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siRNA序列特征的RNA干扰效率预测的新方法
被引量:
3
1
作者
徐宝林
于大川
+2 位作者
高冬
张浩
刘元宁
《吉林大学学报(信息科学版)》
CAS
2011年第5期436-443,共8页
为了快速、准确预测siRNA(Small interfering Ribonucleic Acid)的干扰效率,通过对2 431条siRNA的统计学分析找到了一个可靠的预测新方法。通过统计学方法从众多特征中筛选出了19个与siRNA抑制效率相关的序列特征,并用这些特征给出了si...
为了快速、准确预测siRNA(Small interfering Ribonucleic Acid)的干扰效率,通过对2 431条siRNA的统计学分析找到了一个可靠的预测新方法。通过统计学方法从众多特征中筛选出了19个与siRNA抑制效率相关的序列特征,并用这些特征给出了siRNA抑制效率水平的聚类方法,准确率达到81.1%。该方法将对高效的siRNA设计起到指导意义。
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关键词
RNA干扰
干扰效率预测
序列特征
统计学分析
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职称材料
短发夹RNA表达载体对2型单纯疱疹病毒UL54基因的干扰效应
被引量:
1
2
作者
吕延成
潘晓瑜
+1 位作者
樊俊
黄畅
《中国临床研究》
CAS
2014年第8期901-903,906,F0002,共5页
目的研究短发夹核糖核酸(shRNA)表达载体对2型单纯疱疹病毒(HSV-2)UL54基因的干扰效应。方法针对HSV-2 UL54基因,构建5个靶向HSV-2 UL54基因的短发夹RNA重组表达载体(shRNA1081、shRNA1092、shRNA1276、shRNA1407、shRNA1508),同时设计...
目的研究短发夹核糖核酸(shRNA)表达载体对2型单纯疱疹病毒(HSV-2)UL54基因的干扰效应。方法针对HSV-2 UL54基因,构建5个靶向HSV-2 UL54基因的短发夹RNA重组表达载体(shRNA1081、shRNA1092、shRNA1276、shRNA1407、shRNA1508),同时设计不针对任何基因的序列为阴性对照组(阴性对照组)及不加任何重组表达载体的空白对照(空白对照组)。重组表达载体通过脂质体转染人胚胎肾细胞(HEK293)后接种HSV-2,48 h后利用荧光定量RT-PCR检测各组细胞UL54 mRNA的表达水平,终点滴定法测定HSV-2子代病毒滴度。结果荧光定量RT-PCR结果示,与空白对照组相比,shRNA1081、shRNA1407和shRNA1508能够降低HSV-2 UL54 mRNA的表达水平(P均<0.01);对UL54基因的抑制率在阴性对照组(加shRNA NC)、shRNA1081组、shRNA1407组、shRNA1508组分别为7%、69%、56%及55%,以shRNA1081组为最高。终点滴定法结果示,与空白对照组比较,shRNA 1081组、shRNA 1407组、shRNA 1508组病毒滴度不同程度下降(P均<0.01)。结论成功构建UL54 shRNA重组表达载体,shRNA1081、shRNA1407、shRNA1508能在体外细胞水平上不同程度地干扰HSV-2 UL54基因表达,从而抑制HSV-2在HEK293细胞中的复制。
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关键词
短发夹核糖核酸
核糖核酸干扰
2型单纯疱疹病毒
UL54基因
原文传递
PDK1基因shRNA慢病毒载体构建及干扰效应鉴定
3
作者
郝南
农德勇
+4 位作者
李钻
林俊浩
黄桂海
李锡明
李伟
《中国临床新医学》
2021年第8期773-778,共6页
目的构建PDK1基因短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体,鉴定其对PC-3细胞PDK1基因的干扰效应。方法在GenBank数据库检索PDK1基因序列,参考该序列设计PDK1特异性过干扰序列,酶切过表达用载体LV3,纯化酶切产物后进行定向连接。将重组干扰病毒质粒...
