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基于网络药理学的香附抗抑郁作用机制研究 被引量:41
1
作者 贾红梅 唐策 +3 位作者 刘欢 于猛 张宏武 邹忠梅 《药物评价研究》 CAS 2019年第1期49-55,共7页
目的基于网络药理学方法研究香附多成分-多靶点-多途径的抗抑郁潜在作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库、文献挖掘和本实验室已有研究收集香附化学成分,并依据类药原则进行筛选。使用PhamMapper和DrugBank数据库进... 目的基于网络药理学方法研究香附多成分-多靶点-多途径的抗抑郁潜在作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库、文献挖掘和本实验室已有研究收集香附化学成分,并依据类药原则进行筛选。使用PhamMapper和DrugBank数据库进行靶点预测和筛选,通过MAS 3.0及KEGG通路注释分析香附抗抑郁效应化学成分的作用通路,采用Cytoscape 3.6.1软件构建"化合物-核心靶点-通路"网络,预测其抗抑郁药效成分及相关作用靶点。结果香附中的69个化合物作用于103个靶点,29个核心靶点。构建的"化合物-核心靶点-代谢通路"网络预测发现,香附中48个化学成分直接或间接作用于15个核心靶点,8条抑郁相关代谢通路,主要涉及细胞过程、对应激的应答等生物过程,通过调节黏附斑、神经营养因子、血管内皮生长因子(VEGF)、促性腺激素释放激素(GnRH)、NOD样受体、胰岛素、趋化因子、ErbB信号通路发挥抗抑郁作用。结论网络药理学分析结果初步揭示了香附以多成分、多靶点、多通路的协同作用方式发挥抗抑郁效应机制。 展开更多
关键词 香附 网络药理学 抗抑郁 作用靶点 代谢通路 黏附斑 神经营养因子
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基于网络药理学的康莱特注射液3种主要成分抗肿瘤机制研究 被引量:35
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作者 王博龙 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期58-63,共6页
目的利用网络药理学分析康莱特注射液3种主要成分的抗肿瘤作用机制。方法以康莱特注射液中具有抗肿瘤作用的甘油三油酸酯、薏苡仁酯、薏苡素为研究对象,依托中药系统药理学数据库(TCMSP)、反向分子对接服务器(PharmMapper)、人类基因组... 目的利用网络药理学分析康莱特注射液3种主要成分的抗肿瘤作用机制。方法以康莱特注射液中具有抗肿瘤作用的甘油三油酸酯、薏苡仁酯、薏苡素为研究对象,依托中药系统药理学数据库(TCMSP)、反向分子对接服务器(PharmMapper)、人类基因组注释数据库(GeneCards)、药物治疗靶标数据库(TTD)进行靶点预测和筛选,借助Cytoscape 3.5.1软件构建活性成分-靶点-疾病网络,借助STRING平台构建靶蛋白相互作用网络,通过DAVID平台对靶点基因本位生物过程和KEGG信号通路进行富集分析。结果康莱特注射液活性成分作用于EGFR、PGR、PTGS2、AR、MAPK1等25个潜在抗肿瘤靶点,调控FoxO、前列腺癌、癌症、Rap1、TNF、Ras、MAPK信号通路,参与细胞增殖调控、蛋白激酶B信号调控、环氧合酶途径、细胞迁移调控等生物过程,可用于20多种癌症的治疗。结论本研究为进一步深入研究康莱特注射液抗肿瘤机制提供了新的线索与思路。 展开更多
关键词 康莱特注射液 网络药理学 癌症 靶点 通路
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荆芥-防风药对治疗荨麻疹作用机制的网络药理学研究 被引量:23
3
作者 马天翔 顾志荣 +4 位作者 孙岚萍 马转霞 吕鑫 许爱霞 葛斌 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期435-440,共6页
目的基于网络药理学方法探讨荆芥-防风药对治疗荨麻疹的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索荆芥、防风的化学成分和作用靶点,运用UniProt数据库查询靶点对应的基因,以Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络... 目的基于网络药理学方法探讨荆芥-防风药对治疗荨麻疹的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索荆芥、防风的化学成分和作用靶点,运用UniProt数据库查询靶点对应的基因,以Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络。借助OMIM、Digsee、TTD等数据库查询荨麻疹相关的基因,运用Venny 2.1.0筛选出荆芥-防风与荨麻疹的交集基因,并将筛选出的核心靶标蛋白导入STRING在线网站数据库,获取蛋白相互作用关系。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果化合物-靶点网络包含26个化合物和208个相应靶点,关键靶点涉及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、二肽激肽酶4(DPP4)、凝血因子Ⅱ(F2)、热休克蛋白HSP90α(HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1)等。荆芥-防风与荨麻疹蛋白质相互作用网络包含18个蛋白,关键蛋白涉及白介素2(IL2)、干扰素γ(IFNG)、白介素4(IL4)等。GO分析得到GO条目16个(靶点基因富集度>55%),其中生物过程(BP)条目13个,细胞组分(CC)条目3个;KEGG分析得到17条信号通路(P<0.05)。结论荆芥-防风药对可能通过RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、IL4、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点调节炎症细胞因子,并调控FCεRI信号通路、T细胞受体信号通路、Jak-STAT信号通路等发挥治疗荨麻疹的作用。 展开更多
