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非小细胞肺癌组织SOX4基因突变分析 被引量:9
1
作者 陈启龙 郑文岭 +3 位作者 姚文娟 聂刘旺 程双怀 马文丽 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期505-509,共5页
目的研究不同病理类型和病理分期的非小细胞肺癌组织中SOX4基因序列突变情况,探讨SOX4基因在肺癌发生过程中的作用。方法PCR扩增肺癌及癌旁组织SOX4基因HMG-box,并对经单链构象多态性分析有差异的20例病例进行测序。DNA及氨基酸序列... 目的研究不同病理类型和病理分期的非小细胞肺癌组织中SOX4基因序列突变情况,探讨SOX4基因在肺癌发生过程中的作用。方法PCR扩增肺癌及癌旁组织SOX4基因HMG-box,并对经单链构象多态性分析有差异的20例病例进行测序。DNA及氨基酸序列比较利用Clustal和DNAStar软件。结果90例肺癌组织标本中,有18例发生碱基突变。其中,鳞癌有7例,腺癌5例,腺鳞癌混合型6例,对照的癌旁组织中未检测出突变。临床Ⅱ、Ⅲ期的突变率明显高于I期。结论SOX4基因突变与肺癌肿瘤的病理类型无关,但与其病理分期有很大关系,提示SOX4基因突变可能与肺癌的发展和转移有某种关系,为探索SOX基因突变与人类肿瘤发生之间的关系提供了分子依据。 展开更多
关键词 肺癌 非小细胞肺癌 SOX4基因 基因突变
原文传递
一种基于RFID的物流管理系统的设计 被引量:5
2
作者 肖楠 郑文岭 +1 位作者 马文丽 梁斌 《微型电脑应用》 2008年第4期24-26,1,共3页
本文根据RFID物流管理模型,设计并实现了一种基于RFID的物流管理系统。该系统使用带有RFID读写器的智能移动终端,通过移动通讯技术,可以实现物流过程的全程监控和管理。文章着重强调了系统的框架和应用程序服务模块的设计和实现,并给出... 本文根据RFID物流管理模型,设计并实现了一种基于RFID的物流管理系统。该系统使用带有RFID读写器的智能移动终端,通过移动通讯技术,可以实现物流过程的全程监控和管理。文章着重强调了系统的框架和应用程序服务模块的设计和实现,并给出了整个系统的基本操作流程。该系统提高了物流管理的效率,消除了以往物流管理系统的盲点,对RFID技术和我国物流产业的结合具有现实借鉴意义。 展开更多
关键词 射频识别 移动通信 物流管理
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基于改进BP神经网络的白细胞图像分割 被引量:4
3
作者 杨嘉麟 郑文岭 +1 位作者 马文丽 梁斌 《微计算机信息》 北大核心 2008年第33期294-295,306,共3页
采用BP神经网络来分割白细胞显微图像,在边缘检全上的效果尚不理想,针对此问题,提出了改进BP神经网络。提出了一种采用L-M算法的改进BP神经网络。在此基础上建立了基于改进BP神经网络的非线性系统模型。实验结果表明,它能有效地克服已... 采用BP神经网络来分割白细胞显微图像,在边缘检全上的效果尚不理想,针对此问题,提出了改进BP神经网络。提出了一种采用L-M算法的改进BP神经网络。在此基础上建立了基于改进BP神经网络的非线性系统模型。实验结果表明,它能有效地克服已有方法无法克服的边缘检出问题,使得分割图像能更好的接近真实图像。 展开更多
关键词 神经网络 BP算法 L—M算法 非线性系统 白细胞
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一种基于DSP和CCD的ICE芯片扫描分析系统 被引量:5
4
作者 刘莉莉 马文丽 +1 位作者 姚文娟 郑文岭 《传感技术学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第2期341-345,共5页
集成毛细管电泳(ICE)芯片扫描分析系统是ICE芯片能否得到广泛应用的关键仪器。针对传统的ICE芯片扫描分析系统结构复杂、处理速度慢、体积庞大等弱点,设计了以DSPTMS320DM642为核心处理器,基于CCD(电荷耦合器件)的实时扫描分析系统。该... 集成毛细管电泳(ICE)芯片扫描分析系统是ICE芯片能否得到广泛应用的关键仪器。针对传统的ICE芯片扫描分析系统结构复杂、处理速度慢、体积庞大等弱点,设计了以DSPTMS320DM642为核心处理器,基于CCD(电荷耦合器件)的实时扫描分析系统。该系统完成扫描控制和全自动数据分析处理,解决了传统ICE芯片扫描分析系统的上述弱点,使得开发高性能、廉价的ICE嵌入式系统成为可能。 展开更多
关键词 TMS320DM642 DSP CCD嵌入式处理器 集成毛细管电泳芯片分析仪
