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白及属药用植物DNA条形码的确立及其应用
被引量：
30
1
作者
吴劲松
张宇思
+5 位作者
刘薇
侯北伟
童文君
张礼
张卫明
丁小余
《药学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第10期1466-1474,共9页
为建立白及属药用植物适合的DNA条形码,并以DNA条形码准确的鉴别白及属药用植物及其混伪品,本研究对41份样品基因组DNA的nrDNAITS、LFY同源基因内含子2、叶绿体ycf1基因进行扩增、测序及序列分析;比较物种种内种间的变异,并基于K2P距离...
为建立白及属药用植物适合的DNA条形码,并以DNA条形码准确的鉴别白及属药用植物及其混伪品,本研究对41份样品基因组DNA的nrDNAITS、LFY同源基因内含子2、叶绿体ycf1基因进行扩增、测序及序列分析;比较物种种内种间的变异,并基于K2P距离分析Barcoding Gap、构建NJ系统聚类树及BLAST1算法以评价不同序列的鉴定能力。结果显示,白及属物种nrDNAITS和ycf1序列的种间变异（0.022-0.106和0.017-0.106）明显大于种内变异（0-0.012和0-0.015）,NJ树也能准确地区分4个物种;而LFY同源基因内含子2序列未发现Barcoding Gap,不能有效的鉴别白及属物种。选用nrDNAITS和ycf1构建NJ树成功鉴定了白及粉末状药材及其混伪品。结果表明,nrDNAITS和ycf1序列可以作为白及属及其混伪品鉴定用的DNA条形码序列。市场上＂巨茎白及＂的nrDNAITS序列和ycf1序列与安徽六安白及亲缘关系最近,NJ树均与白及聚为一支;基于形态及分子数据可初步将安徽＂巨茎白及＂归为白及属白及植物。
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关键词
白及属
巨茎白及
DNA条形码
nrDNAITS
LFY同源基因内含子2
ycf1
原文传递
基于ycf1的姜科植物条形码鉴定及聚类分析
被引量：
7
2
作者
钟志敏
赖小平
+1 位作者
黄松
张桂芳
《中华中医药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第9期4089-4092,共4页
目的:利用DNA条形码技术分析比较姜科植物的ycf1序列,对姜科药用植物进行条形码鉴定及聚类分析,评价ycf1序列对姜科植物的鉴别能力。方法:用ycf1通用引物对姜科6个属16种药用植物进行PCR扩增和测序,用Bio Edit v7.0.9.0及MEGA 6.0对目...
目的:利用DNA条形码技术分析比较姜科植物的ycf1序列,对姜科药用植物进行条形码鉴定及聚类分析,评价ycf1序列对姜科植物的鉴别能力。方法:用ycf1通用引物对姜科6个属16种药用植物进行PCR扩增和测序,用Bio Edit v7.0.9.0及MEGA 6.0对目的序列进行比对分析,以美人蕉为外类群构建系统进化树。结果:姜科ycf1序列长度约为900bp,17条目的序列差异位点150个,除山姜属4个种的种间遗传距离为0无法鉴别以外,其余5个属种间均存在序列差异;构建的系统进化树显示,ycf1序列能明显区分姜科6个属的植物。结论:ycf1序列可对姜科植物进行可靠的遗传聚类分析,且可对本研究中除山姜属4个近源种以外的姜科植物进行鉴定。
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关键词
姜科
ycf1
分子鉴定
聚类分析
DNA条形码技术
原文传递
云南草果种质资源DNA条形码序列分析
被引量：
6
3
作者
胡一凡
张雪梅
+1 位作者
石乃星
杨志清
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第24期6091-6097,共7页
目的筛选与评价适用于云南草果居群的DNA条形码。方法以云南省草果种质资源为样本对ITS、psbA-trnH、matK、rbcL和ycf15条DNA条形码常用序列进行筛选与评价,并对草果居群进行扩增,测序,测序序列用Genestar进行拼接,然后用Mega进行数据处...
