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拟南芥丝氨酸羧肽酶类蛋白家族的基因组学分析 被引量:12
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作者 冯英 刘庆坡 +1 位作者 贾佳 薛庆中 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第8期864-873,共10页
基于隐马可夫模型,利用已知丝氨酸羧肽酶(SerineCarboxypeptidases,SCP)氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥全蛋白质组数据库,鉴定了54个推定的SCPL(丝氨酸羧肽酶类,SerineCarboxypeptidaseLike)基因,详细分析了各基因的结构特征、染色体... 基于隐马可夫模型,利用已知丝氨酸羧肽酶(SerineCarboxypeptidases,SCP)氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥全蛋白质组数据库,鉴定了54个推定的SCPL(丝氨酸羧肽酶类,SerineCarboxypeptidaseLike)基因,详细分析了各基因的结构特征、染色体定位与编码的蛋白质序列,发现7个可能最近发生复制事件的基因簇聚区,并且其SCPL基因广泛存在交替剪接方式。系统进化分析表明,88.9%基因编码的蛋白质属于双链羧肽酶Ⅰ或Ⅱ亚族,仅11.1%蛋白质属于单链羧肽酶Ⅲ亚族,暗示SCP蛋白不仅具有独特拓扑结构的催化中心与高度保守的“α/β水解酶折叠”三级结构,其DNA或蛋白质序列特征也可以作为系统进化研究依据。 展开更多
关键词 丝氨酸羧肽酶 基因家族 拟南芥 系统发生 进化
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植物丝氨酸羧肽酶及其类蛋白的研究进展 被引量:10
2
作者 王育华 邹杰 陈信波 《生物学杂志》 CAS CSCD 2010年第6期72-75,102,共5页
丝氨酸羧肽酶(serine carboxypeptidases,SCP)是一类属于α/β水解酶家族的蛋白酶,在植物生长发育过程中参与多肽和蛋白质的加工、修饰与降解等多个重要环节,并且在许多生化途径包括次生代谢产物的生物合成、催化酰基转移、除草剂共轭... 丝氨酸羧肽酶(serine carboxypeptidases,SCP)是一类属于α/β水解酶家族的蛋白酶,在植物生长发育过程中参与多肽和蛋白质的加工、修饰与降解等多个重要环节,并且在许多生化途径包括次生代谢产物的生物合成、催化酰基转移、除草剂共轭和种子萌发相关蛋白质降解中起重要作用。介绍和评述了植物丝氨酸羧肽酶及其类蛋白的种类、特点、功能及其基因的表达调控,并对植物丝氨酸羧肽酶及其类蛋白的研究方向和应用提出了展望。 展开更多
关键词 丝氨酸羧肽酶 功能 基因表达
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丝氨酸羧肽酶及其类蛋白的研究进展 被引量:8
3
作者 叶玲飞 罗光宇 +2 位作者 向建华 刘爱玲 陈信波 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期122-126,共5页
丝氨酸羧肽酶(SCP)是一个庞大的蛋白酶家族,普遍存在于动物、植物和真菌中。本文简要介绍了SCP及丝氨酸羧肽酶类蛋白(SCPLs)的结构特点和分类,综述了它们的亚细胞定位、基因表达水平、提高植物耐逆性、调控植物生长发育和影响次生代谢... 丝氨酸羧肽酶(SCP)是一个庞大的蛋白酶家族,普遍存在于动物、植物和真菌中。本文简要介绍了SCP及丝氨酸羧肽酶类蛋白(SCPLs)的结构特点和分类,综述了它们的亚细胞定位、基因表达水平、提高植物耐逆性、调控植物生长发育和影响次生代谢产物合成等方面的最新研究进展。 展开更多
关键词 丝氨酸羧肽酶 基因表达调控 次生代谢产物 耐逆性
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水稻与拟南芥全基因组丝氨酸羧肽酶类蛋白家族比较分析(英文) 被引量:6
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作者 冯英 俞朝 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期1-15,共15页
