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甘蔗基因表达定量PCR分析中内参基因的选择 被引量:53
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作者 阙友雄 许莉萍 +3 位作者 徐景升 张积森 张木清 陈如凯 《热带作物学报》 CSCD 2009年第3期274-278,共5页
以甘蔗接种黑穗病菌后0、6、12、24、48、60和72h时间点的材料为研究对象,应用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,Real-timeqPCR)技术,探讨25SrRNA、GAPDH、β-actin和β-tubulin4个内参基因mRNA水平的表达情况。经geNorm程... 以甘蔗接种黑穗病菌后0、6、12、24、48、60和72h时间点的材料为研究对象,应用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,Real-timeqPCR)技术,探讨25SrRNA、GAPDH、β-actin和β-tubulin4个内参基因mRNA水平的表达情况。经geNorm程序统计学分析,4种内参基因的表达稳定性各异,25SrRNA>GAPDH>β-actin>β-tubulin,其中以25SrRNA表达稳定性最好,且根据该基因设计的两对定量PCR引物都是可行的。同时,甘蔗PPO基因表达特性的定量PCR分析也显示,甘蔗PPO基因与植物的抗病性相关。结果显示,研究中所筛选的内参基因是合适的。 展开更多
关键词 内参基因 geNorm程序 基因表达 实时定量PCR 多酚氧化酶基因
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同步硝化反硝化SBBR处理低C/N比生活污水的启动与稳定运行 被引量:23
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作者 张建华 彭永臻 +3 位作者 张淼 孙雅雯 王淑莹 王聪 《化工学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第11期4817-4824,共8页
以低C/N比实际生活污水为处理对象,聚氨酯海绵填料为生物载体(填料填充率25%),采用逐步提高氮负荷的方式,在较短的时间内(98 d)成功启动了同步硝化反硝化(simultaneous nitrification and denitrification,SND)的序批式生物膜反应器(seq... 以低C/N比实际生活污水为处理对象,聚氨酯海绵填料为生物载体(填料填充率25%),采用逐步提高氮负荷的方式,在较短的时间内(98 d)成功启动了同步硝化反硝化(simultaneous nitrification and denitrification,SND)的序批式生物膜反应器(sequencing batch biofilm reactor,SBBR)。实时定量PCR(real-time qualitative polymerase chain reaction,real-time q PCR)结果表明系统内硝化菌得到富集。在稳定运行期间,系统对有机物及氮的去除效果良好,平均出水COD、4NH-N+、TN分别为38.28 mg·L-1、1.23 mg·L-1、8.23 mg·L-1。微生物将大部分碳源以聚羟基脂肪酸酯(poly-β-hydroxyalkanoate,PHA)的形式储存至体内,系统内3NO-N-的去除主要通过内源反硝化作用,且反硝化过程基本无2NO-N-积累,平均SND率为70.57%,TN去除率高达82.95%。由于硝化反应和反硝化反应在同一反应器内同时进行,反硝化过程产生的碱度可补充硝化过程消耗的碱度,维持系统内p H的相对稳定。此外,可以通过DO和p H的变化判断SND的进行状态,有效地控制反应时间,节省动力消耗。 展开更多
关键词 低C/N比 SND 生物膜 real-time q PCR PHA
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温度对粘质沙雷氏菌合成灵菌红素的影响 被引量:16
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作者 徐虹 徐美娟 +1 位作者 杨套伟 饶志明 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期517-524,共8页
【目的】研究粘质沙雷氏菌(Serratia marcecens JNB5-1)在不同发酵温度(28℃和37℃)条件下蛋白质组的差异表达,探究粘质沙雷氏菌合成灵菌红素受温度调控的原因。【方法】利用二维凝胶电泳(2-DE)和基质辅助激光解析电离飞行时间串联质谱... 【目的】研究粘质沙雷氏菌(Serratia marcecens JNB5-1)在不同发酵温度(28℃和37℃)条件下蛋白质组的差异表达,探究粘质沙雷氏菌合成灵菌红素受温度调控的原因。【方法】利用二维凝胶电泳(2-DE)和基质辅助激光解析电离飞行时间串联质谱技术(MALDI-TOF-MS)分离和鉴定粘质沙雷氏菌在不同发酵温度(28℃和37℃)条件下的差异蛋白;再利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)进一步分析挑选出的七个差异蛋白编码基因的转录水平。