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题名大花君子兰叶绿体基因组及其特征
被引量：31
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作者
郑祎
张卉
王钦美
高悦
张志宏
孙玉新
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机构
沈阳农业大学林学院
沈阳农业大学园艺学院
朝阳县林业和草原局
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出处
《园艺学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第12期2439-2450,共12页
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基金
中国博士后科学基金项目(2015M571330)
国家自然科学基金项目(31600546)
林木遗传育种国家重点实验室开放基金项目(K2019202)。
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文摘
采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰(Clivia miniata)叶片总DNA进行测序,通过组装获得了其叶绿体基因组(cpDNA)全长序列(158 114 bp)。对其cpDNA注释得到135个基因,包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个r RNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复(SSR)分析和密码子偏好性分析。结果显示:①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个,多数SSR分布在基因间隔区;②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U(T)结尾,亮氨酸使用频率最高,半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析,结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支,显示最近的亲缘关系,支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同,支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。
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关键词
君子兰
叶绿体基因组
简单序列重复
系统发育分析
ycf2
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Keywords
Clivia miniata
chloroplast genome
simple sequence repeat(SSR)
phylogenetic analysis
ycf2
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分类号
S682.13
[农业科学—观赏园艺]
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