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用于DNA合成测序的可断裂连接单元研究现状
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作者 姜玉 谭连江 +3 位作者 殷燕 沈玉梅 龚兵 邵志峰 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第1期58-66,共9页
DNA测序技术是遗传基因组相关疾病研究的基础。合成测序是DNA二代测序技术中非常重要的一种。合成测序技术能够有效地实现大规模平行测序,大大提高测序通量的同时也降低成本,目前已得到广泛的应用。在合成测序中,首先需要合成荧光素标... DNA测序技术是遗传基因组相关疾病研究的基础。合成测序是DNA二代测序技术中非常重要的一种。合成测序技术能够有效地实现大规模平行测序,大大提高测序通量的同时也降低成本,目前已得到广泛的应用。在合成测序中,首先需要合成荧光素标记的核苷酸,作为能够参与DNA链延伸的循环可逆终端。已有文献报道的可逆终端结构主要包括单位点修饰(MRT)和双位点修饰(DRT)两种类型。DRT类型可逆终端的最大优势是DNA聚合酶容易识别且合成路线简单,能够较好地应用于DNA合成测序。在此过程中可断裂连接单元将核苷酸和荧光素连接起来,它的性质直接决定了测序的效率、读长等关键指标。本文主要对目前用于DNA合成测序的可断裂连接单元研究现状进行介绍,并对其发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 DNA合成测序 循环可逆终端 可断裂连接单元
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酸敏感连接单元的合成及其在两亲性嵌段共聚物中的应用
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作者 朱方霞 庄园 +5 位作者 黎庆 杨晴来 伍新燕 邵志峰 龚兵 沈玉梅 《有机化学》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1806-1815,共10页
合成了一类基于四氢吡喃/四氢呋喃醚结构的酸敏感连接单元1a和1b,该连接单元的两端均为易反应的活性官能团,其结构经1H NMR、13C NMR、IR和HRMS表征,并合成了一种含四氢吡喃醚结构的模型化合物以及含四氢呋喃醚结构的两亲性嵌段共聚物,... 合成了一类基于四氢吡喃/四氢呋喃醚结构的酸敏感连接单元1a和1b,该连接单元的两端均为易反应的活性官能团,其结构经1H NMR、13C NMR、IR和HRMS表征,并合成了一种含四氢吡喃醚结构的模型化合物以及含四氢呋喃醚结构的两亲性嵌段共聚物,其中聚乙二醇(PEG)为亲水片段,聚乳酸(PLA)为疏水片段,其结构经1H NMR、IR以及GPC的表征,并测定了该嵌段共聚物自组装胶束的粒径大小、临界胶束浓度(CMC)以及常温下的稳定性.实验结果表明该类酸敏感嵌段共聚物自组装胶束具有良好的发展前景. 展开更多
关键词 四氢吡喃醚/四氢呋喃醚酸敏感连接单元 两亲性嵌段共聚物 自组装胶束
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基于3'RACE的胃癌细胞肿瘤相关基因的APA位点分析
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作者 赖登攀 陈健 康亚妮 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期1738-1742,共5页
目的分析胃癌细胞中肿瘤相关基因的APA(alternative polyadenylation)位点变化。方法我们选取肿瘤相关基因HSP90α和SEC11A,利用3'RACE方法在胃癌细胞系MKN45、MKN28和AGS中扩增其mRNA的3'端序列,经过测序,与已知数据库UCSC比... 目的分析胃癌细胞中肿瘤相关基因的APA(alternative polyadenylation)位点变化。方法我们选取肿瘤相关基因HSP90α和SEC11A,利用3'RACE方法在胃癌细胞系MKN45、MKN28和AGS中扩增其mRNA的3'端序列,经过测序,与已知数据库UCSC比对分析其APA位点变化。结果与正常数据库相比,胃癌细胞中HSP90α和SEC11A两个基因均出现新的APA位点,产生含有不同长度的3'UTR(untranslated region)的新mRNA异构体。结论胃癌细胞中HSP90α和SEC11A的APA位点发生变化,产生新的mRNA异构体,为研究肿瘤发生发展提供了新思路。 展开更多
关键词 胃癌 3'RACE APA
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雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析
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作者 沈挺挺 张晓丽 +3 位作者 张盼 康亚妮 田静 赵小东 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期157-162,共6页
目的描绘小鼠雌性生殖干细胞(FGSCs)和胚胎干细胞(ESCs)全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化(APA)位点,通过细胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3’末端p... 目的描绘小鼠雌性生殖干细胞(FGSCs)和胚胎干细胞(ESCs)全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化(APA)位点,通过细胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响。方法利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3’末端poly(A)位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点,通过DAVID对具有APA位点差异的基因进行Gene Ontology分析。结果在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点,发现FGSCs中相较于ESCs 3’UTR发生长度变化的基因1148个,其中795个(66%)3’UTR变短,353个(34%)基因3’UTR变长,与生殖发育密切相关的基因3’UTR存在显著的缩短现象。结论 FGSCs存在与ESCs不同的APA谱,APA介导的3’UTR变化参与生殖发育相关的生物学过程,揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制。 展开更多
关键词 雌性生殖干细胞 小鼠胚胎干细胞 全基因组APA谱
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