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果汁中柑橘属成分实时荧光PCR检测方法 被引量:3
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作者 梁宇斌 牟靖芳 +1 位作者 李晓明 梁德沛 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2014年第16期84-90,共7页
通过分析20条不同柑橘属植物的trnL基因序列,设计柑桔属植物特异性扩增引物。通过对苹果、梨、葡萄等多种水果成分的特异性筛选,建立检测柑桔属植物成分的SYB Green实时荧光PCR检测方法,该方法对柑桔DNA的检测低限为0.1pg/μL。用该方... 通过分析20条不同柑橘属植物的trnL基因序列,设计柑桔属植物特异性扩增引物。通过对苹果、梨、葡萄等多种水果成分的特异性筛选,建立检测柑桔属植物成分的SYB Green实时荧光PCR检测方法,该方法对柑桔DNA的检测低限为0.1pg/μL。用该方法检测10种橙汁及其饮料商品,结果表明,该方法能够检测到橙汁中的柑桔属植物成分。该方法可用于果汁或食品中柑桔属植物成分的鉴别。 展开更多
关键词 果汁 柑橘属植物成分 trnl基因 实时荧光PCR SYB Green
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甘蔗叶绿体DNA的提取方法及其验证分析 被引量:3
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作者 岑华飞 黄玉新 +7 位作者 罗霆 周珊 高轶静 段维兴 杨翠芳 周会 张革民 刘昔辉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期546-550,共5页
[目的]探索适于普通实验室条件的甘蔗叶绿体DNA(cpDNA)提取方法,为甘蔗叶绿体分子生物学研究提供参考.[方法]参考水稻、小麦等作物cpDNA的DNase Ⅰ差速离心处理法,采用改良的DNase Ⅰ差速离心法提纯甘蔗cpDNA,并对其trnL基因序列进行... [目的]探索适于普通实验室条件的甘蔗叶绿体DNA(cpDNA)提取方法,为甘蔗叶绿体分子生物学研究提供参考.[方法]参考水稻、小麦等作物cpDNA的DNase Ⅰ差速离心处理法,采用改良的DNase Ⅰ差速离心法提纯甘蔗cpDNA,并对其trnL基因序列进行比对分析,证实所提取cpDNA的可行性.[结果]采用改良的DNase Ⅰ差速离心处理法提取能得到量多、杂质少的cpDNA,用Eppendorf蛋白核酸测定仪检测,平均每克甘蔗样可提取2.71 μg cpDNA,OD260/OD280为1.79~1.90.对提取的cpDNA的trnL基因序列进行比对分析,证实参试的甘蔗栽培种、斑割复合体后代及其回交材料的叶绿体trnL基因与已报道的甘蔗栽培种NCo 310、SP-80-3280和割手密HN0046的trnL基因相似度均在99.0%以上,并在381、386、389、392、393、400、488、490 bp等8个位点上检测出碱基突变、插入和缺失现象.[结论]采用改良的DNase Ⅰ差速离心处理法提取甘蔗叶绿体DNA具有可行性,提取的甘蔗cpDNA完全可以用于后续的分子水平研究. 展开更多
关键词 甘蔗 叶绿体DNA 提取 trnl基因 改良的DNase Ⅰ差速离心法
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基于核糖体DNA的ITS序列和叶绿体trnT-trnL及trnL-trnF基因间区的菊花起源与中国菊属植物分子系统学研究(英文) 被引量:7
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作者 赵惠恩 汪小全 +1 位作者 陈俊愉 洪德元 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第5期597-604,共8页
Several sequences were applied to resolve phylogenetic relationships within Dendranthema and clarify the origin of garden chrysanthemums including sequences of nrDNA ITS, trnT-trnL and trnL-trnF intergenic spacer regi... Several sequences were applied to resolve phylogenetic relationships within Dendranthema and clarify the origin of garden chrysanthemums including sequences of nrDNA ITS, trnT-trnL and trnL-trnF intergenic spacer regions in cpDNA. The relationships among the