单核苷酸多态性检测技术的研究进展 被引量：6

1

作者 王晓玲 马玉珍 旭日干 《生物技术通报》 CAS CSCD 2006年第6期64-67,共4页

单核苷酸多态性是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的一种DNA序列多态性。因其具有密度高,遗传稳定,易于进行自动化、规模化分析等优势它已成为第三代分子标记,因此其检测技术也在近几年得到了快速的发展。将对未知单核苷酸突变位点... 单核苷酸多态性是指在基因组水平上单个核苷酸变异引起的一种DNA序列多态性。因其具有密度高,遗传稳定,易于进行自动化、规模化分析等优势它已成为第三代分子标记,因此其检测技术也在近几年得到了快速的发展。将对未知单核苷酸突变位点的检测方法和已知单核苷酸突变位点的检测方法这两部分的研究进展作一综述。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性 检测技术 突变住点

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基因芯片+区块链的高端茶叶可追溯平台 被引量：1

2

作者 傅虹凯 《食品安全导刊》 2023年第10期140-143,共4页

茶叶市场监管力度低,溯源保真难,导致市场茶叶品质参差不齐。传统的溯源体系在茶叶生产的全过程中,很难避免溯源信息篡改、真假茶叶替换、防伪签套用、转卖等造假问题。针对这些问题,团队设计集生物技术与区块链技术相结合的溯源方式,... 茶叶市场监管力度低,溯源保真难,导致市场茶叶品质参差不齐。传统的溯源体系在茶叶生产的全过程中,很难避免溯源信息篡改、真假茶叶替换、防伪签套用、转卖等造假问题。针对这些问题,团队设计集生物技术与区块链技术相结合的溯源方式,在茶叶生产的各个过程中对茶叶进行基因抽样检测,再将检测信息上传至区块链,保证信息无误。采用的基因芯片技术和区块链技术,从基因层面确保茶叶的高品质,从技术层面确保了溯源信息的真实性,切实保障消费者对茶叶相关过程信息的知情权。 展开更多

关键词 溯源体系 基因芯片 单核苷酸多样性位点 区块链

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广东省江门市黄毛鼠对第一代抗凝血杀鼠剂的抗药性及其与VKORC1基因的相关性研究 被引量：4

3

作者 姚丹丹 姜洪雪 +1 位作者 刘福佳 冯志勇 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2019年第6期613-617,共5页

目的测定广东省江门市新会区黄毛鼠对第一代抗凝血杀鼠剂的抗性发生状况,阐明维生素K环氧化物还原酶复合物亚单位1(VKORC1)基因变异与抗药性之间的关系。方法采用致死期食毒法(LFP)检测黄毛鼠的抗性;提取鼠基因组DNA,克隆VKORC1基因,筛... 目的测定广东省江门市新会区黄毛鼠对第一代抗凝血杀鼠剂的抗性发生状况,阐明维生素K环氧化物还原酶复合物亚单位1(VKORC1)基因变异与抗药性之间的关系。方法采用致死期食毒法(LFP)检测黄毛鼠的抗性;提取鼠基因组DNA,克隆VKORC1基因,筛选突变和多态性位点,并分析VKORC1基因突变与抗性的相关性。结果广东省江门市新会区黄毛鼠对第一代抗凝血杀鼠剂的抗性发生率为27.03%,已形成抗性种群;VKORC1基因全长为2 166 bp,共检测到12个变异位点,其中1个为插入缺失位点,外显子1和外显子3各存在1个变异位点,内含子1和内含子2分别存在6和4个变异位点,外显子1的突变导致VKORC1第58位氨基酸变异(Arg58Gly),外显子3的突变为同义突变(Cys96Cys),相关性分析显示,黄毛鼠的抗药性与VKORC1基因中单核苷酸多态性位点的相关性无统计学意义(P>0.05)。结论 VKORC1基因第58位氨基酸突变并不是导致黄毛鼠抗药性的主要原因,黄毛鼠抗性的遗传机制可能与其他因素有关。 展开更多

关键词 黄毛鼠 抗药性 维生素K环氧化物还原酶复合物亚单位1基因 单核苷酸多态性位点

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TLR4基因3′未翻译区内11367位点突变对荧光素酶表达的影响 被引量：4

4

作者 段朝霞 朱佩芳 +1 位作者 王正国 蒋建新 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第21期2115-2118,共4页

