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大黄鱼生长速率差异个体肌肉组织的转录组比较分析 被引量：3
1
作者 张波 姜丹 +2 位作者 张东玲 王志勇 方铭 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期85-98,共14页
为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制,实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为(527.1±83.6)g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为(238.4±52.3)g的个体230尾,共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总... 为了探究大黄鱼生长性状的分子调控机制,实验从同一个网箱内养殖的大黄鱼中选取生长速率较快的体重均值为(527.1±83.6)g的个体182尾、生长速率较慢的体重均值为(238.4±52.3)g的个体230尾,共412尾进行研究。对其肌肉组织进行总RNA提取和转录组测序,并对2组进行基因差异表达分析。以Padj<0.05、abs[log2(FoldChange)]>1为标准,共筛选到227个差异表达基因,包括125个上调基因、102个下调基因。差异表达基因在NCBI-nr和Uniprot(Swiss-Prot)数据库的注释率分别为99.12%、81.94%。通过差异表达基因的功能注释结果,初步筛选出了可能与肌肉生长相关的候选功能基因,如gdf9、ckm、tnni2和des等。GO和KEGG分析预测出部分与肌肉生长相关的信息,如GO term有肌动蛋白丝组织、肌动蛋白细胞骨架组织、肌动蛋白丝基过程、微管组织中心和发育生长等,KEGG通路有细胞和生长因子、脂肪酸生物合成、转化生长因子-β信号通路(TGF-β信号通路)、胰岛素信号通路和肌动蛋白细胞骨架的调控等。加权基因共表达网络分析(WGCNA)分析发现,purple模块与体重性状相关性较强,其核心基因myoz1、tpm1和tnni2可能与肌肉生长相关。本研究结果可以为后续相关基因功能的深度挖掘验证以及大黄鱼生长性状的分子调控机制解析提供参考。 展开更多
关键词 大黄鱼 肌肉生长 转录组 差异表达基因 加权基因共表达网络分析(wgcna)
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基于加权基因共表达网络分析鉴定PE患者的潜在生物标志物
2
作者 张慧杰 曲洪美 马江磊 《巴楚医学》 2024年第1期44-49,共6页
目的:本研究旨在通过对子痫前期(PE)患者基因数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),寻找PE的分子标志物。方法:从GEO数据库下载GSE10588表达数据集,该数据集包括17例PE患者和26例对照者的胎盘组织转录组数据。使用差异表达分析及WG... 目的:本研究旨在通过对子痫前期(PE)患者基因数据集进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),寻找PE的分子标志物。方法:从GEO数据库下载GSE10588表达数据集,该数据集包括17例PE患者和26例对照者的胎盘组织转录组数据。使用差异表达分析及WGCNA筛选与PE相关的重点差异表达基因(DEGs),利用基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析来探索重点基因的生物学作用。构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络筛选关键枢纽基因,并通过风险预测模型和受试者工作特征(ROC)曲线评价这些枢纽基因对PE的预测效果。结果:共获得138个DEGs,其中包括100个上调和38个下调DEGs。通过WGCNA确定了23个与PE发病最相关的重点DEGs。GO和KEGG通路分析显示,这些重点DEGs在调节促性腺激素分泌、白细胞分化、造血功能、内分泌功能及B细胞的激活等生物学作用中发挥重要作用。在PPI网络中,卵泡抑素相关基因3(FSTL3)、酪氨酸激酶受体1(FLT1)、抑制素亚单位A(INHBA)、N-myc下游调节基因1(NDRG1)和瘦素(LEP)等成为节点最多的基因。风险预测和ROC曲线表明,FSTL3和LEP具有较高的风险得分和诊断价值。结论:FSTL3和LEP可以作为预测和诊断PE的生物标志物。 展开更多
关键词 子痫前期 加权基因共表达网络分析 生物标志物 卵泡抑素相关基因3 瘦素
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let-7c-5p通过靶向CD74基因在糖尿病视网膜病变中的致病作用
3
作者 杨立平 曹亚微 +1 位作者 王亚莉 刘一栋 《安徽医药》 CAS 2023年第9期1828-1832,I0002,共6页