species are so close that the three sequences could only provide limited information. From the evidence presented, we suggest that: ① D.rhmobifolium be the chloroplast donor of D.vestitum (HN) with the resembling morphology and the same trnT/L IGS sequence. ② D.vestitum, a putative ancestor, may be not the chloroplast donor of garden chrysanthemums. D.lavand-ulifolium might be the chloroplast donor of the type population of D.indicum (HN) or the direct chloroplast donor of the ancient garden chrysanthemum cultivar. ③ D.zawaskii might be not the ancestor of garden chrysanthemums. 展开更多
关键词 核糖体DNA ITS序列 叶绿体 trnT-trnl基因 trnl—trnF基因 菊花 中国菊属植物 分子系统学
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基于trnL-trnF序列分析的何首乌PCR-RFLP分子鉴别 被引量:6
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作者 郑传进 生书晶 赵树进 《中药材》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期543-547,共5页
目的:建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术。方法:对何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF(trnL基因和trnF基因间隔区)序列进行比较分析。结果:何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF差异率为2.1%~22%,何首乌种内各居群... 目的:建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术。方法:对何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF(trnL基因和trnF基因间隔区)序列进行比较分析。结果:何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF差异率为2.1%~22%,何首乌种内各居群间trnL-trnF差异率为0%~1.5%。基于何首乌与其近缘种及其混淆品的trnL-trnF序列的差异,找出一个位于trnL5'-trnL3'间区的何首乌特征性Xba I酶切位点(T↓CTAGA),用Xba I酶对不同采集地的何首乌样品trnL-trnF序列扩增产物酶切后均得到含约804~819 bp和256 bp两个片段的PCR-RFLP图谱,而其混淆品trnL-trnF序列扩增产物因不能被Xba I酶切,图谱呈单一条带。结论:利用建立的PCR-RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品植物。 展开更多
关键词 何首乌 分子鉴别 trnl基因和trnF基因间隔区 PCR.RFLP
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青藏高原东北部及其邻近地区无苞香蒲的谱系地理学 被引量:2
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作者 丁振杰 于丹 徐新伟 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期759-766,共8页
第四纪冰期气候的反复变化对青藏高原及邻近地区植物的种群地理分布及种群遗传结构产生了巨大的影响。本研究对青藏高原东北部及其邻近地区无苞香蒲(Typha laxmannii)的15个种群148个个体的叶绿体rpl32-trn L间隔区和核基因(植物螯合肽... 第四纪冰期气候的反复变化对青藏高原及邻近地区植物的种群地理分布及种群遗传结构产生了巨大的影响。本研究对青藏高原东北部及其邻近地区无苞香蒲(Typha laxmannii)的15个种群148个个体的叶绿体rpl32-trn L间隔区和核基因(植物螯合肽合成酶,PS)进行测序,共发现2个叶绿体单倍型和8个核基因单倍型。所有的单倍型被共享,高原种群没有特有的单倍型。邻近地区种群的叶绿体遗传多样性和核基因遗传多样性分别是高原种群的4倍和2倍。高原种群的遗传分化水平明显高于邻近地区种群,其中高原种群的遗传分化主要存在于东部种群与西部种群之间。研究结果表明,冰期后从多个避难所回迁至高原台面和由此产生的奠基者效应造成了无苞香蒲在青藏高原东北及邻近地区目前的遗传多样性和基因谱系地理分布格局。 展开更多
