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F型、H型居群的铁皮石斛rDNAITS区序列差异及SNP现象的研究 被引量:63
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作者 丁小余 王峥涛 +3 位作者 徐珞珊 徐红 周开亚 施国新 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期85-89,共5页
目的 :研究铁皮石斛主产区F型和H型居群rDNAITS碱基序列的差异。方法 :运用PCR直接测序法对广西、贵州、云南铁皮石斛主要居群的rDNAITS区 (包括ITS1,5 .8SrDNA ,ITS2 )碱基序列进行了序列测定。结果 :在铁皮石斛各居群中 ,F型居群与H... 目的 :研究铁皮石斛主产区F型和H型居群rDNAITS碱基序列的差异。方法 :运用PCR直接测序法对广西、贵州、云南铁皮石斛主要居群的rDNAITS区 (包括ITS1,5 .8SrDNA ,ITS2 )碱基序列进行了序列测定。结果 :在铁皮石斛各居群中 ,F型居群与H型居群植株的rDNAITS区碱基序列有 2个位点差异 ,且变异分别发生在ITS1区及 5 .8S区内。研究表明 :铁皮石斛居群内部rDNAITS区的差异与植物生活型的差异呈一定的相关性 ,H型居群的铁皮石斛是F型的变种。在F型与H型居群间 ,其 5 .8SrDNA区存在单核苷酸多态 (SNP)现象。首次报道了铁皮石斛ITS区的碱基序列 ,ITS区总长度为 6 34bp ,其中ITS1为 2 31bp ,5 .8S为 16 3bp ,ITS2为 2 4 0bp。结论 :rDNAITS区碱基序列的比较分析进一步证明铁皮石斛F型居群与H型居群间具有显著的差异性。 展开更多
关键词 铁皮石斛 RDNA ITS区 DNA序列 单核苷酸多态 居群差异
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不同品种猪肌肉生长抑制素基因单核苷酸多态性分析 被引量:48
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作者 姜运良 李宁 +1 位作者 吴常信 杜立新 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第9期840-845,共6页
用PCR-RFLPs和PCR-SSCP分析方法,对“双肌臀”大白猪、大白猪、长白猪、杜洛克、汉普夏、皮特兰、二花脸、东北民猪、湖北白猪和部分杂交猪等不同品种猪肌肉生长抑制素基因3'编码区、5'调控区及内含子1区3个单... 用PCR-RFLPs和PCR-SSCP分析方法,对“双肌臀”大白猪、大白猪、长白猪、杜洛克、汉普夏、皮特兰、二花脸、东北民猪、湖北白猪和部分杂交猪等不同品种猪肌肉生长抑制素基因3'编码区、5'调控区及内含子1区3个单核苷酸多态性位点(SNPs)进行了分析。结果表明,3'编码区的SNP发生的频率较低,在274头猪中未检出突变纯合体。对5'调控区的SNP,引进猪种(大白猪、长白猪、杜洛克、汉普夏和皮特兰)及其杂交猪以等位基因T为主,二花睑和湖北白猪则以等位基因A为主,均偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01)。东北民猪的3种基因型近乎相等,处于Hardy-Weinberg平衡状态。对内含子1区的 SNP,大白猪及其与长白猪的杂交猪等位基因G占优势,二花脸和湖北白猪则以等位基因A为主,均偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01);东北民猪和大二猪的等位基因G和A近乎相等,处于Hardy-W einberg平衡状态。“双肌臀”大白猪在5'调控区和内含子1区这两个位点的A等位基因稍高于普通大白猪.5'调控区和内含子1区SNPs所产生的等位基因表现出连锁遗传现象。 展开更多
关键词 肌肉生长抑制素基因 单核苷酸多态性 品种
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单核苷酸多态性(SNP)的研究进展和应用 被引量:23
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作者 李艳杰 龙火生 +1 位作者 李影 杨公社 《畜牧兽医杂志》 2003年第4期16-18,共3页
单核苷酸多态性(SNP)是最新发展起来的第三代分子标记,具有密度高、双等位基因、易实现自动化检测等优点。本文重点介绍了SNP的概念、特点、分析检测技术以及SNP的应用。
