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基于SNP标记揭示中国鲜食玉米品种的遗传多样性 被引量:11
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作者 肖颖妮 于永涛 +5 位作者 谢利华 祁喜涛 李春艳 文天祥 李高科 胡建广 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1301-1311,共11页
中国已经成为全球鲜食玉米最主要生产和消费国家之一,解析我国鲜食玉米品种之间的遗传多样性和亲缘关系,对品种鉴定和品种培育具有重要的指导意义。本研究利用Illumina Maize 6K芯片对全国范围内的385个鲜食玉米品种进行全基因组扫描,... 中国已经成为全球鲜食玉米最主要生产和消费国家之一,解析我国鲜食玉米品种之间的遗传多样性和亲缘关系,对品种鉴定和品种培育具有重要的指导意义。本研究利用Illumina Maize 6K芯片对全国范围内的385个鲜食玉米品种进行全基因组扫描,了解群体结构,划分种质类群,估算品种间的遗传距离,揭示其遗传多样性。结果表明,5067个SNP标记在385个鲜食玉米品种中基因多样性平均0.406,变幅为0.097~0.500;多态信息含量(polymorphism information content, PIC)平均0.319,变幅为0.092~0.375。通过PCA分析和群体遗传结构分析一致表明,本研究所收集的品种主要划分为3个类群,分别为糯玉米类群(糯玉米和甜糯玉米,共185个品种)、温带甜玉米类群(123个品种)和热带甜玉米类群(77个品种)。两两品种间的遗传距离在0.132~0.472之间,平均值为0.37。通过FST分析检测到不同类群间有160个区域受到强烈选择,其中包括4个玉米籽粒淀粉合成途径的关键基因(sh2、su1、su2和wx1),进一步利用分子标记验证了sh2和DGAT1-2两个位点在鲜食玉米群体不同选择模式。本研究为我国鲜食玉米品种选育和改良提供了重要的理论指导。 展开更多
关键词 鲜食玉米 遗传多样性 群体结构 遗传距离 选择位点
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基于全基因组重测序检测中国地方猪的体型选择信号
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作者 马烨 刘玉强 +4 位作者 吴煜伟 李广祯 冯雪燕 刁淑琪 高亚辉 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3438-3446,共9页
[目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况。[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended h... [目的]利用全基因组选择信号检测方法探索中国地方猪基因组中与体型相关的候选基因,分析中国地方猪在进化和驯化过程中的受选择情况。[方法]基于310头地方猪的全基因组重测序数据,利用跨群体扩展单倍型纯合(cross population extended haplotype homozygosity,XP-EHH)和固定分化指数F ST统计量(fixation index)两种方法进行全基因组选择信号检测。取两种方法各前0.1%位点的交集作为候选位点,分别向上、下游延伸200 kb作为潜在受选择区域。通过富集分析进一步探索选择信号的生物学功能。[结果]使用XP-EHH和F ST两种方法共检测到633个潜在受选择位点,获得633个潜在区域,共注释到133个基因。数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)富集分析发现,不同体型中国地方猪之间的选择信号与肉质和胴体性状相关;染色质状态富集结果发现,不同体型中国地方猪群体之间的差异组织为内脏、消化系统和小脑。GO功能和KEGG通路富集分析发现16个基因在6个功能条目(P<0.05,count>3)上显著富集,主要集中在生长代谢相关通路,其中ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2作为候选基因主要富集于脂肪酸合成与代谢、肌肉生长发育等信号通路。[结论]本研究采用两种选择信号检测方法对不同体型的中国地方猪进行了分析,筛选到一系列候选位点和基因,重点挖掘了参与猪生长发育的候选基因,如ACSM 5、ACSM 4、FXR 1和FOXA 2。 展开更多