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一种新的基因注释语义相似度计算方法 被引量:4
5
作者 吴飞珍 马文丽 +2 位作者 王旺迪 陈启龙 郑文岭 《生物信息学》 2010年第1期23-29,共7页
基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释,有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题。但是,根据基因注释如何比较基因的功能相似性,这个问题仍然没有得到有效解决。本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法,这种方法在本... 基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释,有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题。但是,根据基因注释如何比较基因的功能相似性,这个问题仍然没有得到有效解决。本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法,这种方法在本质上是基于基因的生物学特性,其特点在于结点的语义相似度与结点所在集合无关,只与结点在GO图的位置有关,语义相似度可被重复利用。它既考虑了基因所映射的GO结点深度,又考虑了两GO结点之间所有路径对结点语义相似度的影响。文中以酵母菌的异亮氨酸降解代谢通路和谷氨酸合成代谢通路为实验,实验结果表明这种算法能准确地计算基因注释语义相似度。 展开更多
关键词 基因本体 基因注释 语义相似度
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基于改进的BP神经网络的血液细胞图像分割 被引量:1
6
作者 杨嘉麟 郑文岭 +1 位作者 马文丽 梁斌 《微型电脑应用》 2008年第4期5-7,2,共3页
采用BP神经网络来分割白细胞显微图像,在边缘检全上的效果尚不理想,针对此问题,提出了改进BP神经网络。提出了一种采用L-M算法的改进BP神经网络。在此基础上建立了基于改进BP神经网络的非线性系统模型。实验结果表明,它能有效地克服已... 采用BP神经网络来分割白细胞显微图像,在边缘检全上的效果尚不理想,针对此问题,提出了改进BP神经网络。提出了一种采用L-M算法的改进BP神经网络。在此基础上建立了基于改进BP神经网络的非线性系统模型。实验结果表明,它能有效地克服已有方法无法克服的边缘检出问题,使得分割图像能更好的接近真实图像。 展开更多
关键词 神经网络 BP算法 L-M算法 非线性系统 白细胞
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基于小波包变换对脑电信号的分析和处理 被引量:3
7
作者 张仁龙 马文丽 +2 位作者 姚文娟 郑文岭 梁斌 《电子测量技术》 2007年第3期22-24,共3页
本文提出从时变非平稳脑电信号中提取脑电动态节律的新方法。用小波包分解构造不同频率特性的时变滤波器,以提取各种时变的脑电节律来研究临床脑电信号瞬时变化。在此基础上测试并分析了不同节律波的能量关系,求得能量分布的动态曲线。... 本文提出从时变非平稳脑电信号中提取脑电动态节律的新方法。用小波包分解构造不同频率特性的时变滤波器,以提取各种时变的脑电节律来研究临床脑电信号瞬时变化。在此基础上测试并分析了不同节律波的能量关系,求得能量分布的动态曲线。实验结果表明,小波包分解可以有效提取脑电中不同节律的动态特性,此方法也适用于分析其他生物医学信号。 展开更多
关键词 非平稳脑电信号 小波包分解 节律提取 时变脑电活动图
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HIV感染动力学模型概述 被引量:2
8
作者 孙立哲 马文丽 +2 位作者 孙汉顺 高静宇 郑文岭 《生物信息学》 2010年第4期302-306,共5页
自1981年美国首次发现艾滋病以来,艾滋病在世界范围内广泛传播,引起医学专家、生物学家、数学家和物理学家等的极大关注。近年来,HIV动力学模型成为HIV治疗领域的研究热点。HIV基本动力学模型的研究有助于实现对未来疾病发展状况的描述... 自1981年美国首次发现艾滋病以来,艾滋病在世界范围内广泛传播,引起医学专家、生物学家、数学家和物理学家等的极大关注。近年来,HIV动力学模型成为HIV治疗领域的研究热点。HIV基本动力学模型的研究有助于实现对未来疾病发展状况的描述与预测,HIV感染控制模型的研究有助于改善HIV病毒患者的治疗方案,对控制模型的优化有利于发现对HIV患者的有效治疗策略。本文概述了几种基本的HIV感染动力学模型,分析比较了它们的性能差异和各自存在的优缺点,介绍了HIV控制模型及其优化控制模型的计算机Matlab/simulink模拟。 展开更多
