血清miR-141和miR-195-5p在乳腺癌早期诊断中的临床意义 被引量：6

1

作者 韩肖骅 马保金 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期637-644,共8页

目的观察血清miR-141和miR-195-5p在乳腺癌早期诊断中的临床意义。方法选择2015年1月至2018年6月在复旦大学附属华山医院经病理确诊的乳腺癌患者126例,作为乳腺癌组;选择同期在我院活组织检测为乳房良性病变的患者和健康体检者,分别作... 目的观察血清miR-141和miR-195-5p在乳腺癌早期诊断中的临床意义。方法选择2015年1月至2018年6月在复旦大学附属华山医院经病理确诊的乳腺癌患者126例,作为乳腺癌组;选择同期在我院活组织检测为乳房良性病变的患者和健康体检者,分别作为良性病变组(75例)和对照组(45例)。用qRT-PCR法检测各组血清miR-141和miR-195-5p水平。并用miR-141和miR-195-5p质粒转染到人乳腺癌细胞MX-1中,观察其增殖和迁移能力。观察各组血清miR-141和miR-195-5p水平变化,乳腺癌患者术后血清miR-141和miR-195-5p水平变化,乳腺癌患者血清miR-141和miR-195-5p水平与临床指标的相关性,及其诊断乳腺癌的灵敏度和特异性。结果乳腺癌组血清miR-141水平显著高于良性病变组和健康对照组( P <0.01),良性病变组血清miR-141水平高于健康对照组( P <0.01);乳腺癌组血清miR-195-5p水平明显低于良性病变组和健康对照组( P < 0.01),良性病变组血清miR-195-5p水平较健康对照组明显降低( P <0.01),手术后乳腺癌组和乳腺良性病变组血清miR-141水平较手术前明显降低( P <0.01),而miR-195-5p水平较手术前明显升高( P <0.01)。乳腺癌患者血清miR-141和miR-195-5p水平与年龄和肿瘤直径无明显相关性,而与淋巴结转移、雌激素受体(estrogen receptor,ER)、孕激素受体(progesteron receptor,PR)、人类表皮因子受体2 (human epidermal growth factor receptor 2,HER-2)、TNM分期、分子分型和组织分型有明显相关性( P <0.01),多元线性回归分析显示血清miR-141和miR-195-5p表达水平与淋巴结转移、PR、TNM分期和分子分型呈线性相关( P <0.05)。MX-1细胞转染miR-141和miR-195-5p质粒后,miR-141促进MX-1细胞的增殖和迁移能力( P <0.01),而miR-195-5p抑制MX-1细胞的增殖和迁移能力( P <0.01)。在乳腺癌诊断方面,联合检测的灵敏度为88.1%,特异性为 92.0 %,AUC为0.964,明显优于单个指标miR-141( Z =3.413, P < 0.01)和miR-195-5p( Z = 展开更多

关键词 乳腺癌 微小RNA 早期诊断 血清 实时定量pcr (qrt-pcr)

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大豆不同发育时期及非生物胁迫下实时荧光定量PCR内参基因筛选 被引量：2

2

作者 王蕊 胡绍旺 +4 位作者 刘金凤 张毓哲 姜玉石 刘思言 史安迪 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期17-27,共11页

为研究大豆在不同发育时期的不同组织、不同非生物胁迫下稳定表达的最适内参基因,以大豆“JN28”V1时期的根、茎、叶,R3、R4时期的豆荚,R5、R8时期的子粒,干旱、低温、盐、脱落酸(ABA)胁迫下的根和叶共15个样本为试验材料。选择8个候选... 为研究大豆在不同发育时期的不同组织、不同非生物胁迫下稳定表达的最适内参基因,以大豆“JN28”V1时期的根、茎、叶,R3、R4时期的豆荚,R5、R8时期的子粒,干旱、低温、盐、脱落酸(ABA)胁迫下的根和叶共15个样本为试验材料。选择8个候选内参基因(Actin,β-actin,CYP2,EF1-α,Fbox,GAPDH,TUB4,18SrRNA)进行实时荧光定量PCR检测,并分析8个候选内参基因表达的稳定性。利用geNorm、NormFinder、BestKeeper软件分析后,再经过RefFinder计算筛选出合适的内参基因。结果表明:4个软件的分析结果不同,以RefFinder综合分析结果显示,V1期的根和叶、R3期的豆荚、ABA胁迫下的根,最适的内参基因为Actin;V1期的茎、R4期的豆荚、R8期的子粒,最适内参基因为EF1-α;R5期的子粒、干旱胁迫下的叶,最适内参基因为Fbox;干旱胁迫下的根,最适的内参基因为CYP2;盐胁迫的根、ABA胁迫下的叶,最适内参基因为18SrRNA;低温胁迫下的叶,最适内参基因为β-actin;低温胁迫下的根,最适内参基因为EF1-α和18SrRNA;盐胁迫下的叶,最适内参基因为β-actin和18SrRNA。4个软件在全部组织及全部胁迫中综合分析结果均一致,在全部组织中最适内参基因为Actin,全部胁迫中最适内参基因为EF1-α。 展开更多