关键词 单核苷酸多态性 snp 应用 第三代分子标记 密度 双等位基因 遗传连锁图谱
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牛FSHR基因第10外显子单核苷酸多态性及其与双胎性状的关系 被引量:32
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作者 雷雪芹 陈宏 +3 位作者 袁志发 徐廷生 雷初朝 孙维斌 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期34-37,共4页
以秦川牛和荷斯坦奶牛的双胎母牛和单胎母牛为实验材料 ,以牛的FSHR基因的第 10个外显子作为标记牛双胎性状的候选基因 ,用SNP法进行了多态检测 .结果发现 ,在秦川牛的双胎母牛中突变率 6 0 % (6 10 ) ,而在单胎母牛中突变率为 2 0 % (... 以秦川牛和荷斯坦奶牛的双胎母牛和单胎母牛为实验材料 ,以牛的FSHR基因的第 10个外显子作为标记牛双胎性状的候选基因 ,用SNP法进行了多态检测 .结果发现 ,在秦川牛的双胎母牛中突变率 6 0 % (6 10 ) ,而在单胎母牛中突变率为 2 0 % (2 10 ) ;在荷斯坦奶牛中 ,双胎母牛突变率为31 2 5 % (5 16 ) ,单胎母牛突变率为 6 6 7% (1 15 ) ;由此可见双胎牛和单胎牛二者之间FSHR基因的第 10个外显子的突变率差异明显 .这表明 ,选择FSHR基因的第 10个外显子有可能作为双胎性状的候选基因 .序列分析发现 ,在FSHR基因的第 15 0 6位碱基发生了突变 (T→C) ,但氨基酸没有发生变化 . 展开更多
关键词 FSHR基因 第10外显子 单核苷酸多态性 双胎性状
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SNP分子标记的研究及应用 被引量:19
5
作者 贾玉艳 陈宏 《黄牛杂志》 2003年第1期42-45,共4页
SNP作为一种新的遗传标记 ,越来越受到世人的关注。本文主要介绍了 SNP的概念、特点、检测分析技术。
关键词 snp 遗传标记 检测技术
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四引物PCR扩增反应的单管SNP快速测定法 被引量:32
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作者 卜莹 古卓良 +1 位作者 张晓丹 周国华 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期252-256,共5页
建立一种在单管中进行单核苷酸多型性 (SNP)快速测定的高效廉价方法 .以人ABCA1基因中的I82 3M为研究对象 ,设计 4种引物进行PCR扩增 ,其中两种引物用于扩增一段含有SNP位点的DNA片段 ,另两种引物为SNP位点特异性引物 ,4种引物在单管中... 建立一种在单管中进行单核苷酸多型性 (SNP)快速测定的高效廉价方法 .以人ABCA1基因中的I82 3M为研究对象 ,设计 4种引物进行PCR扩增 ,其中两种引物用于扩增一段含有SNP位点的DNA片段 ,另两种引物为SNP位点特异性引物 ,4种引物在单管中同时进行PCR扩增反应 ,根据延伸产物的长度确定SNP的类型 .为提高SNP测定的特异性 ,在特异性引物的 3′端倒数第 3个碱基引入了一个人为错配碱基 ,使引物的错误延伸率显著降低 ,大大提高了SNP分析的准确性 .实验结果表明 ,所建立的方法简单 ,操作简便 ,可在单管中完成SNP的测定反应 . 展开更多
关键词 单核苷酸多型性 人类基因组 核苷酸序列 聚合酶链反应
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水稻单核苷酸多态性及其应用 被引量:28
7
作者 刘传光 张桂权 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期737-744,共8页