【结果】2-DE图谱显示,共鉴定到16个显著差异的蛋白点。其中,灵菌红素合成途径中的氧甲基转移酶(PigF)、氧化还原酶(PigN)和参与灵菌红素前体物质(脯氨酸、甲硫氨酸、丝氨酸、二辛烯醛和丙二酰-CoA等)代谢的相关蛋白(酶)的表达量在37℃条件下都出现极显著的下降;热休克蛋白(Hsp60)、超氧化物歧化酶(Superoxide dismutase)等应急性蛋白在37℃条件下表达上调。通过RT-qPCR证实,氧甲基转移酶、氧化还原酶和转酮醇酶基因(transketolase)在37℃条件下的转录水平均低于28℃条件下的。【结论】S.marcecens JNB5-1在相对低温(28℃)条件下产灵菌红素,相对高温(37℃)条件下不产灵菌红素。可能是高温(37℃)显著抑制了灵菌红素合成相关酶的表达。 展开更多
关键词 氧甲基转移酶 氧化还原酶 实时荧光定量PCR 温度调控 粘质沙雷氏菌
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生物有机肥对田间蔬菜根际土壤中病原菌和功能菌组成的影响 被引量:13
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作者 张鹏 王小慧 +2 位作者 李蕊 冉炜 沈其荣 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期381-387,共7页
利用实时荧光定量PCR方法对田间条件下连作番茄和辣椒施用生物有机肥(BOF)和常规施肥(CK)的根际土壤微生物中青枯病原菌和功能菌群(固氮菌和荧光假单胞菌)的数量进行定量研究。结果表明:与CK相比,BOF处理的番茄和辣椒产量分别提高了26.0... 利用实时荧光定量PCR方法对田间条件下连作番茄和辣椒施用生物有机肥(BOF)和常规施肥(CK)的根际土壤微生物中青枯病原菌和功能菌群(固氮菌和荧光假单胞菌)的数量进行定量研究。结果表明:与CK相比,BOF处理的番茄和辣椒产量分别提高了26.0%和19.9%,青枯病发病率分别降低了41.5%和44.7%,番茄和辣椒植株根际土壤固氮菌数量分别增加了23.5%和25.8%、荧光假单胞菌数量分别增加了29.5%和20.2%、病原菌数量分别减少了73.2%和90.1%。生物有机肥能够调控根际微生物区系的组成,降低土传病害的发病率,促进作物健康生长;实时荧光定量PCR方法能够快速准确地检测根际土壤中功能微生物种群数量变化。 展开更多
关键词 荧光定量PCR 生物有机肥 根际土壤 青枯病 固氮菌 荧光假单胞菌
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江苏省代表性水源地抗生素及抗性基因赋存现状 被引量:12
5
作者 王龙飞 程逸群 +2 位作者 胡晓东 朱金鑫 李轶 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第2期749-760,共12页
抗生素和抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)是环境中重要的新兴污染物,为探明江苏省代表性水源地多种环境介质中抗生素和ARGs的污染水平及影响因素,于2018年12月和2019年6月采集苏北、苏中和苏南的5处代表性集中式饮用... 抗生素和抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)是环境中重要的新兴污染物,为探明江苏省代表性水源地多种环境介质中抗生素和ARGs的污染水平及影响因素,于2018年12月和2019年6月采集苏北、苏中和苏南的5处代表性集中式饮用水水源地取水口处水体、表层沉积物和石相附着生物膜样品,对3种介质中10种代表性抗生素浓度、1类整合子酶基因intl1和7种代表性ARGs的绝对丰度进行检测分析.结果表明,5处水源地中目标抗生素和ARGs处于较低赋存水平.磺胺类抗生素在水体、表层沉积物和附着生物膜中的赋存量分别为NF(未检出)~37.4 ng·L^(-1),NF~47.3 ng·g^(-1)和NF~3759.1 ng·g^(-1).喹诺酮类抗生素在3种介质中的浓度和含量分别为NF~5.3 ng·L^(-1)、0.4~32.5 ng·g^(-1)和NF~4220.9ng·g^(-1).目的ARGs中,sul1、sul2、tetW和tetQ的检出率为100%,其中磺胺类抗生素ARGs,即sul1和sul2基因丰度最高.表层沉积物和附着生物膜中的ARGs丰度相当,高于水体中ARGs的丰度.网络分析结果表明,所属拟杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、疣微菌门和放线菌门的细菌最有可能成为代表性水源地中ARGs的潜在宿主,在ARGs的扩散和转移过程中起重要作用.研究结果对于江苏省集中式饮用水源地水环境质量状况评估和水质安全保障具有一定的科学指导意义. 展开更多
关键词 水源地 抗生素 抗生素抗性基因(ARGs) 赋存特征 荧光实时定量PCR
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鸭疫里默氏杆菌实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用研究 被引量:10
