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四川茶树资源遗传多样性及高EGCG资源筛选 被引量：9
1
作者 谢文钢 李晓松 +5 位作者 谭礼强 陈玮 杨雪梅 文维奇 高先荣 唐茜 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第12期2430-2438,共9页
为促进四川茶树资源评价与茶树特异资源鉴定,本文利用11对SSR引物对109份四川茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析,并对其夏梢的茶多酚含量及儿茶素组分进行分析测定。结果表明:11对SSR引物共扩增出35个观测等位基因,遗传多态信息量... 为促进四川茶树资源评价与茶树特异资源鉴定,本文利用11对SSR引物对109份四川茶树资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析,并对其夏梢的茶多酚含量及儿茶素组分进行分析测定。结果表明:11对SSR引物共扩增出35个观测等位基因,遗传多态信息量(PIC)、Nei’s多态性指数及Shannon信息指数的平均值分别为0.58、0.58、0.98。将109份种质资源聚为7个类群,在分子水平上具有较大差异性,材料来源地间遗传距离与地理距离不存在显著的相关性。同时对茶多酚及儿茶素组分进行分析,109份材料夏梢的茶多酚为(21.59%±0.25%)^(30.56%±0.72%)(平均25.17%±1.87%),儿茶素为21.82%~25.04%(平均23.29%),酯型儿茶素为17.91%~22.08%(平均19.46%),EGCG为9.71%~16.24%(平均13.86%)。结果显示,四川茶树资源遗传背景较复杂,遗传基础较宽且差异较大,具有丰富的遗传多样性。从中筛选出一批特异资源材料,其中高儿茶素资源8份(>19%),高酯型儿茶素资源10份(>15%),高EGCG资源14份(>13%),超高EGCG资源的5份(>15%)。为核心茶树资源圃建设及高EGCG资源鉴定评价提供理论依据。 展开更多
关键词 茶树 SSR 遗传多样性 表没食子儿茶素没食子酸酯 特异资源
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鉴定水稻品种的微卫星标记筛选 被引量：82
2
作者 施勇烽 应杰政 +2 位作者 王磊 朱智伟 庄杰云 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期195-201,共7页
选用58个水稻微卫星标记,对目前应用较广的28份杂交水稻亲本材料进行多态性分析,并比较了其中14个标记应用3.0%琼脂糖凝胶电泳和6.0%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果。研究表明,所应用的标记可将所有供试水稻材料区分开,不同标记的... 选用58个水稻微卫星标记,对目前应用较广的28份杂交水稻亲本材料进行多态性分析,并比较了其中14个标记应用3.0%琼脂糖凝胶电泳和6.0%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测结果。研究表明,所应用的标记可将所有供试水稻材料区分开,不同标记的多态性检测能力差异较大;两种检测方法所得结果高度一致,但非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分辨率较高、带型清晰,能更准确反映水稻材料间的差异。对于一般水稻材料而言,选用12个标记可将不同材料区别开的几率大于99.9%,但要区分遗传相似性较高的材料,则可能需挑选高多态性标记和(或)增加检测的标记数。 展开更多
关键词 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 标记筛选 水稻品种 鉴定 微卫星标记 多态性分析 琼脂糖凝胶 多态性标记 遗传相似性 亲本材料 杂交水稻 检测结果 检测能力 检测方法 应用 分辨率 选用 挑选
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植物SSR标记的发展及其在遗传育种中的应用 被引量：52
3
作者 郭瑞星 刘小红 +2 位作者 荣廷昭 孙东发 谭振波 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期8-11,共4页
SSR(simple sequence repeat)作为第二代基于PCR的一种新型DNA分子遗传标记,广泛分布于整个植物基因组。对SSR产生的机理、SSR分子标记在植物遗传图谱构建及基因或QTL的定位、物种进化与分类、品种遗传多样性、品种保护与亲子鉴定、纯... SSR(simple sequence repeat)作为第二代基于PCR的一种新型DNA分子遗传标记,广泛分布于整个植物基因组。对SSR产生的机理、SSR分子标记在植物遗传图谱构建及基因或QTL的定位、物种进化与分类、品种遗传多样性、品种保护与亲子鉴定、纯度鉴定、杂种优势的机理及其预测等方面的研究进展进行了综述。 展开更多
关键词 SSR 遗传 育种
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党参转录组中SSR位点信息分析 被引量：76
4