关键词 HIV感染 HIV动力学模型 优化控制 Matlab/simulink模拟
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基于贝叶斯网络SP算法的改进研究 被引量:2
9
作者 奚海荣 马文丽 梁斌 《计算机技术与发展》 2009年第3期155-157,192,共4页
针对SP算法中利用优化组合处理稀疏候选集来评分得最优候选集,这样得到的每个节点的候选集为父节点集,从而容易导致最后的贝叶斯网络双向边较多,对双向边处理后还存在较多的反向边,从而提出了利用爬山算法处理稀疏候选集,得到新的算法SC... 针对SP算法中利用优化组合处理稀疏候选集来评分得最优候选集,这样得到的每个节点的候选集为父节点集,从而容易导致最后的贝叶斯网络双向边较多,对双向边处理后还存在较多的反向边,从而提出了利用爬山算法处理稀疏候选集,得到新的算法SCHC,该算法减少了双向边的数量和提高了正确边的数量。 展开更多
关键词 SP算法 稀疏候选集 贝叶斯网络 爬山算法 双向边
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HIV整合位点的生物信息学分析 被引量:1
10
作者 孙汉顺 马文丽 +2 位作者 高静宇 孙立哲 郑文岭 《生物信息学》 2010年第3期194-197,共4页
已有研究证明,HIV整合位点的选择,与宿主基因组功能和染色体结构特性之间存在着紧密的联系,但是具体的选择机制还不明确。使用聚类分析、特征提取、分类分析等生物信息学方法,对HIV整合位点序列进行分析和研究,挖掘HIV整合位点序列之间... 已有研究证明,HIV整合位点的选择,与宿主基因组功能和染色体结构特性之间存在着紧密的联系,但是具体的选择机制还不明确。使用聚类分析、特征提取、分类分析等生物信息学方法,对HIV整合位点序列进行分析和研究,挖掘HIV整合位点序列之间的关系,探索HIV整合位点的选择规律。通过实验和计算,从HIV整合位点集合中提取出了含有6个特征向量的向量集,该向量集与大部分整合位点的特征向量具有较高的相关性,从而提示了HIV整合位点选择中的规律性,即符合向量集的宿主DNA序列可为HIV的整合位点。研究结果为进一步揭示HIV整合位点的选择机制提供了可供参考的依据。 展开更多
关键词 HIV 整合位点 选择机制 聚类分析 特征提取
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毛细管电泳芯片信号分析系统的UML建模研究
11
作者 吴飞珍 郑文岭 +1 位作者 马文丽 梁斌 《上海生物医学工程》 2005年第2期99-102,共4页
集成毛细管电泳芯片(Integrate Capillary Electrophoresis Chip,ICEC)属于分析型生物芯片,近年来发展迅速。ICEC过程复杂,实现困难,有必要前期通过建模等方式,进行必要的系统设计。统一建模语言(UnifiedModelingLanguage,UML)是一种用... 集成毛细管电泳芯片(Integrate Capillary Electrophoresis Chip,ICEC)属于分析型生物芯片,近年来发展迅速。ICEC过程复杂,实现困难,有必要前期通过建模等方式,进行必要的系统设计。统一建模语言(UnifiedModelingLanguage,UML)是一种用来描述系统、构造系统模型的面向对象建模语言,运用UML语言对ICEC信号分析系统进行建模研究,可使ICEC的设计逐步优化,从而最终实现混合物高效分析和分离的目的。本文系统描述UML语言和毛细管电泳芯片工作原理,并介绍运用UML语言对ICEC信号分析系统建模方法。 展开更多
关键词 UML 毛细管电泳芯片 建模 ICEC信号分析系统
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肺癌发生相关基因的研究进展 被引量:1
12
作者 朱佳杰 《医药论坛杂志》 2011年第7期203-206,共4页
肺癌是世界范围内发病率和死亡率增长最快、预后最差的恶性肿瘤之一。根据WHO最新统计,肺癌死亡率已跃居癌症死亡率之首。由此对于肺癌发生的相关基因的研究就有重要的意义。
关键词 肺癌 相关基因 代谢酶 DNA修复 基因突变
原文传递
基于ARM和移动通信网的远程监控系统
13
作者 胡琴 马文丽 +2 位作者 姚文娟 郑文岭 梁斌 《微计算机信息》 北大核心 2008年第29期133-135,共3页
