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碳酸盐碱度胁迫下鲤鱼氨排泄相关基因的差异表达 被引量:11
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作者 赵兰 徐鹏 孙效文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期185-193,共9页
鲤鱼(Cyprinus carpio)是我国主要淡水养殖鱼类之一,且具有一定的盐碱耐受性,可以在偏碱水体中存活生长。为了了解其对不同碱度的耐受性,以及在碱胁迫环境下的基因表达变化,以鲤鱼为试验材料,使用一定pH值不同碳酸盐碱度水对其进行胁迫... 鲤鱼(Cyprinus carpio)是我国主要淡水养殖鱼类之一,且具有一定的盐碱耐受性,可以在偏碱水体中存活生长。为了了解其对不同碱度的耐受性,以及在碱胁迫环境下的基因表达变化,以鲤鱼为试验材料,使用一定pH值不同碳酸盐碱度水对其进行胁迫试验。选取鱼类氨排泄相关的候选基因,包括Rhesus血型相关糖蛋白基因(Rhesus blood group-associated glycoprotein,Rh),水通道蛋白基因(Aquaporin,AQP),催乳素基因(Prolactin,PRL),碳酸酐酶基因(Carbonic Anhydrase,CA),Na^+/K^+转运ATP酶基因(Na^+/K^+ transporting ATPase,NKA),钠氢交换体基因(sodium hydrogen exchanger,NHE)采用定量PCR方法检测其在不同碱度下的基因表达情况。结果表明上述基因随着碱度的升高在鳃、肠和肾3个组织中的总体表达水平较淡水对照显著升高,说明鲤鱼在碳酸盐碱胁迫条件下与氨排泄相关基因的表达上调。这些基因具有一定的空间表达差异性,具体结果为:胁迫过程中主要在鳃中表达的基因为AQP3A、PRLRA、NHE7,在肾中表达的基因为PRL,在肠中表达的基因是RHAG、RHBG2、RHCG1。这些基因在碱胁迫环境下的表达变化为解析鱼类体内渗透压调节调控机制具有重要意义。 展开更多
关键词 氨排泄 基因表达 碳酸盐碱度 定量PCR
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鲤鳞被SLC25A5基因的克隆和表达分析
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作者 张保勇 蒋丽 +2 位作者 程安达 王书 孙效文 《生物技术世界》 2012年第2期1-3,共3页
本研究利用差异表达技术(Genefishing)在德国镜鲤和建鲤两个皮肤中表达差异,分离和克隆了鲤鱼鳞被相关的基因,溶质载体蛋白基因SLC(Solute Carrier Protein)大家族中SLC25基因小家族,通过克隆测序的序列在NCBI中比对结果分析,和SLC25家... 本研究利用差异表达技术(Genefishing)在德国镜鲤和建鲤两个皮肤中表达差异,分离和克隆了鲤鱼鳞被相关的基因,溶质载体蛋白基因SLC(Solute Carrier Protein)大家族中SLC25基因小家族,通过克隆测序的序列在NCBI中比对结果分析,和SLC25家族中的SLC25A5基因结构非常相似,同源性达到9 9%。 展开更多
关键词 鲤鱼 GeneFishingTM SLC25A5基因 鳞被
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鲤鱼(Cyprinus carpioL.)头长、眼径、眼间距QTL的定位 被引量:20
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作者 刘继红 张研 +5 位作者 常玉梅 梁利群 鲁翠云 张晓峰 徐美佳 孙效文 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期508-514,共7页
用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼遗传连锁图谱。利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对头长、眼径、眼间距3个... 用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼遗传连锁图谱。利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对头长、眼径、眼间距3个性状进行了QTL分析。结果显示,共检测到5个与头长性状相关的QTL,分别定位于鲤鱼连锁图谱的LG2(qHS-2-1)、LG3(qHS-3-1)、LG40(qHS-40-1)和LG4(qHS-4-2和qHS-4-3)上。其中qHS-40-1拥有最大的LOD值,为7.94,可解释的表型变异为34.29%。