人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是导致儿童急性呼吸道感染的最重要的呼吸道病毒之一。根据对单克隆抗体的反应,HRSV分为A、B两个亚型。为探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respi-ratory infection,SARI)病例中HRSV全基因组基因特征,本研究对2017年河南省漯河市住院SARI病例中检测到的1株HRSV A亚型病毒通过Sanger测序方法对其全基因组序列进行了测定和分析。通过Sequencher 5.4.5、MEGA 5.05、BioEdit 7.0.5等生物信息学软件进行序列拼接和比对,进行了基因亲缘性关系分析、氨基酸变异和糖基化位点分析。基于HRSV全基因组序列和11个单个蛋白基因序列构建的亲缘性关系分析结果提示本研究中检测到的这株HRSVA病毒(RSVAs/Luohe.Henan/CHN/42.17)属于ON1基因型,该型是我国近年流行的优势基因型。该病毒全基因组序列与35条全球代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别为92.69%～99.82%和93.63%～99.67%;G蛋白编码区氨基酸变异最高,而F蛋白相对保守。糖基化位点分析发现,该病毒的F蛋白有6个N-糖基化位点,未发现O-糖基化位点,此结果与原型株long株相同;G蛋白N-糖基化位点有6个,O-糖基化位点为82个,而原型株long株有11个N-糖基化位点,15个O-糖基化位点。本研究对2017年河南省漯河市SARI病例中一株HRSVA病毒全基因组序列进行了测定,与世界其他地区报道的HRSVA亚型病毒全基因组序列进行了对比分析,揭示了SARI病例中我国HRSV优势流行ON1基因型病毒全基因组的核苷酸和氨基酸变异特征,以及G蛋白和F蛋白编码区糖基化情况,丰富了我国HRSV基因数据库,也为HRSV的核酸检测方法的建立、疫苗研发和预防性单克隆抗体的评价提供了核苷酸和氨基酸的基础数据。 展开更多
关键词 人呼吸道合胞病毒(HRSV) 全基因组 基因特征 糖基化
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风疹病毒核酸检测在风疹消除阶段应用的必要性 被引量：3
4
作者 赵培蓓 任虎 +2 位作者 朱贞 曹蕾 扈瑞平 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期343-350,共8页
风疹是由风疹病毒(Rubella virus,RV)引起的一种以发热、出疹为主要表现的急性呼吸道传染病,孕早期感染RV可引起先天性风疹综合征(Congenital rubella syndrome,CRS)。风疹是疫苗可预防性传染病,2008年我国将风疹疫苗纳入国家扩大免疫规... 风疹是由风疹病毒(Rubella virus,RV)引起的一种以发热、出疹为主要表现的急性呼吸道传染病,孕早期感染RV可引起先天性风疹综合征(Congenital rubella syndrome,CRS)。风疹是疫苗可预防性传染病,2008年我国将风疹疫苗纳入国家扩大免疫规划,通过连续10年免疫规划的实施,风疹发病率迅速下降,2014～2017年已接近风疹消除的目标(风疹发病率为0.8/10万～0.12/10万)。加强对风疹可疑病例的报告和实验室鉴别诊断,对隔离传染源、指导疫苗使用以及阻断RV传播具有重要的作用。《麻疹和风疹病毒感染实验室诊断手册》要求在风疹暴发流行阶段,只针对每起暴发采集5～10份血标本,检测风疹IgM是风疹病例确诊的金标准;而在消除风疹和CRS阶段要求对每一例散发疑似病例采集血清标本和鼻咽拭子,分别进行IgM抗体和RV核酸的检测。本文对我国在消除风疹和CRS阶段将RV核酸检测应用于风疹病例早期诊断的必要性进行了阐述。 展开更多
关键词 先天性风疹综合征(CRS) 风疹病毒(RV) 核酸检测 消除风疹
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2017-2020年河南省漯河市呼吸道合胞病毒流行特征研究 被引量：11
5
作者 谢智博 段晓健 +10 位作者 郭晋源 徐瑾 宋金华 宋晶晶 夏百成 王慧玲 崔爱利 朱贞 毛乃颖 许文波 张燕 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期554-560,共7页
呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)是引起严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)的一个重要病原,尤其以5岁以下儿童为主。为了解河南省漯河市SARI住院患者中RSV感染的流行病学和临床特征,为RSV... 呼吸道合胞病毒(Respiratory syncytial virus,RSV)是引起严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)的一个重要病原,尤其以5岁以下儿童为主。为了解河南省漯河市SARI住院患者中RSV感染的流行病学和临床特征,为RSV预防控制及临床诊疗提供科学数据,本研究采集2017年10月至2020年8月河南省漯河市SARI住院病例的咽拭子,并收集流行病学和临床信息。采用荧光定量PCR方法鉴定RSV A/B阳性病例,分析其流行病学和临床特征。结果显示,本研究共入组1335例SARI病例,其中220例(16.48%)为RSV阳性,A和B亚型分别占64.55%和30.45%。RSV感染以5岁以下儿童为主(占91.36%),2岁以下婴幼儿占RSV感染病例的一半以上(占55.37%)。RSV流行高峰出现在11月-次年1月,不同年份流行季可前后相差一个月。A、B亚型在不同月份可单独流行也可共流行。受新型冠状病毒肺炎疫情影响,2020年2-8月SARI病例数较往年同期减少60%以上,RSV阳性率在2020年2-8月降低为0。与非RSV感染组相比,RSV更易感染2岁以下儿童,下呼吸道感染占比更高(以支气管肺炎为主)。本研究通过近3年SARI病例监测,揭示河南省漯河市RSV感染以冬春季常见,以下呼吸道感染为主,主要感染5岁以下儿童,其中2岁以下婴幼儿是防控重点人群。新型冠状病毒肺炎流行期间,由于限制性防控措施的干预,RSV感染大大降低。本研究将为RSV疫苗和单克隆抗体等预防性干预手段的使用策略提供基础数据。 展开更多
关键词 呼吸道合胞病毒(RSV) 新型冠状病毒肺炎 严重急性呼吸道感染(SARI) 流行病学特征 临床特征
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2019年中国麻疹风疹实验室网络运转状况 被引量：9
6
作者 宋金华 郭晋源 +6 位作者 王慧玲 朱贞 毛乃颖 崔爱利 曹蕾 许文波 张燕 《中国疫苗和免疫》 CSCD 北大核心 2021年第3期246-249,共4页
目的评价2019年中国麻疹风疹实验室网络(China Measles and Rubella Laboratory Network,CMRLN)运转状况。方法利用中国麻疹监测信息报告管理系统(Measles Surveillance System,MSS)和CMRLN实验室监测数据库,分析CMRLN运转指标和麻疹风... 目的评价2019年中国麻疹风疹实验室网络(China Measles and Rubella Laboratory Network,CMRLN)运转状况。方法利用中国麻疹监测信息报告管理系统(Measles Surveillance System,MSS)和CMRLN实验室监测数据库,分析CMRLN运转指标和麻疹风疹病例实验室监测结果。结果2019年全国报告监测病例78787例,其中散发病例65507例,散发病例的血标本、病原学标本采集率分别为95.86%、50.16%,3d内送达网络实验室的比例分别为97.89%、84.13%。监测病例的麻疹、风疹病毒IgM检测阳性率分别为4.65%(3226/69436)、31.14%(21784/69963)。散发监测病例麻疹、风疹病毒核酸检测阳性率分别为3.28%(1090/33254)、31.31%(10367/33112)。全国报告麻疹、风疹暴发疫情分别为24起、177起,实验室确诊率分别为100%、99.44%。共分离到265株麻疹病毒,其中D8、A(疫苗相似株)、B3和H1基因型分别为176株、18株、51株和30株;分离到风疹病毒2822株,其中1E和2B基因型分别为1608株和1214株。国家、32个省级、27个地市级网络实验室均通过了麻疹和风疹血清盲样、核酸盲样和/或基因定型考核。结论2019年中国麻疹风疹实验室网络运转良好,为中国麻疹和风疹的消除提供了技术支撑。 展开更多
关键词 麻疹风疹实验室网络 病毒学监测 质量控制
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人呼吸道合胞病毒疫苗的研究进展 被引量：3