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)在水稻中数量多,分布密度高,最高SNPs数量可达80 127个,每154个碱基就存在一个SNP,平均SNP频率为0.65%左右。SNPs水稻亚种内品种间也很丰富,亲缘关系近的品种(或品系)间,即使用其... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)在水稻中数量多,分布密度高,最高SNPs数量可达80 127个,每154个碱基就存在一个SNP,平均SNP频率为0.65%左右。SNPs水稻亚种内品种间也很丰富,亲缘关系近的品种(或品系)间,即使用其他传统的分子标记方法难以找到多态性位点,用SNPs标记法也能找到数量可观的多态性位点。水稻SNP频率在各染色体间存在显著差异,而且在每条染色体上的分布也不均匀,存在明显的SNPs富集区域和稀缺区域。水稻SNPs的发现方法主要有对样本DNA的PCR产物直接测序、从SSR区段检测SNPs,以及从基因组序列和EST数据库直接搜索等。目前已有多种基因分型(genotyping)技术运用到了水稻SNPs检测,SNPs检测的高度自动化使水稻SNPs基因分型非常方便,SNPs检测还可以转化为CAPS(或dCAPS)标记或等位基因特异的PCR标记进行SNPs的基因分型。单核苷酸多态性在水稻遗传图谱的构建、基因克隆和功能基因组学研究、标记辅助选择育种、遗传资源分类及物种进化等方面的应用具有巨大潜力。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 水稻 基因分型 遗传育种
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植物的单核苷酸多态性及其在作物遗传育种中的应用 被引量:18
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作者 郝岗平 杨清 +2 位作者 吴忠义 曹鸣庆 黄丛林 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2004年第5期618-624,共7页
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)是基因组中最常见的遗传多态性,在遗传学研究的许多方面具有重要的作用。综述了单核苷酸多态性的发现、特点及其应用等方面对植物SNP的研究进展,并展望其在作物遗传育种中的应用前景。
关键词 植物 单核苷酸多态性 作物 遗传育种 基因组 遗传标记 snp
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稻瘟病抗性基因Pi25特异性CAPS标记的开发与验证(英文) 被引量:30
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作者 王惠梅 陈洁 +3 位作者 施勇烽 潘刚 沈海超 吴建利 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1960-1968,共9页
为在水稻育种中快速与高效利用稻瘟病抗性基因Pi25,本文利用该基因不同等位基因编码区序列差异开发了4套CAPS标记(CAP1/HincII、CAP3/BglII、CAP3/NdeI和CAP3/Hpy99I),并利用169份稻种资源、98个重组自交系(RIL)以及217个水稻转基因后代... 为在水稻育种中快速与高效利用稻瘟病抗性基因Pi25,本文利用该基因不同等位基因编码区序列差异开发了4套CAPS标记(CAP1/HincII、CAP3/BglII、CAP3/NdeI和CAP3/Hpy99I),并利用169份稻种资源、98个重组自交系(RIL)以及217个水稻转基因后代,对4套标记的准确性和选择效果进行了验证。结果表明,4套标记均能准确地检测Pi25/pi25座位。其中,标记CAP1/HincII和CAP3/Hpy99I特异性识别并酶切显性等位基因,而标记CAP3/BglII和CAP3/NdeI特异性识别并酶切隐性等位基因。利用稻瘟病菌株JS001-20接种RIL与转基因材料,抗性表现与标记检测的结果完全一致,表明该CAPS标记准确可靠。分析稻种资源后发现,Pi25基因频率较低(1.2%),说明该基因在我国水稻稻瘟病抗性育种中还没有被充分利用。本文的研究结果特别是开发的2对识别并酶切显性等位基因的CAPS标记可用于分子标记辅助选择,改良我国早籼稻的稻瘟病抗性。 展开更多
关键词 水稻 稻瘟病抗性 酶切扩增多态性序列 标记辅助选择 单核苷酸多态性
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全基因组关联分析在畜禽中的研究进展 被引量:28
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作者 王继英 王海霞 +2 位作者 迟瑞宾 郭建凤 武英 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期819-829,共11页
