采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌，计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度；与此同时，收集鸡的...采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌，计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度；与此同时，收集鸡的粪便，分离金黄色葡萄球菌。利用金黄色葡萄球菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应（Repetitive extragenic palindromic elements PCR，REP—PCR）鉴定技术，扩增不同测量点和粪便分离的金黄色葡萄球菌的DNA图谱。通过每个采样点的金黄色葡萄球菌的浓度变化以及金黄色葡萄球菌遗传相似性分析确认动物舍微生物气溶胶向舍外环境的传播。结果显示：4个鸡场舍内空气中金黄色葡萄球菌的浓度远远高于舍外上风和下风向的金黄色葡萄球菌浓度（P〈0．05或P〈0．01），但是舍外下风不同距离间的金黄色葡萄球菌浓度差异并不显著（P〉0．05）。REP-PCR结果表明，从鸡的粪便中分离的金黄色葡萄球菌与从舍内空气中分离的部分金黄色葡萄球菌（38．7％）相似性可达100％，从鸡场舍外下风方向分离到的多数金黄色葡萄球菌（55．9％）与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性可达100％。可见，它们分别是由粪便中遗传基因完全相同的菌株繁殖而来。而从鸡舍上风分离到的金黄色葡萄球菌与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性仅在60％～87％。结果显示，鸡粪便中的金黄色葡萄球菌能够形成气溶胶，进入气悬状态，不仅能在舍内传播，而且还能够借助舍内外气体交换，传播到舍外下风一定的距离。从而说明，来自动物体的金黄色葡萄球菌既能污染舍内空气，对本舍鸡群构成传染威胁，又能传播一定的距离，对周边社区环境空气造成生物污染。展开更多
应用 rep-PCR 分子指纹技术对2000～2002年采自四川6个籼稻自然生态区的137个稻瘟病菌菌株进行了 DNA 分子指纹扩增和聚类分析,共获得73个不同的 DNA 指纹图谱(单元型)和62条分子量不等的 DNA 带型。结果显示,无论以何种遗传相似水平划...应用 rep-PCR 分子指纹技术对2000～2002年采自四川6个籼稻自然生态区的137个稻瘟病菌菌株进行了 DNA 分子指纹扩增和聚类分析,共获得73个不同的 DNA 指纹图谱(单元型)和62条分子量不等的 DNA 带型。结果显示,无论以何种遗传相似水平划分,四川稻瘟病菌的群体结构都表现很突出的优势宗谱,又存在着具有较多遗传多样性的次要小宗谱和特异性宗谱,蕴含着极其丰富的遗传信息;在0.19遗传相似水平,所有供试菌株可以划分成37个遗传宗谱,层次较为丰富。四川稻瘟病菌群体结构具有明显的时空特点,不同年度间稻瘟病菌群体存在一定的亲缘关系,又各自拥有当年的特异性宗谱;在空间上,不同稻作区表现出从复杂到简单的病菌群体变化特点。稻瘟病菌的遗传宗谱与生理小种致病型不存在一一对应的关系,作者认为将二者横向比较没有可比性。展开更多
The bacterial community of a bulking sludge from a municipal wastewater treatment plant with anoxic-anaerobic-oxic process was investigated by combination of cultivation and 16S rRNA gene clone library analysis for un...The bacterial community of a bulking sludge from a municipal wastewater treatment plant with anoxic-anaerobic-oxic process was investigated by combination of cultivation and 16S rRNA gene clone library analysis for understanding the causes of bulking.A total of 28 species were obtained from 63 isolates collected from six culture media.The most cultivable species belonged to γ-Proteobacteria including Klebsiella sp.,Pseudomonas sp.,Aeromonas sp.and Acinetobacter sp.Further analysis of these strains by repetitive sequence based on polymerase chain reaction （rep-PCR） technology showed that rep-PCR yielded discriminatory banding patterns within the same genus using REP and BOX primer sets.While the culture-independent assessment revealed that β-Proteobacteria was the dominant group in the bulking sample.Sequence analysis revealed that the highest proportion （14.7%） of operational taxonomic units was 98% similar to Candidatus Accumulibacter phosphatis,which is used to remove phosphorous from wastewater.Our results indicated that combining different approaches can produce complementary information,thus generate a more accurate view of microbial community in bulking sludge.展开更多