关键词 荆芥 防风 药对 荨麻疹 网络药理学 靶点 通路 作用机制
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黄芪-当归治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究 被引量:21
4
作者 王单单 郭丽娜 +2 位作者 裴媛 杨忠杰 王瑞 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期566-575,共10页
目的基于网络药理学方法探讨黄芪-当归治疗糖尿病肾病的物质基础和作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP),以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.05为筛选条件,结合文献调研得到黄芪-当归候选化合物,并通过该数据库检... 目的基于网络药理学方法探讨黄芪-当归治疗糖尿病肾病的物质基础和作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP),以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.05为筛选条件,结合文献调研得到黄芪-当归候选化合物,并通过该数据库检索与候选化合物相关的作用靶点。通过TCMSP与比较毒物基因组学数据库(CTD)获得糖尿病肾病相关基因。通过在线韦恩图分析得到候选化合物与糖尿病肾病的交集基因。通过STRING 10.0数据库构建出交集蛋白相互作用网络。通过DAVID数据库对交集蛋白进行基因本体(GO)分析和基于京都基因与基因百科全书(KEGG)对信号通路富集分析。利用Cytoscape 3.6.1软件构建黄芪-当归治疗糖尿病肾病的成分-靶点-信号通路网络。结果所构建的黄芪-当归治疗糖尿病肾病的成分-靶点-信号通路网络涉及槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、咖啡酸酯等10个活性成分;涉及CCL2、IL-1β、IL-1α、VEGFA等12个潜在靶点;涉及糖尿病信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路及Nod样受体信号通路等31条信号通路。结论黄芪-当归药对可能通过槲皮素、异鼠李素等多种成分作用于CCL2、IL-1β等靶点,调控糖尿病、Nod样受体等多条信号通路,进而发挥治疗糖尿病肾病的作用。 展开更多
关键词 黄芪 当归 药对 糖尿病肾病 网络药理学 靶点 通路 作用机制 槲皮素 异鼠李素
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白芷治疗痤疮的网络药理学作用机制 被引量:21
5
作者 陈湘君 刘靖 《广州中医药大学学报》 CAS 2019年第10期1624-1631,共8页
【目的】基于网络药理学探究中药白芷治疗痤疮的可能作用机制。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获取白芷的活性成分。采用反向分子对接服务器(DRAR-CPI)获取白芷作用靶标,并利用GeneCards和在线人类孟德... 【目的】基于网络药理学探究中药白芷治疗痤疮的可能作用机制。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获取白芷的活性成分。采用反向分子对接服务器(DRAR-CPI)获取白芷作用靶标,并利用GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选白芷活性成分治疗痤疮的潜在靶标。结合String数据库和Cytoscape的Network Analyzer工具,得出潜在靶标蛋白的相互作用关系。通过Systems Dock Web Site将靶标蛋白分别与白芷的活性成分进行分子对接。利用DAVID数据库,对潜在靶标基因进行基因本体论(GO)分类富集分析与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。【结果】从白芷中筛选出活性成分20个,作用于55个靶标,主要通过调控磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/丝苏氨酸蛋白激酶Akt、核因子kappa B(NF-κB)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、成纤维细胞生长因子受体2(FGFR2)等信号通路来发挥治疗痤疮的作用。【结论】应用网络药理学的方法初步预测出白芷治疗痤疮的可能活性成分和信号通路。 展开更多
关键词 白芷 痤疮 网络药理学 靶标 信号通路
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黄芩汤治疗溃疡性结肠炎分子作用机制的网络药理学研究 被引量:18
6
作者 李敏瑶 温晓雯 +2 位作者 黄海阳 靳晓利 郑学宝 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期199-205,共7页