全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是近几年发展起来的一种复杂性状研究的新方法。在过去几年中,国内外不少研究者对畜禽的重要经济性状、遗传缺陷性疾病、复杂疾病的抗性、品种的某些特征等性状开展了GWAS。这... 全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是近几年发展起来的一种复杂性状研究的新方法。在过去几年中,国内外不少研究者对畜禽的重要经济性状、遗传缺陷性疾病、复杂疾病的抗性、品种的某些特征等性状开展了GWAS。这些研究不仅大大丰富了畜禽标记辅助选择中可利用的分子标记,而且为这些性状分子机理的探索研究提供了重要线索。本文对国内外畜禽GWAS中所用的群体、主要分析方法和研究结果进行综述,并对GWAS的研究应用做一展望,以期为进一步利用GWAS进行畜禽各种性状遗传基础的研究提供参考。 展开更多
关键词 全基因组关联分析(GWAS) 畜禽 遗传变异 单核苷酸多态性(snp)
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单核苷酸多态性在作物遗传及改良中的应用 被引量:16
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作者 杜春芳 刘惠民 +2 位作者 李润植 李朋波 任志强 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期735-739,共5页
单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了... 单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)是等位基因间序列差异最为普遍的类型 ,可作为一种高通量的遗传标记。已建立了PCR扩增目标序列及其产物测序和电子SNP(eSNP)等多种发现和检测SNP的方法。玉米和大豆等作物也已开展了SNP分析。一些栽培作物种质的多样性不断减少 ,其结果使连锁不平衡 (linkagedise quilibrium ,LD)增加 ,这有利于目的基因座上SNP单元型 (haplotype)与表型的相关性分析。SNP已在作物基因作图及其整合。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 snpS 分子标记 连锁不平衡 作物 遗传改良
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基于SNP标记的黄瓜杂交种纯度鉴定方法 被引量:27
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作者 兰青阔 张桂华 +5 位作者 王永 赵新 朱珠 崔兴华 郭永泽 程奕 《中国蔬菜》 北大核心 2012年第03X期58-63,共6页
根据国际葫芦科基因组数据库CuGenDB中序列信息,应用高分辨率熔解曲线技术筛选出用于黄瓜杂交种纯度鉴定的SNP位点CLA6(A/G),该位点在33个市售黄瓜品种中的多态信息量为0.401,处于中度多态;结合焦磷酸测序技术,建立基于CLA6位点的SNP-Py... 根据国际葫芦科基因组数据库CuGenDB中序列信息,应用高分辨率熔解曲线技术筛选出用于黄瓜杂交种纯度鉴定的SNP位点CLA6(A/G),该位点在33个市售黄瓜品种中的多态信息量为0.401,处于中度多态;结合焦磷酸测序技术,建立基于CLA6位点的SNP-Pyrosequencing黄瓜杂交种纯度鉴定方法。利用该鉴定方法检测黄瓜杂交种优一90粒种子,结果其种子纯度为96.7%,该结果与CLA0位点及SSR鉴定结果相符,表明该鉴定技术适于黄瓜杂交种纯度鉴定,具有用于DUS测试分析的潜力。 展开更多
关键词 黄瓜 种子纯度 高分辨率溶解曲线 snp标记 焦磷酸测序
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中国西部人群IRF6基因V274I位点SNP与非综合征型唇腭裂相关性的研究 被引量:24
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作者 马坚 黄永清 +6 位作者 马敏 伍俊 朱露颖 高军 张雷 李亚娣 石冰 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期417-421,共5页
