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禾本科psbA-trnH基因的序列分析及其在斑点野生稻鉴定中的应用 被引量：6
1
作者 许瑾 徐涛 +2 位作者 肖正康 朱水芳 张万霞 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期85-92,共8页
通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有... 通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有或很少存在碱基差异,野生稻相对变异丰富,其中靠近3′端下游序列碱基变异较为丰富,5′端相对保守。根据斑点野生稻psbA-trnH基因序列的特异位点设计的引物,扩增的目的片段ptBD118长118bp,退火温度在62℃时特异性最佳。在条码基因差异位点分析的基础上,开发的特异分子标记用于物种的快速鉴定,为珍贵物种的口岸鉴定提供了检测方法。 展开更多
关键词 psbA-trnH基因 斑点野生稻 分子标记 物种鉴定
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基于atpF-atpH序列的稻属植物鉴定 被引量：2
2
作者 许瑾 徐涛 +4 位作者 宋云 李明福 张万霞 白松 杨碧 《中国农学通报》 CSCD 2012年第24期173-178,共6页
为从分子水平上鉴定稻属,对稻属9种32份植物材料DNA条形码基因atpF-atpH进行PCR扩增并对PCR扩增产物测序,以近缘种植物为外类群建立系统进化树及序列差异分析,设计了鉴定稻属的特异性引物。结果表明,atpF-atpH扩增产物为1条500bp左右的... 为从分子水平上鉴定稻属,对稻属9种32份植物材料DNA条形码基因atpF-atpH进行PCR扩增并对PCR扩增产物测序,以近缘种植物为外类群建立系统进化树及序列差异分析,设计了鉴定稻属的特异性引物。结果表明,atpF-atpH扩增产物为1条500bp左右的目标条带,对于供试的稻属材料,扩增效率和测序成功率均达到100%,应用该特异性引物对稻属材料进行扩增,均获得与预期大小一致的113bp特异性目的片段,而对非稻属材料的扩增结果均呈阴性。经序列差异分析,稻属植物在UPGMA聚类树上聚成一个单系类群,节点支持率为97%,显示atpF-atpH序列可用于稻属的分类鉴定。这说明在条码基因差异位点分析的基础上,设计特异分子标记可用于稻属的鉴定,为珍贵物种的口岸鉴定提供了检测方法。 展开更多
关键词 atpF-atpH 稻属 DNA测序 分子鉴定
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黄瓜花叶病毒M株系全序列测定 被引量：3
3
作者 谈珺 陈红运 +1 位作者 高必达 朱水芳 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第17期5105-5106,5170,共3页
在定向克隆和序列分析试验中,白肋烟(Nicotiana tabacumcv.white Burley)为繁殖寄主,根据美国NCBI核酸数据库中CMV基因组RNA1,RNA2和RNA3基因序列,共设计3对特异性引物。对3对特异性引物进行PCR扩增,分别得到3.3 kb的RNA1、3.0 kb的RNA2... 在定向克隆和序列分析试验中,白肋烟(Nicotiana tabacumcv.white Burley)为繁殖寄主,根据美国NCBI核酸数据库中CMV基因组RNA1,RNA2和RNA3基因序列,共设计3对特异性引物。对3对特异性引物进行PCR扩增,分别得到3.3 kb的RNA1、3.0 kb的RNA2和2.2 kb的RNA3 PCR扩增产物。M-CMV基因组cDNA经过序列测定,3条链的长度分别为:M-CMVRNA1全长3 361 bp,分子量为111 kDa的1a蛋白;RNA2全长3 037 bp,含有两个分子量为96.7 kDa的2a蛋白和分子量为13.1 kDa的2b蛋白;RNA3全长2 215 bp,分别编码分子量为30.5 kDa的3a蛋白和分子量为24 kDa的外壳蛋白(cp)。这是继国内CMV-CD、CMV-CA全序列报道之后的首次M-CMV全序列分析,为以后采用基因突变、置换方法观察寄主的症状变化做了前期工作。 展开更多
关键词 黄瓜花叶病毒M株系 核酸 全序列
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菟丝子rDNAITS序列的测定及分析 被引量：2
4
作者 程毅 高必达 +2 位作者 赵国柱 陈红运 朱水芳 《北京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期708-712,共5页
目的 研究菟丝子rDNA—ITS序列特征。方法 分别采用PCR产物直接测序法和克隆测序法，对菟丝子属7个种rDNA的ITS区（包括ITS-1，5．8S rDNA和ITS-2）进行序列测定。结果 菟丝子属植物ITS序列总长度约为612bp，GC含量分别为：ITS-1区53％... 目的 研究菟丝子rDNA—ITS序列特征。方法 分别采用PCR产物直接测序法和克隆测序法，对菟丝子属7个种rDNA的ITS区（包括ITS-1，5．8S rDNA和ITS-2）进行序列测定。结果 菟丝子属植物ITS序列总长度约为612bp，GC含量分别为：ITS-1区53％～63％，5．8S rDNA48％～55％，ITS-2区46％～56％；苜蓿菟丝子种内的3个地理种发现了3个变异位点。用NJ法构建系统发育树显示：含日本菟丝子Cuscuta-japonica的分支处于系统树靠近基部位置，与之亲缘关系较近的依次为中国菟丝子C．chinensis和杯花菟丝子C．cupulata；余下5个种的分支中田野菟丝子C．campestris和五角菟丝子C．pentagona合为一支，南方菟丝子C.australis和苜蓿菟丝子C．approximata合为一支。结论 NJ法建立的发育树与形态学分类基本相符，为菟丝子属植物分类鉴定提供了重要的分子依据。 展开更多
关键词 菟丝子 分子鉴定 ITS序列 RDNA
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