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Gene heterogeneity of hepatitis B virus isolates from patients with severe hepatitis B 被引量:20
1
作者 Wei Wu, Yu Chen, Bing Ruan and Lan-Juan Li Hangzhou, China Department of Infectious Diseases, First Affiliated Hospital, Zhejiang University School of Medicine, Key Laboratory of Infectious Diseases of Health Ministry of China, Hangzhou 310003, China 《Hepatobiliary & Pancreatic Diseases International》 SCIE CAS 2005年第4期530-534,共5页
BACKGROUND: The pathogenesis of severe hepatitis B remains unknown. Reports have indicated that hepatitis B virus (HBV) mutations are important factors in the pathogenesis of this disease. This study was to investigat... BACKGROUND: The pathogenesis of severe hepatitis B remains unknown. Reports have indicated that hepatitis B virus (HBV) mutations are important factors in the pathogenesis of this disease. This study was to investigate the genetic heterogeneity of HBV strains from serum samples of patients with fulminant hepatitis B. METHODS: Full-length HBV genomes from 4 patients with severe hepatitis B were cloned and sequenced to observe mutations in every open reading-frame ( ORF). Serum samples of another 25 patients with severe hepatitis B, 30 patients with chronic hepatitis B, and 25 HBV carriers were collected for sequencing and comparison of mutations in preS2, preC and core promoter regions. RESULTS: Of 4 HBV full-length genome sequences, 3 had a G to A mutation at nucleotide A1896 in the preC region and 1 had double mutations of T1762-A1764 in the core promoter region. The 4 sequences showed mutations in the known B or T cell epitopes of the preS2 and C regions. For the other 3 groups, more mutations were seen in the preS2 region in the HBV isolates from the patients with severe hepatitis B than those from the patients with chronic hepatitis B and HBV carriers (P <0.01). There was a significant difference of mutations in the T cell epitope region of preS2 between the patients with severe hepatitis B and those with chronic hepatitis B or HBV carriers (P <0.01). In the preC and core promoter regions, the mutation frequencies of T1653 and C1753 were 48.0% and 24.0% respectively in the patients with severe hepatitis B, but none of these mutations were observed in the patients with chronic hepatitis B group or HBV carriers (P <0.01). The mutation frequency of T1762-A1764 was 76.0% in the patients with severe hepatitis B, 40.0% in the patients with chronic hepatitis B (P <0. 01) , and 16. 0% in the HBV carriers ( P < 0. 01). There was a significant difference in A1896 mutation between the patients with severe hepatitis B and the patients with chronic hepatitis B (P < 0. 05 ) or the HBV carriers (P<0.05). CONCLUSION: Our obs 展开更多