关键词 TYPHA laxmannii 叶绿体rpl32-trnl基因间隔区 植物螯合肽合成酶基因 谱系地理
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中国桫椤科植物叶绿体trnL内含子和trnL-trnF基因间隔区序列的系统发育分析 被引量:12
6
作者 王艇 苏应娟 +3 位作者 郑博 李雪雁 陈国培 曾庆璐 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期137-142,共6页
运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C... 运用对PCR产物直接测序和克隆后测序的方法测定了蚌壳蕨科1种和桫椤科11种(其中桫椤分别测定19株,小羽桫椤测定2株)植物的叶绿体trnL基因内含子和trnL-trnF基因间隔区序列。12种植物相应的长度介于1004-1082之间,A+T平均含量60.9%,G+C平均含量39.1%。计算了不同种间以及种内不同个体间序列的碱基差别(转换值/颠换值)和Kimura遗传距离。序列数据经排列后分别进行最简约法、最大似然法和邻接法分析,结果显示:(1)白桫椤、海南白桫椤和大羽桫椤构成的分支最早和该科内其余植物组成的另一分支分歧,而后者又进一步分为两个亚分支,分别和桫椤亚属、黑桫椤亚属对应,支持夏群的分类处理;(2)大桫椤—狭羽桫椤—毛轴桫椤—篦齿桫椤、大羽桫椤—白桫椤—海南白桫椤以及小羽桫椤—桫椤各自构成独立、自然的末端分支,再参照分支内植物间的遗传距离取值,建议将此3个末端分支依次归并为3种:大桫椤、白桫椤和桫椤;(3)白桫椤属在科内处于基部位置,桫椤属的桫椤亚属和黑桫椤亚属为衍生分支,赞同Tryon关于桫椤科进化和囊群盖起源的假说。 展开更多
关键词 桫椤科 trnl内含子 trnl-trnF基因间隔区 系统发育
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桑树TrnL-trnF基因间隔区序列的特点及分析 被引量:9
7
作者 赵卫国 张志芳 +2 位作者 潘一乐 何家禄 史全良 《蚕业科学》 CAS CSCD 2002年第2期83-86,共4页
设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基... 设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基的插入和缺失 (主要是插入 /缺失dA)为进化形式 ,其余的发生了少数置换。除这些变异位点以外的核苷酸序列完全相同 ,说明两者有高度同源性 ,与桑科、菊科和蔷薇科的TrnL trnF基因间隔区序列有一定同源性。用Clustalx软件对 2 1份材料的TrnL trnF基因间隔区序列进行聚类分析 。 展开更多
关键词 桑树 trnl-trnF基因间隔区序列 聚类分析 特点
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中国独行菜族(十字花科)部分属种的分子系统学研究 被引量:7
8
作者 孙稚颖 李法曾 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期1674-1678,共5页
利用叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定,对中国独行菜族部分属及相关属植物进行了分子系统学研究,结果表明:独行菜族是多系类群,在分子树中,所研究的中国独行菜族部分属植物被分别聚在了3个不同的并列系中,其中,荠属(Cap... 利用叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定,对中国独行菜族部分属及相关属植物进行了分子系统学研究,结果表明:独行菜族是多系类群,在分子树中,所研究的中国独行菜族部分属植物被分别聚在了3个不同的并列系中,其中,荠属(Capsella)和亚麻荠属(Camelina)与南芥族的3个属聚在系Ⅰ,认为应将二者分别从独行菜族和大蒜芥族中移出,划入南芥族中;菥蓂属(Thlaspi)和菘蓝属(Isatis)与大蒜芥族的3个属聚成系Ⅱ,支持将二者移出独行菜族,划入大蒜芥族的观点;独行菜属(Lepidium)、臭荠属(Coronopus)和群心菜属(Cardaria)三者关系密切,组成系Ⅲ,其中臭荠嵌入独行菜属中,支持将臭荠属合并到独行菜属的处理意见. 展开更多
关键词 独行菜族 trnl内含子和trnl-F基因间隔区 分子系统学 中国
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基于种皮形态和叶绿体trnL-F对菘蓝属(十字花科)的系统学位置研究 被引量:3
9
作者 孙稚颖 郑纪庆 李法曾 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1978-1982,共5页
