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白斑综合征病毒感染对克氏原螯虾肠道菌群的影响
被引量:
14
1
作者
陈一铭
顾泽茂
+2 位作者
李莉娟
陈天圣
袁军法
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期40-46,共7页
为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16S rDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组...
为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16S rDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P<0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P<0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P<0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。
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关键词
甲壳动物
克氏原螯虾
肠道菌群
白斑综合征病毒
高通量测序
LEfSe分析
稻田养虾
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职称材料
不同地区稻虾综合种养系统的微生物群落结构分析
被引量:
11
2
作者
贾丽娟
王广军
+6 位作者
夏耘
张凯
谢骏
郁二蒙
李志斐
龚望宝
田晶晶
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期73-84,共12页
为研究不同地区稻虾综合种养系统的环境及克氏原螯虾肠道的细菌群落结构差异,为改进不同地区稻虾综合养殖策略提供依据,采用Illumina Miseq高通量测序技术,研究了武汉、永州和韶关地区稻田养殖克氏原螯虾的水体、底泥及虾肠道细菌群落结...
为研究不同地区稻虾综合种养系统的环境及克氏原螯虾肠道的细菌群落结构差异,为改进不同地区稻虾综合养殖策略提供依据,采用Illumina Miseq高通量测序技术,研究了武汉、永州和韶关地区稻田养殖克氏原螯虾的水体、底泥及虾肠道细菌群落结构,并对水体、肠道菌群与环境因子之间的关系进行了分析。结果显示,武汉地区稻虾综合种养系统的水体、底泥及克氏原螯虾肠道细菌群落的多样性均大于永州地区和韶关地区。武汉地区的稻虾综合种养系统的水体及底泥的细菌群落结构与永州地区和韶关地区均相似,其中水体的优势菌门均为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门;底泥的优势菌门均为变形菌门。武汉地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter,10.85%)、气单胞菌属(Aeromonas,9.88%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (8.43%)等。永州地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和放线菌门;优势菌属为ZOR0006 (9.78%)、拟杆菌属(Bacteroides,5.41%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (3.98%)。韶关地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和变形菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter,9.31%)、拟杆菌属(4.29%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (4.58%)等。环境因子关联分析结果显示,总悬浮颗粒(TSS)和总磷(TP)对水体细菌群落结构具有显著影响,磷酸盐(PO3-4-P)和化学需氧量(CODcr)对肠道微生物结构具有显著影响。研究表明,不同地区水体、底泥及克氏原螯虾肠道微生物存在一定差异,其中水体与底泥的微生物结构更相似。武汉地区稻虾综合种养系统中水体的微生物多样性最高,对于稳定养殖系统有利。不同地区养殖系统微生物的优势菌门种类没有变化,但是会改变优势菌门和优势菌属的相对丰度。养殖环境中的营养盐含量会对微生
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关键词
克氏原螯虾
稻虾综合种养
水体
底泥
肠道
菌群结构
高通量测序
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职称材料
题名
白斑综合征病毒感染对克氏原螯虾肠道菌群的影响
被引量:
14
1
作者
陈一铭
顾泽茂
李莉娟
陈天圣
袁军法
机构
华中农业大学水产学院
华中农业大学双水双绿研究院
湖北省水生动物病害防控工程技术研究中心
出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第2期40-46,共7页
基金
湖北省现代农业产业技术体系稻田综合种养创新团队和湖北省技术创新专项(2018ABA103)。
文摘
为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16S rDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P<0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P<0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P<0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。
关键词
甲壳动物
克氏原螯虾
肠道菌群
白斑综合征病毒
高通量测序
LEfSe分析
稻田养虾
Keywords
crustacean
Procambarus
clarkii
intestinal
flora
WSSV
high-throughput
sequencing
LEfSe
analysis
shrimp
in
rice
fields
分类号
Q959.223.63 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
不同地区稻虾综合种养系统的微生物群落结构分析
被引量:
11
2
作者
贾丽娟
王广军
夏耘
张凯
谢骏
郁二蒙
李志斐
龚望宝
田晶晶
机构
上海海洋大学
中国水产科学研究院珠江水产研究所
出处
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期73-84,共12页
基金
国家重点研发计划(2019YFD0900304)
广东省促进经济发展专项资金(2019B2)
+1 种基金
中国水产科学研究院院级基本科研业务费(2021SJ-XC2)
中国-东盟海上基金(CAMC-2018F)。
文摘
为研究不同地区稻虾综合种养系统的环境及克氏原螯虾肠道的细菌群落结构差异,为改进不同地区稻虾综合养殖策略提供依据,采用Illumina Miseq高通量测序技术,研究了武汉、永州和韶关地区稻田养殖克氏原螯虾的水体、底泥及虾肠道细菌群落结构,并对水体、肠道菌群与环境因子之间的关系进行了分析。结果显示,武汉地区稻虾综合种养系统的水体、底泥及克氏原螯虾肠道细菌群落的多样性均大于永州地区和韶关地区。武汉地区的稻虾综合种养系统的水体及底泥的细菌群落结构与永州地区和韶关地区均相似,其中水体的优势菌门均为放线菌门、蓝细菌门、变形菌门和拟杆菌门;底泥的优势菌门均为变形菌门。武汉地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter,10.85%)、气单胞菌属(Aeromonas,9.88%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (8.43%)等。永州地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和放线菌门;优势菌属为ZOR0006 (9.78%)、拟杆菌属(Bacteroides,5.41%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (3.98%)。韶关地区的克氏原螯虾肠道的优势菌门为厚壁菌门和变形菌门;优势菌属为柠檬酸杆菌属(Citrobacter,9.31%)、拟杆菌属(4.29%)和[Anaerorhabdus]_furcosa_group (4.58%)等。环境因子关联分析结果显示,总悬浮颗粒(TSS)和总磷(TP)对水体细菌群落结构具有显著影响,磷酸盐(PO3-4-P)和化学需氧量(CODcr)对肠道微生物结构具有显著影响。研究表明,不同地区水体、底泥及克氏原螯虾肠道微生物存在一定差异,其中水体与底泥的微生物结构更相似。武汉地区稻虾综合种养系统中水体的微生物多样性最高,对于稳定养殖系统有利。不同地区养殖系统微生物的优势菌门种类没有变化,但是会改变优势菌门和优势菌属的相对丰度。养殖环境中的营养盐含量会对微生
关键词
克氏原螯虾
稻虾综合种养
水体
底泥
肠道
菌群结构
高通量测序
Keywords
Procambarus
clarkii
integrated
shrimp
in
rice
field
water
sediment
intestine
microbial
community
structure
high-throughput
sequencing
分类号
Q938.2 [生物学—微生物学]
S917.1 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
白斑综合征病毒感染对克氏原螯虾肠道菌群的影响
陈一铭
顾泽茂
李莉娟
陈天圣
袁军法
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
14
下载PDF
职称材料
2
不同地区稻虾综合种养系统的微生物群落结构分析
贾丽娟
王广军
夏耘
张凯
谢骏
郁二蒙
李志斐
龚望宝
田晶晶
《水产学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
11
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