目的:探讨干扰素调节因子6(IRF6)基因V274I位点单核苷酸多态性(SNP)与非综合征型唇腭裂的相关性。方法:收集非综合征型唇腭裂患儿332例,患者父亲243例,患者母亲289例,核心家庭224个,对照组正常新生儿174例。采用聚合酶链反应-限制性片... 目的:探讨干扰素调节因子6(IRF6)基因V274I位点单核苷酸多态性(SNP)与非综合征型唇腭裂的相关性。方法:收集非综合征型唇腭裂患儿332例,患者父亲243例,患者母亲289例,核心家庭224个,对照组正常新生儿174例。采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法检测IRF6基因V274I多态位点基因型,进行病例对照和传递不平衡(TDT)研究。结果:在中国西部人群中,与正常对照组比较,单纯唇裂和唇腭裂组V274I位点SNP的GG基因型和G等位基因的频率存在显著性差异(P=0.000),而在单纯腭裂组比较没有显著性差异(P=0.699)。运用传递不平衡研究发现IRF6基因V274I多态性突变的G等位基因在唇裂和唇腭裂患者中存在过传递(P=0.000)。结论:在中国西部人群中IRF6基因V274ISNP位点G等位基因与非综合征型唇腭裂存在强的相关性,而与单纯腭裂没有相关性。 展开更多
关键词 非综合征型唇腭裂 干扰素调节因子6 单核苷酸多态性(snp)
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单核苷酸多态性研究进展 被引量:19
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作者 杨永强 王巍杰 徐长波 《化学与生物工程》 CAS 2009年第8期19-21,共3页
作为第三代DNA遗传标记,单核苷酸多态性(SNP)标记在发现相关基因突变方面发挥了重大作用,近年来发现SNP与药物或疾病的易感性有显著的相关性。综述了SNP的研究现状。
关键词 单核苷酸多态性 遗传标记 基因研究
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PTPN22基因多态性与自身免疫甲状腺病的相关性 被引量:20
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作者 于志云 张进安 +4 位作者 买尔哈巴 王宇 肖婉侠 全瑛 董宝宁 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期804-807,共4页
目的:检测PTPN22基因的单核苷酸多态性(SNP)及其与中国人自身免疫甲状腺病(AITD)的相关性,并研究CTLA-4基因SNP与PTPN22 SNP的相互关系。方法:采用PCR-RFLP技术分析231例AITD患者,其中Graves’病(GD)149例,桥本甲状腺炎(HT)82例和131例... 目的:检测PTPN22基因的单核苷酸多态性(SNP)及其与中国人自身免疫甲状腺病(AITD)的相关性,并研究CTLA-4基因SNP与PTPN22 SNP的相互关系。方法:采用PCR-RFLP技术分析231例AITD患者,其中Graves’病(GD)149例,桥本甲状腺炎(HT)82例和131例健康对照者PT-PN22基因+1858 C>T及CTLA-4基因49A>G位点的基因型。采用SASP-PCR技术分析PTPN22基因启动子-1123G>C的基因型。结果:(1)PTPN22基因的+1858C>T位点不存在多态性;(2)PTPN22基因-1123G>C SNP的等位基因和基因型分布频率在GD组与正常对照组间的差异有统计学意义(P值分别为0.040和0.013,OR值分别为1.44和2.33);(3)CTLA-4基因49A>G位点的等位基因和基因型分布频率在AITD组与正常组间有明显差异;(4)与携带PTPN22的G等位基因及CTLA-4的AA基因型者相比,携带PTPN22CC基因型与CTLA-4 AG或GG基因型者发生GD的OR值=3.31(95%CI:2.69-8.89)。结论:PTPN22基因启动子-1123G>C SNP与GD的发生相关,其CC基因型与CTLA-4基因的G等位基因对GD的发生起协同作用。 展开更多
关键词 蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型22基因 自身免疫性甲状腺病 单核苷酸多态性
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CD40/CD40L基因及其多态性与动脉粥样硬化的研究进展 被引量:22