关键词 中国地方猪 选择信号 全基因组重测序 跨群体扩展单倍型纯合(XP-EHH) 固定分化指数(F ST)
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“特藏寒羊”群体遗传结构分析与选择信号的对比分析
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作者 王婷 张元庆 +3 位作者 闫益波 上官明军 郭宏宇 王志武 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期2913-2926,共14页
旨在了解“特藏寒羊”群体遗传结构和优势性能的遗传来源,为配种方案和杂交利用提供依据,帮助组建特定性能的家系。本研究应用SNP 50K v3芯片对50只“特藏寒羊”(公羊18只,母羊32只)、24只特克塞尔羊(公母各半)和48只欧拉羊(藏系绵羊)(... 旨在了解“特藏寒羊”群体遗传结构和优势性能的遗传来源,为配种方案和杂交利用提供依据,帮助组建特定性能的家系。本研究应用SNP 50K v3芯片对50只“特藏寒羊”(公羊18只,母羊32只)、24只特克塞尔羊(公母各半)和48只欧拉羊(藏系绵羊)(公羊20只,母羊28只)进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisim,SNPs)检测;使用Plink、GCTA和MegaX软件对“特藏寒羊”进行遗传结构分析;Tajima’D法对“特藏寒羊”、特克塞尔羊和欧拉羊(藏系绵羊)进行群体内基因组选择信号分析,将“特藏寒羊”的选择信号分别与特克赛尔羊和欧拉羊(藏系绵羊)的选择信号取交集进行GO和KEGG功能富集分析,找到可能影响“特藏寒羊”优势性能的亲本来源和相关基因。结果显示:“特藏寒羊”平均多态信息含量(PIC)为0.26±0.12,平均期望杂合度(He)为0.36±0.14,平均观测杂合度(Ho)为0.37±0.16,平均最小等位基因频率(MAF)为0.25±0.15,平均有效等位基因数(Ne)为1.59±0.07;ROHs长度主要分布在1~5 Mb,占比50.4%,长度20 Mb+的ROH占比9.52%,近交系数F_(ROH)中位数为0.085;遗传距离D值为0.1527~0.3491,平均遗传距离0.2796;NJ聚类分析共划分5个家系,家系内个体分布不均;“特藏寒羊”与欧拉羊(藏系绵羊)交集信号定位的基因与免疫相关,包括原发性免疫缺陷、造血细胞系和T细胞受体信号通路;“特藏寒羊”与特克塞尔羊交集信号定位的基因与生物代谢相关。综上所述,“特藏寒羊”存在一定程度近交,需加强管理;欧拉羊(藏系绵羊)更影响“特藏寒羊”免疫功能,特克塞尔羊更影响“特藏寒羊”生长发育和肉质性状。 展开更多
关键词 群体遗传结构 选择信号分析 欧拉羊(藏系绵羊)
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家蚕生长调控因子的初步筛选和RNA表达分析
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作者 张毅 孙玖晨 +4 位作者 戎妍 任秀 秦小旋 卢忠燕 夏庆友 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期20-26,共7页
昆虫生长调控机制是一个基础的生物学问题.不同器官和组织间的信号转导对协调昆虫身体生长速率和确定不同器官大小十分重要.在家蚕中,胰岛素类似多肽家蚕素的分泌受营养信号调控,并对成虫盘的生长和细胞增殖有促进作用,然而更多的生长... 昆虫生长调控机制是一个基础的生物学问题.不同器官和组织间的信号转导对协调昆虫身体生长速率和确定不同器官大小十分重要.在家蚕中,胰岛素类似多肽家蚕素的分泌受营养信号调控,并对成虫盘的生长和细胞增殖有促进作用,然而更多的生长调控因子尚待研究.为了鉴定家蚕中的生长调控因子,基于GO注释方法的预测,筛选和克隆了具有调控功能的13个选择信号基因组区域基因,并通过ClustalW2分析了其与果蝇同源基因蛋白水平上的一致性.对其中6个基因通过Real Time PCR做了RNA水平上的时期表达分析,实验结果显示其中部分基因在蛹期和成虫期的RNA表达水平较高,而BmBtk29A在5龄第1d有较高表达,提示了该基因可能在5龄生长初期有重要作用. 展开更多