qHS-4-2的LOD值最小,为5.03,可解释的表型变异为11.52%。5个与头长性状相关的QTL加性效应值均为负值。检测到两个与眼径性状相关的QTL,分别定位于鲤鱼连锁图谱的LG39连锁群(qED-39-1)和LG40连锁群(qED-40-1)上,其中qED-40-1的LOD值比较大,为2.76,其加性效应值为负值,可以解释5.62%的表型变异;qED-39-1的LOD值为2.72,加性效应值为正值,可以解释9.77%的表型变异。检测到两个与眼间距性状相关的QTL,分别定位到鲤鱼连锁图谱的LG20连锁群(qEC-20-1)和LG28连锁群(qEC-28-1)上。其中qEC-20-1的LOD值比较大,为3.77,加性效应值为正值,可以解释8.29%的表型变异;qEC-28-1的LOD值为2.79,对应的加性效应值为负值,可以解释8.88%的表型变异。 展开更多
关键词 鲤鱼 头长 眼径 眼间距 QTL
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牙鲆微卫星标记的筛选及群体遗传结构分析 被引量:19
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作者 王蕾 张立冬 +2 位作者 万玉美 谭照君 孙效文 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1057-1064,共8页
采用生物素-磁珠吸附微卫星与质粒二次检测相结合的方法克隆牙鲆微卫星,并利用所得到的引物分析野生群体遗传结构。共获得2805个阳性克隆,测序得到3120个含微卫星的序列。其中完美型、非完美型和混合型分别占57.97%、7.25%和34.78%。用P... 采用生物素-磁珠吸附微卫星与质粒二次检测相结合的方法克隆牙鲆微卫星,并利用所得到的引物分析野生群体遗传结构。共获得2805个阳性克隆,测序得到3120个含微卫星的序列。其中完美型、非完美型和混合型分别占57.97%、7.25%和34.78%。用Primer3.0软件设计牙鲆微卫星引物,从中筛选出具稳定多态性的30对,分析中国黄海、渤海海域4个不同海区牙鲆野生群体(大连、北戴河、丹东、青岛)遗传结构。结果显示:有效等位基因数为3.93~9.94,平均为6.95;观测杂合度为0.532~0.895,平均为0.753;期望杂合度为0.635~0.902,平均为0.820;Hardy-Weinberg平衡指数(d)的变化范围为-0.247~0.512,其中7个位点表现为杂合子过剩(d>0),其余位点表现为杂合子缺失(d<0)。聚类分析显示:4个群体聚为两类,大连与丹东聚为一类,北戴河与青岛聚为一类。 展开更多
关键词 牙鲆 微卫星 遗传结构
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基于26个微卫星标记的三江水系草鱼遗传多样性分析 被引量:16
5
作者 周盼 张研 +2 位作者 徐鹏 鲁翠云 孙效文 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期1011-1020,共10页
选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0... 选取26个微卫星标记对来自长江(监利、邗江)、黑龙江、珠江3个水系的4个野生草鱼(Ctenopharyngodon idellus)群体的遗传多样性进行了检测。结果表明,26个微卫星位点均为高度多态位点,草鱼4个地理群体的多态信息含量(PIC)平均值为0.581 3~0.638 6;共检测出141个等位基因,其中有102个为共有等位基因;每个位点有等位基因2~11个,平均等位基因5.46,平均有效等位基因3.455 6。4个地理群体野生草鱼的平均杂合度在0.711 4~0.804 5之间。群体间遗传固定指数(FST)及AMOVA分析表明,群体间遗传分化并不显著(FST=0.031 73)。基于DA遗传距离构建的UPGMA聚类树表明,监利群体与邗江群体这两个长江水系野生地理群体聚为一支,然后与珠江群体聚为一支,黑龙江群体单独聚为一支。长江群体是原始群体。综上所述,三江水系野生草鱼具有较高的遗传多样性,4个群体之间遗传分化并不明显。 展开更多
关键词 草鱼 微卫星 野生群体 遗传多样性
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红鳍东方鲀两个群体的遗传结构及与经济性状的相关性分析 被引量:14
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作者 万玉美 王蕾 +3 位作者 谭照君 赵海涛 李恒德 孙效文 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2011年第5期9-16,共8页