目的分别构建含TLR4基因3′未翻译区及11 367位点突变的含荧光素酶基因的表达质粒,应用双荧光报告系统观察TLR4基因3′未翻译区对荧光素酶基因表达的影响。方法采用基因工程的方法构建含TLR4基因3′未翻译区及11 367位点突变的含荧光素... 目的分别构建含TLR4基因3′未翻译区及11 367位点突变的含荧光素酶基因的表达质粒,应用双荧光报告系统观察TLR4基因3′未翻译区对荧光素酶基因表达的影响。方法采用基因工程的方法构建含TLR4基因3′未翻译区及11 367位点突变的含荧光素酶基因的表达载体,用LipofectAMINETM2000转染HEK293细胞,化学发光法检测荧光素酶活性。结果经酶切及测序鉴定显示,TLR4基因3′未翻译区及11 367位点突变的片段正确插入荧光素酶表达载体pGL3-promoter中,应用双荧光报告系统检测显示pGL3-11 367G质粒转染后荧光素酶活性显著高于pGL3-11 367C。结论TLR4基因3′未翻译区单核苷酸多态性能抑制荧光素酶基因的表达。 展开更多

关键词 TLR4 单核苷酸多态性 荧光素酶 定点突变

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牦牛DQA2基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析 被引量：2

5

作者 李倬 陈朗 +4 位作者 姜涛 刘丽霞 张丽 王瑞 李耀东 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期376-382,共7页

利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响。结果显示:牦牛DQA2基因... 利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响。结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变。二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性。错义突变SNP位点均改变了牦牛DQA2蛋白质二级结构,突变前后二级结构各组分中无规则卷曲所占比例最高,其次为延伸链,β-转角的比例最低。研究结果为探究牦牛主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病机制和免疫机制提供了有利条件,也为筛选牦牛抗病分子标记提供了理论基础。 展开更多

关键词 牦牛 DQA2基因 单核苷酸多态性位点 生物信息学

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一例idic(15)来源的嵌合型标记染色体的遗传学分析

6

作者 邵敏杰 王云 +1 位作者 赵楠 刘平 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2022年第1期85-88,共4页

目的应用细胞遗传学和分子生物学检测方法明确1例嵌合型标记染色体患者的核型及其来源。方法抽取患者的外周血样,进行染色体核型分析、基因芯片检测和荧光原位杂交检测。结果染色体分析结果显示患者核型为mos 47,XX,+mar[45]/48,XX,+2ma... 目的应用细胞遗传学和分子生物学检测方法明确1例嵌合型标记染色体患者的核型及其来源。方法抽取患者的外周血样,进行染色体核型分析、基因芯片检测和荧光原位杂交检测。结果染色体分析结果显示患者核型为mos 47,XX,+mar[45]/48,XX,+2mar[3]/46,XX[52];基因芯片检测结果为arr[hg19]15q11.1q11.2(20161372-24314675)×3,重复片段约4.15 Mb;荧光原位杂交显示约50%的细胞含有的标记染色体为一条包含有双份D15Z1探针位点片段的衍生双着丝粒15号标记染色体。此标记染色体未包含Prader-Willi syndrome/Angelman syndrome综合征的SNRPN和PML探针位点片段。结论当患者的核型与其表型不一致时,将细胞遗传学与分子生物学技术相结合,可以明确患者的核型和基因定位,为其后续治疗提供更精准的遗传咨询。 展开更多