关键词 家蚕 生长调控 选择信号基因组区域 RNA表达分析
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基于GBS简化基因组测序评估3个麦洼牦牛保种群的遗传结构研究 被引量:8
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作者 马士龙 李小伟 +4 位作者 李响 谢书琼 刘益丽 唐娇 江明锋 《草业学报》 CSCD 北大核心 2022年第9期183-194,共12页
麦洼牦牛是青藏高原地区优良的乳肉兼用型牦牛品种,本研究旨在探究四川省龙日种畜场麦洼牦牛保种群的遗传多样性和遗传结构,评价3个不同保种群的保种效果并挖掘重要种质特性基因。对麦洼牦牛3个保种群粉嘴群(n=140)、全黑群(n=211)、弗... 麦洼牦牛是青藏高原地区优良的乳肉兼用型牦牛品种,本研究旨在探究四川省龙日种畜场麦洼牦牛保种群的遗传多样性和遗传结构,评价3个不同保种群的保种效果并挖掘重要种质特性基因。对麦洼牦牛3个保种群粉嘴群(n=140)、全黑群(n=211)、弗洛群(n=55)进行GBS简化基因组测序,基于检测到的126122个单核苷酸多态性(SNPs)标记计算遗传统计量,结果表明,整个牦牛群的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)为0.3038和0.3036,麦洼牦牛的遗传多样性较丰富。全黑群、粉嘴群、弗洛群的观测杂合度Ho分别为0.3029、0.3042、0.3044,近交系数Fis分别为0.0144、0.0152、0.0209,弗洛群和粉嘴群受人工选择的强度大于全黑群,较低的近交水平说明3个群的保种效果较好。Structure分析中全黑、弗洛群部分个体血缘较纯正,而其他个体血缘关系非常混杂;粉嘴群和全黑群的遗传分化系数(Fst)和遗传距离(DR)最大为0.03513、0.0358,结合系统进化树表明两者亲缘关系最远,有遗传分化趋势。利用Fst和π法对3个保种群进行选择信号分析,发现有104个受选择基因广泛参与生殖机能、免疫系统、胚胎发育、脂质代谢等条目以及生殖激素、内/外分泌、信号传递等通路,其中部分基因提示麦洼牦牛的繁殖、肉质、毛色性状以及应激反应得到了人工选择,如PPP3CC、KCNMA1、ROCK2、GNAQ、MEF2C、KIT等。现有的麦洼牦牛保种策略是可行的,研究结果为未来麦洼牦牛的保种选育和遗传改良提供了参考依据。 展开更多
关键词 麦洼牦牛 GBS 遗传多样性 遗传结构 选择信号
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基于全基因组重测序的藏猪脂质沉积相关基因鉴定
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作者 张彦 熊和丽 +3 位作者 张斌 相德才 刘韶娜 赵智勇 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期325-335,共11页
【目的】从全基因组水平解析藏猪与大白猪间的遗传差异,并鉴定出与藏猪脂质沉积相关的基因,为藏猪优质肉质特征的利用及新品种培育提供理论参考。【方法】选用5份自测云南迪庆藏猪的全基因组重测序数据,以及NCBI数据库中来自西藏、四川... 【目的】从全基因组水平解析藏猪与大白猪间的遗传差异,并鉴定出与藏猪脂质沉积相关的基因,为藏猪优质肉质特征的利用及新品种培育提供理论参考。【方法】选用5份自测云南迪庆藏猪的全基因组重测序数据,以及NCBI数据库中来自西藏、四川、甘肃地区34份藏猪和具有低脂肪沉积特征的14份大白猪全基因组重测序数据,获得全基因组SNP后以VCFtools进行选择信号检测,采用VCFtools分别计算候选SNP在藏猪和大白猪中的等位基因频率,再利用自编Python脚本及所有SNP注释文件进行注释以确定候选基因,最后运用DAVID对候选基因进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,进一步鉴定与脂质沉积相关的功能基因。