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一种植物基因组DNA快速提取方法的建立与评估 被引量：6
1
作者 李琳 罗淋淋 +2 位作者 罗光宇 莫蓓莘 刘琳 《深圳大学学报（理工版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第1期1-8,共8页
植物基因组脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)的提取是植物分子实验的基础,但随着样本数量的增加,基因组DNA的提取成为植株基因型鉴定以及单核苷酸多态性检测等分子实验的限速环节.为解决现有技术中提取植物基因组DNA过程繁琐、... 植物基因组脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)的提取是植物分子实验的基础,但随着样本数量的增加,基因组DNA的提取成为植株基因型鉴定以及单核苷酸多态性检测等分子实验的限速环节.为解决现有技术中提取植物基因组DNA过程繁琐、耗时耗力的问题,从提取液配方和提取条件等方面改良常规快速植物基因组DNA提取法,缩短了样本制备时间并简化了提取步骤,改良后每个样本DNA制备需时不到90 s,同时采用96孔板和配套设施显著提高了实验通量.该方法对植物样本的状态要求低、扩增效率高、成本低,适用于拟南芥、水稻和玉米等多种植物基因组DNA的提取与聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增实验,尤其适用于大样本量的规模化基因型鉴定. 展开更多
关键词 分子生物学 基因组脱氧核糖核酸 快速提取 聚合酶链式反应 水稻 拟南芥 基因型鉴定 单核苷酸多态性分析 简单重复序列标记分析
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红边龙血树叶绿体基因组特征及其系统发育分析 被引量：2
2
作者 王子豪 郭佳乐 +4 位作者 范琪 田泽园 王雪晴 郑维 黄罗冬 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期2926-2938,共13页
红边龙血树(Dracaena marginata)是一种在全球广泛种植的龙血树属园艺植物,具有较高的观赏价值和药用价值。本研究首次利用高通量测序技术对红边龙血树叶片进行全基因组测序,组装得到完整的叶绿体基因组序列,并进行注释、序列特征比较... 红边龙血树(Dracaena marginata)是一种在全球广泛种植的龙血树属园艺植物,具有较高的观赏价值和药用价值。本研究首次利用高通量测序技术对红边龙血树叶片进行全基因组测序,组装得到完整的叶绿体基因组序列,并进行注释、序列特征比较和系统发育分析。结果表明,红边龙血树叶绿体基因组包含一个典型的四分体结构,长度为154926 bp,是目前已报道的龙血树属中叶绿体基因组最小的物种;共拥有132个基因,包含86个编码蛋白基因、38个转运RNA基因和8个核糖体RNA基因;密码子偏好性分析发现存在偏好使用A/U碱基结尾的现象,整体上密码子偏好性较低;共鉴定出46个简单重复序列位点和54个长重复序列,分别在大单拷贝区与反向重复区有最大检出率;种间边界分析发现边界区域基因存在相对位置差异,扩张收缩情况总体较为相似;与近缘种进行系统发育分析,红边龙血树与细枝龙血树聚为一类,关系最近,符合形态学分类特征。对红边龙血树叶绿体基因组的解析为龙血树属植物的物种鉴定、遗传多样性和叶绿体转基因工程等提供了重要数据基础。 展开更多
关键词 红边龙血树 叶绿体基因组 简单重复序列位点分析 系统发育 比较基因组学分析
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鉴别结核分枝杆菌复合群的新型核酸扩增检测靶标评价 被引量：1
3
作者 高诗会 赵英伟 +6 位作者 胡忠义 王洁 陆俊梅 闫丽萍 郭琪 马慧 秦莲花 《中华结核和呼吸杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期907-910,共4页
目的寻找新的鉴别诊断MTB复合群（MTC）高特异度和敏感的核酸靶标。方法利用简单序列重复区间（ISSR）分型技术平台筛选MTC的特征片段，克隆测序获得特征序列并进行序列同源性分析，以该序列为基础设计MTC特征引物，并对211株分枝杆菌... 目的寻找新的鉴别诊断MTB复合群（MTC）高特异度和敏感的核酸靶标。方法利用简单序列重复区间（ISSR）分型技术平台筛选MTC的特征片段，克隆测序获得特征序列并进行序列同源性分析，以该序列为基础设计MTC特征引物，并对211株分枝杆菌菌株（其中MTC107株、非结核分枝杆菌104株）进行鉴别检测。利用分枝杆菌属特征序列16s rRNA和MTC特征序列IS6110的鉴别结果，对MTC特征引物检测结果进行评估。结果通过ISSR分型获得588bp的MTC特征片段，该序列为MTC菌株的特征序列，位于MTB标准株H37Rv基因组的315947-316534位，以该序列为基础设计MTC鉴别引物MTCF／R，16srRNA基因在211株分枝杆菌菌株中的扩增结果均为阳性，IS6110序列在107株MTC菌株中扩增阳性率为99％（106／107），在104株NTM菌株中阴性检出率为100％（104／104），MTCF／R引物在MTC菌株中的扩增阳性率为100％（107／107），在非结核分枝杆菌菌株中的阴性检出率为100％（104／104）。结论通过ISSR分型技术筛选出的MTC特征序列可作为新的核酸扩增靶标用于MTC和非结核分枝杆菌的鉴别诊断。 展开更多
关键词 分枝杆菌属 核酸扩增技术 简单序列重复区间分型
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大薯ISSR-PCR反应体系的优化 被引量：1
4
作者 程文杰 罗欣 +2 位作者 周鑫 黄小龙 黄东益 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期129-133,153,共6页
以大薯为材料,通过试验优化了ISSR-PCR反应体系中的主要成分用量及浓度、退火温度对大薯ISSR扩增结果的影响。试验表明:在20μL的反应体系中,Mg2+的浓度为1.875 mmol/L,dNTPs浓度为0.500 mmol/L,引物的浓度为1.0μmol/L,TaqDNA聚合酶的... 以大薯为材料,通过试验优化了ISSR-PCR反应体系中的主要成分用量及浓度、退火温度对大薯ISSR扩增结果的影响。试验表明:在20μL的反应体系中,Mg2+的浓度为1.875 mmol/L,dNTPs浓度为0.500 mmol/L,引物的浓度为1.0μmol/L,TaqDNA聚合酶的用量为1U,模板DNA的用量为60 ng,在48℃的退火温度下45个循环,能得到清晰、多态性高的ISSR带谱。 展开更多
关键词 大薯 ISSR 反应体系 优化
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