基于水稻与拟南芥全基因组序列,在基因组与蛋白质组水平上对这2种模式植物的丝氨酸羧肽酶(SCPs)基因家族进行比较分析.利用隐马可夫模型(hidden Markov models,HMM),发现水稻与拟南芥中分别存在71个与54个丝氨酸羧肽酶类(serine carboxy... 基于水稻与拟南芥全基因组序列,在基因组与蛋白质组水平上对这2种模式植物的丝氨酸羧肽酶(SCPs)基因家族进行比较分析.利用隐马可夫模型(hidden Markov models,HMM),发现水稻与拟南芥中分别存在71个与54个丝氨酸羧肽酶类(serine carboxypeptidases like,SCPL)蛋白编码基因,它们广泛分布于基因组中各条染色体上,并且存在多个基因簇聚区.基因结构分析显示,拟南芥的SCPL基因存在广泛的交替剪接方式,而这种现象在水稻SCPL基因中却不常见.蛋白结构分析表明,所有SCPL家族成员均具有α/β水解酶折叠亚族与S10家族典型的保守结构域与二级结构特征.系统进化分析表明,这125个SCPL蛋白可以分成3大类,与水稻不同,大多数拟南芥SCPL(88.9%)可归属于双链羧肽酶Ⅰ或Ⅱ. 展开更多
关键词 丝氨酸羧肽酶 基因家族 水稻 拟南芥 进化
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黑曲霉丝氨酸羧肽酶的重组表达及其水解大豆蛋白的效果分析 被引量:1
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作者 喻豆 潘力 王斌 《现代食品科技》 CAS 北大核心 2022年第1期173-180,158,共9页
丝氨酸羧肽酶能够剪切肽链C末端的氨基酸,在大豆蛋白脱苦中有着广泛的应用。该研究将黑曲霉中3个丝氨酸羧肽酶基因(CPG、CPF、CPA)在低背景的无孢黑曲霉HL-1中进行重组表达。利用启动子PnaⅡ、终止子Ttef和营养缺陷型筛选标记pyr G构建... 丝氨酸羧肽酶能够剪切肽链C末端的氨基酸,在大豆蛋白脱苦中有着广泛的应用。该研究将黑曲霉中3个丝氨酸羧肽酶基因(CPG、CPF、CPA)在低背景的无孢黑曲霉HL-1中进行重组表达。利用启动子PnaⅡ、终止子Ttef和营养缺陷型筛选标记pyr G构建分别含自身信号肽和糖化酶信号肽的丝氨酸羧肽酶表达载体;利用PEG介导的转化法转化无孢黑曲霉宿主HL-1,构建了丝氨酸羧肽酶重组表达菌株。通过摇瓶发酵筛选得到高表达重组菌株HL-CPG,其丝氨酸羧肽酶酶活达到163.71 U/mL。利用6ⅹHis标签进行镍柱亲和层析得到单一的丝氨酸羧肽酶CPG并研究了其酶学性质,该酶最适反应温度为40℃,最适p H为3.5,Cu^(2+)具有明显抑制效果。另外,将重组表达的丝氨酸羧肽酶CPG与胃蛋白酶复配水解大豆蛋白,水解液中疏水性氨基酸Leu、Tyr和Phe的含量分别增加606.47μg/m L、434.06μg/m L和205.11μg/m L。综上所述,该研究在黑曲霉中成功实现丝氨酸羧肽酶的高效表达,对大豆蛋白水解液脱苦处理工艺具有一定的借鉴意义。 展开更多
关键词 丝氨酸羧肽酶 黑曲霉 重组表达 蛋白脱苦
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黑曲霉羧肽酶CapA的克隆表达与酶学性质解析 被引量:1
6
作者 冯玮 宋鹏 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2021年第17期189-195,共7页
通过对A.niger CBS 513.88基因组信息进行阅读和比对分析,发现一个新的丝氨酸羧肽酶基因CapA,并在毕赤酵母中进行克隆表达。在摇瓶发酵水平,重组菌GS115(pPIC9K-CapA)的羧肽酶酶活达到109.7 U/mL。酶学性质研究表明该酶最适温度和pH值... 通过对A.niger CBS 513.88基因组信息进行阅读和比对分析,发现一个新的丝氨酸羧肽酶基因CapA,并在毕赤酵母中进行克隆表达。在摇瓶发酵水平,重组菌GS115(pPIC9K-CapA)的羧肽酶酶活达到109.7 U/mL。酶学性质研究表明该酶最适温度和pH值分别为45℃和6.0;在30℃~50℃或pH 4.0~8.0孵育1 h,仍可保持80%或60%以上的活力;Mg^(2+)可以显著提高酶活,Cu^(2+)、Fe^(2+)、Co^(2+)和苯甲基磺酰氟则对酶活有明显的抑制作用。在6种被检测的底物中,CapA可以水解其中的5种,具有较广泛的底物特异性,并且偏好水解羧基端疏水性氨基酸亮氨酸和赖氨酸,苄氧羰基-苯丙氨酰-亮氨酸是其最适底物。CapA较好的耐热性和pH值稳定性以及水解底物特征表明其在食品和生物技术领域有较好的应用基础。 展开更多
关键词 丝氨酸羧肽酶 黑曲霉 分子克隆 异源表达 酶学特征
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利用CODEHOP设计简并引物克隆红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段和序列分析 被引量:1