作者 王东 曹玲亚 高建平 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2014年第16期2390-2394,共5页
目的采用生物信息学方法分析党参转录组文库EST序列简单重复序列(SSR)位点,快速、大规模鉴定党参功能性SSR。方法使用MicroSAtellite(MISA)软件分析党参高通量转录组SSR的分布频率和重复基元的类型特征,利用软件Primer3设计引物,并通过S... 目的采用生物信息学方法分析党参转录组文库EST序列简单重复序列(SSR)位点,快速、大规模鉴定党参功能性SSR。方法使用MicroSAtellite(MISA)软件分析党参高通量转录组SSR的分布频率和重复基元的类型特征,利用软件Primer3设计引物,并通过SSRFinder校验SSR,筛选SSR引物。结果从45 511条Unigenes中共搜到7 327个SSR位点,分布在6 017条Unigenes序列中,发生频率为12.22%,共有415种重复基元,平均每4 520 bp含1个SSR位点,二核苷酸重复占主要地位,发生频率为58.67%,在所有重复基元中,AG/CT出现频率最高。共获得4 329条SSR引物。结论大规模的SSR分子标记开发将有助于党参遗传多样性与分子育种研究。 展开更多
关键词 党参 转录组 SSR MicroSAtellite软件 引物
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根据SSR标记划分优质蛋白玉米自交系的杂种优势群 被引量：52
5
作者 番兴明 张世煌 +2 位作者 谭静 李明顺 李新海 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期105-110,共6页
利用 SSR标记技术对 18个优质蛋白玉米 (QPM)自交系和 4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种进行杂种优势群划分 ,研究热带、亚热带 QPM与温带玉米自交系之间的遗传关系。从 70对引物中筛选出 39对扩增谱带清晰且具有多态性的... 利用 SSR标记技术对 18个优质蛋白玉米 (QPM)自交系和 4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种进行杂种优势群划分 ,研究热带、亚热带 QPM与温带玉米自交系之间的遗传关系。从 70对引物中筛选出 39对扩增谱带清晰且具有多态性的 SSR引物 ,在供试材料中检测到 134个等位基因变异 ,平均多态性信息量为 0 .5 5。根据扩增谱带建立 0、 1型数据 ,计算 2 2个自交系间的遗传相似值 ,然后做聚类分析。结果表明 ,供试的 18个 QPM自交系可划分为 5群 :第一群与旅大红骨种质的遗传距离较近 ,包括 CML 14 9、 CA339、 CML 15 4、长 6 31/o2、中系 0 96 /o2、CML 16 6和 CML 16 4。第二群接近四平头种质 ,包括 CML 14 0、 YML 2 3、 YML 2 9和 CML 194。第三群接近瑞得种质 ,包括忻 910 1/o2和齐 2 0 5。第四群与兰卡斯特种质的距离较近 ,包括 YML 12和 YML 10 2。第五群与四个主要杂种优势类群的距离都比较远 ,包括 CML 14 7、 CML 16 1和 CML 171。 SSR标记划群与田间产量配合力划分结果及系谱分析基本一致。 展开更多
关键词 SSR标记 蛋白玉米 自交系 杂种优势 遗传相似系数
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SSR标记开发及其在植物中的应用 被引量：63
6
作者 程小毛 黄晓霞 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2011年第5期304-307,共4页
简要介绍了SSR标记开发方法及SSR标记在通用性、遗传多样性与种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与克隆等研究中的应用,对SSR标记应用存在的问题提出了看法,并对其应用前景作了展望,为今后SSR标记在植物上的应用提供参考。
关键词 SSR 简单串联重复 植物
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应用微卫星标记进行大豆种质多样性和遗传变异性分析 被引量：30
7
作者 刘峰 东方阳 +2 位作者 邹继军 陈受宜 庄炳昌 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2000年第7期628-633,共6页
微卫星标记又称SSR标记是近年来发展的一种新型的分子标记，可有效地进行基因型鉴定、系谱分析并可估算材料间的遗传距离。用5对SSR引物对15份大豆材料进行扩增，共得到21条多态性条带。每个SSR座位的等位基因数目为3～6个，基因多样性... 微卫星标记又称SSR标记是近年来发展的一种新型的分子标记，可有效地进行基因型鉴定、系谱分析并可估算材料间的遗传距离。用5对SSR引物对15份大豆材料进行扩增，共得到21条多态性条带。每个SSR座位的等位基因数目为3～6个，基因多样性范围为0.439～0.668，对这些材料进行了遗传距离分析。家系分析表明微卫星DNA经过多世代的减数分裂后产生了突变，在RILF8代中有的个体在个别SSR座位等位基因的大小在较小范围内由于重复单位数目的增加或减小而变化。 展开更多