【结果】经全基因组重测序及与参考基因组比对、过滤后得到19374832个高质量的SNPs,根据受选择区域条件筛选出370778个候选SNPs,其中符合在藏猪中等位基因频率>0.5而在大白猪中等位基因频率<0.5条件的SNPs有152877个,共注释到1486个候选基因。GO功能注释分析结果显示,1486个候选基因注释到17个GO功能簇(Cluster1~Cluster17),其中Cluster11和Cluster12与脂肪生成相关,涉及与脂滴转运、结合过程相关的基因NME4、C4BPA、AP2M1、CD36、FABP5、PMP2、PDZD8、OSBPL6、APOD和OSBPL1A,与脂肪酸合成、延伸和代谢过程相关的基因TECR、ELOVL7、HACD2,以及与脂肪形成相关的细胞外基质基因(CCN3、EGFL6、KAZALD1、ASPN、ADAMTS18、ECM2、COL18A1、COL3A1和COL4A5);通过文献分析还发现8个基因(APOOL、PLAG1、PLAUR、SUCLG2、CPE、AKR1B1、SLC4A4和CHPT1)在藏猪与大白猪皮下脂肪或肌肉组织呈差异表达,且与脂肪形成相关。【结论】藏猪与大白猪间的脂肪沉积差异涉及脂肪形成的多个过程和多个基因,细胞外基质基因也可能与藏猪脂肪形成相关,且这些基因在藏猪中均具有较高的等位基因频率。 展开更多
关键词 藏猪 脂质沉积 选择信号 等位基因频率 全基因组重测序
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延边牛基因组的遗传变异与受选择分析
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作者 王文祥 雷初朝 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期444-450,共7页
为研究延边牛种质资源的遗传多样性、群体遗传结构,并挖掘延边牛适应性相关基因。基于75个牛的全基因组数据(延边牛16个,安格斯牛4个、西门塔尔牛8个、海福特牛2个、韩牛8个、中国瘤牛7个、哈萨克牛9个、蒙古牛7个、印度瘤牛6个,西藏牛8... 为研究延边牛种质资源的遗传多样性、群体遗传结构,并挖掘延边牛适应性相关基因。基于75个牛的全基因组数据(延边牛16个,安格斯牛4个、西门塔尔牛8个、海福特牛2个、韩牛8个、中国瘤牛7个、哈萨克牛9个、蒙古牛7个、印度瘤牛6个,西藏牛8个,均来自于NCBI公共数据库),对延边牛血统组成、基因组变异及首选择基因进行分析。结果表明:延边牛具有东亚普通牛和欧洲普通牛血统,其中东亚普通牛血统占78%,欧洲普通牛血统占22%。纯合片段(ROH)统计显示,在所有品种中发现的多数ROH长为0.5~1 Mb。欧洲商业品种(安格斯牛、海福特牛和西门塔尔牛)具有更多的中等(2~4 Mb)及长ROH片段(>4 Mb),表明欧洲商业品种近期受到的人工选择程度极高。延边牛具有最多的0.5~1 Mb短ROH片段,说明延边牛的选育程度比欧洲商业肉牛品种低。基于基因组杂合度揭示的近交系数表明,在所有群体中,安格斯牛的近交系数最高(0.54),中国瘤牛最低(-0.71)。平均基因组核苷酸多样度结果显示,中国瘤牛>印度瘤牛>蒙古牛>哈萨克牛>西藏牛>延边牛>韩牛>西门塔尔牛>安格斯牛>海福特牛。选择信号扫描分析发现4个与延边牛脂肪调控相关的基因(ADRB3,PDE3B,SORLA,TMEM135),可能与其寒冷气候适应性相关。 展开更多
关键词 延边牛 基因组 SNP 群体结构 遗传多样性 受选择信号
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新的无线传感器网络覆盖控制算法 被引量:32
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作者 韩志杰 吴志斌 +2 位作者 王汝传 孙力娟 肖甫 《通信学报》 EI CSCD 北大核心 2011年第10期174-184,共11页