本文利用21对多态性微卫星标记对河北省红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)良种场引进的日本群体和选育的秦皇岛群体进行了遗传结构分析。日本与秦皇岛两个群体的有效等位基因数分别为3.3697和2.8593,期望杂合度分别是0.6516和0.6073,多态... 本文利用21对多态性微卫星标记对河北省红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)良种场引进的日本群体和选育的秦皇岛群体进行了遗传结构分析。日本与秦皇岛两个群体的有效等位基因数分别为3.3697和2.8593,期望杂合度分别是0.6516和0.6073,多态信息含量分别是0.6009和0.5509。研究结果表明这两个群体遗传多样性较高,多态信息含量丰富,具有较大的遗传改良和育种潜力。同时,本文通过对21个微卫星座位与日本群体的体长、体重和体高三个经济性状进行最小二乘方差分析,得到6个与经济性状显著相关的微卫星标记,f161、f273与体重显著相关(P<0.05),f170、f501与体长显著相关(P<0.05),而f53、f331与体高显著相关(P<0.05)。对同一标记不同基因型间进行多重比较,找到与4种性状相关的基因型。 展开更多
关键词 红鳍东方鲀(Takifugu rubripes) 微卫星 遗传结构 经济性状 相关性分析
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基于牙鲆RNA-seq数据中SSR标记的信息分析 被引量:15
7
作者 李超 侯吉伦 +4 位作者 王桂兴 张晓彦 刘永富 童爱萍 刘海金 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2015年第2期122-127,共6页
通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上... 通过对牙鲆(Paralichthys olivaceus)进行转录组测序(RNA-seq),利用Micro SAtellite(MISA)软件对1~6个碱基重复、碱基数在10 bp以上的微卫星进行鉴定。结果表明,牙鲆转录组水平上,共发现42 183个SSR位点,分布在26 457条Unigene上,发生频率为27.12%,平均密度为339个/Mbp。获得的SSR一共有216种重复基元,其中二核苷酸重复基元类型数量最多,共有17 570个,占所鉴定SSR总数的41.65%。同时用SPSS statistics 20.0软件对牙鲆转录组SSR的多态性进行了评估。 展开更多
关键词 牙鲆 转录组测序 SSR标记
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鲤鱼(Cyprinus carpio L.)体重和体长QTL的定位 被引量:9
8
作者 刘继红 张研 +5 位作者 常玉梅 梁利群 张晓峰 鲁翠云 徐美佳 孙效文 《广东海洋大学学报》 CAS 2009年第4期19-25,共7页
利用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记(共445个标记)对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2代雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱;利用软件WinQTLCart2.5采用复... 利用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记(共445个标记)对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2代雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱;利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对体重和体长两个性状进行了QTL定位分析。结果共检测到与两个与体重性状相关的QTL,分别定位到LG24连锁群(qBWh-24-1)和LG20连锁群(qBWh-20-1)上,可解释的表型变异分别为7.98%和20.05%;检测到两个与体长性状相关的QTL,分别位于LG2连锁群(qFS-2-1)和LG20连锁群(qFS-20-1),可解释的表型变异分别为5.69%和12.69%,4个QTL的加性效应均为负值。 展开更多
关键词 鲤鱼 体长 体重 QTL
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合浦珠母贝幼体生长性状的遗传力及其相关性分析 被引量:8
9
作者 郭华阳 张殿昌 +4 位作者 李恒德 陈明强 吴开畅 李有宁 江世贵 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第21期4441-4444,共4页