目的基于网络药理学探讨黄芩汤治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis,UC)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选黄芩汤的潜在活性成分(OB≥30%,DL≥0.18),采用Swiss数据库预测其作用靶点;与Disgenet数据库获得的UC疾病靶点相映射,得... 目的基于网络药理学探讨黄芩汤治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative colitis,UC)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库筛选黄芩汤的潜在活性成分(OB≥30%,DL≥0.18),采用Swiss数据库预测其作用靶点;与Disgenet数据库获得的UC疾病靶点相映射,得到黄芩汤治疗UC的潜在靶点。利用Cytoscape软件构建"黄芩汤-活性化合物-潜在作用靶点"网络和蛋白质相互作用网络,并使用David数据库对黄芩汤的作用靶点进行GO生物功能分析和KEGG通路富集分析。结果得到黄芩汤治疗UC关键靶点58个;甘草苷(Liquiritin)、甘草吡喃香豆酮(Licopyranocoumarin)、黄芩黄素(Baicalein)、黄连碱(Coptisine)、汉黄芩素(Wogonin)、鲨烯(Supraene)等可能是黄芩汤治疗UC的主要活性成分;其作用于ESR1、PTGS1、PTGS2、PTPN2、ABCG2等靶点,参与转录调控、低氧反应以及药物反应等生物过程,通过Ras-PI3K-Akt通路、Ras-PI3K-Akt-HIF-1α通路、NF-κB通路及MAPK-PI3K/AKT通路等发挥治疗UC的作用。结论黄酮类化合物在黄芩汤抗UC的作用机制中具有重要意义,调节炎症通路及干预炎症的发生发展可能是黄芩汤抗UC作用的重要机制。 展开更多
关键词 网络药理学 黄芩汤 黄酮类化合物 溃疡性结肠炎 靶点 通路 作用机制
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基于网络药理学六君子汤治疗胃癌的物质基础与作用机制研究 被引量:18
7
作者 余平 郑建红 楼婷婷 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1508-1515,共8页
目的探讨六君子汤治疗胃癌的药效物质基础与潜在的作用机制。方法依托TCMSP 和TCM-MESH 数据库平台对六君子汤中的活性成分进行检索和筛选;利用SwissTargetPrediction,TTD,CTD,GeneCards 等数据库对六君子汤活性成分以及胃癌相关靶点进... 目的探讨六君子汤治疗胃癌的药效物质基础与潜在的作用机制。方法依托TCMSP 和TCM-MESH 数据库平台对六君子汤中的活性成分进行检索和筛选;利用SwissTargetPrediction,TTD,CTD,GeneCards 等数据库对六君子汤活性成分以及胃癌相关靶点进行预测和筛选,进而构建活性成分-靶点网络图。对得到的靶点通过STRING 进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络构建并筛选核心靶点,进而通过ONCOMINE 数据库分析核心靶点在胃癌中的表达。利用DAVID 在线数据库对靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)和KEGG 通路富集分析以探讨靶点的生物学意义。对于得到的活性成分,作用于胃癌的靶点以及所富集的通路,构建六君子汤成分-靶点-通路网络图。结果从六君子汤中筛选得到21 个活性有效成分和43 个作用于胃癌的相关靶点。靶点的PPI 网络分析得到6 个核心靶点,在ONCOMINE 数据库的胃癌样本和正常样本中均存在显著的表达差异。对靶点的GO 和KEGG 通路富集分析结果显示这些靶点富集在生物过程的条目有74 个,细胞组分的有9 个,分子功能的有15 个,而富集的KEGG 通路有78 条,涉及肿瘤、信号通路、病毒致癌、凋亡、癌症中的蛋白多糖等多种与胃癌密切相关的通路。六君子汤成分-靶点-通路网络图揭示了六君子汤中的药效物质和作用靶点,以及靶点与疾病通路之间的互作关系。结论本研究初步明确了六君子汤通过多成分-多靶点-多通路治疗胃癌的作用机制,为深入研究六君子汤的药效物质基础和作用机制奠定基础。 展开更多
关键词 六君子汤 胃癌 活性成分 靶点 通路
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百合知母汤抗抑郁作用机制的网络药理学研究 被引量:18
8
作者 王博龙 刘志强 陈春林 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期988-995,共8页
目的利用网络药理学探讨百合知母汤抗抑郁的作用机制。方法针对已报道百合知母汤中抗抑郁的活性成分,并依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库、反向分子对接服务器(DRAR-CPI)、人类基因组注释数据库(Gene Cards)预测和筛选百合知... 目的利用网络药理学探讨百合知母汤抗抑郁的作用机制。方法针对已报道百合知母汤中抗抑郁的活性成分,并依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库、反向分子对接服务器(DRAR-CPI)、人类基因组注释数据库(Gene Cards)预测和筛选百合知母汤的抗抑郁作用靶点。借助Cytoscape 3.5.1软件构建百合知母汤活性成分-作用靶点网络,借助STRING平台构建靶蛋白互作网络,通过生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点GO生物过程及KEGG代谢通路进行分析。结果百合知母汤筛选出11个活性成分,作用于106个抑郁相关靶点,调控神经营养因子、Fox O、胰岛素、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、PI3K-Akt、催乳素等代谢通路,参与蛋白水解、蛋白磷酸化、信号转导、RNA调控等主要生物过程。结论百合知母汤可通过作用于神经、激素等相关的靶点及通路,发挥抗抑郁作用。 展开更多