关键词 hepatitis B virus severe hepatitis virus genome gene heterogeneity PRES2 preC core promoter
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水稻条纹病毒的分子生物学与抗病基因工程研究进展 被引量:2
2
作者 吴书俊 钟环 +2 位作者 左慧 顾铭洪 梁国华 《江西农业学报》 CAS 2006年第4期72-77,101,共7页
综述了国内外近年来对水稻条纹病毒的基因组结构、复制、转录、功能、分子变异和基因工程应用等方面的最新研究进展。
关键词 水稻条纹病毒 病毒基因组 外壳蛋白 病害特异性蛋白
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寨卡病毒与寨卡病毒病 被引量:3
3
作者 彭浩然 狄弘玮 +1 位作者 唐海琳 戚中田 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期793-798,共6页
寨卡病毒为有包膜的RNA病毒,属于黄病毒科黄病毒属成员,主要通过埃及伊蚊叮咬传播,于1947年首次在乌干达寨卡森林的恒河猴中发现,此后主要在非洲、美洲、亚洲及太平洋地区散发流行。2015年起,寨卡病毒病疫情在中南美洲(主要是巴西)快速... 寨卡病毒为有包膜的RNA病毒,属于黄病毒科黄病毒属成员,主要通过埃及伊蚊叮咬传播,于1947年首次在乌干达寨卡森林的恒河猴中发现,此后主要在非洲、美洲、亚洲及太平洋地区散发流行。2015年起,寨卡病毒病疫情在中南美洲(主要是巴西)快速扩散,该病主要临床特征为发热、皮疹、关节痛或结膜炎,并与新生儿小头畸形、格林-巴利综合征有关。实验室检测方法包括PCR检测病毒RNA和检测血清中的中和抗体IgM。目前尚无特异性的抗病毒药物和疫苗。主要的预防措施是提高个人防护意识,防止蚊虫的叮咬。本文从流行病学、生物学、致病机制与检测方法等方面综述了寨卡病毒及其所致疾病的最新研究进展,为这种新发病原体的防控提供参考。 展开更多
关键词 寨卡病毒 病毒基因组 致病性 预防
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反向遗传学技术的应用 被引量:2
4
作者 杨彬 王雪峰 王凤龙 《中国畜牧兽医》 CAS 2008年第12期62-64,共3页
反向遗传学是直接从遗传物质入手研究生命现象与规律,其相应的操作技术已在生命科学研究的各个领域显示出了广泛的应用前景。作者对反向遗传学技术的应用进行了评述。
关键词 反向遗传学技术 病毒基因组 疫苗
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鸽圆环病毒研究进展 被引量:2
5
作者 邓强 艾沙江•阿布拉 +3 位作者 日孜瓦古•努尔东 张玉华 王方 米晓云 《亚洲兽医病例研究》 2020年第3期32-37,共6页
鸽圆环病毒(Pigeoncircovirus, PiCV)是一种免疫抑制性病原,可在增殖的细胞和免疫系统细胞中加速复制,导致淋巴细胞比率偏低、免疫力下降及鸽免疫系统损伤,可进而出现其它病原的继发感染。目前该病已成为困扰种鸽、赛鸽等养鸽业重要疾... 鸽圆环病毒(Pigeoncircovirus, PiCV)是一种免疫抑制性病原,可在增殖的细胞和免疫系统细胞中加速复制,导致淋巴细胞比率偏低、免疫力下降及鸽免疫系统损伤,可进而出现其它病原的继发感染。目前该病已成为困扰种鸽、赛鸽等养鸽业重要疾病之一,因此,本文通过对鸽圆环病毒基因组结构、致病机理、临床症状、诊断方法以及防控等进行概述,以便对该病毒深入了解,为养鸽业提供圆环病毒防控参考。 展开更多
关键词 鸽圆环病毒 病毒基因组 致病机理 防控
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奥密克戎BA.2引起的12起云南省边境地区本土疫情首例病例新冠病毒基因特征分析
6
作者 张美玲 伏晓庆 +4 位作者 张勇 罗春蕊 刘照生 赵晓南 周洁楠 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2023年第1期13-19,共7页
目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫... 目的了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征, 分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本, 应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定, 通过在线分析平台和软件, 判断病毒型别, 分析病毒突变情况, 结合流调内容, 推测疫情病毒感染来源。