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基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的猪繁殖与呼吸综合征病毒快速检测方法的建立
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作者 于晶雪 韦珊珊 +9 位作者 覃绍敏 吴健敏 杨丽华 陈凤莲 许力士 秦树英 华俊 韦珏 方芳 刘金凤 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3237-3246,共10页
[目的]本研究将CRISPR/Cas12a系统与反转录重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)结合,拟建立一种基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)快速检测方法。[方法]... [目的]本研究将CRISPR/Cas12a系统与反转录重组酶介导等温核酸扩增技术(RT-RAA)结合,拟建立一种基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)快速检测方法。[方法]分析不同基因型PRRSV全基因组序列,在3′-UTR端保守区设计重组酶介导等温核酸扩增技术(RAA)引物、crRNA及DNA报告底物分子,筛选RT-RAA最佳引物对。表达纯化AsCas12a蛋白,并以质粒为标准品,经RT-RAA扩增后,将产物加入CRISPR/Cas12a系统,建立PRRSV的CRISPR/Cas12a-RT-RAA检测方法,分别以PRRSV、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)核酸为模板验证建立方法的特异性,以不同浓度的pMD18T-PRRSV为模板验证建立方法的敏感性。以5.62×10^(6)、5.62×10^(3)、5.62拷贝数/μL的质粒为模板进行重复性试验,最后进行临床效果评价,将所建立的方法与实时荧光定量逆转录PCR方法进行比较。[结果]本研究成功表达并纯化获得具有良好剪切活性的AsCas12a蛋白,蛋白分子质量大小为196 ku;所建立的CRISPR/Cas12a-RT-RAA方法的检测下限可达5.62拷贝/μL;该方法具有良好的特异性,可特异性检测出PRRSV,不能检出其他猪病病毒PCV2、PEDV、CSFV和PRV,并具有良好的重复性。应用该方法对121份猪组织样品进行检测,与实时荧光定量逆转录PCR的阳性符合率为93.75%,阴性符合率为99.05%,总符合率为99.17%。[结论]本研究成功建立基于CRISPR/Cas12a-RT-RAA的PRRSV快速检测方法,该方法特异性强、灵敏性高、重复性好且不依赖复杂设备,可在现场和基层实验室使用。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 反转录重组酶介导等温核酸扩增技术(rt-raa) CRISPR/Cas12系统
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基于CRISPR/Cas13a的马尔堡病毒核酸检测方法的建立
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作者 闫阔诚 李浩 +4 位作者 白萱洋 韩尧 石大伟 贾雷立 孙岩松 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3073-3085,共13页
【目的】建立一种基于成簇的规律间隔短回文重复序列及其相关蛋白13a(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/associated protein 13a,CRISPR/Cas13a),针对马尔堡病毒核酸的快速检测方法。【方法】根据马尔堡病毒... 【目的】建立一种基于成簇的规律间隔短回文重复序列及其相关蛋白13a(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/associated protein 13a,CRISPR/Cas13a),针对马尔堡病毒核酸的快速检测方法。【方法】根据马尔堡病毒核蛋白(nucleoprotein,NP)基因保守区序列设计合成特异性的逆转录酶重组酶介导链替换核酸扩增(reverse transcription recombinase aided amplification,RT-RAA)引物及CRISPR RNA(crRNA),利用RT-RAA等温扩增技术对靶序列进行扩增,通过CRISPR/Cas13a系统检测扩增产物,并结合消线法(easy-readout and sensitive enhanced,ERASE)侧流层析试纸进行结果判读。最后利用国家标准品对建立的新方法的灵敏度和特异性进行评估。【结果】筛选出一组针对马尔堡病毒NP基因的高效扩增引物和crRNA,建立了用于马尔堡病毒检测的CRISPR-ERASE方法,可在1 h内检测出浓度为1 copy/μL目标核酸,并与其他多种病原体无交叉反应。【结论】本研究基于CRISPR/Cas13a建立了一种快速、简便、高灵敏度和高特异性的马尔堡病毒核酸检测方法。 展开更多
关键词 马尔堡病毒 CRISPR/Cas13a 核酸检测 逆转录酶重组酶介导链替换核酸扩增(rt-raa)
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禽流感病毒H5N1的重组酶介导检测方法学研究 被引量:1
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作者 陈淑丹 廖静 +5 位作者 王玲 罗鹏 郭利川 郑伟 吴忠华 应清界 《中国口岸科学技术》 2021年第3期4-9,共6页
采用逆转录-重组酶介导核酸扩增技术(Reverse Transcription Recombinase-aided amplification,RT-RAA)建立检测禽流感病毒H5N1的快速方法。根据禽流感病毒H5N1保守序列设计引物及探针,将H5N1 RNA逆转录为cDNA,然后以cDNA作模板,扩增检... 采用逆转录-重组酶介导核酸扩增技术(Reverse Transcription Recombinase-aided amplification,RT-RAA)建立检测禽流感病毒H5N1的快速方法。根据禽流感病毒H5N1保守序列设计引物及探针,将H5N1 RNA逆转录为cDNA,然后以cDNA作模板,扩增检测病毒核酸序列。本研究构建了带有H5N1核酸序列的质粒,以此为模板检测不同浓度的质粒,分析该方法的灵敏度,对已知样本进行检测来验证方法的特异性。设计的H5N1特异性引物和探针,能在39℃恒温下,10~30 min可有效扩增出相应病毒的核酸,与其他流感病毒无交叉反应;对质粒的检测灵敏度可达10拷贝。建立的RT-RAA检测禽流感病毒H5N1方法灵敏度和特异性均较高,且该方法操作简单,适用于禽流感病毒H5N1的快速检测。 展开更多
关键词 禽流感病毒H5N1 逆转录-重组酶介导核酸扩增技术(rt-raa) 分子检测
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非洲马瘟病毒RT-RAA快速检测方法的建立 被引量:5
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作者 梅明珠 陈茹 +5 位作者 刘志玲 吴晓薇 段燕喻 林志雄 陈俊全 牛晓艺 《中国口岸科学技术》 2022年第7期45-51,共7页
根据GenBank中非洲马瘟病毒结构蛋白VP7的编码基因序列,针对不同血清型间VP7中的保守序列设计引物和探针,建立非洲马瘟病毒核酸的RT-RAA检测方法,并对引物和探针浓度进行优化,确定最佳反应浓度。然后对该方法的特异性、敏感性和重复性... 根据GenBank中非洲马瘟病毒结构蛋白VP7的编码基因序列,针对不同血清型间VP7中的保守序列设计引物和探针,建立非洲马瘟病毒核酸的RT-RAA检测方法,并对引物和探针浓度进行优化,确定最佳反应浓度。然后对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评估。结果显示:本研究建立的非洲马瘟病毒RT-RAA检测方法在42℃恒定温度下20min能够有效检出目标基因片段,与其他马属动物疫病病原及重要经济动物疫病病原核酸无交叉反应,对非洲马瘟病毒阳性质粒的检测灵敏度达到102 copies/μL,重复性好。利用建立的非洲马瘟病毒RT-RAA检测方法对收集的88份马血清、10份马全血和4份非洲马瘟病毒模拟阳性样本进行检测,检测结果与OIE推荐的荧光RT-PCR检测结果一致。本研究建立的非洲马瘟病毒RT-RAA方法特异性强、敏感性高、稳定性好,在20 min内就能够检出样本中非洲马瘟病毒核酸,适用于非洲马瘟病毒核酸的快速检测。 展开更多
关键词 非洲马瘟 逆转录-重组酶介导核酸扩增技术(rt-raa) 核酸检测
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