首先,设计了节点自适应传感半径调整算法(AASR,adaptive adjustment of sensing radius),通过节点自适应选择最佳的覆盖范围,有效地进行节点覆盖控制,减少节点能量虚耗,提高覆盖效率。其次,从调整效果、能量消耗和覆盖冗余度3个方面对... 首先,设计了节点自适应传感半径调整算法(AASR,adaptive adjustment of sensing radius),通过节点自适应选择最佳的覆盖范围,有效地进行节点覆盖控制,减少节点能量虚耗,提高覆盖效率。其次,从调整效果、能量消耗和覆盖冗余度3个方面对节点自适应传感半径调整算法进行了模拟实验和分析。仿真结果表明,AASR能够有效提高节点生存时间,减少能量消耗,提高覆盖率。 展开更多
关键词 WSN 覆盖控制 拓扑控制 半径调整
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建设和谐社会过程中地方政府代理行为偏差的分析 被引量:12
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作者 赵祥 《中国行政管理》 CSSCI 北大核心 2006年第5期100-104,共5页
本文在委托─代理理论的框架内分析了地方政府的代理行为,指出地方政府官员对控制权回报的追求以及地方官员工作绩效的选择性显示,会导致地方政府过分关注辖区经济规模的快速扩张,偏离建设和谐社会所要求的综合发展目标。为了减轻地方... 本文在委托─代理理论的框架内分析了地方政府的代理行为,指出地方政府官员对控制权回报的追求以及地方官员工作绩效的选择性显示,会导致地方政府过分关注辖区经济规模的快速扩张,偏离建设和谐社会所要求的综合发展目标。为了减轻地方政府代理行为的偏差,本文提出了加强地方人大建设、推进政务公开和建立科学的地方政府官员绩效评价体系等建议。 展开更多
关键词 和谐社会 地方政府代理行为 个人控制权回报 工作绩效选择性显示
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五指山猪和杜洛克猪全基因组选择信号差异分析 被引量:5
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作者 任钰为 王峰 +8 位作者 王成 张艳 孙瑞萍 刘海隆 乔传民 邢漫萍 黄丽丽 曹宗喜 晁哲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期4172-4182,共11页
旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪... 旨在探究五指山猪和杜洛克猪免疫和脂质代谢相关基因的选择信号差异。本研究从海南国家级五指山猪保种场采集30头4月龄健康(10公,20母)五指山猪的耳组织进行全基因组重测序(whole genome sequencing,WGS),从NCBI数据库下载29头杜洛克猪全基因组重测序数据(SRA:PRJNA378496);通过生物信息学方法分析59个样本WGS数据的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs),进行SNPs过滤,定位SNPs在基因组的位置,分析其结构特征和基因型频率,并注释对应基因的功能;使用XP-CLR方法筛选五指山猪基因组受到强烈选择的区域,分析两个品种相关通路基因的功能差异。结果表明,五指山猪平均每个样本共筛选到36961902个SNPs位点,内含子区域分布最多,平均每个样本16729364个,约占45.26%,编码区(起始、终止密码子)平均有2073个SNPs;五指山猪受选择的基因组区域主要集中在免疫、代谢和神经功能相关通路;免疫反应通路中,9个基因(TGFBR2、IL26、IL15、BMPR2、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、ACKR4、TNFRSF11B)功能区域SNPs位点在五指山猪中只存在一种突变纯合基因型,而在杜洛克猪大部分个体中存在3种基因型(野生纯合基因型、杂合子、突变纯合基因型),其中野生纯合基因型比例最高;脂类代谢通路中,关键调节基因IRS2、PRKG1、ADCY5的基因型频率与免疫反应基因类似。在五指山猪中突变纯合基因型比例为100%,在杜洛克猪中野生纯合基因型所占比例为48%~93%(14/29-27/29)。本研究筛选出与五指山猪免疫性状相关的候选基因9个、与脂类代谢相关的候选基因3个,发现五指山猪免疫、代谢和神经功能相关基因的受选择程度强于杜洛克猪,为揭示五指山猪特色性状形成的分子机制提供参考。 展开更多
