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植物干旱和盐胁迫响应相关miRNA研究进展
1
作者 宋子荷 甄艳 《南京林业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1-11,共11页
非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是一类由生物基因组转录产生但不编码蛋白质的遗传信息分子,作为表观遗传学研究的主要内容,曾一度被视为基因组中的“暗物质”或“转录噪音”。最广为人知的微小RNA(microRNA,miRNA)是在进化上高度保守... 非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)是一类由生物基因组转录产生但不编码蛋白质的遗传信息分子,作为表观遗传学研究的主要内容,曾一度被视为基因组中的“暗物质”或“转录噪音”。最广为人知的微小RNA(microRNA,miRNA)是在进化上高度保守的一类长20~24个核苷酸的短链非编码小分子RNA,通过与靶位点碱基互补配对切割降解靶基因转录本或抑制其翻译,从而实现对生物体生长发育等过程的调控。随着小RNA测序和降解组测序等miRNA研究手段的发展,越来越多的miRNA及其生物学功能在动植物中被相继报道,揭示了miRNA在逆境响应过程中的重要调控作用。笔者较为系统地论述了植物miRNA的特征、合成过程、作用方式及其在抗旱耐盐方面的研究进展,以期揭示植物抗旱耐盐的miRNA调控机理,为创制抗旱耐盐新种质提供依据。 展开更多
关键词 非编码rna 盐胁迫 干旱胁迫 小rna测序 降解组
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应用高通量测序技术检测与奶牛乳产量和乳质量调控相关的miRNA 被引量：4
2
作者 金晶 王学辉 +2 位作者 王春梅 李庆章 王媛 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期706-713,共8页
本实验将中国荷斯坦牛泌乳期高乳品质奶牛(H)和泌乳期低乳品质奶牛(L)乳腺组织作为实验对象,利用高通量测序技术进行了miRNA测序,与miRNA数据库比对,获得已知miRNA,整合miREvo和mir Deep2这两个miRNA预测软件,进行新miRNA分析,通过差异... 本实验将中国荷斯坦牛泌乳期高乳品质奶牛(H)和泌乳期低乳品质奶牛(L)乳腺组织作为实验对象,利用高通量测序技术进行了miRNA测序,与miRNA数据库比对,获得已知miRNA,整合miREvo和mir Deep2这两个miRNA预测软件,进行新miRNA分析,通过差异表达分析筛选组间差异miRNAs,获得56个差异表达miRNA(P<0.05,FDRq<0.05)并对差异表达miRNA进行靶基因预测;利用DAVID对靶基因进行GO(Gene Ontology)和信号通路富集分析。经过对靶基因筛选,发现了4个已报道与乳蛋白、乳脂紧密相关的功能基因:CSN3、SCD、LALBA和DGAT2。靶基因聚集的生物学功能多数参与了蛋白质和脂肪代谢,乳腺发育和分化,以及免疫功能。靶基因主要富集在MAPK信号通路、甘油磷酸脂质代谢、缺氧诱导因子1和磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号转导通路。结果显示,靶基因主要富集在糖类代谢、脂肪代谢、蛋白质代谢、细胞凋亡以及免疫相关通路。 展开更多
关键词 中国荷斯坦牛 乳成分 small rna-seq
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水稻microRNA及其靶基因的系统鉴定 被引量：1
3
作者 马轩 莫蓓莘 曹晓风 《华南师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2017年第3期55-58,共4页
microRNA(miRNA)在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.研究发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39%具有可检测的表达.此外,对水稻降解... microRNA(miRNA)在植物生长发育和环境胁迫中发挥着重要的作用.本研究基于49个水稻小RNA测序数据,系统分析了已知miRNA的表达,并鉴定到了新的水稻miRNA.研究发现,miRBase上注释的水稻miRNA中,只有39%具有可检测的表达.此外,对水稻降解组数据的分析鉴定到一些新的miRNA靶基因,包括2个新的miR444靶基因,它们分别编码WD40蛋白和热休克因子型DNA结合蛋白. 展开更多
关键词 水稻 小rna测序 降解组 MIrna 靶基因
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小RNA高通量测序数据分析方法 被引量：1
4
作者 彭骅 李佛生 王胜华 《生命科学仪器》 2017年第2期19-28,共10页
本文应用Perl语言和My SQL数据库构建了小RNA高通量测序数据分析平台,以4个水稻数据集为分析对象,详细介绍了小RNA高通量测序数据的处理方法和流程。我们以MSU 6.1水稻基因组为参考,构建了该版本的全基因组结构及已知nc RNAs位点信息数... 本文应用Perl语言和My SQL数据库构建了小RNA高通量测序数据分析平台,以4个水稻数据集为分析对象,详细介绍了小RNA高通量测序数据的处理方法和流程。我们以MSU 6.1水稻基因组为参考,构建了该版本的全基因组结构及已知nc RNAs位点信息数据库,结合Perl脚本可以实现小RNA在基因组上的详细定位与统计,同时我们从数据库中提取已知pre-mi RNAs表达特征,设计了一个新的mi RNAs挖掘方法,该方法可以筛选出大量的新mi RNAs,其中已知mi RNAs命中率可以达到98%。针对水稻小RNA种类的多样性,我们对mi RNAs和endo-si RNAs的鉴别也给予了探讨和说明。本文设计的高通量测序数据分析平台,方法简单高效,以数据库作为存储和查询媒介,能够实现多位点reads的分析,可以得到灵活多样的数据统计结果。依照本文的方法同样可以构建其他模式物种的小RNA数据分析平台,在高通量测序逐渐普及的将来,本文的方法对中小实验室建立自己的数据分析平台具有实践指导意义。 展开更多
关键词 小rna(small rnas) 非编码rna(nc rnas) 微小rna(micro rnas mi rnas)内源小干扰rna(endo-si rnas) 小rna高通量测序(small rna-seq)
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