关键词 大豆 实时荧光定量pcr 内参基因 非生物胁迫 发育时期

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荧光定量RT-PCR检测PRRSV方法的建立及初步应用 被引量：4

3

作者 周一媚 劳秀杰 +7 位作者 黄巧莲 徐露凝 郑悦 叶笑 王晓杜 邵春艳 杨永春 宋厚辉 《畜牧与兽医》 北大核心 2016年第1期34-39,共6页

以猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5保守区域为靶基因,基于SYBR Green构建了以RNA为模板、反转录和PCR扩增一步完成的荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法。该方法对质粒和细胞培养物中病毒的检测限分别为1×100copies/μL和1×10-2T... 以猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5保守区域为靶基因,基于SYBR Green构建了以RNA为模板、反转录和PCR扩增一步完成的荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法。该方法对质粒和细胞培养物中病毒的检测限分别为1×100copies/μL和1×10-2TCID50/m L;组内和组间差异系数(CV)均小于5%。利用本方法检测126份临床组织样品,PRRSV阳性率为42.06%,与传统RT-PCR检测结果具有较好的一致性(Kappa=0.918),且敏感性显著高于传统RT-PCR。本研究建立的qRT-PCR方法为猪繁殖与呼吸综合征的临床诊断提供了技术手段。 展开更多

关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) 荧光定量RT-pcr(qrt-pcr) ORF5

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灰霉菌侵染大白菜后ADF7和ADF10基因表达分析 被引量：2

4

作者 马清华 陈晓峰 +1 位作者 牟晋华 侯喜林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期742-747,共6页

[目的]本文旨在研究大白菜ADF7和ADF10基因对真菌侵染的响应。[方法]从拟南芥基因组数据库中找到全部的At ADF7和At ADF10基因,通过与大白菜基因组数据库序列比对分析,得到对应的基因序列。利用生物信息学分析其特性,通过半定量和定量分... [目的]本文旨在研究大白菜ADF7和ADF10基因对真菌侵染的响应。[方法]从拟南芥基因组数据库中找到全部的At ADF7和At ADF10基因,通过与大白菜基因组数据库序列比对分析,得到对应的基因序列。利用生物信息学分析其特性,通过半定量和定量分析2个基因在受到真菌侵染的大白菜中的表达情况。[结果]系统进化树分析表明,大白菜ADF7基因与其他近似植物的ADF7基因有较高的同源性。对大白菜ADF7和ADF10编码的蛋白进行二级结构分析,它们具有相近的相对分子质量和等电点,都没有信号肽。采用半定量检测大白菜受灰霉菌侵染前后ADF基因表达特点,结果显示:ADF7和ADF10在未受侵染的根、茎、叶中几乎不表达,在灰霉菌侵染的叶中表达量最高,茎次之,根中表达不明显。实时荧光定量PCR(qRTPCR)分析进一步验证了基因的组织特异性表达,病原菌侵染大白菜后,ADF7和ADF10在根、茎、叶中均呈现双波表达特点且表达趋势一致,在侵染12和48 h后均出现表达高峰值且在‘新烟杂3号’的表达量明显高于‘包头莲’。[结论]ADF7和ADF10在根、茎、叶中具有组织差异表达特性,并且在抗病品种中的表达较高。这为进一步研究生物胁迫情况下肌动蛋白的聚合和解聚机制奠定了理论基础。 展开更多

关键词 大白菜 肌动蛋白解聚因子 灰霉菌 实时定量pcr

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LncRNA AC008871.1的鉴定及在肝癌中的表达

5

作者 陈安宁 陈思宇 +4 位作者 宋伟 王鹏飞 刘玲珑 姚清媚 周素芳 《海南医学》 CAS 2019年第2期137-141,共5页

目的探讨长链非编码RNA AC008871.1的鉴定及在肝癌中的表达,并预测其靶基因。方法应用USCS数据库检索其位置、CPC数据库分析其编码能力、Ensembl数据库预测其靶基因;再通过实时荧光定量PCR技术分析AC008871.1在4种肝癌细胞系(SK-Hep1、H... 目的探讨长链非编码RNA AC008871.1的鉴定及在肝癌中的表达,并预测其靶基因。方法应用USCS数据库检索其位置、CPC数据库分析其编码能力、Ensembl数据库预测其靶基因;再通过实时荧光定量PCR技术分析AC008871.1在4种肝癌细胞系(SK-Hep1、HepG2、Huh7、97L)与正常细胞系(L-02)中的差异表达,以及在肝癌组织与癌旁组织中的差异表达,并分析其与临床数据的关系。结果经数据库检索,AC008871.1位于5号染色体长臂,酪氨酸激酶FER基因3号至4号外显子之间的3号内含子的反义链上,其编码能力很弱,为非编码RNA,预测其靶基因可能为FER;经荧光定量分析,AC008871.1在不同肝癌细胞系中相对表达量均低于正常细胞,与L-02的(1.00±0.00)相比,在SK-Hep1、HepG2、Huh7、97L中的相对表达量依次是(0.32±0.22)、(0.49±0.08)、(0.83±0.03)、(0.42±0.03),差异均有统计学意义(P<0.05);肝癌组织中AC008871.1的相对表达量均低于癌旁组织[(0.29±0.21) vs1.00],差异有统计学意义(P<0.05);有吸烟史的肝癌组织中,AC008871.1的基因表达水平为(0.40±0.22),明显高于无吸烟的肝癌组织的(0.17±0.10),差异有统计学意义(P<0.05);HBEAb正常的肝癌组织中,AC008871.1的基因表达水平为(0.41±0.20),明显高于不正常的肝癌组织的(0.16±0.12),差异有统计学意义(P<0.05)。结论 AC008871.1差异表达可能与肝癌的发生、发展有密切联系,有望作为新的肝癌预后标志物和治疗靶点。 展开更多

