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Correlation analysis of liver tumor-associated genes with liver regeneration 被引量:4
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作者 Cun-Shuan Xu Shou-Bing Zhang +1 位作者 Xiao-Guang Chen Salman Rahman 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2007年第24期3323-3332,共10页
AIM: To study at transcriptional level the similarities and differences of the physiological and biochemical activities between liver tumor (LT) and regenerating liver cells. METHODS: LT-associated genes and their exp... AIM: To study at transcriptional level the similarities and differences of the physiological and biochemical activities between liver tumor (LT) and regenerating liver cells. METHODS: LT-associated genes and their expression changes in LT were obtained from databases and scientific articles, and their expression profiles in rat liver regeneration (LR) were detected using Rat Genome 230 2.0 array. Subsequently their expression changes in LT and LR were compared and analyzed. RESULTS: One hundred and twenty one LT-associated genes were found to be LR-associated. Thirty four genes were up-regulated, and 14 genes were down-regulated in both LT and regenerating liver; 20 genes up-regulated in LT were down-regulated in regenerating liver; 21 up-regulated genes and 16 down-regulated genes in LT were up-regulated at some time points and down-regulated at others during LR. CONCLUSION: Results suggested that apoptosis activity suppressed in LT was still active in regenerating liver, and there are lots of similarities and differences between the LT and regenerating liver at the aspects of cell growth, proliferation, differentiation, migration and angiogenesis. 展开更多
关键词 Partial hepatectomy Rat Genome 230 2.0Array APOPTOSIS Liver regeneration-associated gene Liver tumor-associated gene
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植物组织培养再生相关基因鉴定、克隆和应用研究进展 被引量:29
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作者 叶兴国 佘茂云 +2 位作者 王轲 杜丽璞 徐惠君 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期191-201,共11页
离体植物组织体细胞胚胎发生是一个复杂的无性繁殖过程,依次经历外源植物激素信号应答、已分化细胞的脱分化、静止细胞的再分裂以及特定组织、器官原基或分生组织的形成等,是多个基因在外界因素刺激下协调、有序表达和互作的结果,不但... 离体植物组织体细胞胚胎发生是一个复杂的无性繁殖过程,依次经历外源植物激素信号应答、已分化细胞的脱分化、静止细胞的再分裂以及特定组织、器官原基或分生组织的形成等,是多个基因在外界因素刺激下协调、有序表达和互作的结果,不但受培养基中植物激素和营养成分的影响,也与外植体的生理状态关系密切。本文综述了外源激素和内源激素在植物组织培养中的作用,以及外源激素对内源激素的调节功能;重点介绍了5类与植物体细胞胚胎发生有关的候选基因,包括体细胞胚胎发生相关类受体蛋白激酶、阿拉伯葡聚糖酶、亚硝酸还原酶、生长素结合蛋白和抗氧化酶。再生相关基因的利用不但有助于提高植物组织培养植株再生率和遗传转化率,而且有助于获得安全型转基因植物,在基因工程育种中具有潜在应用前景。不同植物和同种植物不同外植体组织培养中调控体细胞胚胎发生的主效基因可能不同,关键再生相关基因的克隆和功能鉴定是今后需要加强的方向。 展开更多
关键词 植物 组织培养 体细胞胚胎发生 器官发生 再生相关基因
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蛋白质代谢、折叠、运输、定位、装配相关基因在大鼠肝再生中表达变化(英文) 被引量:2