以合浦珠母贝(Pinctada fucata)4种壳色选育群体为亲贝,采用人工授精技术对同一壳色亲本进行雌雄单个配对,获得了15个全同胞家系。测量5、15、25和40日龄时的壳长和壳高,利用方差分析比较不同壳色品系的生长差异;利用非求导约束最大似然... 以合浦珠母贝(Pinctada fucata)4种壳色选育群体为亲贝,采用人工授精技术对同一壳色亲本进行雌雄单个配对,获得了15个全同胞家系。测量5、15、25和40日龄时的壳长和壳高,利用方差分析比较不同壳色品系的生长差异;利用非求导约束最大似然法(DF-REML)对合浦珠母贝各日龄的壳长和壳高性状进行遗传参数的估计。结果表明,4种壳色系的壳长和壳高均存在显著差异(P<0.05);5~40日龄幼体壳长遗传力估计值为0.12~0.22,壳高遗传力估计值为0.17~0.23;合浦珠母贝幼体不同生长时期壳长和壳高的遗传相关和表型相关均为正相关,相关系数分别为0.825~0.989和0.832~0.965,表明以壳高或壳长为参数进行选育时,均可达到改良生长性状的效果。 展开更多
关键词 合浦珠母贝(Pinctada fucata) 幼体 遗传力 生长性状 遗传相关
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mtDNA和微卫星标记在放流牙鲆和非放流牙鲆鉴定中的应用 被引量:8
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作者 童爱萍 司飞 +5 位作者 刘海金 王桂兴 于清海 王玉芬 姜秀凤 侯吉伦 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期630-637,共8页
用mtDNA控制区特异性引物对牙鲆(Paralichthys olivaceus)亲鱼、放流牙鲆和回捕牙鲆的DNA进行扩增,获得了3个群体的mtDNA控制区第一高变区部分序列。分析结果表明:母本55尾具有26种单倍型,作为其子代的预备放流牙鲆129尾具有5种单倍型,... 用mtDNA控制区特异性引物对牙鲆(Paralichthys olivaceus)亲鱼、放流牙鲆和回捕牙鲆的DNA进行扩增,获得了3个群体的mtDNA控制区第一高变区部分序列。分析结果表明:母本55尾具有26种单倍型,作为其子代的预备放流牙鲆129尾具有5种单倍型,与亲本的单倍型全部一致,验证了mtDNA方法鉴定子代的准确性。回捕牙鲆435尾具有70种单倍型,其中330尾具有17种单倍型,与母本的单倍型相一致,为疑似放流牙鲆;另外105尾具有53种单倍型,与母本的单倍型不一致,为野生牙鲆或非北戴河站母本后代放流牙鲆。利用4个高多态性微卫星标记对330尾疑似放流牙鲆做进一步鉴定。结果表明,330尾检测个体中有310尾等位基因与候选亲本等位基因全部对应,可确认其为放流牙鲆;另外20尾等位基因与候选亲本不对应,可确认其为非放流牙鲆。结合mtDNA和微卫星标记鉴定的结果,可以确认2013年的435尾回捕牙鲆中有310尾放流牙鲆,占71.26%;另外125尾为非放流牙鲆,占28.74%。本研究结果表明,利用mt DNA标记可快速排除回捕鱼中的非放流牙鲆,利用微卫星标记作进一步鉴定,可以排除疑似放流牙鲆中的非放流牙鲆,是区分放流牙鲆与非放流牙鲆,准确评价放流效果的好方法。 展开更多
关键词 牙鲆 MTDNA 单倍型 微卫星 增殖放流
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Tgf2转座子介导鲤Fst1基因元件在鲤中的转基因效率研究 被引量:7
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作者 闫学春 钟莎莎 +2 位作者 徐鹏 邹曙明 孙效文 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期1-7,共7页
卵泡抑素(follistatin,Fst)蛋白具有拮抗TGF-β超家族许多成员的功能,通过直接的蛋白结合可抑制肌肉抑制素(myostatin)的活性,从而恢复肌肉的生长,表现出增肌效应。参照鲤高通量转录组测序数据的拼接结果,筛选出鲤卵泡抑素Fst1基因的编... 卵泡抑素(follistatin,Fst)蛋白具有拮抗TGF-β超家族许多成员的功能,通过直接的蛋白结合可抑制肌肉抑制素(myostatin)的活性,从而恢复肌肉的生长,表现出增肌效应。参照鲤高通量转录组测序数据的拼接结果,筛选出鲤卵泡抑素Fst1基因的编码框(ORF)序列(全长1 260 bp,编码320个氨基酸),构建了包含金鱼Tgf2转座子左臂(220 bp)、右臂(185 bp)、斑马鱼Mylz2启动子和鲤Fst1基因ORF的供体质粒pTgf2-Mylz2-ccfst1。通过显微注射方法,并在体外合成的Tgf2转座酶5'加帽mRNA的介导下,获得了一批转鲤Fst1基因的转基因鲤。经PCR检测,转基因鲤Fst1外源基因的整合率平均为44.7%,对其中4尾转基因阳性鲤的扩增产物进行回收、克隆和测序验证,结果表明阳性鲤中均含有转基因目的片段。说明Tgf2转座子转基因系统可在鲤中实现较高的转座效率,为进一步研究卵泡抑素在鲤肌肉发育中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 Tgf2转座子 Fst1 转基因效率