目的筛选与评价适用于云南草果居群的DNA条形码。方法以云南省草果种质资源为样本对ITS、psbA-trnH、matK、rbcL和ycf15条DNA条形码常用序列进行筛选与评价,并对草果居群进行扩增,测序,测序序列用Genestar进行拼接,然后用Mega进行数据处理,并对草果多样性及其鉴定进行分析。结果引物ITS5和ITS4对草果的扩增片段长度大约为520 bp;rbcLa-F和rbcLa-R对草果的扩增片段长度大约为498 bp;引物ycf1-bF和ycf1-bR对草果的扩增片段长度大约为800 bp;引物psb A-trn H-1F和psbA-trnH-1R对草果的扩增片段长度大约为400 bp;引物matK-2F和matK-2R对草果的扩增片段长度大约为470 bp。扩增及测序的成功率均较高,结果大多可用。通过对草果ITS、psb A-trnH、matK和ycf1序列的扩增结果进行分析,草果与其他豆蔻属植物都可以被清晰地区分开;ITS序列所有样本分为MG5白花草果居群和其他居群;psb A-trn H序列所有样本分为MG5白花草果居群,MG6黄花草果居群和其他居群;matK序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果样本扩增失败;ycf1序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果居群与其他22个草果居群聚为一支;rbcL序列对所有样本的扩增均一致。结论ITS、matK、psb A-trn H及ycf1序列均能将草果与其他同属植物进行准确区分;MG6的matK、psbA-trnH及ycf1序列发现了序列位点的变异,为草果品种的选育做出贡献。ITS和psb A-trn H序列可将黄花和白花草果序列区分开;草果白花黄花所有样本rbcL序列无任何变异,且用rbcL序列无法鉴别草果与其他同属植物,可将其舍去。
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关键词
草果
遗传多样性
亲缘关系
DNA条形码
ITS序列
psbA-trnH序列
MATK序列
ycf1序列
原文传递
题名
白及属药用植物DNA条形码的确立及其应用
被引量：
30
1
作者
吴劲松
张宇思
刘薇
侯北伟
童文君
张礼
张卫明
丁小余
机构
南京师范大学生命科学学院
南京野生植物综合利用研究院
出处
《药学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第10期1466-1474,共9页
基金
科技部"十二五"平台建设计划(211100B512J)
文摘
为建立白及属药用植物适合的DNA条形码,并以DNA条形码准确的鉴别白及属药用植物及其混伪品,本研究对41份样品基因组DNA的nrDNAITS、LFY同源基因内含子2、叶绿体ycf1基因进行扩增、测序及序列分析;比较物种种内种间的变异,并基于K2P距离分析Barcoding Gap、构建NJ系统聚类树及BLAST1算法以评价不同序列的鉴定能力。结果显示,白及属物种nrDNAITS和ycf1序列的种间变异（0.022-0.106和0.017-0.106）明显大于种内变异（0-0.012和0-0.015）,NJ树也能准确地区分4个物种;而LFY同源基因内含子2序列未发现Barcoding Gap,不能有效的鉴别白及属物种。选用nrDNAITS和ycf1构建NJ树成功鉴定了白及粉末状药材及其混伪品。结果表明,nrDNAITS和ycf1序列可以作为白及属及其混伪品鉴定用的DNA条形码序列。市场上＂巨茎白及＂的nrDNAITS序列和ycf1序列与安徽六安白及亲缘关系最近,NJ树均与白及聚为一支;基于形态及分子数据可初步将安徽＂巨茎白及＂归为白及属白及植物。
关键词
白及属
巨茎白及
DNA条形码
nrDNAITS
LFY同源基因内含子2
ycf1
Keywords
Bletilla
Jujing baiji
DNA barcoding
nrDNA ITS
LFYhomologous gene intron 2
ycfl
分类号
R931 [医药卫生—生药学]
原文传递
题名
基于ycf1的姜科植物条形码鉴定及聚类分析
被引量：
7
2
作者
钟志敏
赖小平
黄松
张桂芳
机构
广州中医药大学中医药数理工程研究院
广东省中药新药研发重点实验室
出处
《中华中医药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第9期4089-4092,共4页
基金
港澳台科技合作专项项目(No.2014DFH30010)
广东省应用型科技研发专项资金重点项目(No.2015B020234008)~~
文摘