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作者 徐存拴 张守兵 +2 位作者 杨志利 崔胜男 张明 《分子细胞生物学报》 CSCD 北大核心 2008年第2期107-119,共13页
为在基因转录水平了解蛋白质代谢、折叠、运输、定位、装配相关基因在大鼠肝再生中表达情况和作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 2302.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达情况,用真、假手术比较方法... 为在基因转录水平了解蛋白质代谢、折叠、运输、定位、装配相关基因在大鼠肝再生中表达情况和作用,本文用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述基因,用Rat Genome 2302.0芯片检测它们在大鼠再生肝中表达情况,用真、假手术比较方法确定肝再生相关基因。初步证实上述基因中1147个基因与肝再生相关。其中,参与蛋白质代谢、折叠、运输、定位和装配的基因以上调表达为主;参与蛋白质代谢的基因主要在部分肝切除(partial hepatectomy,PH)后0.5-1h和16-30h起始表达;0.5-12h表达的促进蛋白降解基因数多于促进蛋白积累基因数,而16-48h表达的促进蛋白质积累基因数显著多于促进蛋白质降解基因数;蛋白质合成相关基因在肝再生的16、24、42和66h表达上调较多,在42h最多;几乎在整个肝再生中蛋白质降解相关基因表达上调,在早、前期较多,在后期较少;蛋白质折叠相关基因在2、16-24、42、66、72和168h表达上调较多,在66h最多;蛋白质运输和定位相关基因在整个肝再生中表达上调,在66h表达上调最多;蛋白质装配相关基因在96h前均表达上调,其中,12h表达上调基因最多。根据上述结果推测,在肝再生中期蛋白质合成旺盛,几乎整个肝再生中蛋白质降解、折叠、运输定位和装配活动活跃。 展开更多
关键词 部分肝切除 RAT GENOME 230 2.0芯片 蛋白质代谢 肝再生相关基因
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PPAR-γ偶联的信号通路可能参与大鼠肝再生 被引量:2
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作者 徐存拴 唐自阔 《基础医学与临床》 CSCD 北大核心 2008年第8期810-815,共6页
目的了解PPAR-γ偶联的信号通路在大鼠肝再生(LR)中作用。方法用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述通路相关基因,用RatGenome 230 2.0芯片检测它们在大鼠肝再生中表达情况,用真手术与手术对照比较方法确定肝再生相关基因。结果... 目的了解PPAR-γ偶联的信号通路在大鼠肝再生(LR)中作用。方法用搜集网站资料和查阅相关论文等方法获得上述通路相关基因,用RatGenome 230 2.0芯片检测它们在大鼠肝再生中表达情况,用真手术与手术对照比较方法确定肝再生相关基因。结果初步证实上述基因中64个基因与肝再生相关。肝再生启动、G0/G1过渡、细胞增殖、细胞分化和组织结构功能重建等4个阶段起始表达的基因数为28、4、34和2,基因总表达次数为72、41、247和90,表明相关基因主要在肝再生启动阶段起始表达,在不同阶段发挥作用。它们共分为11种表达方式,表明肝再生中这些基因表达变化多样和复杂。结论PPAR-γ偶联的信号通路在肝再生早期、前期和后期促进糖元合成;在整个肝再生中抑制炎症反应,促进细胞增殖和迁移。 展开更多
关键词 部分肝切除 RAT GENOME 230 2.0芯片 PPAR-γ偶联的信号通路 肝再生相关基因
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胃癌组织神经元再生相关蛋白的表达及临床意义研究
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作者 徐园 贾黎华 虞伟明 《浙江医学》 CAS 2022年第13期1368-1373,I0004,共7页
目的探讨神经元再生相关蛋白(NREP)在胃癌组织中的表达及临床意义。方法选取2021年3月至8月在宁波市医疗中心李惠利医院接受D2根治术的20例胃癌患者的胃癌组织和对应的癌旁正常组织作为研究标本,采用在线生物信息数据库(Oncomine、GEPIA... 目的探讨神经元再生相关蛋白(NREP)在胃癌组织中的表达及临床意义。方法选取2021年3月至8月在宁波市医疗中心李惠利医院接受D2根治术的20例胃癌患者的胃癌组织和对应的癌旁正常组织作为研究标本,采用在线生物信息数据库(Oncomine、GEPIA、Ualcan数据库)分析胃癌组织NREP mRNA的表达。采用基因芯片分析胃癌组织差异表达基因以验证NREP mRNA表达情况。采用人类蛋白质图谱(HPA)分析胃癌组织NREP蛋白的表达。免疫组化检测胃癌组织和癌旁正常组织NREP蛋白的表达。采用Kaplan-Meier plotter数据库分析胃癌患者NREP mRNA表达与预后的关系。结果Oncomine、GEPIA、Ualcan数据库分析显示,胃癌组织NREP mRNA表达水平高于癌旁正常组织(P<0.05)。基因芯片分析发现NREP mRNA在胃癌组织中高表达,其表达水平比癌旁正常组织高至少2.8倍(P<0.05)。胃癌组织NREP蛋白高表达比例高于癌旁正常组织(P<0.05)。多因素分析显示,NREP高表达是胃癌患者预后不良的独立危险因素之一(P<0.05)。NREP mRNA低表达胃癌患者总生存时间、无进展生存时间均优于高表达胃癌患者(均P<0.05)。结论NREP在胃癌组织中高表达,且其高表达与患者预后不良密切相关。NREP或可成为评估胃癌预后和指导治疗的生物标志物。 展开更多
关键词 神经元再生相关蛋白 胃癌 生物信息学 预后
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