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作者 齐育平 周月婷 +2 位作者 马泽萍 陈丹凤 蒋冬花 《浙江师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2014年第1期93-98,共6页
利用CODEHOP(Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers)软件设计了红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段的简并引物,选取1对简并引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),得到348 bp的聚合酶链式反应产物,经pMD18-T载体克隆转化... 利用CODEHOP(Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers)软件设计了红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段的简并引物,选取1对简并引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),得到348 bp的聚合酶链式反应产物,经pMD18-T载体克隆转化至大肠杆菌DH5α中,测序后进行BLASTX比对,发现此DNA产物与其他丝氨酸羧肽酶基因序列有相似性,推断所克隆的产物即为红色红曲霉的丝氨酸羧肽酶基因片段. 展开更多
关键词 CODEHOP软件 丝氨酸羧肽酶基因 简并引物 红曲菌
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基于OsGS5的玉米同源基因ZmGS5的克隆
8
作者 李彩云 孔曼丽 +4 位作者 孙清鹏 卢敏 王维香 潘金豹 韩俊 《北京农学院学报》 2014年第3期14-17,共4页
高产是玉米育种的重要目标,籽粒大小是决定籽粒产量的重要因子。OsGS5是水稻中已克隆的控制籽粒长度和千粒重的主效基因,编码丝氨酸羧肽酶。本研究利用OsGS5基因编码序列比对玉米同源EST序列,并对EST序列进行拼接,根据拼接后的EST序列设... 高产是玉米育种的重要目标,籽粒大小是决定籽粒产量的重要因子。OsGS5是水稻中已克隆的控制籽粒长度和千粒重的主效基因,编码丝氨酸羧肽酶。本研究利用OsGS5基因编码序列比对玉米同源EST序列,并对EST序列进行拼接,根据拼接后的EST序列设计3′-RACE基因特异引物,利用同源克隆的方法克隆出玉米同源基因的3′端基因片段,经测序发现该基因片段长度为981bp,功能注释后发现该基因编码丝氨酸羧肽酶,与水稻OsGS5基因编码蛋白具有高度同源性,将该基因暂时命名为ZmGS5。 展开更多
关键词 玉米 ZmGS5 OsGS5 丝氨酸羧肽酶 克隆
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植物丝氨酸羧肽酶样酰基转移酶的结构、功能和应用 被引量:2
9
作者 王宇 杨燕 +1 位作者 刘忞之 王伟 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1887-1899,共13页
植物丝氨酸羧肽酶样酰基转移酶与丝氨酸羧肽酶相比具有相似的结构特点和很高的同源性,能够催化酰基葡萄糖酯的酰基转移反应,参与植物次生代谢产物的酰基化修饰,丰富天然产物结构多样性,改善化合物水溶性、稳定性等理化性质。本文重点介... 植物丝氨酸羧肽酶样酰基转移酶与丝氨酸羧肽酶相比具有相似的结构特点和很高的同源性,能够催化酰基葡萄糖酯的酰基转移反应,参与植物次生代谢产物的酰基化修饰,丰富天然产物结构多样性,改善化合物水溶性、稳定性等理化性质。本文重点介绍植物来源丝氨酸羧肽酶样酰基转移酶家族的结构特点、催化机制、功能鉴定及其生物催化应用等方面的研究进展,为促进此类酰基转移酶基因的功能表征和利用合成生物技术合成活性次生代谢产物提供参考。 展开更多
关键词 丝氨酸羧肽酶样酰基转移酶 酰基化反应 双功能酰基和糖基供体 生物催化
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茶树丝氨酸羧肽酶基因的克隆及表达分析 被引量:1
10
作者 仇传慧 李伟伟 +5 位作者 王云生 李明卓 骆洋 刘亚军 高丽萍 夏涛 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期202-211,共10页