关键词 遗传距离 基因多样性 突变频率 大豆 微卫星标记
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用SSR标记评估东北三省水稻推广品种的遗传多样性 被引量：50
8
作者 李红宇 侯昱铭 +6 位作者 陈英华 徐正进 陈温福 赵明辉 马殿荣 徐海 王嘉宇 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期383-390,共8页
利用53个SSR标记和24个表型性状分析东北三省107个水稻推广品种,探讨东北水稻推广品种群体遗传多样性及不同育成年代、省份间的遗传多样性和互补性。结果表明,表型遗传多样性高于DNA水平,年代间表型与微卫星标记的遗传多样性具有较高的... 利用53个SSR标记和24个表型性状分析东北三省107个水稻推广品种,探讨东北水稻推广品种群体遗传多样性及不同育成年代、省份间的遗传多样性和互补性。结果表明,表型遗传多样性高于DNA水平,年代间表型与微卫星标记的遗传多样性具有较高的相似性,而地区间无明显相似性。东北水稻推广品种遗传多样性比较狭窄,随着时间推移增加的新等位基因多于消失的旧等位基因数。三省水稻推广品种遗传多样性呈现黑龙江>吉林>辽宁的趋势,但由于地区间频繁引种,东北水稻品种在区域上的遗传分化已不明显,其差异主要来源于品种间的基因型差异。不同省份存在较多的互补等位变异,最多的在黑龙江和辽宁之间。不同省份和不同年代间分别拥有各自特有和特缺的等位变异。参试品种可分为5个类群,每一类群均有两个以上年代(省份)品种分布。 展开更多
关键词 中国东北地区 水稻 推广品种 遗传多样性 微卫星标记
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采用表型和分子标记聚类研究杂交籼稻亲本的遗传多样性 被引量：44
9
作者 王胜军 陆作楣 万建民 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期475-480,共6页
以41份杂交籼稻骨干亲本和部分新育成的亲本为试验材料,采用表型性状和SSR分子标记2种聚类分析方法对杂交籼稻亲本的类群划分进行了比较研究,表型聚类以15个表型性状为依据,将供试材料划分为早、中熟和中、晚熟两大类群、6个亚群。早、... 以41份杂交籼稻骨干亲本和部分新育成的亲本为试验材料,采用表型性状和SSR分子标记2种聚类分析方法对杂交籼稻亲本的类群划分进行了比较研究,表型聚类以15个表型性状为依据,将供试材料划分为早、中熟和中、晚熟两大类群、6个亚群。早、中熟类群包含15个保持系、4个早熟恢复系和2个温敏核雄性不育系;中、晚熟类群包括16个恢复系和4个中、晚熟保持系。利用SSR分子标记将供试材料划分为保持系和恢复系两大类群、7个亚群。保持系群包括全部19个保持系、2个温敏核雄性不育系,恢复系群则包含全部20个恢复系,分类结果和系谱分析基本吻合。结合杂交籼稻育种实践,判断分子标记可能是研究亲本遗传多样性的一种较好方法。 展开更多
关键词 杂交水稻 亲本 表型性状 微卫星标记 聚类分析 系谱 遗传多样性
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SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析 被引量：45
10
作者 赵庆勇 朱镇 +4 位作者 张亚东 赵凌 陈涛 张巧凤 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期141-147,共7页
利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片... 利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片段,平均每对引物2.9条,每个SSR位点的多态性信息含量指数(PIC值)变化范围为0.064～0.844,平均为0.380。以SSR标记遗传相似系数为原始数据,按UPGMA聚类方法将30个亲本材料划分为7大类群,分类结果与系谱关系基本相符。分子标记遗传距离与杂种性状平均值的相关除每穗总粒数外均达到显著或极显著水平,与杂种优势的相关均达到极显著水平,相关系数介于-0.361～0.359,说明分子标记可用于水稻杂种优势群的划分和遗传多样性分析,但相关程度还不足以预测产量杂种优势。 展开更多
关键词 粳稻 微卫星标记 分子标记 聚类分析 遗传距离 杂种优势
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药用植物丹参EST-SSR标记的鉴定 被引量：44
11
作者 邓科君 张勇 +4 位作者 熊丙全 彭金华 张韬 赵晓楠 任正隆 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1165-1172,共8页