关键词 长链非编码RNA 实时荧光定量pcr AC008871.1 肝癌 酪氨酸激酶

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甘蔗Cu/Zn-SOD的克隆和表达分析 被引量：15

6

作者 王盛 张保青 +3 位作者 黄杏 樊艳姣 杨丽涛 李杨瑞 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第15期3277-3284,共8页

【目的】克隆甘蔗铜/锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)基因,并分析其序列特征、组织特异性表达及在不同逆境胁迫下的表达模式。【方法】以甘蔗桂糖28号为材料,利用RT-PCR技术克隆获得Cu/Zn-SOD,采用生物信息学方法分析所推测的氨基酸序列,... 【目的】克隆甘蔗铜/锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)基因,并分析其序列特征、组织特异性表达及在不同逆境胁迫下的表达模式。【方法】以甘蔗桂糖28号为材料,利用RT-PCR技术克隆获得Cu/Zn-SOD,采用生物信息学方法分析所推测的氨基酸序列,通过实时荧光定量PCR研究Cu/Zn-SOD在不同组织及逆境条件下的表达情况。【结果】克隆获得甘蔗Cu/Zn-SOD,NCBI登录号为JQ958328,其开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸,与禾本科植物聚于同一进化分支。实时荧光定量PCR分析表明Cu/Zn-SOD在根、茎、叶中均有表达,为组成型表达,在叶中表达量最高;Cu/Zn-SOD在聚乙二醇(PEG)、NaCl、低温(4℃)和H2O2四种非生物胁迫下均诱导表达,表达模式因调控机制的不同而异。【结论】克隆获得Cu/Zn-SOD,其主要在甘蔗绿色组织中表达,其在铜/锌SOD超氧化物歧化酶的功能区域保守型很高,可能与甘蔗抵御渗透胁迫相关。 展开更多

关键词 甘蔗 铜 锌超氧化物歧化酶 逆境 表达分析 实时荧光定量pcr

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小苍兰实时荧光定量PCR中的内参基因筛选 被引量：8

7

作者 丁苏芹 李玺 唐东芹 《南京林业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期19-25,共7页

【目的】筛选适用于小苍兰实时荧光定量PCR的内参基因,为准确研究小苍兰基因表达,尤其是种球发育相关基因的表达分析提供参考。【方法】以小苍兰’上农金皇后’的花瓣、雌雄蕊、花葶、叶片、球茎、根等6个不同组织器官,5个不同发育时期... 【目的】筛选适用于小苍兰实时荧光定量PCR的内参基因,为准确研究小苍兰基因表达,尤其是种球发育相关基因的表达分析提供参考。【方法】以小苍兰’上农金皇后’的花瓣、雌雄蕊、花葶、叶片、球茎、根等6个不同组织器官,5个不同发育时期的球茎以及不同外源激素处理后的球茎为材料,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析了小苍兰中8个常用持家基因的表达情况,进而利用geNorm、NormFinder以及BestKeeper等3个常用软件综合分析各基因表达的稳定性。【结果】在小苍兰’上农金皇后’6个不同的组织器官中,所选8个持家基因均有表达,但稳定性存在差异。综合分析表明,Actin和18S rRNA是最合适的内参基因,而EF-1β经3个软件分析均表现为最不稳定,不适合后续应用于小苍兰的基因表达分析。在5个不同发育时期的球茎组织中,表达最为稳定的是QCR、Actin和TUB,适宜今后研究球茎发育相关的基因表达特征时作为内参基因,而表达最不稳定的CYP和18S rRNA则不宜使用。在3种不同外源激素诱导下的小苍兰种球中,18S rRNA和CYP的表达水平相对一致且稳定性较好,可以用来作为内参基因进行相关目的基因的定量PCR研究,而EF-1β表达最不稳定,不推荐使用。【结论】综合来看,小苍兰基因表达研究中最适内参基因应根据不同情况而定,Actin和18S rRNA是分析不同组织器官中基因表达时的首选内参基因;QCR、Actin和TUB是研究不同发育时期球茎中基因表达的适宜内参基因;18S rRNA和CYP是研究外源激素诱导下基因表达的首选内参基因。 展开更多

关键词 小苍兰 内参基因 实时荧光定量pcr 球茎 香雪兰属

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木薯华南8号及其四倍体块根淀粉代谢相关基因表达分析 被引量：6

8

作者 安飞飞 冷青云 +1 位作者 李开绵 陈松笔 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1484-1489,共6页