关键词 网络药理学 百合知母汤 抑郁 靶点 通路
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黄芪-莪术对胃癌前病变作用机制的网络药理学分析 被引量:17
9
作者 李嘉丽 杨泽虹 +4 位作者 杨良俊 李思怡 刘伟 刘洋 潘华峰 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1434-1441,共8页
目的基于网络药理学方法探讨黄芪-莪术药对对胃癌前病变(GPL)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取黄芪、莪术化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30%及类药性(DL)≥0.18为条件,结合文献研究筛选出黄芪-莪术药对的主要... 目的基于网络药理学方法探讨黄芪-莪术药对对胃癌前病变(GPL)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取黄芪、莪术化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30%及类药性(DL)≥0.18为条件,结合文献研究筛选出黄芪-莪术药对的主要活性成分;通过TCMSP及Swiss Target Prediction查找筛选其活性成分的对应靶点,利用UniProt数据库查询靶点蛋白对应的人类基因。通过Genecards数据库收集有关GPL的靶点,映射至黄芪-莪术药对活性成分靶点基因,构建黄芪-莪术药对活性成分-靶点网络,利用STRING网站构建交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),选出关键靶点基因。将共同靶基因通过Enricher数据库进行GO功能富集与KEGG生物通路富集分析,并利用Cytoscape 3.6.1软件构建靶点-通路网络。结果共检索出166个化合物,筛选得到黄芪-莪术药对活性成分28个,共同靶基因112个,PPI网络中度值≥30的关键基因有26个;GO生物学过程相关条目45条、分子功能相关条目9条及细胞组分相关条目2条;KEGG通路共18条,涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路及p53信号通路等。结论黄芪-莪术药对可能通过多成分、多靶点、多途径参与调控肿瘤细胞增殖与凋亡等多种生理过程,发挥对GPL的干预作用。 展开更多
关键词 黄芪 莪术 网络药理学 胃癌前病变 靶点 通路 作用机制
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金铃子散作用机制的网络药理学分析 被引量:16
10
作者 郑雅 王博龙 邹盛勤 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1211-1221,共11页
目的基于网络药理学方法分析金铃子散的作用机制。方法通过TCMSP数据库和BATMAN-TCM分析平台对金铃子散的主要成分及作用靶点进行筛选,将得到的靶点导入Cytoscape 3.7.0软件中构建金铃子散活性成分-靶点网络。运用STRING平台构建靶蛋白... 目的基于网络药理学方法分析金铃子散的作用机制。方法通过TCMSP数据库和BATMAN-TCM分析平台对金铃子散的主要成分及作用靶点进行筛选,将得到的靶点导入Cytoscape 3.7.0软件中构建金铃子散活性成分-靶点网络。运用STRING平台构建靶蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape软件中的BINGO及MCODE插件对靶点基因本体(GO)进行生物过程富集和聚类分析,借助DAVID数据库对关键靶点进行KEGG信号通路分析。结果共获得川楝素、延胡索乙素、延胡索甲素、四氢小檗碱、去氢延胡索甲素、四氢非洲防己碱、黄藤素等20个主要活性成分及220个作用靶点;其中发现了细胞肿瘤抗原p53(TP53)、转录因子AP-1(JUN)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素6(IL6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、肿瘤坏死因子(TNF)、原癌基因c-fos(FOS)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等41个关键靶点。聚类分析1 169个GO生物过程,得到炎症反应调节、白细胞增殖及趋化调节、细胞迁移、细胞周期、免疫反应、转录因子活性调节等40个主要子簇,以及肿瘤坏死因子、T/B细胞受体信号通路、幽门螺杆菌感染上皮细胞信号转导、癌症通路、p53信号通路、细胞凋亡等88条通路。结论金铃子散不仅具有抗炎、镇痛的药理作用,主治消化及心血管系统炎性、疼痛性疾病,还可能具有显著的抗癌功效,值得进一步研究。 展开更多
关键词 金铃子散 网络药理学 靶点 通路 抗炎 镇痛 抗癌
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麻黄-苍术治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨 被引量:15
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作者 杨璐平 盖聪 +4 位作者 周梦琪 马浩洁 张宇昕 张锦坤 孙红梅 《中药材》 北大核心 2020年第7期1779-1785,共7页