结果 12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样, 且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株, 其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明, 有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点, 结合流行病学调查内容, 提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现, 病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外, 还具有特有的氨基酸突变位点(如S:E1188D), 其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论 12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源, 这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次, 跟踪监测病毒变异规律, 对疫情精准防控具有重要指导意义。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 病毒基因组 Omicron变异株 突变位点 病毒感染来源
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RNA干扰抗戊型肝炎病毒感染的研究进展 被引量:1
7
作者 马天武 井申荣 黄芬 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期625-627,共3页
戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)是一种可跨种间传播,严重危害人类健康的病毒性肝炎(hepatitis E,HE)的病原体,目前尚无有效的治疗方法和药物。RNA干扰(RNA interference,RNAi)是真核生物的一种自我保护机制,可以阻止病毒入侵宿主... 戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)是一种可跨种间传播,严重危害人类健康的病毒性肝炎(hepatitis E,HE)的病原体,目前尚无有效的治疗方法和药物。RNA干扰(RNA interference,RNAi)是真核生物的一种自我保护机制,可以阻止病毒入侵宿主细胞。RNAi技术广泛应用于病毒基因的转录后调节,已经成功抑制了多种病毒的复制。现介绍RNAi的干涉机制在抗戊型肝炎病毒中的研究进展。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒 RNA干扰 病毒基因组
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禽呼肠病毒基因组及其编码蛋白研究进展 被引量:1
8
作者 谭伟 谢丽基 谢芝勋 《动物医学进展》 北大核心 2018年第12期165-170,共6页
呼肠病毒能感染鸡、火鸡和番鸭等禽类,主要引起雏鸡病毒性关节炎和腱鞘炎、矮小综合征和吸收障碍综合征及免疫抑制,以及雏番鸭肝坏死等。与哺乳动物呼肠病毒相比,禽呼肠病毒分子生物学方面的研究起步相对较晚。论文阐述了禽呼肠病毒的... 呼肠病毒能感染鸡、火鸡和番鸭等禽类,主要引起雏鸡病毒性关节炎和腱鞘炎、矮小综合征和吸收障碍综合征及免疫抑制,以及雏番鸭肝坏死等。与哺乳动物呼肠病毒相比,禽呼肠病毒分子生物学方面的研究起步相对较晚。论文阐述了禽呼肠病毒的基因组结构及其所编码蛋白的结构与功能,为该病毒的研究提供参考。 展开更多
关键词 禽呼肠病毒 病毒基因组 病毒蛋白的结构及功能
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HepG2细胞内HPVDNA物理状态及表达L1蛋白
9
作者 杜义江 肖长义 +1 位作者 郑军 胡敏 《基础医学与临床》 CSCD 2015年第1期60-64,共5页
目的了解人肝癌细胞系Hep G2细胞内人乳头瘤病毒(HPV)基因组的物理状态,胞质内包涵体物质的性质以及晚期衣壳蛋白1(L1)表达。方法用PCR对细胞内HPV18型E2和E6基因进行扩增,判断HPV18基因组的物理状态;用ELISA、光镜和电镜的免疫组化、We... 目的了解人肝癌细胞系Hep G2细胞内人乳头瘤病毒(HPV)基因组的物理状态,胞质内包涵体物质的性质以及晚期衣壳蛋白1(L1)表达。方法用PCR对细胞内HPV18型E2和E6基因进行扩增,判断HPV18基因组的物理状态;用ELISA、光镜和电镜的免疫组化、Western blot等方法,以多价HPV L1小鼠单克隆抗体做探针,检测Hep G2细胞内L1蛋白表达;用反转录PCR检测细胞内L1 mRNA表达。结果 Hep G2细胞内HPV DNA基因组呈整合状态;细胞裂解液中有HPV L1蛋白存在;细胞呈HPV L1阳性反应;胞质内包涵体样物质,由均匀的颗粒样物质组成,可以为胶体金标记的HPV L1抗体所标识。Hep G2细胞裂解液中有HPV L1蛋白,在56 ku区出现与He La细胞一样的L1特异阳性条带。反转录PCR检测显示Hep G2细胞内有L1 mRNA存在。结论 Hep G2是HPV18阳性细胞,细胞内HPV DNA基因组呈整合状态。细胞内包涵体样物质为HPV18 L1蛋白,Hep G2细胞可以表达L1。 展开更多
关键词 HEP G2细胞 人乳头瘤病毒 病毒基因组 物理状态 L1蛋白
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病毒基因组中的对称性(英文)
10
作者 艾对元 《兰州大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第F06期34-38,共5页
病毒基因组中的重复序列比率很低,因为其核酸序列大都是编码区域.如果出现一段同向对称或者是反向对称序列在病毒基因组中,它往往代表一个调控元件,或者是一个信号因子.我们总结了病毒中的一些对称序列,并阐明它的特点,分布及功能.