对重要大宗药用植物丹参尚没有高效特异分子标记开发应用研究,为有效利用丹参现有EST资源开发功能性分子标记,本文以生物信息学方法对GenBank的dbEST数据库中公开的10288条丹参(Salvia miltiorrhiza)EST进行整理,共获得非冗余性EST4192... 对重要大宗药用植物丹参尚没有高效特异分子标记开发应用研究,为有效利用丹参现有EST资源开发功能性分子标记,本文以生物信息学方法对GenBank的dbEST数据库中公开的10288条丹参(Salvia miltiorrhiza)EST进行整理,共获得非冗余性EST4192条。从中搜索到159个SSR位点,出现频率为3.79%,平均相隔12.74kb出现1个SSR位点。在1bp～6bp核苷酸重复基序中,二核苷酸重复基序SSR出现频率最高(77个、48.43%),其次是三核苷酸(41个、25.79%),四核苷酸出现频率最低(6个,3.77%)。在检出的47类重复基序中,出现频率超过5%的6种重复基序依次为:GA/CT(16.35%)、AG/TC(15.09%)、TCA/AGT(10.69%)、AT/TA(6.29%)、GAAAAG/CAAAAC(6.29%)、TA/AT(5.03%)。针对这些序列,设计开发了83对EST-SSR引物,对13个不同居群丹参样品及10种鼠尾草属物种进行了扩增效率、多态性及通用性检测,发现其中72对引物在供试材料中可进行特异性扩增,共产生279个位点,平均每对引物产生3.88个位点,且所有引物均显示多态性扩增。可有效扩增引物在鼠尾10个异源物种中的可转移率为60%～100%,平均85%。依据扩增结果进行遗传相似性分析,结果表明EST-SSR分析可揭示供试样品不同水平的遗传多样性,并可明确区分丹参及其他同属植物。上述工作为进行丹参及其同属物种的基因组差异性分析、遗传图谱构建及比较基因组等研究奠定了基础。 展开更多
关键词 丹参 表达序列标签 简单序列重复 分子标记 遗传多样性
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一个水稻新黄绿叶突变体基因的分子定位 被引量：34
12
作者 王军 王宝和 +3 位作者 周丽慧 徐洁芬 顾铭洪 梁国华 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期455-459,共5页
在水稻品种武运粳7号中发现了一个黄绿叶自然突变体,经过多代自交形成了稳定的突变系。该突变系和武运粳7号的正反交F2代的遗传分析表明该材料的黄绿叶由1对隐性基因控制,命名为ygl-2。利用已有的微卫星(SSR)标记和新发展的SSR标记将yg... 在水稻品种武运粳7号中发现了一个黄绿叶自然突变体,经过多代自交形成了稳定的突变系。该突变系和武运粳7号的正反交F2代的遗传分析表明该材料的黄绿叶由1对隐性基因控制,命名为ygl-2。利用已有的微卫星(SSR)标记和新发展的SSR标记将ygl-2基因定位于RM1340、RM7269、RM6298、SSR6-16和RM7434、SSR6-5、SSR6-9、RM5957之间,排列位置为RM1340-RM7269-RM6298-SSR6-16-ygl-2-RM7434-SSR6-5、SSR6-9-RM5957,它们之间的遗传距离分别为2·38、0.37、0.00、0.62、0.74、0.49、0.86和1.62cM,这为ygl-2基因的分子标记辅助选择育种和图位克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 黄绿叶基因 微卫星标记 基因定位
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水稻SSR不同检测和分析方法的比较研究 被引量：29
13
作者 李莉 杨剑波 +1 位作者 D.J.Mackill P.M.Colowit 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期185-188,共4页
用 1 5对水稻微卫星引物 ,对 1 3个不同类型及来源的水稻基因型材料进行了简单序列重复片段长度的多态性(SSLPs)分析 ,并与不同的检测和分析方法进行了比较。聚丙烯酰胺凝胶电泳无论是放射性自显影分析还是荧光标记的自动测序仪分析都... 用 1 5对水稻微卫星引物 ,对 1 3个不同类型及来源的水稻基因型材料进行了简单序列重复片段长度的多态性(SSLPs)分析 ,并与不同的检测和分析方法进行了比较。聚丙烯酰胺凝胶电泳无论是放射性自显影分析还是荧光标记的自动测序仪分析都比高密度的琼脂糖电泳 (3% Meta Phor agarose)有效。利用荧光标记自动测序系统的 SSLPs分析较之传统的 3 2 P标记的聚丙烯酰胺凝胶电泳分析 ,具有以下优点 :(1 )借助于荧光染料标记的丰富内标 ,可以区别几个 bp之差的 SSLPs ;(2 )借助于不同的荧光标记可以在同一样孔里分析多个样品 ;(3)自动给出 SSL Ps片段的长度 ;(4)自动的数据输出和分析 ;(5 )避免了放射性同位素有可能造成的环境污染。因此 ,该方法具有快速。 展开更多
关键词 水稻 简单序列重复 多态性 分析方法 种质
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鸟巢蕨转录组高通量测序及分析 被引量：40
14
作者 贾新平 孙晓波 +2 位作者 邓衍明 梁丽建 叶晓青 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期2329-2341,共13页