目的:通过网络药理学探究麻黄-苍术治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其作用机制。方法:利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库和相关文献筛选出麻黄-苍术的活性成分及靶标;通过GeneCards数据库筛选2019-nCoV的预测靶点;... 目的:通过网络药理学探究麻黄-苍术治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其作用机制。方法:利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库和相关文献筛选出麻黄-苍术的活性成分及靶标;通过GeneCards数据库筛选2019-nCoV的预测靶点;将两者靶点进行映射;利用Cytoscape3.7.2数据库构建活性成分-靶点网络图并筛选出核心靶点;再通过GOEAST、DAVID分别进行GO生物过程、KEGG通路富集分析。结果:根据筛选条件共获得麻黄-苍术活性成分32个,潜在作用靶点216个;与2019-nCoV共同靶点48个,关键靶点10个;获得1303条GO生物过程,在细胞生物过程正调控、生物节律调节、细胞对刺激的反应等方面靶点富集较集中;56条KEGG信号通路,靶点在甲型流感、百日咳、肺结核、乙型肝炎等通路上富集较多。结论:麻黄-苍术通过多靶点、多通路起到抗病毒、抑菌退热、止咳化痰、调节免疫的作用,最终达到治疗COVID-19的效果。 展开更多
关键词 麻黄-苍术 新型冠状病毒肺炎 网络药理学 靶点 信号通路
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基于网络药理学预测二妙丸“一方多效”的分子机制 被引量:15
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作者 刘志强 王博龙 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第18期198-206,共9页
目的:基于网络药理学思路与方法,研究二妙丸中有效成分、靶点、通路之间的关系,预测其可能的"一方多效"药理机制。方法:依托中药分子机制的生物信息学分析工具服务器(BATMAN-TCM)对二妙丸进行成分-靶点的预测和筛选,借助检索相互... 目的:基于网络药理学思路与方法,研究二妙丸中有效成分、靶点、通路之间的关系,预测其可能的"一方多效"药理机制。方法:依托中药分子机制的生物信息学分析工具服务器(BATMAN-TCM)对二妙丸进行成分-靶点的预测和筛选,借助检索相互作用的基因/蛋白质的搜索工具平台(STRING)构建靶蛋白互作网络,利用Bi NGO和MCODE插件对靶基因进行基因本体(GO)生物过程富集和聚类分析,通过注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)平台对关键靶点京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路进行富集分析。结果:二妙丸活性成分作用于血清白蛋白(ALB),丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),肿瘤坏死因子(TNF),前列腺素内环氧合酶2(PTGS2),5-羟色胺受体2A(HTR2A),腺苷脱氨酶(ADA),糖皮质激素受体(NR3C1)等37个关键靶点;参与炎症反应、神经传导、金属阳离子稳态平衡、氧化还原、脂质代谢、核苷酸代谢等GO生物过程;调控TNF,TRP通道炎症调控,FcεRI信号通路,Ⅱ型糖尿病,钙离子信号通路,5-羟色胺以及多种信号转导、肿瘤、细胞色素P450通路。结论:二妙丸除具有治疗痛风、关节炎、湿疹等炎症疾病外,还可能具有抗糖尿病周围神经病变、治疗神经系统、胃肠系统、心血管系统疾病的"一方多效"作用。 展开更多
关键词 二妙丸 网络药理学 聚类分析 靶点 通路 蛋白互作
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基于网络药理学的鱼腥草滴眼液治疗干眼作用机制探讨 被引量:14
13
作者 农璐琪 刘自强 +4 位作者 韩梦雨 訾迎新 邓宇 孟欢 金明 《中国现代中药》 CAS 2021年第2期303-310,共8页
目的:探讨鱼腥草滴眼液治疗干眼的成分靶点及作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台检索收集鱼腥草滴眼液中化学成分并筛选活性成分,多个数据库联用检索查询成分和疾病对应的靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分... 目的:探讨鱼腥草滴眼液治疗干眼的成分靶点及作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台检索收集鱼腥草滴眼液中化学成分并筛选活性成分,多个数据库联用检索查询成分和疾病对应的靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,对成分靶点与疾病靶点进行可视化分析;利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并进行分析;运用Bioconductor数据库R语言软件包进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,进一步分析靶点功能及机制通路。结果:共筛选出鱼腥草有效活性成分30个,与干眼的交集靶点128个。根据“药物-成分-疾病-靶点”网络拓扑图,鱼腥草治疗干眼的主要有效成分有23个,包括癸醛、乙酸龙脑酯、山柰酚、槲皮素、芦丁等。根据PPI网络,鱼腥草治疗干眼的潜在作用靶点度值排名前10的有Jun、蛋白激酶B1(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、转录因子p65(RelA)、白细胞介素-8(CXCL8)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、表皮生长因子受体(EGFR)、MAPK8和IL-1β。GO分析提示,鱼腥草治疗干眼的关键靶点富集在细胞因子受体结合、受体配体活动、细胞因子活性等功能上;KEGG通路富集分析则显示,鱼腥草治疗干眼涉及了包括糖尿病并发症中的晚期糖基化产物及其受体信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和IL-17信号通路等在内的多条作用通路。结论:鱼腥草滴眼液主要成分鱼腥草治疗干眼的作用机制可能与抗炎、抑制细胞凋亡等有关。 展开更多