关键词 重复序列 病毒基因组 比较基因组学
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乙型肝炎病毒中国株全基因参照序列的初步建立 被引量:29
11
作者 郭亚兵 侯金林 +2 位作者 戴炜 骆抗先 P. KARAYIANNIS 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1999年第3期197-200,共4页
目的初步建立乙型肝炎病毒中国株全基因参照序列。方法测定7例慢性无症状HBV携带者HBV基因组全序列,结合已有的2株HBV中国株全基因序列,经同源性比较及对齐比较,确定基因型和参照序列。结果血清型adr4例,adw3例... 目的初步建立乙型肝炎病毒中国株全基因参照序列。方法测定7例慢性无症状HBV携带者HBV基因组全序列,结合已有的2株HBV中国株全基因序列,经同源性比较及对齐比较,确定基因型和参照序列。结果血清型adr4例,adw3例;2例基因型为B型,余均为C型。各序列间X基因差异最大。该参照序列与国外参照序列仅有22个位点的差异。结论拟定了中国HBVC基因型毒株全基因参照序列,建立不同地区的HBV毒株参照序列尚待进一步收集各地区HBV全基因序列。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 基因组 参照序列
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乙型肝炎病毒全基因组研究的新方法 被引量:11
12
作者 何建文 何丽芳 +1 位作者 姚忻 闻玉梅 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 北大核心 1998年第2期70-72,共3页
目的为从全基因水平研究乙型肝炎病毒变异与致病性的关系,建立血清标本经聚合酶链反应(PCR)加酶切方法扩增及克隆HBV全基因组的新方法。方法设计了含SpeⅠ,SalⅠ及SapⅠ酶切点的引物,分别扩增1.15kb和2.0... 目的为从全基因水平研究乙型肝炎病毒变异与致病性的关系,建立血清标本经聚合酶链反应(PCR)加酶切方法扩增及克隆HBV全基因组的新方法。方法设计了含SpeⅠ,SalⅠ及SapⅠ酶切点的引物,分别扩增1.15kb和2.05kb的单链及双链DNA区。经酶切及连接后获得HBV全基因克隆。结果用新建立的方法直接从少量血清中克隆了HBV全基因,转染HepG2细胞可表达抗原并有胞内复制。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 基因组 研究 基因变异 PCR
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戊型肝炎病人和实验感染戊型肝炎病毒的猕猴血清抗-HEV ORF2和ORF3的动态变化 被引量:6
13
作者 庄辉 李凡 +2 位作者 朱永红 朱万孚 郭晓霞 《中华实验和临床病毒学杂志》 CSCD 1995年第4期299-302,共4页
应用人工合成的戊型肝炎病毒(HEV)基因组开放读码框架2(ORF2)和3(ORF3)两段多肽,分别建立了酶联免疫试验(EIA),检测85份实验感染HEV的猕猴和143份戊型肝炎(简称戊肝)病人血清,结果两组抗-HEV... 应用人工合成的戊型肝炎病毒(HEV)基因组开放读码框架2(ORF2)和3(ORF3)两段多肽,分别建立了酶联免疫试验(EIA),检测85份实验感染HEV的猕猴和143份戊型肝炎(简称戊肝)病人血清,结果两组抗-HEVORF2阳性率分别为70.89%和68.53%,均显著高于抗-HEVORF3(分别为40.03%和57.34%),且前者阳转时间较早,持续阳性时间也较长。虽然多数(97.3%)抗-HEVORF3阳性血清,抗-HEVORF2也为阳性,但有少数血清(2.7%)抗-HEVORF2为阴性。上述结果提示,HEV基因组ORF2和ORF3编码的蛋白含有不同的抗原表位,可引起宿主不同的免疫反应。因此,在制备抗-HEVEIA试剂时,应联合应用ORF2和ORF3多肽,以提高其灵敏度和特异性。 展开更多
关键词 戊型肝炎 戊型肝炎病毒 ELISA 基因 抗体
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以BAC为基础的疱疹病毒感染性克隆技术 被引量:7
14
作者 卢建红 唐运莲 李桂源 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期78-82,共5页
疱疹病毒(HPVs)庞大而复杂的基因组以及使用常规的在真核细胞中的重组操作技术一直使得HPVs的遗传分析颇具挑战性。近几年发展起来的以细菌人工染色体(BAC)为基础的HPVs全长感染性克隆是全新的技术,它允许HPVs基因组以BAC质粒的形式在... 疱疹病毒(HPVs)庞大而复杂的基因组以及使用常规的在真核细胞中的重组操作技术一直使得HPVs的遗传分析颇具挑战性。近几年发展起来的以细菌人工染色体(BAC)为基础的HPVs全长感染性克隆是全新的技术,它允许HPVs基因组以BAC质粒的形式在大肠杆菌中保存、增殖和遗传修饰。与在真核细胞中相比,在大肠杆菌中操作的重组技术具有更快速、安全而有效的优点。BAC质粒转染真核细胞可重建子代病毒,从而促进了在整个基因组中对HPVs基因功能的研究。以EB病毒为例,介绍了基于BAC的HPVs基因组感染性克隆技术的原理、建立和突变方法,并讨论了该技术的应用前景。 展开更多