利用种皮微形态观察与叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定分析相结合,对十字花科菘蓝属植物及其相关属种的系统学关系进行了探讨。研究结果表明原属独行菜族的菘蓝属植物,其种皮特征与原属鸟头荠族的舟果荠属植物相似,同... 利用种皮微形态观察与叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列测定分析相结合,对十字花科菘蓝属植物及其相关属种的系统学关系进行了探讨。研究结果表明原属独行菜族的菘蓝属植物,其种皮特征与原属鸟头荠族的舟果荠属植物相似,同属一类型,而与独行菜族的模式属独行菜属植物、大蒜芥族的模式属大蒜芥属植物以及鸟头荠族的模式属鸟头荠属植物种皮微形态差异显著;在基于叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列所构建的系统发育树中,菘蓝属植物与舟果荠属植物距离最近,而与独行菜属、大蒜芥属、鸟头荠属植物具有一定的间隔,结合形态特征,本研究认为,菘蓝属与舟果荠属植物具有较近的亲缘关系,而不是同族的独行菜属植物。 展开更多
关键词 菘蓝属 种皮微形态 叶绿体trnl内含子和trnl-F基因间隔区 十字花科
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拟南芥属与盐芥属的亲缘关系:叶表皮和分子证据 被引量:2
10
作者 孙稚颖 张学杰 李法曾 《云南植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期632-638,共7页
观察了拟南芥属、盐芥属以及相关属的叶表皮微形态特征,并测定了叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列,对这两个属的亲缘关系进行了比较研究。研究结果初步表明:盐芥属与拟南芥属之间的亲缘关系较远,前者应置于大蒜芥族,与该族... 观察了拟南芥属、盐芥属以及相关属的叶表皮微形态特征,并测定了叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列,对这两个属的亲缘关系进行了比较研究。研究结果初步表明:盐芥属与拟南芥属之间的亲缘关系较远,前者应置于大蒜芥族,与该族中的山嵛菜属关系最近;后者则应放在南芥族而不是大蒜芥族。 展开更多
关键词 拟南芥属 盐芥属 系统学 叶表皮 trnl内含子和trnl-F基因间隔区
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拟南芥属的系统位置:种皮及分子证据 被引量:1
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作者 孙稚颖 郑纪庆 李法曾 《植物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期565-573,共9页
拟南芥属(Arabidopsis(L.)Heynhold)拥有现代分子生物学研究的模式植物拟南芥(A.thaliana(L.)Heynhold),但其属的系统位置及与近缘属关系争议较大。根据对拟南芥属及其相关属种的种皮微形态观察,结合测定分析各属种叶绿体DNA的trnL内含... 拟南芥属(Arabidopsis(L.)Heynhold)拥有现代分子生物学研究的模式植物拟南芥(A.thaliana(L.)Heynhold),但其属的系统位置及与近缘属关系争议较大。根据对拟南芥属及其相关属种的种皮微形态观察,结合测定分析各属种叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列,结果表明,拟南芥属的近缘属种包括荠属(Capsella Medic.)、亚麻荠属(Camelina(L.)Crantz)、须弥芥属(Crucihimalaya Al-Shehbaz et al.)、无苞芥属(Olimarabidopsis Al-Shehbaz et al.)、旗杆芥属(Turritis L.)、南芥属(Arabis L.)和糖芥属(Erysimum Kitagawa)。 展开更多
关键词 拟南芥属 十字花科 种皮微形态 trnl内含子 trnl-F基因间隔区
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nrDNA ITS和cpDNA rpl16基因测序法对六种鼠尾草的检测(英文) 被引量:2
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作者 郭会芳 阚显照 +1 位作者 张韧 陈鸿珊 《云南植物研究》 CSCD 北大核心 2008年第3期345-350,共6页