采用新一代高通量测序技术Illumina Hi Seq 2000对鸟巢蕨转录组(Asplenium nidus)进行测序,共获得29 254 595个序列读取片段(reads),包含了5 908 586 517个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,共获得42 907个单基因簇(Unigene),平... 采用新一代高通量测序技术Illumina Hi Seq 2000对鸟巢蕨转录组(Asplenium nidus)进行测序,共获得29 254 595个序列读取片段(reads),包含了5 908 586 517个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,共获得42 907个单基因簇(Unigene),平均长度936 bp,序列信息达到了40.16 Mb。数据库中的序列同源性比较表明,24 993个Unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支,其中有大量的Unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将Unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为24类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。SSR位点查找发现,从42 907个Unigene中共找到6 067个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。针对这些序列,设计了20对引物进行了扩增效率和多态性检测,其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。 展开更多
关键词 鸟巢蕨 转录组 生物信息学 功能注释 SSR
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基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究 被引量：37
15
作者 贾新平 叶晓青 +3 位作者 梁丽建 邓衍明 孙晓波 佘建明 《草业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期242-252,共11页
采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对reads进行... 采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,获得81220个单基因簇(unigene),平均长度1077bp,序列信息达到了87542503bp。另外从长度分布、GC含量、表达水平等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。数据库中的序列同源性比较表明,46169个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转录组中的unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类48个分支,其中有大量unigene与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为25类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到112个代谢途径分支,包括苯丙氨酸代谢通路、植物与病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合成、萜类骨架生物合成、脂类代谢、RNA降解等。SSR位点查找发现,从81220个unigene中共找到22721个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。本研究首次对海滨雀稗转录组进行了分析,为草坪草的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。 展开更多
关键词 海滨雀稗 转录组 高通量测序 基因注释 SSR
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SSR标记技术及其在植物遗传学中的应用 被引量：22
16
作者 王红梅 张正英 陈玉梁 《西北师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2003年第1期113-116,共4页
SSR是建立在PCR技术上的新型分子标记 ,与RFLP、RAPD、AFLP相比 ,SSR具有多态性高 ,结果稳定可靠 ,重复性好 ,操作简便等特点 .阐述了SSR的原理和方法 。
关键词 SSR标记 植物遗传学 分子标记 遗传图谱 遗传育种 微卫星DNA DNA提取 扩增 染色
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黄芩基因组SSR分子标记的开发及遗传多样性分析 被引量：29
17
作者 齐琳洁 龙平 +2 位作者 蒋超 袁媛 黄璐琦 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期500-505,共6页
