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siRNA的设计、合成与转染及其在RNA干扰中的应用 被引量:4
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作者 张鹏辉 涂植光 杨明清 《国外医学(临床生物化学与检验学分册)》 2003年第4期199-200,共2页
基因阻断技术近年来发展迅速,已成为分子生物学研究的主要技术手段之一。RNA干扰(RNA interference,RNAi)是由双链RNA介导的、在转录后mRNA水平关闭相应基因表达的过程。RNAi最初发现于某些植物中,随后在线虫、果蝇、斑马鱼中相续发现存... 基因阻断技术近年来发展迅速,已成为分子生物学研究的主要技术手段之一。RNA干扰(RNA interference,RNAi)是由双链RNA介导的、在转录后mRNA水平关闭相应基因表达的过程。RNAi最初发现于某些植物中,随后在线虫、果蝇、斑马鱼中相续发现存在RNAi现象。最近,在哺乳动物细胞中的研究也取得满意结果。RNAi作为新兴的基因阻断技术,在人类基因功能研究、基因治疗方面已显示出巨大的前景。 展开更多
关键词 RNA干扰 sirna设计 合成 转染 基因阻断技术 分子生物学
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siRNA对SGC7901/VCR细胞mdr1基因沉默效果的影响因素分析 被引量:6
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作者 高福莲 朱晓燕 +2 位作者 王峰 吴景兰 张钦宪 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期151-155,共5页
目的分析siRNA沉默人胃癌SGC7901/VCR细胞mdr1基因效果的相关因素。方法设计并体外转录合成4条靶向mdr1的siRNA(mdr1si326、mdr1si1513、mdr1si2631和mdr1si3071),转染SGC7901/VCR细胞,用RTPCR和免疫印迹检测mdr1mRNA和Pgp的表达、流式... 目的分析siRNA沉默人胃癌SGC7901/VCR细胞mdr1基因效果的相关因素。方法设计并体外转录合成4条靶向mdr1的siRNA(mdr1si326、mdr1si1513、mdr1si2631和mdr1si3071),转染SGC7901/VCR细胞,用RTPCR和免疫印迹检测mdr1mRNA和Pgp的表达、流式细胞仪检测细胞内阿霉素的蓄积和MTT法检测细胞对阿霉素的敏感性,综合这4方面结果评价4条siRNA的沉默效果情况;用分子生物学软分析siRNA沉默效果的影响因素。结果沉默效果最好的mdr1si326和较好的mdr1si2631靶序列编码Pgp的跨膜区而且自身无茎和袢;沉默效果较差的mdr1si3071和最差的mdr1si1513靶序列编码Pgp的胞内区,前者自身成茎和成袢。沉默效果最好的mdr1si326和较好的mdr1si2631靶序列在靶位点和靶位点外间有较少的碱基配对和氢键。siRNA的沉默效果与siRNA3’5’端3个碱基中的A/U数量、N1和N19、GC含量间无规律可循。结论siRNA沉默SGC7901/VCR细胞mdr1的效果与靶序列的结构关系密切。 展开更多
关键词 小分子干扰RNA MDR1基因 SGC7901/VCR细胞 基因沉默效果 sirna设计
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具有较高基因沉默效应的siRNA设计 被引量:2
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作者 王玉倩 李勤喜 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第B06期150-153,共4页
详细说明了如何通过对特定基因mRNA序列进行分析设计具有较高基因沉默效应的siRNA方法,并应用该方法针对小鼠早幼粒细胞白血病基因pml3设计相应的siRNA.通过RTPCR和WesternBlot的方法,验证了其对pml3基因表达的抑制效果,实验证明通过我... 详细说明了如何通过对特定基因mRNA序列进行分析设计具有较高基因沉默效应的siRNA方法,并应用该方法针对小鼠早幼粒细胞白血病基因pml3设计相应的siRNA.通过RTPCR和WesternBlot的方法,验证了其对pml3基因表达的抑制效果,实验证明通过我们提出的方法所设计的siRNA具有较高的基因沉默效应. 展开更多
关键词 基因沉默 sirna设计 效应 WESTERN MRNA序列 分析设计 抑制效果 基因表达 BLOT 实验证明 PCR 粒细胞 小鼠
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siRNA设计研究进展及在线设计 被引量:2
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作者 樊鹏程 贾正平 +1 位作者 马骏 王荣 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期202-203,共2页
关键词 sirna设计 基因沉默 RNA干涉 序列分析
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冠状病毒的siRNA设计 被引量:2
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作者 郭骁才 郭红霞 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 2003年第5期534-541,共8页