【目的】分析木薯华南8号(SC8)及其四倍体块根中淀粉代谢相关基因表达情况,为揭示多倍化影响木薯块根淀粉代谢的分子机制及木薯块根中淀粉的合成与分解途径提供理论参考。【方法】利用秋水仙素诱导木薯腋芽以获得SC8四倍体,采用实时荧... 【目的】分析木薯华南8号(SC8)及其四倍体块根中淀粉代谢相关基因表达情况,为揭示多倍化影响木薯块根淀粉代谢的分子机制及木薯块根中淀粉的合成与分解途径提供理论参考。【方法】利用秋水仙素诱导木薯腋芽以获得SC8四倍体,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对蔗糖磷酸合酶(SPS)、ADP葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)、可溶性淀粉合成酶(SSS)、颗粒结合合成酶(GBSS)、分支酶(SBE)、α-淀粉酶(α-amylase)、β-淀粉酶(β-amylase)和淀粉磷酸化酶(SP)等基因的表达情况进行分析。【结果】经秋水仙素诱导获得的SC8四倍体植株叶片较SC8二倍体厚,且叶色深绿。SC8四倍体块根的干物率和粗淀粉含量均较SC8二倍体显著降低(P<0.05,下同),而支链淀粉和直链淀粉比例均未发生显著变化(P>0.05,下同)。与SC8二倍体相比,MeSPS2、Meα-amylase和Meβ-amylase基因的表达量显著上调(P<0.05,下同),表明SC8四倍体块根中淀粉的分解能力较SC8二倍体强;MeAGPase、MeSSS1、MeSP1和MeSP2基因的表达量显著上调,表明SC8四倍体块根淀粉的合成能力较SC8二倍体弱;MeGBSSI和MeSBE1基因的表达量未发生显著变化,表明SC8四倍体块根中直链淀粉和支链淀粉的合成能力与SC8二倍体无明显差异。【结论】利用秋水仙素诱导获得的SC8四倍体块根淀粉合成能力降低和淀粉分解能力升高是导致其块根中粗淀粉含量显著降低的主要原因。 展开更多

关键词 木薯 四倍体 淀粉含量 淀粉代谢 基因表达 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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不同温度下两株球孢白僵菌侵染西花蓟马的生长动力学及其毒力 被引量：6

9

作者 刘晓晨 吴圣勇 +1 位作者 雷仲仁 王海鸿 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1484-1492,共9页

【目的】通过比较两株球孢白僵菌(Beauveria bassiana)在不同温度条件下侵染西花蓟马(Frankliniella occidentalis)的生长动力学及其毒力,探讨球孢白僵菌菌体增殖和杀虫毒力的关系,为提高球孢白僵菌对西花蓟马的杀虫效率提供理论支持。... 【目的】通过比较两株球孢白僵菌(Beauveria bassiana)在不同温度条件下侵染西花蓟马(Frankliniella occidentalis)的生长动力学及其毒力,探讨球孢白僵菌菌体增殖和杀虫毒力的关系,为提高球孢白僵菌对西花蓟马的杀虫效率提供理论支持。【方法】首先,在20、25和30℃3个温度条件下,连续记录第1—8天西花蓟马被两株球孢白僵菌菌株(SCWJ-2和GZGY-1-3)侵染后的死亡率,并以未被真菌感染的西花蓟马为对照,计算其累积校正死亡率,选择第3天的数据(对照死亡率为2%—5%)比较两个菌株的杀虫效率。其次,在20、25和30℃3个温度条件下,连续记录第1—8天内平板培养的上述两个菌株的菌落直径,选取第3天两个菌株的菌落生长直径数据进行比较分析。最后,提取20、25和30℃温度下,西花蓟马分别被两株球孢白僵菌侵染第1、2和3天的混合DNA,通过实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术定量球孢白僵菌在每个宿主样品体内的拷贝数,选取第3天两个菌株的基因拷贝数进行比较分析。【结果】生物测定结果显示,在检测温度(20—30℃)范围内,球孢白僵菌菌株GZGY-1-3和SCWJ-2对西花蓟马成虫均具有较高致病性,无论任何温度和何种菌株,西花蓟马从处理后第2天开始有死亡个体出现,第8天时,SCWJ-2和GZGY-1-3造成的校正死亡率分别为83%—91%和79%—90%。以第3天的校正死亡率为指标(对照死亡率为2%—5%),30℃下菌株SCWJ-2毒力显著高于GZGY-1-3(P<0.05),25℃和20℃下两个菌株毒力无显著差异(P>0.05)。平板培养试验表明,在检测温度(20—30℃)范围内,两个菌株菌落直径随着时间推移而增加,第8天时,菌株SCWJ-2和GZGY-1-3的菌落直径分别为31—36、28—32 mm。选取第3天菌落生长直径数据进行比较,菌株SCWJ-2在3个温度下的菌落直径均显著大于菌株GZGY-1-3(P<0.05)。实时荧光定量结果显示,除30℃下的菌株SCWJ-2之外,两个菌株在西花蓟马体内的� 展开更多

关键词 球孢白僵菌 西花蓟马 真菌生长动力学 实时荧光定量pcr

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红麻DNA甲基化响应镉胁迫及甲基化差异基因的表达分析 被引量：4