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作者 谢永平 盘宝进 +3 位作者 陈泽祥 许力干 杨威 韦梅良 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2010年第10期87-92,共6页
根据GenBank登录的鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白(OmpA)基因保守区序列,设计引物和探针,建立了直接检测鸭疫里默氏杆菌的实时荧光定量PCR快速方法。10倍梯度稀释RA菌株制备DNA模板测定方法的灵敏度,结果可在8.0×103CFU/mL浓度下特异地检... 根据GenBank登录的鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白(OmpA)基因保守区序列,设计引物和探针,建立了直接检测鸭疫里默氏杆菌的实时荧光定量PCR快速方法。10倍梯度稀释RA菌株制备DNA模板测定方法的灵敏度,结果可在8.0×103CFU/mL浓度下特异地检测出目的菌,最低能检测到RA的DNA模板为8.0拷贝/μL;对鸭源大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌、变形杆菌、金黄色葡萄球菌进行检测,结果均为阴性,建立的实时荧光定时PCR方法特异性强。用RA菌株人工感染雏鸭,感染后定时采集咽喉拭子、泄殖腔拭子、心血、肝脏、肺脏、脑,分别用实时荧光定量PCR检测,对脏器进行病原菌分离。结果表明,1/10半数致死量接种组,感染后8 h从心血、肝脏、脑组织检测到RA核酸,16 h后全部试样呈阳性;24 h首先从肝脏分离到RA,心血、肝脏、肺脏、脑组织均分离出RA。心血和脏器RA实时荧光定量PCR阳性检出率为63.8%(51/80),RA分离率为28.8%(23/80)。10个半数致死量接种组,1 h即可从咽喉拭子、心血和肝检测到RA核酸,5 h全部样品为阳性;5 h从肺和脑分离到RA。RA人工感染鸭的心血、肝脏、肺脏、脑实时荧光定量PCR阳性检出率为86.3%(69/80),RA分离率为60%(48/80)。用加热裂解法提取样品RA DNA只需30 min,建立的实时荧光定量PCR检测RA只需2 h,适用于RA的快速诊断、流行病学调查、种鸭引进隔离检疫、活鸭及其产品国内市场和进出口检验检疫。 展开更多
关键词 鸭疫里默氏杆菌 实时荧光定量PCR 快速检测 敏感性 特异性
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土壤中黑胫病菌荧光定量PCR快速检测体系的建立及初步应用 被引量:10
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作者 潘明森 王震铄 +1 位作者 方敦煌 姬广海 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期712-718,共7页
为建立土壤中黑胫病菌的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR快速检测方法,依据疫霉菌特异性par A1基因序列差异位点,设计1对特异性引物。通过构建含有目的片段的重组质粒,建立标准曲线,以SYBR GreenⅠ荧光染料法对烟草黑胫病菌进行荧光定量PC... 为建立土壤中黑胫病菌的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR快速检测方法,依据疫霉菌特异性par A1基因序列差异位点,设计1对特异性引物。通过构建含有目的片段的重组质粒,建立标准曲线,以SYBR GreenⅠ荧光染料法对烟草黑胫病菌进行荧光定量PCR检测,检测灵敏度达1×102个/g土壤,建立了基于SYBR GreenⅠ荧光染料法的荧光定量PCR的快速定量检测体系,并对云南、四川烟草主要栽培区土壤进行检测。表明该体系可以对烟草不同时期的田间土壤黑胫病菌的数量进行动态监测,可用于烟草黑胫病的预测和防治。 展开更多
关键词 黑胫病菌 parA1基因 SYBR GreenⅠ 荧光定量PCR
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小花棘豆和变异黄芪内生真菌显微分布及定量检测 被引量:10
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作者 周启武 于龙凤 +2 位作者 路浩 曹丹丹 赵宝玉 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期572-581,共10页
【目的】了解内蒙古阿拉善和宁夏天然草原的小花棘豆和变异黄芪不同组织中内生真菌Undifilum oxytropis的显微分布特点和含量分布规律。【方法】通过石蜡切片结合乳酸酚棉蓝染色法观察,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)进行定量研究,获得... 【目的】了解内蒙古阿拉善和宁夏天然草原的小花棘豆和变异黄芪不同组织中内生真菌Undifilum oxytropis的显微分布特点和含量分布规律。【方法】通过石蜡切片结合乳酸酚棉蓝染色法观察,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)进行定量研究,获得各组织(茎、叶、种子和根)中内生真菌分布和含量。【结果】种子中内生真菌主要定殖于种皮栅栏组织与薄壁组织两层的细胞间隙;叶片组织主要定殖于靠近气孔的表皮细胞层,茎髓中内生真菌围绕于茎髓质维管束纵轴边缘的薄壁细胞层中;RT-qPCR的检测限为0.029 pg/ng总DNA,各采样点相应组织内生真菌含量不同,两采样点小花棘豆种子中U.oxytropis含量均为最高,叶和茎相反,两地变异黄芪为种子中最高,根最低,叶和茎相反。【结论】内生真菌寄生在植物组织时对宿主组织和细胞类型均有选择性,生境对疯草中内生真菌的定殖和分布也有影响。 展开更多