关键词 鱼腥草 网络药理学 干眼 靶点 通路 作用机制
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半枝莲主要黄酮类成分抗癌协同机制的网络药理学分析 被引量:14
14
作者 朱晓芹 郑雅 +1 位作者 刘志强 王博龙 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1037-1044,共8页
目的基于网络药理学方法探讨半枝莲主要黄酮类成分抗癌的协同机制。方法综合考量成分含量及其活性,通过文献分析筛选半枝莲黄酮抗癌的主要成分。运用TCMSP、Swiss Target Prediction及PubMed数据库检索主要成分的潜在靶点,在GeneCards、... 目的基于网络药理学方法探讨半枝莲主要黄酮类成分抗癌的协同机制。方法综合考量成分含量及其活性,通过文献分析筛选半枝莲黄酮抗癌的主要成分。运用TCMSP、Swiss Target Prediction及PubMed数据库检索主要成分的潜在靶点,在GeneCards、Open Targets、GenCLiP 3数据库中检索癌症相关的疾病靶基因,构建半枝莲主要黄酮类成分-抗癌靶点网络。利用STRING及Metascape数据库进行靶蛋白的互作网络及模块分析,根据网络拓扑参数得到半枝莲主要黄酮类成分抗癌的关键靶点。利用DAVID 6.8平台对关键靶点进行GO生物过程和KEGG通路富集分析。应用Cytoscape 3.6.1软件构建半枝莲主要黄酮类成分-抗癌关键靶点-信号通路网络。结果以野黄芩苷、芹菜素、木犀草素、黄芩苷、汉黄芩素等5种黄酮作为半枝莲黄酮抗癌的主要成分,得到主要黄酮类成分的70个抗癌靶点。5个主要黄酮类成分可作用于TP53、AKT1、VEGFA、CCND1、STAT3、MTOR、MAPK1、CTNNB1等24个关键靶点;参与DNA转录正调控、线粒体凋亡、蛋白质磷酸化、细胞增殖等生物过程;调控胰腺癌、前列腺癌、结直肠癌、PI3K-Akt、VEGF、MAPK、mTOR等信号通路。结论半枝莲的主要黄酮类成分能够多成分、多靶点、多通路发挥协同抗癌作用,是半枝莲抗癌的药效物质基础,木犀草素、AKT1、PI3K-Akt可能是其抗癌的最佳成分、靶点及通路。 展开更多
关键词 半枝莲 黄酮类成分 网络药理学 癌症 靶点 通路 木犀草素 AKT1 PI3K-AKT
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基于网络药理学的黄芪和三七主要有效成分配伍抗缺血性脑损伤作用机制研究 被引量:14
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作者 唐标 唐文静 邓常清 《中国中医药信息杂志》 CAS CSCD 2019年第7期109-113,共5页
目的采用网络药理学方法探讨黄芪和三七主要有效成分配伍抗缺血性脑损伤作用机制,为成分筛选提供参考。方法文献检索结合前期研究确定黄芪和三七抗缺血性脑损伤主要有效成分,通过DRAR-CPI数据库预测有效成分作用靶点,多数据库联合检索... 目的采用网络药理学方法探讨黄芪和三七主要有效成分配伍抗缺血性脑损伤作用机制,为成分筛选提供参考。方法文献检索结合前期研究确定黄芪和三七抗缺血性脑损伤主要有效成分,通过DRAR-CPI数据库预测有效成分作用靶点,多数据库联合检索脑缺血相关疾病靶点。采用Cytoscape3.2.1软件构建有效成分-靶点网络、作用靶点蛋白相互作用(PPI)网络及疾病靶点PPI网络,交叉融合并筛选核心靶点。利用DAVID数据库对核心靶点进行生物过程和信号通路富集分析。结果筛选出的194个核心靶点主要关联脑缺血凋亡、自噬、神经营养因子的保护作用、血管新生及炎症反应等多个过程。此外,靶点参与了脑缺血中PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、神经营养因子信号通路、血管新生途径及多种炎症反应途径。结论上述生物过程和通路介导了黄芪和三七主要有效成分抗缺血性脑损伤的潜在机制,可为成分筛选提供参考。 展开更多
关键词 黄芪 三七 脑缺血 网络药理学 靶点 信号通路
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基于系统药理学的雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制研究 被引量:14
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作者 陈瑾 刘传鑫 +4 位作者 杨培 曾琪 陈敏 雷仲夏 詹雪艳 《药物评价研究》 CAS 2019年第9期1705-1722,共18页