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作者 卢海 李增强 +7 位作者 唐美琼 罗登杰 曹珊 岳娇 胡亚丽 黄震 陈涛 陈鹏 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期2324-2334,共11页

DNA甲基化是植物重要的表观遗传修饰方式之一,在响应逆境胁迫中具有重要作用,但是有关镉胁迫下植物DNA甲基化水平变化的报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行300μmol L^(-1)的CdCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状及镉含量... DNA甲基化是植物重要的表观遗传修饰方式之一,在响应逆境胁迫中具有重要作用,但是有关镉胁迫下植物DNA甲基化水平变化的报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行300μmol L^(-1)的CdCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状及镉含量;利用甲基化敏感扩增多态性技术(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析镉胁迫下根系DNA甲基化水平变化;回收甲基化差异片段并克隆测序,采用qRT-PCR技术对DNA甲基化差异基因的表达量进行分析。结果表明,CdCl_(2)胁迫显著抑制红麻幼苗的株高、茎粗、根长、根表面积以及全鲜重。对照及镉处理下幼苗根系的DNA甲基化率分别为62.78%、68.23%,其中全甲基化率分别为37.50%、36.36%,半甲基化率分别为25.28%、31.87%,表明镉胁迫显著提高红麻幼苗根系的DNA甲基化水平。qRT-PCR分析表明,7个与抗性密切相关的DNA甲基化差异基因也存在表达量的差异,推测DNA甲基化水平变化在响应红麻镉胁迫中发挥重要作用。本结果为深入探索DNA甲基化响应植物镉胁迫的潜在机制提供了理论基础。 展开更多

关键词 红麻 镉胁迫 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(MSAP) 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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东方泽泻实时荧光定量PCR内参基因的筛选及AoSS基因的组织表达特性分析 被引量：4

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作者 刘青芝 谷巍 +5 位作者 孙云飞 吴启南 巢建国 桑晓华 王小浩 刘琪 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1467-1475,共9页

【目的】筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础。【方法】从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GA... 【目的】筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础。【方法】从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GAPDH、ACT、UBQ和UBC,应用qRT-PCR检测其在不同组织和激素处理下的表达情况,并借助Delta CT、GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对其表达稳定性进行分析评价。以筛选到的内参基因分析AoSS基因在不同组织中的表达情况。【结果】18S r RNA、GAPDH和EF1α基因在东方泽泻不同组织的表达稳定性较高,但18S rRNA、UBC和EF1α基因在不同激素处理下的表达稳定性均较高。以18S rRNA、GAPDH和EF1α基因为内参分析AoSS基因在东方泽泻不同组织中的表达量情况,结果显示,AoSS基因在东方泽泻不同组织中均有表达,其表达情况基本一致,均在东方泽泻块茎中表达量最高,其次是叶柄和叶,而在根中表达量最低。【结论】18S rRNA、GAPDH和EF1α基因是研究东方泽泻不同组织中基因表达分析的首选内参基因;18S rRNA、EF1α和UBC基因是研究激素处理下基因表达的首选内参基因。AoSS基因的表达具有组织特异性,其可能在东方泽泻的生长发育中发挥重要的调控功能。 展开更多

关键词 东方泽泻 内参基因 鲨烯合酶(SS) 实时荧光定量pcr(qrt-pcr) 表达特性

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两个育性相关基因在BNS和YS小麦温敏雄性不育系中的表达差异分析 被引量：3

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作者 张芳凝 李桂冬 +3 位作者 范晓静 王震 张淼 马翎健 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期368-372,共5页

为研究雄性不育相关基因TA1和TA2在BNS和YS小麦温敏雄性不育系732A花粉发育时期的表达特点,探讨这2个育性相关基因与温敏雄性不育小麦育性转换的联系,本研究利用荧光实时定量PCR方法,在BNS和YS型不育系732A花药发育四分体期、单核期、... 为研究雄性不育相关基因TA1和TA2在BNS和YS小麦温敏雄性不育系732A花粉发育时期的表达特点,探讨这2个育性相关基因与温敏雄性不育小麦育性转换的联系,本研究利用荧光实时定量PCR方法,在BNS和YS型不育系732A花药发育四分体期、单核期、二核期和三核期定量检测基因TA1和TA2的mRNA表达水平。结果表明:(1)在732A和BNS花粉发育四分体时期至二核期,基因TA1相对表达量上调,在三核期相对表达量下降;(2)基因TA2相对表达量在BNS花粉发育的四分体时期至二核期逐渐下降,三核期上升;在732A花粉发育4个时期中的相对表达量变化刚好相反;(3)在BNS和732A花粉发育二核期,基因TA1和TA2均表现极值,推测二核期可能为BNS和YS型小麦温敏雄性不育系花粉发育最敏感时期;(4)在不育系BNS和732A花粉发育过程中,基因TA1的相对表达量变化幅度比TA2的高。推测TA1对不育系BNS和732A花粉败育影响程度强于TA2;(5)基因TA1和TA2相对表达量在BNS的花粉发育时期表达趋势相反,推测其对BNS花粉败育影响表现为拮抗作用,且2个基因不连锁;在732A花粉发育时期表达趋势相同,推测其对不育系732A花粉败育影响表现为协同作用。 展开更多