关键词 疱疹病毒 EB病毒 基因组 细菌人工染色体 感染性克隆
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貂肠炎病毒基因的分子克隆和结构研究 被引量:8
15
作者 赵新泰 吴祥甫 +1 位作者 李载平 殷震 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1991年第3期235-240,共6页
从貂肠炎病毒(Mink enteritis virus,MEV)感染细胞培养物提取病毒的中间复制形双链DNA分子(RF DNA),经绿豆核酸酶(Mung bean nuclease)酶解消除RF DNA两端封闭的发夹结构,将全长基因组克隆于质粒pUC18中。对克隆片段进行了酶切位点分析... 从貂肠炎病毒(Mink enteritis virus,MEV)感染细胞培养物提取病毒的中间复制形双链DNA分子(RF DNA),经绿豆核酸酶(Mung bean nuclease)酶解消除RF DNA两端封闭的发夹结构,将全长基因组克隆于质粒pUC18中。对克隆片段进行了酶切位点分析,并做了限制性内切酶图谱。将测定的核苷酸序列与猫细小病毒(Feline parvovirus,FPV)相应片段的序列进行了比较,同源序列可达99.2%。 展开更多
关键词 貂肠炎病毒 分子克隆 酶切图谱
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番茄斑驳花叶病毒海南分离物全基因组序列分析 被引量:6
16
作者 刘晓璇 李威霖 +1 位作者 张彤 周国辉 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期139-144,共6页
本研究采用小RNA深度测序及RT-PCR检测技术鉴定海南省陵水县冬种番茄(圣女果)病株受到烟草花叶病毒属的番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)侵染。通过机械摩擦接种,将该病原病毒保存于本生烟植株上,命名为番茄斑驳花... 本研究采用小RNA深度测序及RT-PCR检测技术鉴定海南省陵水县冬种番茄(圣女果)病株受到烟草花叶病毒属的番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToMMV)侵染。通过机械摩擦接种,将该病原病毒保存于本生烟植株上,命名为番茄斑驳花叶病毒海南分离物(ToMMV-HN)。采用RT-PCR分段扩增获得了该病毒分离物的全基因组序列。测序结果表明,该病毒分离物基因组全长6399 nt,含有4个开放阅读框,编码4种蛋白,与已报道的ToMMV9个分离物核苷酸和编码产物氨基酸序列相似性分别为98.0%~100%和99.2%~100%;与同属的番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus,ToMV)、番茄棕色皱果病毒(Tomato brown rugose fruit virus,TBRFV)和烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)代表分离物核苷酸序列相似性分别为84.7%、80.7%和79.0%。系统进化分析结果表明,ToMMV-HN与该病毒中国西藏和云南辣椒分离物亲缘关系最近,与美国加州和南卡州番茄分离物次之,与西班牙和巴西番茄分离物亲缘关系相对较远。本研究为我国番茄病毒病诊断和防控,尤其是抗病品种选育提供了基础资料。 展开更多
关键词 番茄斑驳花叶病毒 小RNA 深度测序 病毒基因组序列
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亚洲戊型肝炎病毒结构蛋白的变异 被引量:6
17
作者 毕胜利 庄辉 刘崇柏 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 1998年第2期105-106,共2页
目的了解戊型肝炎病毒的变异。方法用双脱氧法对亚洲主要戊型肝炎流行国家的戊型肝炎病毒结构基因区段进行了分析,并根据cDNA序列确定了其氨基酸的序列。结果证明亚洲国家包括印度、缅甸、中国、巴基斯坦、吉尔吉斯坦流行的戊型肝... 目的了解戊型肝炎病毒的变异。方法用双脱氧法对亚洲主要戊型肝炎流行国家的戊型肝炎病毒结构基因区段进行了分析,并根据cDNA序列确定了其氨基酸的序列。结果证明亚洲国家包括印度、缅甸、中国、巴基斯坦、吉尔吉斯坦流行的戊型肝炎病毒在基因水平和氨基酸水平上均有变化,核苷酸变化幅度在5%以内。氨基酸在测定的区域内未发现变异,与美洲发现的墨西哥株相比,亚洲株拟来自同一个祖先,基因和氨基酸水平的变化仅属基因漂移的范围。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒 基因漂移 结构蛋白 变异
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白菜翻译起始因子eIF(iso)4E.a/c与芜菁花叶病毒TuMV-C4/UK1蛋白互作分析 被引量:4