用自己编写的siRNA查找设计的程序sRNAFinder,对来自GenBank的 7个冠状病毒全基因组序列进行了siRNA的查找 ,并分析了各自的分布情况 .结果表明 ,ORF1ab、S、E、M和N这 5个主要基因中 ,候选siRNA占全基因组中所有候选siRNA的比例达到 9... 用自己编写的siRNA查找设计的程序sRNAFinder,对来自GenBank的 7个冠状病毒全基因组序列进行了siRNA的查找 ,并分析了各自的分布情况 .结果表明 ,ORF1ab、S、E、M和N这 5个主要基因中 ,候选siRNA占全基因组中所有候选siRNA的比例达到 90 %以上 .根据基因组结构特征 ,对SARS -CoV进行的siRNA分布分析表明 ,在全部 4 4 9个候选siRNA中 ,有 4 4 3个分布于orf1ab中 ,与基于RNAi原理的抗病毒药物设计思想相吻合 .表 8参 展开更多
关键词 冠状病毒 sirna设计 生物信息学 SARS
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The Influence of RNA Secondary Structure on the Efficiency of si RNA Silencing
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作者 SUN Ying GUI Jian-bin CHEN Zhao-xue 《Chinese Journal of Biomedical Engineering(English Edition)》 CSCD 2015年第4期179-184,共6页
In the application of RNAi technology,it is an essential step to design siR NA applicable to target gene.At present,there are many researches and conclusions on siR NA design.This paper aims to the influences of mR NA... In the application of RNAi technology,it is an essential step to design siR NA applicable to target gene.At present,there are many researches and conclusions on siR NA design.This paper aims to the influences of mR NA secondary structure or siR NA antisense-strand secondary structure on siR NA silence efficiency.The paper also discusses the problems and sets out further insights in the research. 展开更多
关键词 RNA interference RNA secondary structure sirna silence efficiency
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高效siRNA的设计分析
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作者 秦炳燕 张永生 +4 位作者 纪俊明 李超程 席继峰 王香祖 贾斌 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第1期109-113,294,共6页
RNA干扰(RNAi)介导的基因沉默已成为基因功能分析的高效工具,设计出高效的siRNA是RNA干扰(RNAi)成功的关键,但现有的siRNA设计规则存在许多不一致性,使得高效siRNA设计困难重重。为了对这些设计规则进行进一步的验证并探讨不同设计规则... RNA干扰(RNAi)介导的基因沉默已成为基因功能分析的高效工具,设计出高效的siRNA是RNA干扰(RNAi)成功的关键,但现有的siRNA设计规则存在许多不一致性,使得高效siRNA设计困难重重。为了对这些设计规则进行进一步的验证并探讨不同设计规则在高效siRNA设计中的价值,研究设计了9条靶向zfy基因(zfy-1、zfy-2、zfy-3、zfy-4、zfy-5、zfy-6、zfy-7、zfy-8、zfy-9)和4条靶向zfx基因(zfx-1、zfx-2、zfx-3、zfx-4)的siRNA并构建了重组载体,转染28~32日龄仔猪睾丸组织分离的猪生精细胞,实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测zfy和zfx基因mRNA的表达。结果表明:每个siRNA对靶基因的下调水平不同,zfy-9的沉默效率最高,为89%,zfy-1、zfy-2、zfy-3、zfx-1对靶基因的表达没有沉默作用。通过对13个siRNA序列特征进行分析表明,在siRNA设计中符合越多的碱基偏好性准则,沉默效率越好;但是不同的准则重要性不同,siRNA反义链中第10位的U和第13位的A/U对高效siRNA设计更有作用,应优先考虑;靶位点的选择对高效siRNA的设计也有重要作用。 展开更多
关键词 RNA干扰(RNAI) sirna设计 ZFY ZFX 实时荧光定量PCR
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