关键词 小麦 TA1 TA2 BNS 732A 荧光实时定量pcr

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长链非编码RNA AK125512在肝癌组织中的表达及其临床意义 被引量：3

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作者 蔡杰 林孔英 +8 位作者 袁声贤 陶其飞 徐庆国 余建 黄位龙 汪珍光 杨远 林川 周伟平 《肝胆胰外科杂志》 CAS 2016年第2期93-97,101,共6页

目的检测长链非编码RNA AK125512在肝癌、癌旁肝组织中的表达情况,探讨其与临床病理指标的关系及作为预测肝癌患者术后预后标记物的潜在价值。方法从本课题组已完成表达谱芯片(GSE54238)中筛选明显差异表达lnc RNA-AK125512,采用实时荧... 目的检测长链非编码RNA AK125512在肝癌、癌旁肝组织中的表达情况,探讨其与临床病理指标的关系及作为预测肝癌患者术后预后标记物的潜在价值。方法从本课题组已完成表达谱芯片(GSE54238)中筛选明显差异表达lnc RNA-AK125512,采用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)法检测lnc RNAAK125512在肝癌、癌旁肝组织中的表达;x2检验分析肝癌组织中lnc RNA-AK125512表达量与临床病理指标相关性;应用Log-rank检验和COX回归模型分析肝癌组织中lnc RNA-AK125512表达量与肝癌患者术后预后的关系。结果 lnc RNA-AK125512在肝癌组织中较癌旁肝组织明显低表达(P<0.0001);肝癌组织中lnc RNA-AK125512的表达水平与Edmondson分级(P=0.022)、肿瘤包膜完整与否(P=0.005)、血AFP(P=0.018)明显相关;肝癌组织中lnc RNA-AK125512相对低表达患者肝癌切除术后无瘤生存期(P=0.0041)及总体生存期(P=0.0008)均显著缩短。肝癌组织中lnc RNA-AK125512相对低表达是影响肝癌患者术后无瘤生存期(P=0.037)、总体生存期(P=0.003)的一个独立危险因素。结论 lnc RNA-AK125512有望成为预测肝癌患者术后预后的一个新的潜在标记物。 展开更多

关键词 长链非编码RNA 癌 肝细胞 实时荧光定量pcr 预后

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桉蝙蛾3龄幼虫嗅觉结合蛋白的高表达量与其寄主选择时期的一致性 被引量：1

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作者 邱峙嵩 陈晓 +1 位作者 马洪轩 胡平 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期711-718,共8页

为分析桉蝙蛾Endoclita signifer幼虫嗅觉蛋白中结合蛋白(OBPs+CSPs)在不同龄期和体段的表达,揭示桉蝙蛾幼虫结合蛋白的时空表达谱,基于表达谱阐明其与幼虫寄主选择行为的关系,本研究利用qRT-PCR分析桉蝙蛾幼虫结合蛋白在4个龄期和3个... 为分析桉蝙蛾Endoclita signifer幼虫嗅觉蛋白中结合蛋白(OBPs+CSPs)在不同龄期和体段的表达,揭示桉蝙蛾幼虫结合蛋白的时空表达谱,基于表达谱阐明其与幼虫寄主选择行为的关系,本研究利用qRT-PCR分析桉蝙蛾幼虫结合蛋白在4个龄期和3个体段中的表达。在各龄期幼虫的头部中,EsigOBP2、EsigOBP5、EsigOBP8、EsigGOBP2、EsigGOBP3、EsigGOBP6、EsigCSP1和EsigCSP2均在3龄幼虫头部显著地高量表达,同时82.4%的结合蛋白在幼龄幼虫(3龄和5龄)的某个体段表达量最高。此外,47.1%和35.3%的结合蛋白在桉蝙蛾幼虫腹部和胸部的表达量最高。以上筛选出的8个结合蛋白是桉蝙蛾3龄幼虫在地栖转树栖过程中,参与寄主识别最主要的蛋白;且结合蛋白在3龄幼虫头部的显著高量表达与3龄幼虫转移栖息地和选择寄主相一致,同时结合蛋白在幼龄幼虫中的高量表达可能与选择寄主后幼龄幼虫对寄主挥发物的适应相一致;本研究支持了桉蝙蛾幼龄幼虫寄主选择的推测。与其他昆虫一致,结合蛋白在桉蝙蛾幼虫的腹部和胸部(非嗅觉部位)高量表达,其功能有待解读。 展开更多

关键词 桉蝙蛾 幼虫 嗅觉蛋白 时空表达 实时荧光定量pcr

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木香花抗黑斑病基因RbRdr1的克隆与表达分析 被引量：2

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作者 范元兰 张真建 +6 位作者 陈宇春 蹇洪英 晏慧君 张颢 周宁宁 王其刚 邱显钦 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期2716-2724,共9页