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作者 李国亮 钱伟 +7 位作者 张淑江 李菲 章时藩 张慧 谢露露 武剑 王晓武 孙日飞 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期1299-1308,共10页
为阐明白菜翻译起始因子异构体eIF(iso)4E的表达特性,以及该异构体与芜菁花叶病毒(TuMV)的互作关系,在白菜‘极早春’中克隆了eIF(iso)4E.a基因,在‘BP8407’中克隆了eIF(iso)4E.c基因。这两个基因长度一致,均编码200个氨基酸。酵母双... 为阐明白菜翻译起始因子异构体eIF(iso)4E的表达特性,以及该异构体与芜菁花叶病毒(TuMV)的互作关系,在白菜‘极早春’中克隆了eIF(iso)4E.a基因,在‘BP8407’中克隆了eIF(iso)4E.c基因。这两个基因长度一致,均编码200个氨基酸。酵母双杂交和双分子荧光互补试验表明:eIF(iso)4E.a仅与TuMV-C4株系互作,而不与TuMV-UK1株系互作;eIF(iso)4E.c仅与TuMV-UK1株系互作,而不与TuMV-C4株系互作。对白菜eIF(iso)4E蛋白氨基酸序列及空间结构分析发现:eIF(iso)4E蛋白包含帽结合蛋白结构,eIF(iso)4E.a和eIF(iso)4E.c蛋白间存在20个差异氨基酸,其中17个差异氨基酸位于帽结合蛋白结构上;TuMV-C4 VPg与TuMV-UK1 VPg蛋白有4个氨基酸差异位点。通过对TuMV不同株系的VPg蛋白(病毒基因组连接蛋白)氨基酸序列频率分析发现,在4个氨基酸差异位点处,氨基酸的使用频率具有选择性。 展开更多
关键词 白菜 eIF(iso)4E TUMV VPg(virus genome-linked protein) 互作关系
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重组腺相关病毒质量控制的qPCR技术研究进展 被引量:4
19
作者 肖桂清 杨会勇 刁勇 《华侨大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2014年第2期191-195,共5页
综述实时荧光定量PCR(qPCR)技术在重组腺相关病毒(rAAV)的基因组滴度测定中的应用成果,以及qPCR技术在rAAV质量控制过程中的应用,如感染滴度及rcAAV污染率的测定等.分析qPCR技术存在的适用范围窄、易产生系统性误差和易受rAAV杂质干扰... 综述实时荧光定量PCR(qPCR)技术在重组腺相关病毒(rAAV)的基因组滴度测定中的应用成果,以及qPCR技术在rAAV质量控制过程中的应用,如感染滴度及rcAAV污染率的测定等.分析qPCR技术存在的适用范围窄、易产生系统性误差和易受rAAV杂质干扰等问题的原因,并探讨相关的解决策略. 展开更多
关键词 重组腺相关病毒 基因组滴度 实时荧光定量PCR 基因治疗
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番茄斑驳花叶病毒在广东省的首次报道 被引量:1
20
作者 汤亚飞 李正刚 +4 位作者 佘小漫 于琳 蓝国兵 李战彪 何自福 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期219-225,共7页
番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病... 番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物(ToMMV-GD-2020)。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列,该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框,分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明,ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%~99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN(GenBank登录号:MN853592)的相似性最高(99.7%),与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明,ToMMV-GD-2020与该病毒各分离物亲缘关系均较近,与中国辽宁分离物亲缘关系最近。利用ToMMV的PCR特异引物对广东其他6个市采集的67份辣椒疑似病毒病样品进行检测,结果均为阴性,这说明ToMMV目前还是局部危害广东省辣椒。本文是首次报道在广东发现ToMMV,对监测ToMMV在我国的扩散具有重要意义。 展开更多
关键词 番茄斑驳花叶病毒 辣椒 分子鉴定 病毒基因组序列
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