关键词 五指山猪 全基因组重测序 单核苷酸多态性 XP-CLR选择信号 炎症因子 脂类代谢
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滩羊裘皮毛色调控基因的研究进展 被引量:3
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作者 王晓薇 马青 +2 位作者 马丽娜 王锦 赵正伟 《生物资源》 CAS 2019年第2期143-148,共6页
滩羊是中国裘皮来源的珍稀地方绵羊品种,以所产二毛裘皮而著称,二毛裘皮在国内外毛皮市场上均享有较高的声誉。毛色是宁夏滩羊重要的经济性状,滩羊多为体躯白色,头部有黑褐斑,个别个体黑头或体躯黑杂色,少数纯白。毛色与体内黑色素的数... 滩羊是中国裘皮来源的珍稀地方绵羊品种,以所产二毛裘皮而著称,二毛裘皮在国内外毛皮市场上均享有较高的声誉。毛色是宁夏滩羊重要的经济性状,滩羊多为体躯白色,头部有黑褐斑,个别个体黑头或体躯黑杂色,少数纯白。毛色与体内黑色素的数量、种类和分布等情况有关。掌握调控滩羊毛色基因的作用机制,可以有效控制其毛色性状。本文从滩羊的裘皮特性、毛色形成机理、毛色相关基因(MC1R基因、Agouti基因、TYR基因、MITF基因和KIT基因)的功能及选择信号检测等方面进行了综述。 展开更多
关键词 滩羊 毛色 基因 选择信号检测
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4位双向移位寄存器74194使用中存在的问题及原因分析
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作者 林涛 《现代电子技术》 2006年第16期143-144,共2页
4位双向移位寄存器74194在时钟脉冲CP=0期间,模式选择信号S1S0的状态变化可能造成逻辑功能混乱。利用ISPLEVER Starter Software2.0软件设计的测试向量文件,对74194进行仿真,仿真波形证明存在这种现象。通过对产生上述问题的原因分析,... 4位双向移位寄存器74194在时钟脉冲CP=0期间,模式选择信号S1S0的状态变化可能造成逻辑功能混乱。利用ISPLEVER Starter Software2.0软件设计的测试向量文件,对74194进行仿真,仿真波形证明存在这种现象。通过对产生上述问题的原因分析,表明在CP=0期间,S1S0状态的变化,会使74194内部触发器的时钟脉冲输入端出现错误的脉冲信号。最后给出了解决此问题的建议。 展开更多
关键词 集成电路 移位寄存器 功能分析 模式选择信号
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基于自动化控制系统中微机的接口环节的研究
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作者 施风荣 《湖南工业职业技术学院学报》 2008年第6期25-27,共3页
文章阐述了自动化控制系统中微机的接口环节,着重分析阐述了A/D和D/A转换扩展接口技术。在此基础上提出了以步进电机为例,简述微型计算机与机械装置间的连接技术。
关键词 系统 接口 片选信号 执行元件
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桥式起重机的有限自动机模型和实现
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作者 荣大龙 《基础自动化》 CSCD 1994年第3期35-38,61,共5页
本文介绍了自动机理论在桥式起重机电气逻辑控制系统中的应用,使得系统的描述、分析和PLC控制软件设计大为方便。
关键词 桥式起重机 有限自动机 模型
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