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作者 吴甜 郭韧 张毕奎 《中南大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期413-418,共6页
CD40/CD40配体(CD40L)是一对互补的跨膜糖蛋白,表达于免疫细胞、内皮细胞、平滑肌细胞、血小板等多种细胞上,参与免疫、炎症、高凝等多种病理生理状态的调控。大量研究表明:当发生动脉粥样硬化时,CD40与CD40L结合活化后进入细胞,激活包... CD40/CD40配体(CD40L)是一对互补的跨膜糖蛋白,表达于免疫细胞、内皮细胞、平滑肌细胞、血小板等多种细胞上,参与免疫、炎症、高凝等多种病理生理状态的调控。大量研究表明:当发生动脉粥样硬化时,CD40与CD40L结合活化后进入细胞,激活包括核转录因子NF-κB在内的下游信号通道,上调促炎和促血栓形成基因的表达,在动脉粥样硬化的发生发展以及斑块破裂诸多环节中发挥重要作用。CD40/CD40L是沟通免疫、炎症、高凝状态三者间的桥梁,可能是防治心血管疾病的重要靶点。 展开更多
关键词 CD40/CD40L 动脉粥样硬化 单核苷酸多态性 疾病易感性
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刺五加鲨烯合酶和鲨烯环氧酶基因单核苷酸多态性及其与总皂苷量的相关性研究 被引量:17
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作者 邢朝斌 劳凤云 +3 位作者 龙月红 梁能松 陈龙 何闪 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期2020-2024,共5页
目的筛选刺五加鲨烯合酶(SS)和鲨烯环氧酶(SE)基因存在的单核苷酸多态性(SNP)位点,分析各SNP位点与刺五加总皂苷量的相关性。方法采用分光光度法测定刺五加总皂苷的量,并划分为具有显著差异(P<0.01)的高、低量组;RT-PCR法扩增刺五加S... 目的筛选刺五加鲨烯合酶(SS)和鲨烯环氧酶(SE)基因存在的单核苷酸多态性(SNP)位点,分析各SNP位点与刺五加总皂苷量的相关性。方法采用分光光度法测定刺五加总皂苷的量,并划分为具有显著差异(P<0.01)的高、低量组;RT-PCR法扩增刺五加SS、SE基因,根据测序结果筛选SNP位点,利用R×C表的χ2检验分析相关关系。结果刺五加SS基因存在6处SNP,其中704 bp位点为错义突变,其他位点为同义突变,各位点均不与刺五加总皂苷量显著相关。SE基因存在9处SNP,其中导致错义突变的164、199、227、232 bp位点及同义突变的279、285 bp位点与刺五加总皂苷量显著相关(P<0.05),其他位点为同义突变,与刺五加总皂苷量间无显著相关性。结论刺五加SS和SE基因存在SNP,SE基因164~285 bp位点的AGAACG与刺五加总皂苷高量组显著相关,TAGTTC与低量组显著相关。 展开更多
关键词 鲨烯合酶 鲨烯环氧酶 单核苷酸多态性 刺五加总皂苷 相关性
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不同性别类型黄瓜ACC合酶基因的单核苷酸多态性标记和酶切扩增长度多态性标记 被引量:14
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作者 向太和 王利琳 +3 位作者 庞基良 胡江琴 申屠连峰 吴锴 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第4期362-367,共6页
黄瓜的性别分化与乙烯密切相关,1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)合酶是乙烯生物合成过程中的关键酶.根据ACC合酶基因家族的保守序列设计PCR引物,从8个不同性别类型(雌雄同株、强雌性和全雌性)黄瓜品种中克隆了长度为1188bp的ACC合酶基因(CS-AC... 黄瓜的性别分化与乙烯密切相关,1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)合酶是乙烯生物合成过程中的关键酶.根据ACC合酶基因家族的保守序列设计PCR引物,从8个不同性别类型(雌雄同株、强雌性和全雌性)黄瓜品种中克隆了长度为1188bp的ACC合酶基因(CS-ACS2)片段(GenBank登记号为:DQ115884~DQ115886和DQ115875~DQ115879).经测序分析,3个雌雄同株性别类型品种的序列完全相同.