文摘采用ANDERSEN-6级空气微生物样品收集器和RCS离心式采样器在山东泰安4个鸡场舍内空气、舍外环境上风向10、50m和下风向10、50、100、200、400m不同距离处收集金黄色葡萄球菌，计算每个采样点的金黄色葡萄球菌浓度；与此同时，收集鸡的粪便，分离金黄色葡萄球菌。利用金黄色葡萄球菌DNA基因外重复一致回文序列聚合酶链式反应（Repetitive extragenic palindromic elements PCR，REP—PCR）鉴定技术，扩增不同测量点和粪便分离的金黄色葡萄球菌的DNA图谱。通过每个采样点的金黄色葡萄球菌的浓度变化以及金黄色葡萄球菌遗传相似性分析确认动物舍微生物气溶胶向舍外环境的传播。结果显示：4个鸡场舍内空气中金黄色葡萄球菌的浓度远远高于舍外上风和下风向的金黄色葡萄球菌浓度（P〈0．05或P〈0．01），但是舍外下风不同距离间的金黄色葡萄球菌浓度差异并不显著（P〉0．05）。REP-PCR结果表明，从鸡的粪便中分离的金黄色葡萄球菌与从舍内空气中分离的部分金黄色葡萄球菌（38．7％）相似性可达100％，从鸡场舍外下风方向分离到的多数金黄色葡萄球菌（55．9％）与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性可达100％。可见，它们分别是由粪便中遗传基因完全相同的菌株繁殖而来。而从鸡舍上风分离到的金黄色葡萄球菌与舍内空气或粪便中分离的金黄色葡萄球菌相似性仅在60％～87％。结果显示，鸡粪便中的金黄色葡萄球菌能够形成气溶胶，进入气悬状态，不仅能在舍内传播，而且还能够借助舍内外气体交换，传播到舍外下风一定的距离。从而说明，来自动物体的金黄色葡萄球菌既能污染舍内空气，对本舍鸡群构成传染威胁，又能传播一定的距离，对周边社区环境空气造成生物污染。
文摘应用 rep-PCR 分子指纹技术对2000～2002年采自四川6个籼稻自然生态区的137个稻瘟病菌菌株进行了 DNA 分子指纹扩增和聚类分析,共获得73个不同的 DNA 指纹图谱(单元型)和62条分子量不等的 DNA 带型。结果显示,无论以何种遗传相似水平划分,四川稻瘟病菌的群体结构都表现很突出的优势宗谱,又存在着具有较多遗传多样性的次要小宗谱和特异性宗谱,蕴含着极其丰富的遗传信息;在0.19遗传相似水平,所有供试菌株可以划分成37个遗传宗谱,层次较为丰富。四川稻瘟病菌群体结构具有明显的时空特点,不同年度间稻瘟病菌群体存在一定的亲缘关系,又各自拥有当年的特异性宗谱;在空间上,不同稻作区表现出从复杂到简单的病菌群体变化特点。稻瘟病菌的遗传宗谱与生理小种致病型不存在一一对应的关系,作者认为将二者横向比较没有可比性。
基金supported by the"Knowledge In-novation"Program of Chinese Academy of Sciences(No.KZCX2-YW-JC407-3,KSCX2-YW-G-054-2)the Ministry of Science and Technology,China(No.2006DFA91870)
文摘The bacterial community of a bulking sludge from a municipal wastewater treatment plant with anoxic-anaerobic-oxic process was investigated by combination of cultivation and 16S rRNA gene clone library analysis for understanding the causes of bulking.A total of 28 species were obtained from 63 isolates collected from six culture media.The most cultivable species belonged to γ-Proteobacteria including Klebsiella sp.,Pseudomonas sp.,Aeromonas sp.and Acinetobacter sp.Further analysis of these strains by repetitive sequence based on polymerase chain reaction （rep-PCR） technology showed that rep-PCR yielded discriminatory banding patterns within the same genus using REP and BOX primer sets.While the culture-independent assessment revealed that β-Proteobacteria was the dominant group in the bulking sample.Sequence analysis revealed that the highest proportion （14.7%） of operational taxonomic units was 98% similar to Candidatus Accumulibacter phosphatis,which is used to remove phosphorous from wastewater.Our results indicated that combining different approaches can produce complementary information,thus generate a more accurate view of microbial community in bulking sludge.