7
作者 李海 任虎(综述) +1 位作者 张燕 许文波(审校) 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1261-1267,1273,共8页
人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus,hRSV)是婴幼儿和老年人发生严重呼吸道疾病的主要病因之一,据统计全球每年因hRSV感染产生的经济负担超过800亿美元。自20世纪50年代hRSV被发现以来,国内外科研人员对hRSV疫苗进行... 人呼吸道合胞病毒(human respiratory syncytial virus,hRSV)是婴幼儿和老年人发生严重呼吸道疾病的主要病因之一,据统计全球每年因hRSV感染产生的经济负担超过800亿美元。自20世纪50年代hRSV被发现以来,国内外科研人员对hRSV疫苗进行了大量的研发,至今尚无被批准使用的hRSV疫苗。hRSV疫苗一直面临安全性不足或免疫原性弱等巨大挑战,已有多种进入临床试验阶段的hRSV疫苗宣布“失败”。2013年,融合前F蛋白(prefusion F protein,Pre-F)构象成功解析后,以Pre-F为基础的hRSV疫苗展现出良好的应用前景,目前已有14种疫苗处于临床试验阶段,包括减毒活疫苗、病毒载体疫苗、亚单位疫苗和颗粒疫苗等。本文就hRSV疫苗研发面临的挑战以及最新研究进展作一综述。 展开更多
关键词 人呼吸道合胞病毒 疫苗 融合前F蛋白
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2008～2014年中国6省市流行的人呼吸道合胞病毒B亚型G蛋白编码基因特征分析 被引量：1
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作者 宋金华 王慧玲 +8 位作者 石晶 崔爱利 杜佳 杨子峰 孙利伟 张蕾 张红 张燕 许文波 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期211-219,共9页
人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是引起婴幼儿下呼吸道感染的主要病原体之一。HRSV粘附蛋白(Attachment glycoprotein,G)是病毒膜表面糖蛋白,介导保护性免疫,是抗HRSV抗体和疫苗等的研究热点之一。为研究2008... 人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是引起婴幼儿下呼吸道感染的主要病原体之一。HRSV粘附蛋白(Attachment glycoprotein,G)是病毒膜表面糖蛋白,介导保护性免疫,是抗HRSV抗体和疫苗等的研究热点之一。为研究2008～2014年中国HRSV B亚型G蛋白编码基因的基因特征,于2008～2014年收集的363份HRSV阳性临床标本或病毒株中挑选89份代表株进行G蛋白编码基因全长核苷酸序列的扩增和测序,使用Sequencher 5.0进行序列的编辑,使用MEGA 5.0进行序列比对和亲缘关系进化树构建以及氨基酸变异分析。89份代表株分别挑选自中国北京、吉林、广东、河北、湖南、陕西6省市发热呼吸道感染患者鼻咽拭子或病毒分离株,基因型包括BA9、BA10、BAc、BA、CB1及SAB4,覆盖我国近年流行的优势基因型。亲缘关系分析显示,89株代表株可以分为6个分支,同一基因型G蛋白编码基因核苷酸序列荟聚为一个分支;89份代表株之间的核苷酸(氨基酸)遗传距离为0.03(0.04),与原型株CH-18537株的核苷酸(氨基酸)遗传距离为0.08～0.10(0.14～0.18),其中B5分支与原型株的核苷酸(氨基酸)遗传距离最远为0.10(0.18);氨基酸变异主要在第二高变区,其次为第一高变区。在中心保守区(aa164～176)以及CX3C模序区,89条HRSV B亚型G蛋白编码基因氨基酸序列与原型株CH-18537株一致。本研究表明2008～2014年中国HRSV B亚型G蛋白编码基因变异较多,但在中心保守区和CX3C模序区保守,本研究为我国HRSV的病毒学研究提供了基础科学数据。 展开更多
关键词 人呼吸道合胞病毒B亚型(HRSV B) G蛋白 氨基酸 变异
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