月季黑斑病是由真菌蔷薇盘二孢(Marssonina rosae)引起的。本研究以高抗黑斑病菌的野生种木香花(Rosa banksiae)作为实验材料,采用TA克隆法和RACE技术,克隆获得抗黑斑病候选基因RbRdr1 (GenBank登录号MK584935),并对其进行相关生物信息... 月季黑斑病是由真菌蔷薇盘二孢(Marssonina rosae)引起的。本研究以高抗黑斑病菌的野生种木香花(Rosa banksiae)作为实验材料,采用TA克隆法和RACE技术,克隆获得抗黑斑病候选基因RbRdr1 (GenBank登录号MK584935),并对其进行相关生物信息学分析。序列分析结果显示, RbRdr1含有1个3 396 bp的完整的开放阅读框,能编码1 131个氨基酸;其编码的蛋白是一个亲水性蛋白,亚细胞定位于线粒体及过氧化物酶体上,不具有信号肽及跨膜结构域。氨基酸同源序列多重比对发现,该基因与野蔷薇(R.multiflora)和玫瑰(R.rugosa)具有较高的同源性,其中与野蔷薇同源性为86%,玫瑰同源性为84%。实时荧光定量PCR结果表明,该基因在木香花不同组织中均有表达且存在组织特异性,在幼叶及成熟叶中的表达量相对较高,在根、茎及花瓣中的表达量相对较低。RbRdr1基因在受黑斑病菌侵染不同时期的成熟叶片中,其相对表达量均表现为诱导积极上调,且在侵染6 h最高。综上, RbRdr1基因可能参与了木香花与黑斑病菌早期的互作过程。 展开更多

关键词 木香花 黑斑病菌 RbRdr1基因 RACE技术 生物信息学分析 实时荧光定量pcr

原文传递

虎杖PcMYB1基因实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：1

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作者 林艳丽 李鲁汉 +6 位作者 廖辉 覃建兵 伍翔 王岩岩 吴端阳 张鸿杰 柳忠玉 《长江大学学报（自然科学版）》 CAS 2020年第3期91-94,I0007,共5页

为建立实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测虎杖(Polygonum cuspidatum)转录因子PcMYB1基因表达的方法,将PcMYB1基因的ORF片段亚克隆于pUC19载体,得到重组质粒pUC19-PcMYB1,再以pUC19-PcMYB1作为标准样品,建立目的基因的标准曲线,优化qRT-PCR... 为建立实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测虎杖(Polygonum cuspidatum)转录因子PcMYB1基因表达的方法,将PcMYB1基因的ORF片段亚克隆于pUC19载体,得到重组质粒pUC19-PcMYB1,再以pUC19-PcMYB1作为标准样品,建立目的基因的标准曲线,优化qRT-PCR反应体系与反应条件,分析qRT-PCR的灵敏度。结果表明,在qRT-PCR体系中,退火温度为54.1℃时检测结果最好;构建的目的基因标准曲线,其循环阈值与模板拷贝数对数值呈良好的线性关系,扩增效率为92.3%;该方法最低可检测101copies/μL的目的基因。 展开更多

关键词 虎杖(Polygonum cuspidatum) PcMYB1基因 MYB转录因子 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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受条锈菌诱导的小麦丝氨酸苏氨酸激酶基因TaS/TK的克隆与表达 被引量：8

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作者 蒋正宁 别同德 +3 位作者 赵仁惠 高德荣 吴旭江 张伯桥 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第5期980-986,共7页

以小麦基因芯片数据获得的1个受条锈病菌诱导上调表达的EST序列为探针,从小麦中克隆抗条锈病相关基因TaS/TK,并对其序列特征、进化关系和表达特征进行分析。结果表明:TaS/TK基因c DNA全长为1 582 bp,包含1 239 bp的ORF、139 bp的5'... 以小麦基因芯片数据获得的1个受条锈病菌诱导上调表达的EST序列为探针,从小麦中克隆抗条锈病相关基因TaS/TK,并对其序列特征、进化关系和表达特征进行分析。结果表明:TaS/TK基因c DNA全长为1 582 bp,包含1 239 bp的ORF、139 bp的5'UTR以及240 bp的3'UTR,编码412个氨基酸,分子量47 120,等电点为5.84,并将其定位于小麦5B染色体;SMART软件分析结果表明TaS/TK仅存在1个典型的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶结构域;经激酶区Blastp比对分析,TaS/TK与其他植物同源性较低,与同源性最高的短柄草仅为59%;qRT-PCR检测结果显示,TaS/TK在小麦茎、叶中均有表达,但在根中低水平表达;TaS/TK在抗病小麦、感病小麦中均受条锈菌诱导表达,但在抗病材料中表达水平明显高于感病材料;同时,TaS/TK受水杨酸诱导上调表达。以上结果表明TaS/TK可能参与小麦SA信号通路中对条锈病菌的抗性反应。 展开更多

关键词 小麦 条锈病 丝氨酸苏氨酸激酶基因 实时定量pcr

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miR-155-5p表达水平与鼻咽癌远处转移及预后的关系 被引量：6

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作者 黄永塔 叶秋容 +3 位作者 翁敬锦 李玲 温宗华 莫祥兰 《中国临床新医学》 2018年第9期851-854,共4页