与之相比,5个强雌性和全雌性品种中存在8个单核苷酸多态性(SNPs)标记,SNPs标记为4个A←→G和4个T←→C之间的转换.在8个SNPs中,有1个SNP位于内含子区域,其余7个SNPs都位于外显子区域.在7个位于外显子区域的SNPs中,有3个为非编码区的SNPs,4个为cSNPs.而在4个cSNPs中,有3个导致了编码的氨基酸序列改变.研究结果表明,与雌雄同株性别类型相比,雌性系中均存在单核苷酸的变异,这提示ACC合酶基因CS-ACS2的单核苷酸变异可能与黄瓜雌性系的发生形成有关.另一方面,根据SNP多态性还发展了一个酶切扩增长度多态性(CAPS)标记C-MT700.利用CAPS标记C-MT700能将强雌性优良品种MT-705与其他黄瓜品种相区别,该标记在黄瓜育种生产上具有一定的应用价值.此外,研究获得的SNPs标记和CAPS标记丰富了黄瓜的分子标记种类. 展开更多
关键词 黄瓜 性别类型 1-氨基环丙烷-1-羧酸(ACC)合酶基因 单核苷酸多态性(snp) 酶切扩增长度多态性(CAPS)
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草鱼柠檬酸合酶基因SNP筛选及与生长性状的关联分析 被引量:15
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作者 樊佳佳 刘小献 +1 位作者 白俊杰 于凌云 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期84-89,共6页
根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499... 根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度多态位点。利用一般线性模型(GLM)分析2个SNP位点与草鱼6个生长性状(体质量、体长、体高、头长、尾柄长和尾柄高)的相关性,结果显示,A-386G和C-499G位点的不同基因型在这6个生长性状均值有差异,但均不存在显著差异。将这2个SNP不同基因型两两组合,一共组成7种双倍型(去掉频率小于3%的组合D2和D5),GLM相关分析表明5种双倍型在5个生长性状(体质量、体长、体高、尾柄长和尾柄高)上均存在差异,其中在头长上存在显著差异,D6双倍型(A-386G/AG和C-499G/GG)在6个生长性状上均值均最大,属于生长优势双倍型。本研究显示,筛选到的柠檬酸合酶基因上的2个SNP位点具有用于草鱼生长性状的分子辅助育种的潜力。 展开更多
关键词 草鱼 柠檬酸合酶基因 单核苷酸多态性 生长性状
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SNP测定结合芯片电泳法快速鉴别人参和西洋参 被引量:14
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作者 宋沁馨 冯芳 +1 位作者 张心悦 周国华 《药物分析杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期1-5,共5页
目的:建立快速、准确的单核苷酸多态性(SNP)测定法鉴别人参、西洋参及2种样本的混合物。方法:根据ITS和5.8s基因上人参、西洋参的SNP位点设计特异性引物进行PCR扩增,每对PCR引物中有1条引物的3′端正好位于SNP位点上,当互补时发生PCR扩... 目的:建立快速、准确的单核苷酸多态性(SNP)测定法鉴别人参、西洋参及2种样本的混合物。方法:根据ITS和5.8s基因上人参、西洋参的SNP位点设计特异性引物进行PCR扩增,每对PCR引物中有1条引物的3′端正好位于SNP位点上,当互补时发生PCR扩增反应,否则无扩增产物;另1条引物决定着PCR产物的长度。用芯片电泳法检测PCR产物的长度,根据PCR的电泳条带大小进行鉴别。为了减少非特异性扩增,在引物3′端的第3个碱基处人为引入1个错配碱基。结果:当退火温度为55℃时,出现252bp条带的为人参,430bp条带的为西洋参。该鉴别反应特异性高、重现性好、操作简便,能在同一反应中准确鉴别人参、西洋参。一系列不同比例的混合样本测定结果表明,可以检出5%的掺杂成分。电泳分离时间小于100s。结论:通过测定人参和西洋参基因组DNA中的SNP,可以进行品种鉴别和质量控制,可用于中药材的快速鉴定。 展开更多
关键词 人参 西洋参 单核苷酸多态性(snp) ITS和5.8s基因 芯片电泳
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