关键词 细胞遗传 基因芯片 荧光原位杂交 标记染色体

原文传递

宫颈癌相关miR-17-5p靶位点不同基因型检测分析 被引量：1

7

作者 何三军 魏少军 《新乡医学院学报》 CAS 2017年第9期851-853,共3页

目的检测宫颈癌相关miR-17-5p靶位点的不同基因型,分析靶位点多态性对宫颈癌患病风险的影响。方法选择2014年6月至2016年6月汉中市中心医院收治的宫颈癌患者250例及同期体检健康女性250例,分别采集受试者血样,采用聚合酶链反应-限制性... 目的检测宫颈癌相关miR-17-5p靶位点的不同基因型,分析靶位点多态性对宫颈癌患病风险的影响。方法选择2014年6月至2016年6月汉中市中心医院收治的宫颈癌患者250例及同期体检健康女性250例,分别采集受试者血样,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法测定miR-17-5p的3个靶位点rs3741216、rs217727和rs2839702的基因型,应用SPSS 21.0在线软件计算基因多态性与宫颈癌患病风险的相关性。结果 3个候选单核苷酸多态性位点均符合Hardy-Weinberg平衡定律。在等位基因模型下,H19基因上的rs217727位点会显著增加宫颈癌的患病风险[OR=1.55,95%CI(1.21,2.32),P=0.001]。遗传模型分析显示,rs217727位点在最佳模型(显性模型)下,携带A/G和A/A基因型的个体宫颈癌患病风险显著增加,是携带G/G基因型的1.65倍[OR=1.65,95%CI(1.14,2.28),P=0.006]。结论 miR-17-5p靶位点rs217727的多态性与宫颈癌患病风险具有相关性,携带A/G和A/A基因型的个体宫颈癌患病风险显著增加。 展开更多

关键词 宫颈癌 miR-17-5p 单核苷酸多态性 靶位点 基因型

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鳜胰蛋白酶基因外显子3上SNP G169A位点鉴定和四种不同检测方法的比较 被引量：1

8

作者 于海静 梁旭方 +2 位作者 方荣 彭敏燕 朱滔 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2011年第6期9-14,共6页

采用PCR产物直接测序法(DS)对鳜(Siniperca chuatsi)胰蛋白酶基因(TRY)进行单核苷酸多态性(SNPs)分析,发现外显子3上的G169A多态性。对312个样品进行分析,共发现三种基因型GG、GA、AA,其基因型频率分别为0.26、0.54、0.20,两个等位基因G... 采用PCR产物直接测序法(DS)对鳜(Siniperca chuatsi)胰蛋白酶基因(TRY)进行单核苷酸多态性(SNPs)分析,发现外显子3上的G169A多态性。对312个样品进行分析,共发现三种基因型GG、GA、AA,其基因型频率分别为0.26、0.54、0.20,两个等位基因G和A的基因频率分别为0.53和0.47。用创造限制性酶切位点法PCR(CRS-PCR)、单管双向等位基因专一性扩增(SB-ASA)和单链构象多态性分析(PCR-SSCP)对该SNP位点进行验证。结果表明,CRS-PCR法不能对该SNP位点分型,PCR-SSCP和SB-ASA法可以且准确度分别为100%和96.67%。 展开更多

关键词 单核苷酸多态性 直接测序法 单链构象多态性分析 单管双向等位基因专一性扩增法 创造限制酶切位点法

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IPS-1 SNP在调控HBV感染后干扰素应答机制的研究

9

作者 刘柯慧 汤伟亮 +6 位作者 项晓刚 赖荣陶 李凤棣 赵钢德 吴海清 谢青 王晖 《肝脏》 2014年第9期664-668,共5页

目的探讨干扰素β启动子刺激因子1(IPS-1)不同单核苷酸多态性(SNP)基因型对HBV感染后干扰素应答作用机制。方法利用IPS-1野生型和rs17857295、rs7262903、rs7269320三种SNP基因型慢病毒表达载体,转染目的细胞HepG2、HepG2.2.15细胞,qPC... 目的探讨干扰素β启动子刺激因子1(IPS-1)不同单核苷酸多态性(SNP)基因型对HBV感染后干扰素应答作用机制。方法利用IPS-1野生型和rs17857295、rs7262903、rs7269320三种SNP基因型慢病毒表达载体,转染目的细胞HepG2、HepG2.2.15细胞,qPCR检测HBV感染和IPS-1不同SNP基因型对目的基因表达情况的影响,检测细胞转染后IFN-βmRNA表达水平,探讨IPS-1不同SNP基因型对HBV感染后细胞干扰素应答的机制。结果 IPS-1rs17857295和rs7262903两种SNP基因型转染HepG2.2.15细胞后,IPS-1基因表达水平显著低于野生型转染组(451.77比712.53,498.71比712.53,P<0.01);但IFN-βmRNA表达水平显著高于野生型转染组(分别为5.33比0.98和3.59比0.98,P<0.01);rs7269320 SNP基因型过表达后,IPS-1基因表达水平显著低于野生型转染组(290.63比712.53,P<0.01),但IFN-βmRNA表达水平无明显变化(0.74比0.98)。另外,rs17859295基因型分别转染HepG2和HepG2.2.15细胞后,后者IFN-βmRNA表达水平显著高于前者(5.33比2.25,P<0.01)。结论 IPS-1 rs17857295和rs7262903两种SNP基因型HBV感染者,尤其rs17857295 SNP基因型,清除病毒的能力可能强于野生型的感染者;而IPS-1野生型和rs7269320 SNP基因型HBV感染者可能更易形成病毒感染的慢性化。 展开更多

