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云南小驳骨丛枝植原体的分子鉴定及相关基因序列分析
1
作者 许杏萍 苏帆 +3 位作者 杨子祥 刘俊男 万琼莲 蔡红 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期205-214,共10页
【目的】确定采自元谋地区自然表现丛枝病的小驳骨(Gendarussa vulgaris Nees)植株是否感染植原体。【方法】通过利用植原体16S组和亚组通用或半通用特异性引物分别对植原体16S rRNA、rp和secY基因序列进行PCR扩增、克隆及测序分析;此... 【目的】确定采自元谋地区自然表现丛枝病的小驳骨(Gendarussa vulgaris Nees)植株是否感染植原体。【方法】通过利用植原体16S组和亚组通用或半通用特异性引物分别对植原体16S rRNA、rp和secY基因序列进行PCR扩增、克隆及测序分析;此外还对secY蛋白的蛋白特性及其结构进行了分析和预测。【结果】本研究获得了基因片段长度分别为1 248 bp的16S rRNA基因(nested PCR)、1 171 bp的rp基因和1 425 bp的secY基因。基于rp和secY基因核苷酸序列的同源性比对及构建的进化树推断的植原体遗传分化关系几乎与16S rRNA基因的推断相一致,均与植原体16S rⅡ-A亚组各株系的遗传进化关系最为接近,但rp和secY基因序列比16S rRNA基因序列能够呈现出更大的遗传变异程度;此外,对secY蛋白进行了生物信息学分析和初步探讨,发现它具有10个明显且分布相对均匀的跨膜螺旋区域,无信号肽。【结论】小驳骨丛枝病(Gendarussa vulgaris witches’-broom phytoplasma,GvWB-YNym)是由植原体侵染而发生,该植原体株系被划分到16S rⅡ-A亚组,相关的候选种为Candidatus Phytoplasma aurantifolia;secY蛋白生物信息参数的分析表明:secY蛋白在感病小驳骨植株中以疏水性稳定跨膜蛋白的形式存在,含10个明显的疏水跨膜区域,该蛋白不存在信号肽。 展开更多
关键词 小驳骨丛枝病 植原体 16S rRNA基因 rp基因 secy基因 secy蛋白
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苦楝丛枝植原体相关膜蛋白基因分析及结构预测
2
作者 吴德喜 袁恩平 +2 位作者 王连春 蔡红 陈海如 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期310-316,共7页
根据植原体编码蛋白转运系统SecY亚基以及抗原膜蛋白amp基因的保守序列分别设计引物,并采用PCR对采自云南文山的苦楝丛枝感病植株总DNA进行扩增、产物克隆及序列测定。结果显示扩增的SecY亚基DNA片段长1 354 bp,编码一个包含414个氨基酸... 根据植原体编码蛋白转运系统SecY亚基以及抗原膜蛋白amp基因的保守序列分别设计引物,并采用PCR对采自云南文山的苦楝丛枝感病植株总DNA进行扩增、产物克隆及序列测定。结果显示扩增的SecY亚基DNA片段长1 354 bp,编码一个包含414个氨基酸的SecY蛋白,序列同源性显示该片段与"Ca.Phytoplas-ma asteris"(16SrI组)中的株系最高,达94%～99%;构建16SrI组内基于secY序列的系统进化树,认为该株系为secY(I)-O亚组。扩增的免疫膜蛋白DNA片段长1 176 bp,编码1个包含233个氨基酸的免疫膜蛋白(Amp)。蛋白结构预测显示secY亚基蛋白是一个有9个跨膜区的整合跨膜蛋白,而Amp蛋白是一类两端具有明显跨膜区,且N-端有多肽切割位点的Ⅲ型膜蛋白。 展开更多
关键词 苦楝丛枝植原体 膜蛋白 secy AMP 结构预测
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中国各地不同枣树品种上枣疯病植原体的PCR检测及分子变异分析 被引量：28
3
作者 徐启聪 田国忠 +3 位作者 王振亮 孔繁华 李永 王合 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第11期1510-1519,共10页
【目的】检测不同地区枣树品种上的枣疯植原体侵染及保守基因序列的变异。【方法】利用植原体16S rDNA的通用引物R16mF2/R16mR1、16S-23S间区序列(SR)的通用引物SR1/SR及secY基因引物FD9f/r,通过PCR检测采自国内7个地区14个枣树品种上... 【目的】检测不同地区枣树品种上的枣疯植原体侵染及保守基因序列的变异。【方法】利用植原体16S rDNA的通用引物R16mF2/R16mR1、16S-23S间区序列(SR)的通用引物SR1/SR及secY基因引物FD9f/r,通过PCR检测采自国内7个地区14个枣树品种上的32个枣疯病和4个酸枣丛枝病样品。将PCR产物进行直接或克隆测序,结合已报导的测序数据,进行序列同源性和系统进化分析。【结果】所有枣疯病样品中均检测到植原体;皆属于榆树黄化16SrV-B亚组,与我国重阳木丛枝和樱桃致死黄化遗传关系更近,而与国外的其他植原体亲缘关系较远。不同地区和不同抗性品种上的植原体在16S rDNA、SR和secY基因上都存在程度不同的序列差异。直接测序法检出的优势株系分布范围很广。不同株系间的secY基因变异比16S rDNA和SR更明显,某些碱基替换并不影响编码氨基酸种类,但有的株系的碱基缺失使编码框中断。【结论】不同地区不同品种枣树上枣疯植原体间存在着较为丰富的遗传多样性,与PCR产物直接测序法相比,用克隆测序结果能检测到更多的碱基突变,对于鉴别不同植原体株系及研究其系统发育关系更为有用。 展开更多
关键词 枣疯病 植原体 16S rDNA 16S-23S间区 secy基因 分子变异
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泡桐丛枝植原体Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因的克隆及蛋白特性分析 被引量：8
4
作者 岳红妮 吴宽 +2 位作者 吴云锋 张珏 孙润红 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期25-31,共7页
采用PCR方法扩增Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,并进行了生物信息学分析。通过SWISS-MODEL同源建模与3D-PSSM折叠子识别法构建蛋白质的三维结构,并通过PROCHECK程序验证构建的三维结构的可靠性。首次从泡桐丛枝(PaWB)植原体基因组中... 采用PCR方法扩增Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,并进行了生物信息学分析。通过SWISS-MODEL同源建模与3D-PSSM折叠子识别法构建蛋白质的三维结构,并通过PROCHECK程序验证构建的三维结构的可靠性。首次从泡桐丛枝(PaWB)植原体基因组中分离出Sec分泌蛋白转运系统3个亚基基因,各基因全长依次为2 508、1 242 bp和411 bp,分别编码835、204个及136个氨基酸的蛋白。SecA、SecY和SecE均为脂溶性稳定蛋白,SecA无明显跨膜区,SecY和SecE分别含有10个和3个明显的疏水跨膜区。二级结构主要为螺旋,其次为折叠和无规则卷曲,没有转角。构建的三维结构符合立体化学原则。泡桐丛枝(PaWB)植原体中存在的Sec分泌蛋白转运系统作为最主要的运输途径,可能直接转运菌体蛋白如毒素等直接到寄主细胞质中或介体昆虫细胞中,引起寄主病症。研究植原体的Sec蛋白转运系统对于了解植原体的致病机理及预防这类病害的发生提供了理论依据。 展开更多
关键词 泡桐丛枝植原体 Sec分泌蛋白转运系统 SECA secy和SecE亚基 生物信息学
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