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基于分子模拟优化筛选甲磺隆特异性多肽
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作者 尚华 赵雷兴 +1 位作者 秦月 刘冰 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2023年第1期28-33,共6页
该研究通过分子模拟技术优化筛选甲磺隆的高特异性多肽,并应用量子点荧光淬灭免疫层析试纸条验证模拟筛选结果。运行CDOCKER程序对乙酰乳酸合成酶晶体结构与甲磺隆分子进行对接,结合蛋白中对甲磺隆的活性空腔结构和受配体相互作用的关... 该研究通过分子模拟技术优化筛选甲磺隆的高特异性多肽,并应用量子点荧光淬灭免疫层析试纸条验证模拟筛选结果。运行CDOCKER程序对乙酰乳酸合成酶晶体结构与甲磺隆分子进行对接,结合蛋白中对甲磺隆的活性空腔结构和受配体相互作用的关键氨基酸设计多肽。运行虚拟氨基酸突变对所有多肽进一步优化并建库。根据结合能初步筛选出S1、S2和S3三条多肽,应用试纸条方法进一步验证3条多肽可成功识别甲磺隆目标物并筛选出S1为最优序列,试验结果与模拟结果一致性良好。 展开更多
关键词 甲磺隆 分子模拟 分子对接 虚拟氨基酸突变 荧光淬灭免疫层析试纸条
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基于氨基酸热点突变对腈水合酶底物亲和力的改造 被引量：1
2
作者 崔宝程 黄姣 +3 位作者 李佳欣 郭祎 王黎 梁长海 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第7期148-154,共7页
目的:以Rhodococcus erythropolis CCM2595来源的腈水合酶为研究对象,利用半理性设计以及定点突变以获取其对烟腈底物亲和力更高的突变体。方法:通过序列比对找到同源性很高的1AHJ蛋白并采用SwissModel和iTASSER等软件进行评估。利用Dis... 目的:以Rhodococcus erythropolis CCM2595来源的腈水合酶为研究对象,利用半理性设计以及定点突变以获取其对烟腈底物亲和力更高的突变体。方法:通过序列比对找到同源性很高的1AHJ蛋白并采用SwissModel和iTASSER等软件进行评估。利用Discovery Studio 2016(DS)将1AHJ与烟腈进行分子对接并进行虚拟氨基酸突变,预测并筛选出亲和力明显提升的氨基酸突变位点。构建突变重组质粒转化至大肠杆菌表达感受态中进行异源表达,并通过高效液相色谱检测分析对烟腈的生物转化情况。结果:通过虚拟氨基酸突变,得到腈水合酶α亚基CYS113突变为TYR(C113Y)、CYS115突变为ASN(C115N)、β亚基VAL52突变为ARG(V52R)后的三位点突变体,酶纯化后通过酶促反应常数分析发现,与野生型相比突变体Km值由突变前的16.78 mmol/L降低为12.69 mmol/L,酶活由12.14 U/mL提高到15.15 U/mL。结论:通过虚拟氨基酸突变得到的腈水合酶三突变体ReNHase;对烟腈的底物亲和力提高了24.37%,酶活提高了24.79%,以上结果为烟腈工业化应用的提高提供了新的理论依据。 展开更多
关键词 腈水合酶 烟腈 虚拟氨基酸突变 底物亲和力
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漆酶降解阴离子型聚丙烯酰胺/聚丙烯酸酯活性的理性设计 被引量：1
3
作者 王方略 张东晨 +1 位作者 吴学凤 邓胜松 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期4569-4575,共7页
为探究漆酶降解聚丙烯酸酯(PAA)/阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)的微观机理,采用对接模拟了其结构模型与枯草芽孢杆菌漆酶(B.subtilis laccase)的结合.根据⁃CDOCKER_Energy score打分最高的原则,对获得的最佳结合构象进行分析.然后基于亲和... 为探究漆酶降解聚丙烯酸酯(PAA)/阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM)的微观机理,采用对接模拟了其结构模型与枯草芽孢杆菌漆酶(B.subtilis laccase)的结合.根据⁃CDOCKER_Energy score打分最高的原则,对获得的最佳结合构象进行分析.然后基于亲和力虚拟氨基酸突变进行丙氨酸(ALA)扫描和饱和突变.结合模式分析表明,HPAM比PAA可更深地埋入活性口袋,B.subtilis laccase对HPAM的亲和力和结合能皆高于PAA.相互作用分析表明,疏水相互作用可能对B.subtilis laccase与底物的结合起到促进作用,而氢键作用会阻碍该酶与底物的结合.通过ALA扫描进一步得知,ARG487、GLY486和TYR133是B.subtilis laccase降解HPAM的关键氨基酸残基,而ASP113和TYR133是B.subtilis laccase降解PAA的关键氨基酸残基.通过饱和突变表明,ASP113>ARG可以提高B.subtilis laccase降解PAA的活性,这些数据为理性设计增强活性的B.subtilis laccase突变体提供了理论参考. 展开更多
关键词 漆酶 阴离子型聚丙烯酰胺(HPAM) 聚丙烯酸酯(PAA) 对接 虚拟氨基酸突变
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