关键词 干扰素β启动子刺激因子-1 单核苷酸多态性 乙型肝炎病毒 基因定点突变 慢病毒

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焦磷酸测序技术在确认北京严重急性呼吸综合征(SARS)病毒株并检测基因突变中的应用 被引量：5

10

作者 程绍辉 梁明华 +5 位作者 李泽琳 张霆 张珑 马洪涛 刘哲伟 曾毅 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期168-172,共5页

结合严重急性呼吸综合征(SARS)病毒株序列信息分析和高通量测序技术,建立一种快速、简单地确定SARS病毒株并筛查SARS病毒突变位点和突变频率的方法。从感染人SARS病毒的Vero-6细胞中提取病毒RNA,反转录为cDNA后,PCR扩增目的基因片段,采... 结合严重急性呼吸综合征(SARS)病毒株序列信息分析和高通量测序技术,建立一种快速、简单地确定SARS病毒株并筛查SARS病毒突变位点和突变频率的方法。从感染人SARS病毒的Vero-6细胞中提取病毒RNA,反转录为cDNA后,PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(PyrosequencingTechnology,PSQ)进行第2601、79199、4791、9838多个碱基突变位点测序和突变频率分析。通过测序分析多个可能出现突变的位点,确定了该病毒为北京流行株,同时发现第7919位碱基发生了A/G突变。PSQ技术对于高通量筛选研究病毒基因的突变和确定病毒株型别有着简单、快速、灵敏的特点。利用生物信息学分析核酸多态性,结合实验验证,可以确定SARS病毒流行株的特征,有利于对突发事件及早确定传染来源。 展开更多

关键词 焦磷酸测序技术 严重急性呼吸综合征 SARS 病毒株 基因突变

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NOS3单核苷酸多态性检测在妊娠高血压患者中的表达及临床指导价值研究

11

作者 曾张琴 韦东 巢微 《齐齐哈尔医学院学报》 2023年第19期1845-1848,共4页

目的研究内皮型一氧化氮合酶(Nitric oxide synthase 3,NOS3)单核苷酸多态性检测在妊娠高血压患者中的表达及临床指导价值。方法选择2016年3月—2018年1月本院收治的妊娠高血压患者(妊娠高血压组,74例)和正常妊娠孕妇(正常妊娠组,80名)... 目的研究内皮型一氧化氮合酶(Nitric oxide synthase 3,NOS3)单核苷酸多态性检测在妊娠高血压患者中的表达及临床指导价值。方法选择2016年3月—2018年1月本院收治的妊娠高血压患者(妊娠高血压组,74例)和正常妊娠孕妇(正常妊娠组,80名)作为研究对象,采集孕妇外周血,提取DNA,PCR-RFLP技术分析NOS3基因Glu298Asp位点的基因型。分析妊娠高血压患者NOS3基因Glu298Asp位点基因型、等位基因与妊娠高血压严重程度关系。分析妊娠高血压患者并发症、妊娠不良结局患者与基因型频率关系。结果正常妊娠组和妊娠高血压组孕妇NOS3基因Glu298Asp位点TT、GT、GG基因型频率比较,差异存在统计学意义(P<0.05)。正常妊娠组和妊娠高血压组孕妇NOS3基因Glu298Asp位点等位基因G和T频率比较,差异存在统计学意义(P<0.05)。比较轻度、中度和重度妊娠高血压患者NOS3基因Glu298Asp位点基因型频率,差异无统计学意义(P>0.05)。轻度、中度、重度妊娠高血压患者NOS3基因Glu298Asp位点等位基因T频率逐渐升高。基因型为GT的妊娠高血压患者并发胎盘早剥、左心力衰竭、HELLP综合征、DIC、急性肾功能衰竭总发生率明显高于基因型TT和基因型GG患者(P<0.05)。基因型为GT的妊娠高血压患者新生儿窒息、剖宫产、胎儿宫内窘迫、围生儿死亡妊娠不良结局总发生率明显高于基因型TT和基因型GG患者(P<0.05)。结论NOS3基因Glu298Asp位点基因型、等位基因频率与妊娠高血压有关,等位基因T频率越高,妊娠高血压严重程度增加,基因型为GT的妊娠高血压患者并发症和妊娠不良结局的总发生率增加。 展开更多