目的基于系统药理学方法研究雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制。方法基于中药系统药理学平台(TCMSP)数据库和文献搜索,建立雷公藤配伍甘草化学成分库。运用DRAR-CPI、中医分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)等在线预测... 目的基于系统药理学方法研究雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制。方法基于中药系统药理学平台(TCMSP)数据库和文献搜索,建立雷公藤配伍甘草化学成分库。运用DRAR-CPI、中医分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)等在线预测网站,预测成分靶标,并与疾病靶标取交集得到雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用靶标。通过作用靶标反向筛选潜在活性成分,并用超高效液相色谱-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF/MS)分析手段对活性成分进行验证。利用GeneMANIA数据库搜索间接靶标并利用蛋白互作筛选关键靶标,采用分子对接技术(SystemsDock)对潜在活性成分和关键靶标进行匹配,验证前期靶标筛选的可靠性以及反向药效团匹配的正确性。通过GO和京都基因与基因组百科全书通路分析(KEGG)生物学注释分析关键作用通路,探讨雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎作用机制。结果共得到33个化学成分和47个潜在靶标,其中32个成分31个靶标和35条通路与药对治疗类风湿性关节炎有密切关系,主要涉及花生四烯酸代谢通路、白介素(IL)-17信号通路、核因子(NF)-κB信号通路等炎症通路以及T细胞受体信号通路、C型凝集素受体信号通路等与免疫相关的通路。结论雷公藤配伍甘草治疗类风湿性关节炎主要通过炎症与免疫调节等多条途径得以实现。 展开更多
关键词 雷公藤 甘草 类风湿性关节 系统药理学 靶点 通路 机制
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Ursolic acid: An overview on its cytotoxic activities against breast and colorectal cancer cells 被引量:12
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作者 Eric Wei Chiang Chan Chu Yong Soon +2 位作者 Joash Ban Lee Tan Siu Kuin Wong Yew Woh Hui 《Journal of Integrative Medicine》 CAS CSCD 2019年第3期155-160,共6页
Ursolic acid(UA) is a pentacyclic triterpene of the ursane type. As a common chemical constituent among species of the family Lamiaceae, UA possesses a broad spectrum of pharmacological properties. This overview focus... Ursolic acid(UA) is a pentacyclic triterpene of the ursane type. As a common chemical constituent among species of the family Lamiaceae, UA possesses a broad spectrum of pharmacological properties. This overview focuses on the anticancer properties of UA against breast cancer(BC) and colorectal cancer(CRC)that are most common among women and men, respectively. In vitro studies have shown that UA inhibited the growth of BC and CRC cell lines through various molecular targets and signaling pathways.There are several in vivo studies on the cytotoxic activity of UA against BC and CRC. UA also inhibits the growth of other types of cancer. Studies on structural modifications of UA have shown that the –OH groups at C3 and at C28 are critical factors influencing the cytotoxic activity of UA and its derivatives.Some needs for future research are suggested. Sources of information were from ScienceDirect, Google Scholar and PubMed. 展开更多
关键词 Ursolic ACID CYTOTOXIC Molecular targets SIGNALING pathways
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食管癌分子靶向治疗的新进展 被引量:13
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作者 刘向明 马明全 《国际生物医学工程杂志》 CAS 2018年第6期549-555,共7页
