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基于纳米孔测序技术的呼吸道病原体快速确认 被引量：9
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作者 叶福强 李鹏 +8 位作者 韩一芳 张琪 林彦锋 王凯英 王太武 宋宏彬 王长军 汪春晖 张锦海 《分子诊断与治疗杂志》 2020年第2期127-132,150,共7页
目的验证纳米孔测序技术在呼吸道病原体应急检测中的可行性。方法对某上呼吸道感染患者的咽拭子标本进行总核酸抽提并定量,接着进行cDNA的逆转录合成和测序文库构建,在便携式三代测序仪MinION上进行测序,然后对测序数据进行病原分类学分... 目的验证纳米孔测序技术在呼吸道病原体应急检测中的可行性。方法对某上呼吸道感染患者的咽拭子标本进行总核酸抽提并定量,接着进行cDNA的逆转录合成和测序文库构建,在便携式三代测序仪MinION上进行测序,然后对测序数据进行病原分类学分析,最后使用实时荧光定量PCR验证测序结果。结果MinION在15 h内共计产生188063条有效序列。测序数据分析表明,在咽拭子样本中同时检测到人呼吸道腺病毒7型和甲型流感病毒H3N2亚型,分别有19和4条序列匹配到参考基因组。测序开始9 h内,MinION已分别产出78.95%的7型腺病毒序列和100%的H3N2序列。从取样到初步获得鉴定结果,流转时间为18.6 h。实时荧光定量PCR与测序结果一致。结论MinION用于呼吸道病原体的快速检测具有可行性,且具备同时检测多种病原体并对病原分型的能力,在暴发疫情和呼吸道病毒应急检测方面具有应用价值。 展开更多
关键词 纳米孔测序 MinION 病原体 快速检测
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纳米孔测序技术在腺病毒疫情中实时检测应用研究 被引量：5
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作者 李鹏 杨朗 +6 位作者 林彦锋 李沛翰 王凯英 杨超杰 贾雷立 邱少富 宋宏彬 《国际病毒学杂志》 2019年第2期101-104,共4页
目的研究纳米孔测序技术在2019年2月河北省某市一起腺病毒疫情检测中的应用情况,并对不同样本处理结果进行描述和分析。方法随机选择重症、轻症病例鼻咽拭子各16份,混合富集后通过MinION测序仪直接测序。采用实时荧光PCR方法检测腺病毒... 目的研究纳米孔测序技术在2019年2月河北省某市一起腺病毒疫情检测中的应用情况,并对不同样本处理结果进行描述和分析。方法随机选择重症、轻症病例鼻咽拭子各16份,混合富集后通过MinION测序仪直接测序。采用实时荧光PCR方法检测腺病毒,进一步应用MinION对Ct值最低的单个腺病毒阳性样本进行直接测序。结果8例重症、15例轻症病例荧光PCR检测为腺病毒阳性。MinION测序分别在14min和22min检测到混合样本和单个样本中7型腺病毒序列,两者3h内产生测序数据基本覆盖腺病毒参考基因组。系统发育分析发现疫情毒株与北京一株毒株具有共同遗传来源。结论纳米孔测序技术可以快速检测疫情感染腺病毒并获得基因组序列,为MinION在新突发、未知或变异病原的检测应用提供了重要参考。 展开更多
关键词 7型腺病毒 纳米孔测序技术 掌上测序仪
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