目的检测miR-155-5p在鼻咽癌组织中的表达水平,探讨miR-155-5p与远处转移及临床预后的关系。方法收集有远处转移(转移组)和仅有原发病灶(非转移组)鼻咽癌活检标本共60例,应用实时荧光定量-PCR(QRT-PCR)方法检测鼻咽癌中miR-155-5p的表... 目的检测miR-155-5p在鼻咽癌组织中的表达水平,探讨miR-155-5p与远处转移及临床预后的关系。方法收集有远处转移(转移组)和仅有原发病灶(非转移组)鼻咽癌活检标本共60例,应用实时荧光定量-PCR(QRT-PCR)方法检测鼻咽癌中miR-155-5p的表达水平,分析miR-155-5p与临床病理参数及预后的关系。结果远处转移组miR-155-5p表达水平较非转移组显著上调,相对表达量为[(4. 92±5. 52) vs(1. 98±2. 66)](t=-2. 505,P=0. 017)。miR-155-5p表达水平与性别、年龄、发病部位、淋巴结转移、T分期及临床分期等均无明显的相关关系(P> 0. 05)。以miR-155-5p相对表达量中位值2-△△Ct=1. 66为截断值,Kaplan-Meier生存曲线和Log-rank检验结果显示,miR-155-5p高表达组鼻咽癌患者5年总生存率明显低于低表达组(χ2=4. 18,P=0. 041)。结论 miR-155-5p表达水平与鼻咽癌远处转移密切相关,可能成为辅助判断患者预后的生物学指标。 展开更多

关键词 鼻咽癌 miR-155-5p 实时荧光定量-pcr 转移

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铁皮石斛M型硫氧还蛋白基因的分子特征 被引量：3

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作者 张岗 唐志书 +3 位作者 李依民 沈霞 孙静 张朋 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期458-464,共7页

利用RT-PCR和RACE技术,从珍稀濒危兰科药用植物铁皮石斛中分离到1个编码M型硫氧还蛋白(TRX)基因cDNA全长,命名为DoTRXm1(GenBank注册号KC178573)。序列分析结果表明,DoTRXm1基因长850bp,ORF(570bp)编码1条由189个氨基酸组成的肽链,分子... 利用RT-PCR和RACE技术,从珍稀濒危兰科药用植物铁皮石斛中分离到1个编码M型硫氧还蛋白(TRX)基因cDNA全长,命名为DoTRXm1(GenBank注册号KC178573)。序列分析结果表明,DoTRXm1基因长850bp,ORF(570bp)编码1条由189个氨基酸组成的肽链,分子量20.32kD,等电点9.44;DoTRXm1蛋白具有保守的硫氧还蛋白结构域(第87～187位氨基酸)和催化位点(106～124)。多序列比对和系统进化分析结果显示,DoTRXm1与植物M型TRXs基因有较高相似性(53%～70%),与水稻、玉米以及高粱等单子叶植物TRXs聚在1个分支,隶属于M型TRXs基因进化系统的Ⅱ类群。实时定量PCR分析显示,DoTRXm1基因为组成型表达,其转录本在石斛根中的相对表达量较高,为叶中的5.63倍,茎中次之(2.35倍),叶中最低。该研究为进一步解析DoTRXm1在铁皮石斛生长发育、逆境胁迫等过程中的生物学功能奠定基础。 展开更多

关键词 铁皮石斛 硫氧还蛋白 基因表达 实时定量pcr

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家蚕微孢子虫水通道蛋白基因NbAQP的克隆及表达特征分析 被引量：1

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作者 王玮 陈功 +4 位作者 彭祥然 李孝良 唐旭东 徐莉 沈中元 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期662-667,共6页

水通道蛋白(aquaporin,AQP)是在动物、植物、微生物细胞膜上发现的能够高选择性透过水分的一类通道蛋白。通过克隆家蚕微孢子虫(Nosema bombycis,Nb)的AQP基因,并分析其表达特征,为研究AQP在Nb孢子侵染宿主细胞时调节孢子内渗透压的作... 水通道蛋白(aquaporin,AQP)是在动物、植物、微生物细胞膜上发现的能够高选择性透过水分的一类通道蛋白。通过克隆家蚕微孢子虫(Nosema bombycis,Nb)的AQP基因,并分析其表达特征,为研究AQP在Nb孢子侵染宿主细胞时调节孢子内渗透压的作用积累基础信息。依据从Microsporidia DB和MIPModDB数据库比对获得的序列设计引物,以家蚕微孢子虫基因组DNA为模板克隆了NbAQP基因,该基因大小为750 bp,编码蛋白质分子质量为26.66 k D,具有MIP超家族水通道蛋白的保守跨膜结构域。用半定量RT-PCR和实时荧光定量PCR的方法,在Nb孢子感染宿主家蚕的7 d内,家蚕中肠组织中都能检测到NbAQP基因的表达,自感染后2 d开始,NbAQP基因的表达水平开始明显上升,直至感染后7 d达到最高水平。NbAQP基因的高水平表达时相与家蚕添食Nb孢子后中肠组织中成熟Nb孢子大量出现的时间相一致,初步推测NbAQP可能在家蚕微孢子虫成熟孢子发芽时的孢子内渗透压调节中起到重要作用。 展开更多

关键词 家蚕微孢子虫 水通道蛋白 基因克隆 表达特征 家蚕中肠组织 实时荧光定量pcr

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