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性状相关微卫星标记分析黄河鲤群体的遗传潜力 被引量:5
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作者 李超 鲁翠云 +4 位作者 冯建新 徐浩 范飞龙 徐鹏 孙效文 《水产学杂志》 CAS 2012年第4期1-7,共7页
利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体,以检测其遗传潜力及与生长性状(体重、全长、体长等)相关的标记。共检测到122个等位基因,等位基因数为2-10,平均有效等位基因数为3.3706,平均观察杂合度为0.5893,平均期望杂合度为0... 利用21个微卫星标记分析一个黄河鲤繁殖群体,以检测其遗传潜力及与生长性状(体重、全长、体长等)相关的标记。共检测到122个等位基因,等位基因数为2-10,平均有效等位基因数为3.3706,平均观察杂合度为0.5893,平均期望杂合度为0.6578,平均多态信息含量为0.6108,分析结果表明:该群体的多样性水平较高。经x2检验,群体处于Hardy—Weinberg平衡状态。有8个标记分别与体重、全长、体长、体高等性状具有显著相关性。其中,标记CAFS2203与体厚、头宽、尾柄长呈极显著相关(P〈0.01),标记CAFS1603与吻长极显著相关(P〈0.01),标记CAFS1639与尾柄高极显著相关(P〈0.01)。本研究结果可以为黄河鲤的分子育种与选育提供参考。 展开更多
关键词 黄河鲤 微卫星标记 经济性状 遗传潜力
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鲤雌核发育子代基因的杂合度分析 被引量:4
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作者 闫学春 张研 +2 位作者 孙效文 梁利群 曹顶臣 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期47-53,共7页
通过热休克法抑制第一次有丝分裂(抑制第一次卵裂)和减数分裂(抑制第二极体排除),分别获得鲤(Cyprinus carpioL.)的2个雌核发育家系。利用13对具有高多态性的微卫星分子标记,分别对2个雌核发育家系的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、... 通过热休克法抑制第一次有丝分裂(抑制第一次卵裂)和减数分裂(抑制第二极体排除),分别获得鲤(Cyprinus carpioL.)的2个雌核发育家系。利用13对具有高多态性的微卫星分子标记,分别对2个雌核发育家系的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、等位基因频率(P)和有效等位基因数(Ne)等进行遗传背景调查。结果表明,抑制第一次有丝分裂家系的等位基因频率为0.063~1.000,平均观测杂合度为0.22,平均期望杂合度为0.24,平均有效等位基因数为1.41,该家系在6个微卫星座位上表现为纯合子,在7个微卫星座位上表现为杂合子,其中位点MFW4完全表现为杂合子;抑制减数分裂的等位基因频率为0.056~0.889,观测杂合度的平均值为0.37,期望杂合度的平均值为0.47,平均有效等位基因数为1.93,该家系中没有得到完全纯合的个体,其中在2个位点上全部表现为杂合子。在所分析的鲤雌核发育群体中,有3个基因座位(HLJ034、HLJ044和HLJ071)有重组现象,重组率为20.00%。综合上述结果推断,鲤2个雌核发育家系在个体和群体上都具有一定的基因杂合性。 展开更多
关键词 雌核发育 杂合位点 微卫星
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鲤鱼(Cyprinuscarpio)外异蛋白A受体Edar基因的克隆及表达定位 被引量:2
14
作者 蒋丽 王阳阳 +5 位作者 程安达 张保勇 马龙 王书 刘永新 孙效文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期99-107,共9页