目的探索微RNA(miRNA)let-7c-5p通过靶向Ⅱ型穿膜蛋白CD74基因在糖尿病视网膜病变(DR)中的作用机制。方法2021年8月至2022年3月,基于基因表达综合数据库(GEO)数据集中43例正常对照和80例糖尿病视网膜病变病人的miRNA表达谱数据,通过加... 目的探索微RNA(miRNA)let-7c-5p通过靶向Ⅱ型穿膜蛋白CD74基因在糖尿病视网膜病变(DR)中的作用机制。方法2021年8月至2022年3月,基于基因表达综合数据库(GEO)数据集中43例正常对照和80例糖尿病视网膜病变病人的miRNA表达谱数据,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获得miRNA和核心基因,通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)和双萤光素酶实验验证其调节机制。结果生物信息学分析显示miRNA let-7c-5p与CD74均是与DR进展相关的核心基因。与正常培养的人类视网膜细胞(1.01±0.02,1.00±0.01)相比,高糖处理人类视网膜细胞会显著下调let-7c-5p的水平(0.46±0.08,P<0.001)和显著上调CD74的水平(3.62±0.13,P<0.001);且高糖处理的人类视网膜细胞let-7c-5p与CD74表达呈现负相关关系(r=−0.99,P=0.012)。在ENCORI数据库中预测到let-7c-5p与CD74的结合位点,且let-7c-5p模拟物降低了细胞中CD74-WT的相对萤光素酶活性(1.00±0.01比0.43±0.06,P<0.001)。结论let-7c-5p通过靶向抑制CD74表达的减弱促进了DR进展。 展开更多
关键词 糖尿病视网膜病变 基因表达综合数据库 加权基因共表达网络分析(wgcna) 微RNA CD74 靶向抑制
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3种新烟碱类杀虫剂对人间充质干细胞基因表达谱的影响 被引量：2
4
作者 张疆雨 李明翰 +4 位作者 李泽昌 周春艳 罗芳 潘一帆 刘薇 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期450-457,共8页
啮齿类动物毒理学的初步研究结果提示新烟碱类化学品暴露可能对人体健康造成危害,但健康效应、毒性机制和分子毒理学靶标尚不清楚.选用人骨髓间充质干细胞体外模型,将其暴露于吡虫啉(IMI)、烯啶虫胺(NIT)和啶虫脒(ACE)3种典型新烟碱类... 啮齿类动物毒理学的初步研究结果提示新烟碱类化学品暴露可能对人体健康造成危害,但健康效应、毒性机制和分子毒理学靶标尚不清楚.选用人骨髓间充质干细胞体外模型,将其暴露于吡虫啉(IMI)、烯啶虫胺(NIT)和啶虫脒(ACE)3种典型新烟碱类杀虫剂,利用基因加权共表达网络分析细胞基因表达谱的变化.基因加权共表达网络分析将基因分为7个模块,其中5个模块基因表达模式与对照组有显著差异(p<0.05).从上述5个模块中共富集出57条通路与236个生物学过程,主要涉及脂肪酸代谢、葡萄糖代谢、凋亡及神经系统.从各模块中筛选出连通性最高的20个关键基因,其中,Blue及Red模块中关键基因主要包括神经生长因子(NGF)、丝氨酸蛋白酶抑制剂家族B成员2(SERPINB2)及酰基辅酶A脱氢酶中链(ACADM).本研究提示了新烟碱类杀虫剂对人体健康的潜在敏感靶标,可为该类化学品的健康风险评价提供科学依据. 展开更多
关键词 新烟碱类杀虫剂 人骨髓间充质干细胞 脂肪酸代谢 神经系统 加权基因共表达网络分析
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利用加权基因共表达网络分析方法挖掘香菇发育不同阶段的关键基因 被引量：1
5
作者 宋婷婷 沈颖越 +2 位作者 徐飞 范丽军 蔡为明 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期1761-1775,共15页
香菇是世界产量第二大食用菌,栽培历史悠久。在木屑袋料栽培模式下,香菇发育可以分为菌丝生长期(G)、菌丝褐化期(B)、原基形成期(P)以及出菇期(FB)4个阶段。褐化期和原基形成期是香菇从营养生长期到生殖生长两个关键发育阶段,对香菇子... 香菇是世界产量第二大食用菌,栽培历史悠久。在木屑袋料栽培模式下,香菇发育可以分为菌丝生长期(G)、菌丝褐化期(B)、原基形成期(P)以及出菇期(FB)4个阶段。褐化期和原基形成期是香菇从营养生长期到生殖生长两个关键发育阶段,对香菇子实体产量和质量至关重要。本研究以3种不同栽培材料为重复,对香菇发育的前3个阶段进行了转录组分析。主成分分析和相似性分析表明,基因随着发育进程的推进,不同栽培基质样本的基因表达特征相似。以菌丝生长阶段的转录本为参照,通过基因差异表达分析,获得与菌丝褐化成熟和原基形成相关的基因,并对这些基因进行GO和KEGG功能富集分析;其次,对9个转录本数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),分别获得了与菌丝生长、褐化阶段及原基形成各阶段高度相关的黑色、蓝色及黄色基因模块,并利用网络节点分析获得了与菌丝褐化成熟和原基形成得到7个关键基因;最后,结合差异基因和基因模块分析,得到了菌丝生长阶段的17个重要基因、褐化阶段的167个重要基因以及原基形成阶段的67个重要基因。通过多分析手段结合为筛选候选基因提供了更为高效的方法。 展开更多
关键词 香菇 加权基因共表达网络分析 关键基因 发育相关基因
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