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题名计算机药物筛选方法探讨
被引量：8
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作者
刘艾林
杜冠华
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机构
中国医学科学院药物研究所国家药物筛选中心
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出处
《计算机与应用化学》
CAS
CSCD
北大核心
2002年第1期32-34,共3页
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基金
国家自然基金"高通量筛选与中药大规模集成研究体系"项目(3001161940)
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文摘
本文论述了计算机药物筛选方法及其应用程序的开发,并通过建立乙酰胆碱酯酶(AchE)抑制剂的筛选模型,检测化合物样品的生物活性,比较生物活性结果与计算机筛选结果,检验了计算机药物筛选方法的可靠性.结果表明,计算机药物筛选方法在创新药物研究中具有重要意义,但需要进一步改进,并结合其他方法来提高它的可靠性.
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关键词
计算机药物筛选
分子对接
乙酰胆碱酯酶
AchE抑制剂
神经系统药物
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Keywords
virtual drug screening
molecular dock
acetylcholinesterase (AchE)
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分类号
R971
[医药卫生—药品]
R965.1
[医药卫生—药学]
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题名多虚拟机协同计算在虚拟药物筛选中的应用研究
被引量：3
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作者
李晓燕
李建志
李京忠
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机构
北京中医药大学信息中心
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出处
《中国医药导报》
CAS
2018年第16期146-149,共4页
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基金
北京中医药大学横向课题(2017110031002098)
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文摘
基于分子对接的虚拟筛选方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术,在揭示药物与机体标靶的作用机制以及药品研发过程中发挥着非常大的作用。使用传统的分子对接方法进行虚拟药物筛选,其操作流程复杂,无法实现自动对接以及计算结果自动收集。本文介绍的基于多虚拟机协同计算虚拟药物筛选平台,通过动态任务调度和脚本控制技术,采用分布式架构设计,实现了对接软件的自动操控和计算结果的自动收集,有效减少了筛选时间,大幅提高了筛选效率。
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关键词
协同计算
虚拟药物筛选
脚本控制
虚拟机
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Keywords
Collaborative computing
virtual drug screening
Script control
virtual machine
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分类号
R914.2
[医药卫生—药物化学]
TP393
[医药卫生—药学]
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题名新型冠状病毒ORF7a结构分析及虚拟药物筛选
被引量：2
- 3
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作者
梁浩伟
秦余
廖海
李顺
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机构
西南交通大学生命科学与工程学院
成都医学院基础医学院
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出处
《中国药物化学杂志》
CAS
CSCD
2022年第4期278-283,共6页
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基金
国家自然科学基金项目(82002909)
成都医学院研究基金项目(KYPY-20-01)。
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文摘
目的通过分析SARS-CoV-2 ORF7a的生物学功能,为新型冠状病毒(SARS-CoV-2)临床治疗药物的开发提供理论依据及药物靶点。方法运用ProtParam、ProtScale、TMHMM程序分析SARS-CoV-2 ORF7a理化性质,使用DoGSiteScorer、Autodock vina软件对其进行虚拟药物筛选。结果与结论SARS-CoV-2 ORF7a属于不稳定疏水跨膜蛋白并定位于内质网;SARS-CoV-2 ORF7a在内质网上的互作蛋白是钙联接蛋白;虚拟药物筛选程序显示glecaprevir对SARS-CoV-2 ORF7a底物口袋A的亲和力得分最低,其复合物最稳定。通过分析glecaprevir靶点NS3/4A蛋白酶的功能,预测SARS-CoV-2 ORF7a定位于内质网并参与病毒NSPs和ORFs的修饰。本研究发现SARS-CoV-2 ORF7a可能影响病毒的复制及拮抗宿主细胞内固有免疫。
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关键词
新型冠状病毒
ORF7a
生物信息学
虚拟药物筛选
非结构蛋白
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Keywords
SARS-CoV-2
ORF7a
bioinformatic
virtual drug screening
non-structural protein
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分类号
R914
[医药卫生—药物化学]
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题名心律失常机制的建模仿真和理论研究
- 4
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作者
宋震
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机构
鹏城实验室数学和基础理论部
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出处
《中国科学基金》
CSSCI
CSCD
北大核心
2022年第2期245-254,共10页
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基金
国家自然科学基金项目(82172067)资助。
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文摘
心血管疾病是全球自然死亡的头号杀手。心律失常一直都是心血管疾病致死的一种主要形式。随着实验和临床数据的积累、非线性动力学的理论应用、计算机算法的优化和算力的提升,通过建立生理生化层面精细的心脏电生理数学模型,开展生理及病理条件下高性能计算仿真已成为探究心律失常机制的一种有效技术手段。本文简要介绍了造成心律失常的几种典型机制,回顾了心脏电生理建模仿真的发展过程并指出了目前面临的主要挑战,包括如何更系统深入地理解心律失常这一可激发介质上多尺度多物理态的复杂时空行为,如何运用电生理建模仿真辅助抗心律失常特效药物研发以及完善一般性药物的心脏安全评估。针对以上的挑战,本文提出如下研究建议:发展计算上可行的多尺度群体化心脏电生理数学模型;进行基于药物与蛋白/离子通道相互作用的虚拟抗心律失常药物靶点的筛查;建立一般性药物心脏毒性检测的虚拟仿真平台。通过深度结合实验和临床数据发展高性能多尺度群体化的心脏电生理虚拟仿真,有望进一步发掘多学科交叉的研究潜力,推动心脏病学发展。
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关键词
心血管疾病
心律失常
多尺度建模
虚拟药物靶点筛查
虚拟药物心脏毒性检测
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Keywords
cardiovascular disease
arrhythmia
multi-scale modeling
virtual drug target screening
virtual drug cardiotoxicity detection
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分类号
R541.7
[医药卫生—心血管疾病]
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