外异蛋白A受体(Ectodysplasin-A receptor,Edar)基因最早是在哺乳动物中发现的,其在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对建鲤和镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Edar基因的部分片段。通过克隆镜... 外异蛋白A受体(Ectodysplasin-A receptor,Edar)基因最早是在哺乳动物中发现的,其在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对建鲤和镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Edar基因的部分片段。通过克隆镜鲤mRNA全长发现,镜鲤该基因全长CDS为1 389 bp,编码一个含有462个氨基酸的蛋白质,包含一个信号肽位点、肿瘤坏死因子受体结合位点序列、跨膜区和死亡结构域。序列比对结果表明,镜鲤Edar蛋白与斑马鱼相似度最高,达88.31%,而与其亲缘关系较远的爪蟾,鸡,人类,小鼠相似度较低,分别是64.88%,63.79%,64.36%,63.50%。对5'-UTR和3'-UTR区进行分析表明,镜鲤与斑马鱼、青鳉5'-UTR的相似度只有23.78%,24.73%,而与非洲爪蟾、鸡、人和老鼠的相似度更低,仅为11.73%、18%、6.50%、10.04%;3'-UTR与青鳉的相似度为35.49%,与非洲爪蟾、人和小鼠的相似度分别为9.42%、8.05%、9.37%。整体原位杂交结果表明,该基因在建鲤和镜鲤鳞片发生时在鳞片着生的皮肤基质中特异表达,而在非鳞片发生区域表达较弱或者不表达,到所有鳞片发育形成后,该基因的表达消失,表明该基因可能参与鲤鱼鳞片的起始发育而不是后期的鳞片模式维持过程。 展开更多
关键词 外异蛋白A受体 RACE 整体原位杂交
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构建鲤现代种业的核心技术 被引量:2
15
作者 孙效文 石连玉 +3 位作者 董在杰 冯建新 程磊 鲁翠云 《水产学杂志》 CAS 2013年第5期1-5,共5页
对于任何一个农业物种而言,现代种业核心技术包括3个方面:收集与创制最优良的种质资源、建立先进实用的育种技术、方便的可最大化利用上述资源的数据库及网站。针对鲤这个水产养殖种,黑龙江水产研究所及合作单位经过30多年的研究积累和... 对于任何一个农业物种而言,现代种业核心技术包括3个方面:收集与创制最优良的种质资源、建立先进实用的育种技术、方便的可最大化利用上述资源的数据库及网站。针对鲤这个水产养殖种,黑龙江水产研究所及合作单位经过30多年的研究积累和创制了抗寒能力强、生长速度快、肉质好的三大系列种质,在此基础上已经培育出6个水产新品种;构建了基于亲本遗传距离的分子育种技术,并在常规育种技术的使用过程中增加了统计分析和染色体操作技术,如BLUP技术、雌核发育技术等,将现代育种技术充分地运用于鲤的品种培育之中;同时建立了涵盖表型、生物学特征、一般遗传参数的鲤种质数据库和涵盖基因、标记及经济性状QTLs的鲤基因组数据库,使鲤具备了现代种业需要的生物学、遗传学、基因组学的完整数据库。综上所述,初步构建了鲤现代种业的核心技术。 展开更多
关键词 育种 现代种业 核心技术
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鲤鱼Ectodysplasin-A(Eda)基因生物信息学及功能分析 被引量:1
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作者 王阳阳 蒋丽 +4 位作者 程安达 张保勇 马龙 李恒德 孙效文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第11期98-104,共7页
Ectodysplasin-A(Eda)基因在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Eda基因的部分片段。然后利用实验室的鲤鱼EST数据库设计包含CDS全长的特异引物... Ectodysplasin-A(Eda)基因在皮肤附属物的发育中具有重要的生物学功能。利用Genfishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录表达产物进行筛选,得到Eda基因的部分片段。然后利用实验室的鲤鱼EST数据库设计包含CDS全长的特异引物。克隆测序后发现,镜鲤Eda基因全长CDS包含1 062个碱基,编码一个含有354个氨基酸的蛋白质,包含一个受体结合位点序列。序列比对结果表明,鲤鱼Eda蛋白与斑马鱼相似度最高,达92.76%,而与其亲缘关系较远的鸡、人类、老鼠相似度较低,分别是46.61%、50.51%、50.76%。同时对RACE得到的5'-UTR区进行分析表明,该调控区与斑马鱼相比变异不大(相似度92.98%),但是与其亲缘关系较远的物种变异较大(与人类的相似度为23.36%,与老鼠的相似度为31.07%)。原位杂交结果表明,该基因在鲤鱼鳞片发生时在鳞片着生的皮肤基质中特异表达,而在非鳞片发生区域表达较弱或者不表达,而在全部鳞片发育形成后,该基因的表达消失,表明该基因可能参与鲤鱼鳞片的起始发育而不是后期的鳞片模式维持过程。 展开更多