食管癌是世界范围内第八位常见的癌症,也是中国最普遍的恶性肿瘤之一.尽管诸如手术、放化疗等综合治疗的手段不断进步,但食管癌患者的预后及5年存活率仍然较差.针对食管癌的靶向治疗是通过调控相关信号通路,从而阻止食管癌细胞的增殖和... 食管癌是世界范围内第八位常见的癌症,也是中国最普遍的恶性肿瘤之一.尽管诸如手术、放化疗等综合治疗的手段不断进步,但食管癌患者的预后及5年存活率仍然较差.针对食管癌的靶向治疗是通过调控相关信号通路,从而阻止食管癌细胞的增殖和迁移并促进凋亡的一种治疗方法.至今,已发现多种食管癌的分子靶点及相关调控机制,并设计出多种靶向治疗药物,其中有些已在临床实验中取得一定效果.目前针对传统的分子靶点,如人表皮生长因子受体-2(HER-2)、血管内皮生长因子受体(VEGFR)、表皮生长因子受体(EGFR)等靶向治疗药物(单克隆抗体和酪氨酸酶抑制剂)在食管癌治疗中已取得临床效果.多种信号通路上的关键激酶,如雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、AXL、C-MET、极光激酶A(AURKA)等作为分子靶点并由此开发出针对食管癌的靶向治疗药物,已取得初步进展.同时,以程序性细胞死亡蛋白1(PD-1)为靶点的食管癌免疫治疗显示出良好前景,相关免疫治疗药物,如派姆单抗等已取得较好的治疗效果.此外,针对食管癌亦发现一些新靶点,如基质金属蛋白酶9(MMP-9)和环氧合酶-2(COX-2)等,可作为食管癌治疗的潜在靶点. 展开更多
关键词 食管癌 分子靶点 靶向治疗 信号通路
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基于网络药理学探讨桂枝茯苓丸治疗良性前列腺增生的作用机制 被引量:13
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作者 杨安平 刘辉 +2 位作者 范丽霞 廖婉琴 刘芳 《中药材》 CAS 北大核心 2020年第6期1456-1461,共6页
目的:采用网络药理学方法探究桂枝茯苓丸治疗良性前列腺增生的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选桂枝茯苓丸所含重要化学成分,利用BATMAN数据库、CTD数据库筛选成分靶蛋白,利用Metascape对靶蛋白GO BP、KEG... 目的:采用网络药理学方法探究桂枝茯苓丸治疗良性前列腺增生的作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选桂枝茯苓丸所含重要化学成分,利用BATMAN数据库、CTD数据库筛选成分靶蛋白,利用Metascape对靶蛋白GO BP、KEGG pathway及Reactome Gene Sets富集分析,利用cytoscape构建"成分-靶蛋白-通路"药理学网络图,并通过Autodock软件对关键小分子和靶标之间的分子对接验证。结果:通过网络药理学对桂枝茯苓丸分析得到14种关键成分,对应44个关键靶标,其中ESR1、ANXA1、PRKCA、AR、RXRA属于关键成分网络关系中的hub蛋白。关键靶标对应20条关键的相关通路,包括细胞对药物的反应、肌肉收缩的调节、一元羧酸代谢过程、生殖过程中的发育过程、维生素D代谢过程、心肌细胞中的肾上腺素能信号、细胞酮代谢过程、消化、细胞对异生素刺激的反应、有机羟基化合物代谢过程、类固醇代谢过程、对有机磷的反应、上皮细胞增殖、细胞对脂质的反应、类固醇分解代谢过程、对雌二醇的反应、女性生殖器发育类固醇激素的代谢、对维生素D的反应、内分泌和其他因素调节的钙重吸收。通过分子对接,得到白桦脂酸(Mairin)与雌激素受体α(ESR1)对接的最优模型,证明ESR1为Mairin的潜在靶标。结论:桂枝茯苓丸可能作用机制为白桦脂酸发挥雌激素样作用,与雌激素受体α结合,抑制前列腺增生。 展开更多
关键词 网络药理学 桂枝茯苓丸 良性前列腺增生 靶标 通路 机制
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基于网络药理学探讨热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎机制研究 被引量:12
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作者 孙浠哲 张宇驰 +1 位作者 刘雨新 王桂媛 《中药材》 北大核心 2020年第7期1786-1793,共8页
目的:基于网络药理学的研究方法,筛选热毒宁注射液中的活性化合物,预测热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用靶点及信号通路,探讨作用机制。方法:利用TCMSP数据库筛选热毒宁注射液的活性化合物及对应的作用靶点;通过GeneCards数... 目的:基于网络药理学的研究方法,筛选热毒宁注射液中的活性化合物,预测热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用靶点及信号通路,探讨作用机制。方法:利用TCMSP数据库筛选热毒宁注射液的活性化合物及对应的作用靶点;通过GeneCards数据库及OMIM数据库获取COVID-19的相关靶点;用Cytoscape3.7.2软件和STRING数据库构建药物-化合物-靶点网络和PPI网络;利用Bioconductor对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:热毒宁注射液筛选得到活性化合物27个,相应的作用靶点211个。与COVID-19的共同靶点44个,GO富集分析得到条目1501个,KEGG通路富集分析得到相关通路45条,主要为IL-17信号通路、C-型凝集素受体信号通路、HIF-1信号通路及NF-κB信号通路。结论:热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制可能与其活性化合物通过多靶点、多通路进行抗炎、免疫调节等作用有关。 展开更多
关键词 热毒宁注射液 新型冠状病毒肺炎 网络药理学 靶点 信号通路
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