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应用再测序芯片技术调查北京地区社区获得性肺炎中呼吸道病毒流行情况 被引量:3
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作者 石伟先 申红卫 +2 位作者 李爱华 王全意 黄芳 《中国卫生检验杂志》 CAS 2015年第14期2319-2321,2324,共4页
目的应用再测序芯片技术,调查北京地区社区获得性肺炎中呼吸道病毒的流行情况,探索流行规律,为临床治疗和防治措施制定提供依据。方法采集北京地区社区获得性肺炎患者的鼻咽抽吸物样本,应用再测序芯片技术,筛查流感病毒、冠状病毒、腺... 目的应用再测序芯片技术,调查北京地区社区获得性肺炎中呼吸道病毒的流行情况,探索流行规律,为临床治疗和防治措施制定提供依据。方法采集北京地区社区获得性肺炎患者的鼻咽抽吸物样本,应用再测序芯片技术,筛查流感病毒、冠状病毒、腺病毒、鼻病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、偏肺病毒等14种呼吸道病毒,并进行统计分析。结果共采集110份鼻咽抽吸物样本,其中30份样品病毒检测阳性;检出率最高的3种病毒分别是副流感病毒(5.45%)、鼻病毒(4.55%)和腺病毒(4.55%);0岁~4岁儿童组的病毒感染率(61.90%)最高。结论再测序芯片技术通过获得病毒基因序列信息,在进行病毒检测的同时还可以对病毒进行分型。应用该技术了解北京市社区获得性肺炎的病毒病原谱组成和流行规律,为制定防控措施和进一步研究提供科学依据。 展开更多
关键词 社区获得性肺炎 呼吸道病毒 再测序芯片
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再测序芯片在北京首例人禽流感病例病原学检测中的应用 被引量:1
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作者 曲梅 石伟先 +3 位作者 吕燕宁 黄芳 王全意 杨鹏 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1162-1165,共4页
目的利用再测序芯片对北京市首例人禽流感病例进行病原筛查和验证。方法采集病例咽拭子和气管抽吸物标本,利用real-ti me RT-PCR进行禽流感病毒H5N1亚型核酸检测;应用病原体再测序芯片对其进行复核,并对其它呼吸道病原体和流感病毒其它... 目的利用再测序芯片对北京市首例人禽流感病例进行病原筛查和验证。方法采集病例咽拭子和气管抽吸物标本,利用real-ti me RT-PCR进行禽流感病毒H5N1亚型核酸检测;应用病原体再测序芯片对其进行复核,并对其它呼吸道病原体和流感病毒其它亚型进行筛查。结果气管抽吸物标本经real-ti me RT-PCR检测为禽流感病毒H5N1核酸阳性;再测序芯片检测的结果是获得了H5N1的非结构蛋白基因(NS)特异序列,通过与GenBank进行序列比对,确定为禽流感病毒H5N1核酸,并排除了30种流感病毒亚型和其它33种呼吸道病原体的感染。结论病原体再测序芯片具有高灵敏性和特异性,在北京市首例人禽流感病例的病原学筛查和验证中发挥了重要作用。 展开更多
关键词 再测序芯片 禽流感 H5N1
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一种基于新型再测序芯片的不明原因腹泻样品检测方法的建立和初步应用 被引量:1
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作者 王佶 徐子乾 +4 位作者 张晨 牛培华 关丽 段招军 马学军 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期128-133,共6页
本研究建立了一种基于新型再测序芯片(Resequencing Pathogen Microarray,RPM)的腹泻症候群多病原检测方法,能同时检测14种轮状病毒,7种杯状病毒,8种星状病毒,28种肠道病毒,16种少见致泻病毒。选取已验证的阳性病毒样本为模板... 本研究建立了一种基于新型再测序芯片(Resequencing Pathogen Microarray,RPM)的腹泻症候群多病原检测方法,能同时检测14种轮状病毒,7种杯状病毒,8种星状病毒,28种肠道病毒,16种少见致泻病毒。选取已验证的阳性病毒样本为模板来评估该方法的特异性。用克隆质粒和体外转录的RNA梯度稀释液来检验RPM的灵敏度,在20~2000拷贝/gL水平时RPM仍能检测和分辨出相近的病毒亚型。通过调整参考品的浓度优化了阳性判定阈值,并改进了肠道病毒的检测流程以完成分型。对10份不明原因腹泻样品进行了筛查,从中检出6份腹泻病毒阳性样本。根据RPM结果对样品进行了单重PCR并且测序,RPM与测序结果一致。本研究建立了一种高通量,高特异性,灵敏度较高的RPM方法,对于不明原因腹泻病例的诊断和突发疫情的处理有巨大的应用价值。 展开更多
关键词 再测序芯片 腹泻病毒 不明原因
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