关键词 Eda基因 鳞被 原位杂交
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鲤鱼(Cyprinuscarpio,Cyprinidae)ants基因及其对鳞片发育的影响 被引量:1
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作者 程安达 蒋丽 +6 位作者 张保勇 王书 张研 刘永新 方平 李恒德 孙效文 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期120-128,共9页
ants(adenine nucleotide translocators),又称为ATP/ADP载体,利用Genefishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录产物进行筛选,得到了其中一个ant基因的部分片段,利用RT-PCR技术对皮肤中的ants基因进行钓取,得到6种不同的CDS... ants(adenine nucleotide translocators),又称为ATP/ADP载体,利用Genefishing差异筛选技术对普通鲤鱼和德国镜鲤的皮肤转录产物进行筛选,得到了其中一个ant基因的部分片段,利用RT-PCR技术对皮肤中的ants基因进行钓取,得到6种不同的CDS序列。利用CLUSTALW对这6条翻译后的序列进行比对,发现这6条序列编码4种不同的氨基酸序列,表明ants基因至少有6种不同的转录产物(isoforms),但是在蛋白质水平上可能存在4种不同的翻译产物。利用NCBI上的blast对氨基酸序列进行同源性检索发现这4个蛋白产物与斑马鱼ant2最为相似,其相似度分别达到97%,97%,96%,98%。对处于不同分类地位的物种的ants基因与鲤鱼的4个ants表达产物进行进化树分析发现,这4个蛋白产物在93/100再现性水平上明显聚类为ant2,说明皮肤中表达的这些ants基因很可能是ant2。原位杂交结果显示,ant2在受精后4.5 h和6 h不表达,从受精后10 h开始在外包处强烈特异表达,在受精后12 h的胚胎中很弱表达,在受精后24 h的体节中特异强烈表达,在受精后48 h胚胎无表达,但是在着生鳞片的部位特异强烈表达,而在皮肤的其他部位则表达较弱或者不表达。以上的结果表明,ant2基因可能是通过不同的转录产物在精细调控鳞片的发育。 展开更多
关键词 ants 鳞被 ISOFORMS Genefishing 原位杂交
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鲤WISP基因家族的克隆、表达及系统进化树的构建 被引量:1
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作者 孙婷 刘伟 +1 位作者 徐鹏 孙效文 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期180-190,共11页
Wnt1诱导分泌蛋白(WISP)基因家族与CYR61、CTGF、NOV基因共同构成了CCN家族。研究通过鲤基因组序列与斑马鱼WISP基因编码区全序列的比对获得WISP1a、WISP1b、WISP2、和WISP3等4条序列。经过克隆、测序、比对拼接得到其开放阅读框,分别是... Wnt1诱导分泌蛋白(WISP)基因家族与CYR61、CTGF、NOV基因共同构成了CCN家族。研究通过鲤基因组序列与斑马鱼WISP基因编码区全序列的比对获得WISP1a、WISP1b、WISP2、和WISP3等4条序列。经过克隆、测序、比对拼接得到其开放阅读框,分别是1 089、1 077、1 038和1 026 bp,它们都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码362、358、345和341个氨基酸。分子系统学分析表明,鲤4个WISP基因具有高度同源性,其中WISP1a、WISP1b和WISP2均含有4个模块,WISP3缺少第2个模块。通过RT-PCR检测WISP基因在鲤组织中的表达,结果表明,WISP1a鲤在13个组织中均有表达,皮肤中表达最高,脾、肠、卵巢次之,其他组织中表达较低。WISP1b在精巢、脑、皮肤、卵巢中表达较高。WISP2在血液、鳃中表达较高。WISP3在血液、脑、肝中表达较高。实时荧光定量PCR法分析WISP基因在鲤胚胎发育时期的表达,结果表明,除WISP3外,WISP1a、WISP1b和WISP2在前期表达较高,36 h表达最低,随后逐渐升高至第6天开始下降。 展开更多