本文通过生物信息学方法对黄芩基因组序列进行搜索,共得到12 775条SSR(simple sequence repeat)序列。黄芩基因组SSR重复主要以二核苷酸(68.32%)为主,其次为三核苷酸(18.63%);主要重复基序类型为CT/GA、TTC/GAA。通过SSR-PCR扩增,共筛选... 本文通过生物信息学方法对黄芩基因组序列进行搜索,共得到12 775条SSR(simple sequence repeat)序列。黄芩基因组SSR重复主要以二核苷酸(68.32%)为主,其次为三核苷酸(18.63%);主要重复基序类型为CT/GA、TTC/GAA。通过SSR-PCR扩增,共筛选出9对扩增产物稳定性好,多态性及清晰度高的引物用于10个不同产地共50份黄芩材料的遗传多样性分析。结果显示,9对引物共检测出68个等位基因,平均每个SSR位点等位基因数是7个,有效等位基因数为3。He(expected heterozygosities)值为0.6,远远高于双子叶植物平均水平;PIC(polymorphism information content)平均值为0.72,大于0.5;Shannon’s信息指数为1.32,证明所收集的黄芩种质资源具有较高的遗传多样性。种间遗传分化系数(Gst)为0.131,即13.1%的遗传变异存在于居群间,86.9%的遗传变异存在于居群内。聚类分析结果表明,10个不同产地黄芩可分成两大类,但其与地理分布无显著关系。 展开更多
关键词 黄芩 简单重复序列 遗传多样性
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湖南稻瘟病菌群体遗传多样性与病菌致病型的关系 被引量：28
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作者 李亚 刘二明 +2 位作者 戴良英 李成云 刘林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期304-308,共5页
用8对SSR引物对230个稻瘟病菌菌株进行遗传多样性分析。经UPGMA聚类分析,在相异系数为0.23水平上,供试菌株划分为7个遗传宗谱,其中Ⅰ、Ⅴ、Ⅵ宗谱为优势宗谱,所占比例分别为23.9%、23.5%和23.0%,Ⅳ和Ⅶ宗谱中分别只有1个和5个菌株,其所... 用8对SSR引物对230个稻瘟病菌菌株进行遗传多样性分析。经UPGMA聚类分析,在相异系数为0.23水平上,供试菌株划分为7个遗传宗谱,其中Ⅰ、Ⅴ、Ⅵ宗谱为优势宗谱,所占比例分别为23.9%、23.5%和23.0%,Ⅳ和Ⅶ宗谱中分别只有1个和5个菌株,其所占比例仅为0.43%和2.17%。用7个全国统一鉴别品种对从230个菌株中选出的77个菌株进行致病型鉴定,结果表明湖南稻瘟病菌分属ZA、ZB、ZC、ZD、ZE、ZF、ZG等共7群30个致病型。其中ZA、ZB、ZC 3个种群的分化较强,分别含6、10、7个致病型,其中ZG1为优势致病型,出现频率为26.5%。SSR标记的遗传多样性分析结果以及以不同鉴别品种表型来划分的致病型结果表明,菌株遗传宗谱与致病型不存在一一对应关系。 展开更多
关键词 水稻 稻瘟病菌 微卫星标记 遗传多样性 致病型
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我国三系杂交稻主要不育系的微卫星标记多样性和遗传结构分析 被引量：27
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作者 彭锁堂 王海岗 +4 位作者 魏兴华 吕建珍 张晓丽 袁筱萍 杨武德 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期365-369,共5页
选取均匀分布在水稻12条染色体上的48对SSR引物，对28份我国杂交水稻主要不育系进行了多样性和遗传结构分析。在所分析的48个位点中，多态性位点41个，多态性位点百分率（P）为85．4％；每1个位点平均等位基因数（A）为3．5，变幅2～6... 选取均匀分布在水稻12条染色体上的48对SSR引物，对28份我国杂交水稻主要不育系进行了多样性和遗传结构分析。在所分析的48个位点中，多态性位点41个，多态性位点百分率（P）为85．4％；每1个位点平均等位基因数（A）为3．5，变幅2～6个；平均基因多样性指数（HP）和平均多态性信息含量指数（PIC）分别为0．40和0．36。AMOVA分析表明，不育系遗传变异主要存在于各选育时期内，时期间的遗传变异仅占总变异的3．3％，且未达到显著水平。基于模型的遗传结构分析表明，我国三系杂交稻主要不育系多数含有相近血缘，背景单一。 展开更多
关键词 杂交水稻 不育系 遗传结构 遗传多样性 微卫星标记
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稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布 被引量：20
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作者 李成云 李进斌 +2 位作者 周晓罡 董爱荣 许明辉 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期269-273,共5页
利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度... 利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记 水稻
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