阐述了一种基于ARM处理器的高性能远程监控系统的组成、工作原理及实现方法。该系统利用高性能处理器和移动通信网络构建具有实时数据处理能力和提供远端信息查询和告警服务的平台。
关键词 ARM 嵌入式 监控 移动通信网
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一种新的蛋白质结构字母序列优化算法
14
作者 高静宇 马文丽 +2 位作者 孙汉顺 孙立哲 郑文岭 《生物信息学》 2010年第3期202-205,共4页
基于蛋白质结构字母的预测和分析方法,一个必然的步聚,是将目标蛋白质离散成结构字母序列。本文在对蛋白质结构字母序列空间,及其最小根均方偏差变化,穷举分析的基础上,提出了一种新的蛋白质结构字母序列优化算法,全局贪婪算法。全局贪... 基于蛋白质结构字母的预测和分析方法,一个必然的步聚,是将目标蛋白质离散成结构字母序列。本文在对蛋白质结构字母序列空间,及其最小根均方偏差变化,穷举分析的基础上,提出了一种新的蛋白质结构字母序列优化算法,全局贪婪算法。全局贪婪算法避免了基本贪婪算法过度依赖候选集大小,计算量过大、以及过早收缩于局部最小等缺点。经实验分析,全局贪婪算法在性能上优于基本贪婪算法和局部最优方法。。 展开更多
关键词 结构字母 基本贪婪算法 全局贪婪算法
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氨基酸邻域对二级结构的影响程度研究
15
作者 朱佳杰 马文丽 郑文岭 《生物信息学》 2012年第1期37-43,共7页
通过研究神经网络权值矩阵的算法,挖掘蛋白质二级结构与氨基酸序列间的内在规律,提高一级序列预测二级结构的准确度。神经网络方法在特征分类方面具有良好表现,经过学习训练后的神经元连接权值矩阵包含样本的内在特征和规律。研究使用... 通过研究神经网络权值矩阵的算法,挖掘蛋白质二级结构与氨基酸序列间的内在规律,提高一级序列预测二级结构的准确度。神经网络方法在特征分类方面具有良好表现,经过学习训练后的神经元连接权值矩阵包含样本的内在特征和规律。研究使用神经网络权值矩阵打分预测;采用错位比对方法寻找敏感的氨基酸邻域;分析测试集在不同加窗长度下的共性表现。实验表明,在滑动窗口长度L=7时,预测性能变化显著;邻域位置P=4的氨基酸残基对预测性能有加强作用。该研究方法为基于局部序列特征的蛋白质二级结构预测提供了新的算法设计。 展开更多
关键词 神经网络 氨基酸邻域 蛋白质二级结构
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基于SwissPdbViewer和MATLAB对人类SOX蛋白三级结构建模及分析(英文)
16
作者 陈启龙 郑文岭 +2 位作者 姚文娟 吴飞珍 马文丽 《系统仿真学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第14期3637-3643,共7页
SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结合域。利用MATLAB的Sequence Analysis工具从Genbank中下载人类SOX蛋白序列信息,二次筛选获得22个有效的序列数据。以三级结构已知的SOX2、SRY、SOX5为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,... SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结合域。利用MATLAB的Sequence Analysis工具从Genbank中下载人类SOX蛋白序列信息,二次筛选获得22个有效的序列数据。以三级结构已知的SOX2、SRY、SOX5为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示SOX蛋白HMG-box的三级结构极为相似,由3个α螺旋和2个热力学结构不稳定的loop区构成;表面静电分析显示SOX蛋白C端有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔。SOX蛋白的上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。 展开更多
关键词 MATLAB SwissPdbViewer 同源建模 三级结构预测 SOX蛋白
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基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎Sox蛋白三级结构建模及分析(英文)
17
作者 梁俊毅 陈启龙 《四川动物》 CSCD 北大核心 2008年第6期997-1002,共6页
SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域。为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息,以三级结构已知的SOX2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同... SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域。为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息,以三级结构已知的SOX2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示PtSox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成;热稳定性分析表明PtSox蛋白loop区的热力学结构不稳定;表面静电分布显示出PtSox蛋白C-端的中间有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔,上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。 展开更多
关键词 SOX蛋白 MATLAB 同源建模 三级结构 东北虎
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四种嵌入式实时操作系统关键技术分析 被引量:34
18
作者 季志均 马文丽 +1 位作者 陈虎 郑文岭 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2005年第9期4-8,共5页
介绍了RT-Linux,μCLinux,μC/OS-Ⅱ和eCos四种源码公开的嵌入式实时操作系统(Embedded Real-Time Operating Systems,ERTOS),详细分析比较了关键实现技术———任务管理、任务及中断间的同步通信机制、存储器管理、中断管理等,指出了... 介绍了RT-Linux,μCLinux,μC/OS-Ⅱ和eCos四种源码公开的嵌入式实时操作系统(Embedded Real-Time Operating Systems,ERTOS),详细分析比较了关键实现技术———任务管理、任务及中断间的同步通信机制、存储器管理、中断管理等,指出了不同应用领域所适合的ERTOS。 展开更多
关键词 嵌入式系统 实时操作系统 任务调度 任务同步与通信 内存分配 中断处理
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基于GPRS的无线传输系统设计与实现 被引量:33
19
作者 孙德辉 马文丽 +1 位作者 姚文娟 郑文岭 《微计算机信息》 北大核心 2007年第21期104-106,共3页
和基于CSD的GSM相比,GPRS提供了数据交换功能,这样能在能在移动台和INTERNET之间建立基于TCP/IP协议的连接。本文设计使用西门子公司的GPRS模块——M55来设计实现移动台和INTERNET之间的数据传输,实现移动台的无线接入INTERNET。
关键词 GPRS MC55 AT指令集 数据传输过程
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基于GPRS远程医疗系统的移动终端设计与实现 被引量:16
20
作者 刘军 马文丽 +1 位作者 姚文娟 郑文岭 《计算机应用与软件》 CSCD 2010年第3期9-12,共4页
远程医疗是基于生物医疗、计算机科学、通信技术等多学科,将无线数据传输、计算机软硬件技术等密切结合的高新技术。介绍远程医疗系统的组成及其工作原理,设计基于ARM芯片S3C2410和MC55无线模块的远程医疗系统的移动终端,该终端以ARM芯... 远程医疗是基于生物医疗、计算机科学、通信技术等多学科,将无线数据传输、计算机软硬件技术等密切结合的高新技术。介绍远程医疗系统的组成及其工作原理,设计基于ARM芯片S3C2410和MC55无线模块的远程医疗系统的移动终端,该终端以ARM芯片为控制器,以通用无线分组业务GPRS(General Packet Radio Service)无线网络和Internet网络为通道,实现远程生理数据的传输。该终端具有强大的数据采集和处理功能。实验结果表明,该移动终端通信可靠、实时性好。 展开更多
关键词 远程医疗 GPRS S3C2410 MC55 WINCE.NET
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