关键词 Wnt1诱导分泌蛋白 克隆 基因 表达
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鲤多拷贝基因Apo-14kDa和ApoE的系统学分析和其在胚胎发育中的功能探索 被引量:1
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作者 崔润滋 万玉美 +3 位作者 孙金生 汪金兔 徐鹏 孙效文 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期741-755,共15页
本研究首次从鲤(Cyprinus carpio)中得到2种形式的14 kD载脂蛋白(Apo-14kD)和4种形式的载脂蛋白E(ApoE),分别为Apo-14kDa-a和Apo-14kDa-b(同源性为79%)、ApoE-a1和ApoE-a2(同源性为91%)以及ApoE-b1和ApoE-b2(同源性为90%)。系统学分析表... 本研究首次从鲤(Cyprinus carpio)中得到2种形式的14 kD载脂蛋白(Apo-14kD)和4种形式的载脂蛋白E(ApoE),分别为Apo-14kDa-a和Apo-14kDa-b(同源性为79%)、ApoE-a1和ApoE-a2(同源性为91%)以及ApoE-b1和ApoE-b2(同源性为90%)。系统学分析表明,Apo-14kDa-a与多数硬骨鱼的Apo-14kDa同源性高于与Apo-14kDa-b的同源性,而Apo-14kDa-b与草鱼(Ctenopharyngodon idellus)的Apo-14kDa同源性较高,提示二者在鲤科鱼类中的分化时间较早;ApoE-a和ApoE-b的分化时间也应该处于鲤科鱼类分化的早期阶段,随后进一步分化出4个同源基因。半定量RT-PCR结果显示Apo-14kDa-a基因在肝、头肾中大量表达,肠中微弱表达,其他组织无表达,Apo-14kDa-b基因只在肝表达;ApoE-a1基因和ApoE-a2基因只在肠表达;而ApoE-b1基因和ApoE-b2基因均在脑、皮肤、鳃、肝、精巢、肠、心脏、肌肉、体肾、头肾中表达,但在脾和卵巢发生表达分化。进一步的qRT-PCR检测发现6个基因在不同胚胎发育时期的表达模式也有较大不同,且在不同时期的表达均存在阶段差异性。另外,qRT-PCR分析证实Apo-14kDa基因和ApoE基因均有可能在鲤胚胎发育过程中发挥着重要且显著不同的作用。 展开更多
关键词 载脂蛋白 Apo-14kDa APOE 分子系统学 胚胎发育 基因功能
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鲤CYR61基因的克隆、表达及系统进化树的构建 被引量:1
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作者 孙婷 刘伟 +1 位作者 徐鹏 孙效文 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期321-330,共10页
通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR6... 通过鲤(Cyprinus carpio)基因组序列与斑马鱼(Danio rerio)CYR61基因编码区全序列的比对得到了CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C共3条序列。分别克隆、测序得到其开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)分别是1 158 bp、1 053 bp、1 107 bp,CYR61 A和CYR61 C得到完整编码区,都是由5个外显子和4个内含子构成,分别编码385、368个氨基酸,其理论等电点值分别是7.83、8.54,分子量(Mw值)分别为42.55 ku、40.83 ku。鲤3个CYR61基因具有高度同源性,并且均含IB、vWC、TSP1、CT 4个模块。分子系统学分析表明鲤CYR61基因与其他物种CYR61基因具有高度同源性,且CYR61 C与其他高等物种的CYR61同源性更高,利用MEGA 5.0计算出CYR61 A、CYR61 B和CYR61 C的分化时间早于鲤和斑马鱼的物种分化。CYR61 C在13个组织中均有表达,在卵巢中表达最高,肠、脑、鳃次之,在其他组织中表达较低且在心脏中表达最低。CYR61 A在精巢、肠、鳃中表达较高。CYR61 B在精巢和脑中表达最高,肠、肌肉、卵巢次之。实时荧光定量PCR分析CYR61 3个复制在鲤胚胎发育时期的表达,都是在0 h相对表达量最高,显著降低至18 h或24 h,随后逐渐升高并在6 d时下降。 展开更多
关键词 CYR61 克隆 分子系统进化树 半定量RT-PCR 实时荧光定量PCR 基因表达
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