目的:利用DNA条形码技术分析比较姜科植物的ycf1序列,对姜科药用植物进行条形码鉴定及聚类分析,评价ycf1序列对姜科植物的鉴别能力。方法:用ycf1通用引物对姜科6个属16种药用植物进行PCR扩增和测序,用Bio Edit v7.0.9.0及MEGA 6.0对目的序列进行比对分析,以美人蕉为外类群构建系统进化树。结果:姜科ycf1序列长度约为900bp,17条目的序列差异位点150个,除山姜属4个种的种间遗传距离为0无法鉴别以外,其余5个属种间均存在序列差异;构建的系统进化树显示,ycf1序列能明显区分姜科6个属的植物。结论:ycf1序列可对姜科植物进行可靠的遗传聚类分析,且可对本研究中除山姜属4个近源种以外的姜科植物进行鉴定。
关键词
姜科
ycf1
分子鉴定
聚类分析
DNA条形码技术
Keywords
Zingiberaceae
ycfl
Molecular Identification
Clustering analysis
DNA barcode technique
分类号
R282.5 [医药卫生—中药学]
原文传递
题名
云南草果种质资源DNA条形码序列分析
被引量：
6
3
作者
胡一凡
张雪梅
石乃星
杨志清
机构
云南农业大学农学与生物技术学院
云南农业大学云南省药用植物生物学重点实验室
云南农业大学西南中药材种质创新与利用国家地方联合工程研究中心
云南省芳香生物工程技术研究中心
出处
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第24期6091-6097,共7页
基金
国家自然科学基金项目：草果居群的分子鉴定及种质资源评价(81560615)
云南省社会发展科技计划项目：云南草果种植加工关键技术研究与示范(2011CG015)
云南省科技计划项目：云南省芳香生物工程技术研究中心建设(2018DH010)
文摘
目的筛选与评价适用于云南草果居群的DNA条形码。方法以云南省草果种质资源为样本对ITS、psbA-trnH、matK、rbcL和ycf15条DNA条形码常用序列进行筛选与评价,并对草果居群进行扩增,测序,测序序列用Genestar进行拼接,然后用Mega进行数据处理,并对草果多样性及其鉴定进行分析。结果引物ITS5和ITS4对草果的扩增片段长度大约为520 bp;rbcLa-F和rbcLa-R对草果的扩增片段长度大约为498 bp;引物ycf1-bF和ycf1-bR对草果的扩增片段长度大约为800 bp;引物psb A-trn H-1F和psbA-trnH-1R对草果的扩增片段长度大约为400 bp;引物matK-2F和matK-2R对草果的扩增片段长度大约为470 bp。扩增及测序的成功率均较高,结果大多可用。通过对草果ITS、psb A-trnH、matK和ycf1序列的扩增结果进行分析,草果与其他豆蔻属植物都可以被清晰地区分开;ITS序列所有样本分为MG5白花草果居群和其他居群;psb A-trn H序列所有样本分为MG5白花草果居群,MG6黄花草果居群和其他居群;matK序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果样本扩增失败;ycf1序列所有样本分为MG6黄花草果居群和其他居群,MG5白花草果居群与其他22个草果居群聚为一支;rbcL序列对所有样本的扩增均一致。结论ITS、matK、psb A-trn H及ycf1序列均能将草果与其他同属植物进行准确区分;MG6的matK、psbA-trnH及ycf1序列发现了序列位点的变异,为草果品种的选育做出贡献。ITS和psb A-trn H序列可将黄花和白花草果序列区分开;草果白花黄花所有样本rbcL序列无任何变异,且用rbcL序列无法鉴别草果与其他同属植物,可将其舍去。
关键词
草果
遗传多样性
亲缘关系
DNA条形码
ITS序列
psbA-trnH序列
MATK序列
ycf1序列
Keywords
Amomun tsao-ko Crevost et Lemaire
genetic diversity
genetic relationship
DNA barcoding
ITS sequence
psbA-tmH sequence
matK sequence
ycfl
sequence
分类号
R282.12 [医药卫生—中药学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
白及属药用植物DNA条形码的确立及其应用
吴劲松
张宇思
刘薇
侯北伟
童文君
张礼
张卫明
丁小余
《药学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
30
原文传递
2
基于ycf1的姜科植物条形码鉴定及聚类分析
钟志敏
赖小平
黄松
张桂芳
《中华中医药杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2018
7
原文传递
3
云南草果种质资源DNA条形码序列分析
胡一凡
张雪梅
石乃星
杨志清
《中草药》
CAS
CSCD
北大核心
2019
6
原文传递
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