关键词 NOS3单核苷酸多态性 Glu298Asp位点 妊娠高血压 基因型 等位基因

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不同剩余采食量水平的安格斯牛下丘脑单核苷酸多态性和可变剪接分析 被引量：2

12

作者 周小南 马应 +4 位作者 杨朝云 丁燕玲 张岩峰 赵志艳 康晓龙 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2022年第1期96-105,共10页

【目的】揭示可变剪接事件参与调控肉牛剩余采食量(residual feed intake,RFI)水平的潜在作用,提高肉牛饲料利用率。【方法】利用Illumina技术对2个RFI水平(高/低)的安格斯牛下丘脑组织进行高通量测序,分别进行单核苷酸多态性(single nu... 【目的】揭示可变剪接事件参与调控肉牛剩余采食量(residual feed intake,RFI)水平的潜在作用,提高肉牛饲料利用率。【方法】利用Illumina技术对2个RFI水平(高/低)的安格斯牛下丘脑组织进行高通量测序,分别进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism site,SNPs)和可变剪接(alternative splicing,AS)分析,同时对差异表达AS相关基因进行功能富集。【结果】2个RFI水平组共检测到SNP数量48227~1000092个,其中转换型突变所占比例最高。AS分析发现,共有12385个可变剪接基因的35463个AS事件,有426个显著差异表达AS相关基因对应498个AS事件,其中外显子选择性跳跃类型AS事件所占比例最大,占总数的85.33%。KEGG通路富集分析表明,差异表达AS相关基因主要富集到胰岛素信号通路、催乳激素信号通路、胆碱代谢、mTOR信号通路、cAMP信号通路、ErbB信号通路和昼夜节律等,表明这些差异表达AS相关基因在肉牛RFI表型变异中发挥重要作用。【结论】通过分析2个RFI水平(高/低)的安格斯牛下丘脑组织表达基因的遗传变异及AS事件,为后续开展肉牛RFI相关基因功能分析与挖掘提供有效数据和理论基础。 展开更多

关键词 安格斯牛 剩余采食量 下丘脑 单核苷酸多态性 可变剪接

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位点特异性PCR鉴别桃仁中掺入苦杏仁的方法分析 被引量：3

13

作者 卢雪蕊 史中飞 +3 位作者 滕宝霞 倪琳 杨平荣 宋平顺 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期155-161,共7页

目的:由于中药材传统真伪鉴别方法的局限性,本研究拟通过位点特异性聚合酶链式反应(PCR)建立一种能够快速鉴别桃仁中掺有苦杏仁的方法。方法:通过比对苦杏仁与桃仁的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)基因序列,寻找单核苷酸多态性(SNP)位点并... 目的:由于中药材传统真伪鉴别方法的局限性,本研究拟通过位点特异性聚合酶链式反应(PCR)建立一种能够快速鉴别桃仁中掺有苦杏仁的方法。方法:通过比对苦杏仁与桃仁的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)基因序列,寻找单核苷酸多态性(SNP)位点并设计特异性鉴别引物。利用不同的苦杏仁和桃仁样品进行PCR扩增,对影响PCR反应体系的退火温度、引物浓度、循环数等条件进行优化,并对该方法的专属性和检出限进行了考察。另外,利用建立的PCR鉴别方法对不同来源和不同产地桃仁中掺有不同比例苦杏仁的样品进行检测,以验证该方法的稳定性和准确性。结果:建立了桃仁中掺混苦杏仁的特异性PCR鉴别方法,在退火温度63℃和引物循环数30个时仅有苦杏仁能扩增得到432 bp的特异性条带,桃仁样品则无此条带。该方法对苦杏仁的最低检出限为0.2 ng,其对桃仁中掺入苦杏仁的检出限为1%,可用于日常桃仁中掺混苦杏仁的检测。结论:建立的位点特异性PCR方法能够准确地检测桃仁中是否掺有苦杏仁,可为桃仁的质量控制提供实验依据,以保障其临床用药安全。 展开更多

关键词 桃仁 苦杏仁 核糖体DNA内转录间隔区(ITS) 基因序列 聚合酶链式反应(PCR) 单核苷酸多态性(SNP)位点 特异性引物

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