近年来,人们发现丝氨酸羧肽酶类蛋白(SCPL)参与植物次生代谢产物的酰基转移过程,即具有转酰基功能。本研究采用RT-PCR技术,获得了3个茶树丝氨酸羧肽酶基因的全长序列;生物信息学分析表明,3个CsSCPL蛋白均包含了1个底物结合位点、3个催... 近年来,人们发现丝氨酸羧肽酶类蛋白(SCPL)参与植物次生代谢产物的酰基转移过程,即具有转酰基功能。本研究采用RT-PCR技术,获得了3个茶树丝氨酸羧肽酶基因的全长序列;生物信息学分析表明,3个CsSCPL蛋白均包含了1个底物结合位点、3个催化作用保守区和多个N-糖基化位点,及其Ser-Asp-His三联体催化中心等SCPL家族的典型特征;进化树分析表明,3个CsSCPL可能具有酰基转移酶的功能。实时荧光定量PCR结果表明3个基因在芽叶茎根中都有表达,其中,CsSCPL1和CsSCPL3在叶中的相对表达量明显高于茎和根,而CsSCPL2则在根中高表达。本研究成功地将CsSCPL重组到表达载体pET32a(+)上进行原核表达,并对诱导时间及诱导温度进行了优化;经IPTG诱导、SDS-PAGE检测,目标蛋白条带分子量为70 kD,与预测大小相符。 展开更多
关键词 茶树 丝氨酸羧肽酶 生物信息学分析 原核表达
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玉米丝氨酸羧肽酶基因(ZmSCP)的克隆及表达分析 被引量:7
11
作者 刘丽 王静 +2 位作者 张志明 赵茂俊 潘光堂 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期164-171,共8页
丝氨酸羧肽酶(serine carboxypeptidases,SCP)基因在植物生长发育及抗病性方面起着重要作用。本研究在立枯丝核菌胁迫24h后,以RT-PCR技术和RACE技术克隆玉米丝氨酸羧肽酶基因全长cDNA序列,命名为ZmSCP。结果显示,该基因全长为1874bp(Gen... 丝氨酸羧肽酶(serine carboxypeptidases,SCP)基因在植物生长发育及抗病性方面起着重要作用。本研究在立枯丝核菌胁迫24h后,以RT-PCR技术和RACE技术克隆玉米丝氨酸羧肽酶基因全长cDNA序列,命名为ZmSCP。结果显示,该基因全长为1874bp(GenBank登录号为JF682634),开放阅读框为999bp,编码332个氨基酸,相对分子量为36.505kD,等电点为4.75。ZmSCP基因编码蛋白与其他高等植物中该蛋白具有一定的同源性,同源性比例范围为42%~81%。进化树分析表明ZmSCP基因与水稻、高粱亲缘关系较近,属于同一进化分支。ZmSCP基因编码蛋白序列保守结构域分析显示该基因编码产物具有S10结构域,属于S10超家族。半定量RT-PCR与实时荧光定量PCR结果表明,ZmSCP基因在立枯丝核菌、ABA、JA、低温、高盐胁迫条件下,总体均呈诱导表达的趋势。其中,在立枯丝核菌AG1-IA诱导下,ZmSCP基因表达呈两步诱导趋势,第1次诱导出现在接菌后24h,然后下降,第2次诱导出现在接菌后60h。在ABA、JA、低温和盐胁迫下,ZmSCP基因表达均呈现上调趋势,表达高峰均出现在胁迫后48h。 展开更多
关键词 丝氨酸羧肽酶 基因克隆 表达模式
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玉米ZmGS5基因克隆、分子特性分析及对拟南芥的遗传转化 被引量:2
12
作者 刘晓丽 韩利涛 +2 位作者 魏楠 申飞 蔡一林 《作物杂志》 北大核心 2021年第1期16-25,共10页
高产是玉米育种的重要目标,籽粒大小是决定籽粒产量的重要因子。基于水稻中控制籽粒大小的OsGS5基因编码序列,利用同源克隆方法,获得了玉米ZmGS5基因,其cDNA全长为1695bp,开放阅读框1491bp,编码496个氨基酸,含有Peptidase-S10结构域、1... 高产是玉米育种的重要目标,籽粒大小是决定籽粒产量的重要因子。基于水稻中控制籽粒大小的OsGS5基因编码序列,利用同源克隆方法,获得了玉米ZmGS5基因,其cDNA全长为1695bp,开放阅读框1491bp,编码496个氨基酸,含有Peptidase-S10结构域、1个信号肽和1个丝氨酸羧肽酶(serine carboxypeptidases,SCP)类蛋白所特有的催化活性中心,这些都与SCP家族结构特点相符,也与OsGS5相关研究结果相同;磷酸化位点分析结果表明,ZmGS5含有丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸等蛋白激酶识别位点。qRTPCR分析显示ZmGS5在雄穗和叶片中的表达量较高,而在胚及胚乳中的表达量相对较低。除此之外,采用农杆菌介导法,建立了拟南芥的遗传转化体系,得到纯合转基因株系,T3代转基因拟南芥种子千粒重为0.0169g,较野生型千粒重(0.0139g)高。 展开更多
关键词 ZmGS5 基因克隆 丝氨酸羧肽酶 分子特性分析 遗传转化
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