目的构建PDK1基因短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体,鉴定其对PC-3细胞PDK1基因的干扰效应。方法在GenBank数据库检索PDK1基因序列,参考该序列设计PDK1特异性过干扰序列,酶切过表达用载体LV3,纯化酶切产物后进行定向连接。将重组干扰病毒质粒与慢病毒包装质粒共转染293T细胞,测定病毒滴度。将构建的慢病毒感染PC-3细胞,采用real-time RT-PCR法鉴定其PDK1基因干扰效应。结果测序结果证实成功构建PDK1基因RNA干扰(RNAi)慢病毒载体,慢病毒滴度为1×108 TU/ml。real-time RT-PCR结果显示,LV3-PDK1-shRNA慢病毒感染PC-3细胞可显著抑制其PDK1 mRNA的表达(P<0.05)。结论成功构建PDK1基因RNAi慢病毒载体,获得稳定沉默PDK1基因的PC-3细胞株,为后续研究PDK1基因在前列腺癌细胞模型中的作用奠定基础。
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关键词
RNA干扰
3-磷脂酰肌醇依赖的蛋白激酶-1
转染
前列腺癌
慢病毒载体
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职称材料
题名
siRNA序列特征的RNA干扰效率预测的新方法
被引量:
3
1
作者
徐宝林
于大川
高冬
张浩
刘元宁
机构
吉林大学计算机科学与技术学院
吉林大学第一医院疼痛科
出处
《吉林大学学报(信息科学版)》
CAS
2011年第5期436-443,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(60971089)
文摘
为了快速、准确预测siRNA(Small interfering Ribonucleic Acid)的干扰效率,通过对2 431条siRNA的统计学分析找到了一个可靠的预测新方法。通过统计学方法从众多特征中筛选出了19个与siRNA抑制效率相关的序列特征,并用这些特征给出了siRNA抑制效率水平的聚类方法,准确率达到81.1%。该方法将对高效的siRNA设计起到指导意义。
关键词
RNA干扰
干扰效率预测
序列特征
统计学分析
Keywords
ribonucleic
acid
interference
(
rnai
)
prediction
of
interference
efficiency
sequence
characteristic
statistical
analysis
分类号
TP399 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
短发夹RNA表达载体对2型单纯疱疹病毒UL54基因的干扰效应
被引量:
1
2
作者
吕延成
潘晓瑜
樊俊
黄畅
机构
遵义医学院珠海校区生物化学与分子生物学教研室
出处
《中国临床研究》
CAS
2014年第8期901-903,906,F0002,共5页
基金
贵州省科学技术基金项目(黔科合J字[2008]2313号)
文摘
目的研究短发夹核糖核酸(shRNA)表达载体对2型单纯疱疹病毒(HSV-2)UL54基因的干扰效应。方法针对HSV-2 UL54基因,构建5个靶向HSV-2 UL54基因的短发夹RNA重组表达载体(shRNA1081、shRNA1092、shRNA1276、shRNA1407、shRNA1508),同时设计不针对任何基因的序列为阴性对照组(阴性对照组)及不加任何重组表达载体的空白对照(空白对照组)。重组表达载体通过脂质体转染人胚胎肾细胞(HEK293)后接种HSV-2,48 h后利用荧光定量RT-PCR检测各组细胞UL54 mRNA的表达水平,终点滴定法测定HSV-2子代病毒滴度。结果荧光定量RT-PCR结果示,与空白对照组相比,shRNA1081、shRNA1407和shRNA1508能够降低HSV-2 UL54 mRNA的表达水平(P均<0.01);对UL54基因的抑制率在阴性对照组(加shRNA NC)、shRNA1081组、shRNA1407组、shRNA1508组分别为7%、69%、56%及55%,以shRNA1081组为最高。终点滴定法结果示,与空白对照组比较,shRNA 1081组、shRNA 1407组、shRNA 1508组病毒滴度不同程度下降(P均<0.01)。结论成功构建UL54 shRNA重组表达载体,shRNA1081、shRNA1407、shRNA1508能在体外细胞水平上不同程度地干扰HSV-2 UL54基因表达,从而抑制HSV-2在HEK293细胞中的复制。
关键词
短发夹核糖核酸
核糖核酸干扰
2型单纯疱疹病毒
UL54基因
Keywords
Short
hairpin
ribonucleic
acid
(
shRNA
)
ribonucleic
acid
interference
(
rnai
)
Herpessimplex
virus
type
2
UL54
gene
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
原文传递
题名
PDK1基因shRNA慢病毒载体构建及干扰效应鉴定
3
作者
郝南
农德勇
李钻
林俊浩
黄桂海
李锡明
李伟
机构
广西壮族自治区人民医院泌尿外科
出处
《中国临床新医学》
2021年第8期773-778,共6页
基金
国家自然科学基金项目(编号:81460387)。
文摘
目的构建PDK1基因短发夹RNA(shRNA)慢病毒载体,鉴定其对PC-3细胞PDK1基因的干扰效应。方法在GenBank数据库检索PDK1基因序列,参考该序列设计PDK1特异性过干扰序列,酶切过表达用载体LV3,纯化酶切产物后进行定向连接。将重组干扰病毒质粒与慢病毒包装质粒共转染293T细胞,测定病毒滴度。将构建的慢病毒感染PC-3细胞,采用real-time RT-PCR法鉴定其PDK1基因干扰效应。结果测序结果证实成功构建PDK1基因RNA干扰(RNAi)慢病毒载体,慢病毒滴度为1×108 TU/ml。real-time RT-PCR结果显示,LV3-PDK1-shRNA慢病毒感染PC-3细胞可显著抑制其PDK1 mRNA的表达(P<0.05)。结论成功构建PDK1基因RNAi慢病毒载体,获得稳定沉默PDK1基因的PC-3细胞株,为后续研究PDK1基因在前列腺癌细胞模型中的作用奠定基础。
关键词
RNA干扰
3-磷脂酰肌醇依赖的蛋白激酶-1
转染
前列腺癌
慢病毒载体
Keywords
ribonucleic
acid
(RNA)
interference
(
rnai
)
3-Phosphoinositide
dependent
protein
kinase-1(PDK1)
Transfection
Prostate
cancer
Lentiviral
vector
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
siRNA序列特征的RNA干扰效率预测的新方法
徐宝林
于大川
高冬
张浩
刘元宁
《吉林大学学报(信息科学版)》
CAS
2011
3
下载PDF
职称材料
2
短发夹RNA表达载体对2型单纯疱疹病毒UL54基因的干扰效应
吕延成
潘晓瑜
樊俊
黄畅
《中国临床研究》
CAS
2014
1
原文传递
3
PDK1基因shRNA慢病毒载体构建及干扰效应鉴定
郝南
农德勇
李钻
林俊浩
黄桂海
李锡明
李伟
《中国临床新医学》
2021
0
下载PDF
职称材料
已选择
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