为从鼠尾草属植物中鉴别丹参品种,采用基因测序方法,用核糖体核酸内转录间隔区基因(nrDNAITS),编码核蛋白体大亚基多肽L16的基因(rpl16)及叶绿体DNA上包含trnL以及trnL和trnF间隔区的区域基因(trnL-trnF)的序列,检测六种鼠尾草属新鲜植... 为从鼠尾草属植物中鉴别丹参品种,采用基因测序方法,用核糖体核酸内转录间隔区基因(nrDNAITS),编码核蛋白体大亚基多肽L16的基因(rpl16)及叶绿体DNA上包含trnL以及trnL和trnF间隔区的区域基因(trnL-trnF)的序列,检测六种鼠尾草属新鲜植物。由于nrDNAITS和rpl16突变率较高,可以做为6种鼠尾草的基源鉴定标记,依此设计了两对特异引物,从6种鼠尾草中鉴定出丹参(Salvia miltiorrhi-za)和云南鼠尾草(S. yunnanensis)。但trnL-trnF突变率太低,未能用于鉴别。商品干燥中药材因加工和储藏的方式致使DNA降解严重,基因测序法难于应用。 展开更多
关键词 鼠尾草属 ITS基因 rpl16基因 trnl-trnF基因
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辣根属和豆瓣菜属(十字花科)系统位置的分子证据
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作者 孙稚颖 李法曾 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期296-299,共4页
对十字花科葶苈族的辣根属、南芥族的豆瓣菜属及相关属种植物的叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列进行了测定分析。结果表明,辣根属植物与南芥族的山芥属、蔊菜属、豆瓣菜属、碎米荠属在系统发育树中聚成一支,与葶苈族的模... 对十字花科葶苈族的辣根属、南芥族的豆瓣菜属及相关属种植物的叶绿体DNA的trnL内含子和trnL-F基因间隔区序列进行了测定分析。结果表明,辣根属植物与南芥族的山芥属、蔊菜属、豆瓣菜属、碎米荠属在系统发育树中聚成一支,与葶苈族的模式属葶苈属植物相隔较远,结合形态特征,本研究认为辣根属应从葶苈族移出,其系统位置应靠近山芥属、蔊菜属、豆瓣菜属、碎米荠属植物;此外,系统发育树中,豆瓣菜属植物并入碎米荠属中,表明二者具有更近的亲缘关系,本研究结果不支持《中国植物志》第33卷对辣根属和豆瓣菜属的系统位置的处理。 展开更多
关键词 辣根属 豆瓣菜属 叶绿体trnl内含子和trnl—F基因间隔区 十字花科
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基于trnL-F基因序列的铁兰属植物亲缘关系分析 被引量:1
14
作者 宿静 《南京林业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期175-178,共4页
以莺哥凤梨(Vriesea carinata)为外类群,利用Clustal X1.81和MEGA3.1软件对31种铁兰属植物的基因序列进行比对和分析,并构建分子系统树。结果表明:31种铁兰属植物供试材料的trnL-F序列长度在806~835 bp之间,变异位点22个,信... 以莺哥凤梨(Vriesea carinata)为外类群,利用Clustal X1.81和MEGA3.1软件对31种铁兰属植物的基因序列进行比对和分析,并构建分子系统树。结果表明:31种铁兰属植物供试材料的trnL-F序列长度在806~835 bp之间,变异位点22个,信息位点14个,平均遗传距离0.007,且在301~322 bp和826~830 bp处分别出现了插入和polyT序列。利用ML法建立的系统树显示,31个铁兰属植物分为3组。序列分析结果与形态学结果基本一致,表明trnL-F序列可用于铁兰属植物的亲缘关系分析,并可作为某些特定种的鉴定依据。 展开更多
关键词 铁兰属 trnl-F基因 亲缘关系
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基于trnL-trnF基因序列鉴定10种枸杞属种质资源 被引量:1
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作者 万如 王亚军 +2 位作者 赵建华 马婷慧 石志刚 《宁夏农林科技》 2020年第1期14-15,共2页
通过对10份枸杞属种质材料的叶绿体基因trnL-trnF进行克隆测序,获得10条DNA序列,经过比对分析及构建系统发育树,得出以下结果:①trnL-trnF序列总长为1156 bp,其中保守位点1146个,变异位点10个,包括简约信息位点9个,自裔位点1个;GC含量... 通过对10份枸杞属种质材料的叶绿体基因trnL-trnF进行克隆测序,获得10条DNA序列,经过比对分析及构建系统发育树,得出以下结果:①trnL-trnF序列总长为1156 bp,其中保守位点1146个,变异位点10个,包括简约信息位点9个,自裔位点1个;GC含量均值为35.9%;碱基转换颠换值为4.4。②获得的系统发育树分成了两大支,即黑果、W-12-30、黄果变和W-12-27聚为一大支,其余品种聚为一支,各分支内部均具有较高的自展支持率。因此,trnL-trnF序列可以作为初步鉴定枸杞属植物的DNA条形码。 展开更多
关键词 枸杞 trnl-trnF基因 DNA条形码 分子鉴定
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