关键词 小花棘豆 变异黄芪 疯草 内生真菌 显微分布 荧光定量PCR
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白纹伊蚊基因表达定量PCR内参基因的选择 被引量:9
9
作者 吴家红 程金芝 +1 位作者 孙宇 陈璐 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期432-435,共4页
目的筛选白纹伊蚊基因表达定量PCR研究中适合的内参基因。方法采用实时荧光定量PCR技术,对β-ac-tin、BTF3a、rsp5、rsp27a、superoxide、rspL40六个看家基因的mRNA表达水平进行了探讨。结果除rsp27a基因扩增效率高于设定值被剃除外,余... 目的筛选白纹伊蚊基因表达定量PCR研究中适合的内参基因。方法采用实时荧光定量PCR技术,对β-ac-tin、BTF3a、rsp5、rsp27a、superoxide、rspL40六个看家基因的mRNA表达水平进行了探讨。结果除rsp27a基因扩增效率高于设定值被剃除外,余5个基因在不同组织中的表达稳定度为rspL40,BTF3a>rsp5>β-actin>superoxide;吸血不同时相表达稳定度为rspL40,rsp5>superoxide>BTF3a>β-actin。结论 rspL40,BTF3在不同组织中表达最稳定;rspL40,rsp5在吸血不同时相表达最稳定。 展开更多
关键词 白纹伊蚊 实时荧光定量PCR 内参基因 基因表达
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TaqMan探针法实时荧光定量PCR检测西瓜潜隐病毒 被引量:9
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作者 赵立群 邱艳红 +6 位作者 张晓飞 刘慧 杨静静 张建 张海军 徐秀兰 温常龙 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第20期4337-4347,共11页
【目的】西瓜潜隐病毒(Citrullus lanatus cryptic virus,CiLCV)是近年来新发生的一种重要种传病害,研究旨在建立基于TaqMan探针法的实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR with TaqMan probes,TaqMan-qPCR)检测技术... 【目的】西瓜潜隐病毒(Citrullus lanatus cryptic virus,CiLCV)是近年来新发生的一种重要种传病害,研究旨在建立基于TaqMan探针法的实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR with TaqMan probes,TaqMan-qPCR)检测技术,为开展种子、种苗带毒鉴定和病害防控提供技术支撑。【方法】通过基于小RNA高通量测序技术在北京西瓜产地发现了CiLCV,并克隆CiLCV的dsRNA1和dsRNA2全长序列,设计特异性引物建立RT-PCR和TaqMan-qPCR检测方法。以黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottled mosaic virus)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus)、甜瓜内源病毒(Cucumis melo endornavirus)、瓜类褪绿病毒(cucurbit chlorotic yellows virus)、南瓜花叶病毒(squash mosaic virus)、番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus)、西瓜花叶病毒(watermelon mosaic virus)、小西葫芦黄花叶病毒(zucchini yellow mosaic virus)8种常见病毒为对照进行检测方法特异性分析;利用建立的实时荧光定量标准曲线对方法灵敏度进行评价;进一步利用TaqMan-qPCR和RT-PCR技术监测我国葫芦科作物主产区的西瓜、黄瓜、甜瓜和南瓜(砧木)种苗带毒情况。【结果】通过分析获得的高质量小RNA数据,发现17条组装的contig与CiLCV基因组有较好同源性。进一步克隆获得CiLCV的dsRNA1和dsRNA2序列全长(分别为1603和1466 nt),发现其与河南省鉴定出的CiLCV同源性高达99.4%和99.8%(GenBank number KY081285、KY081284)。建立的RT-PCR检测技术对CiLCV有单一扩增条带;建立的TaqMan-qPCR检测技术具有较好特异性和灵敏度,且能够检测到最低拷贝数为2×10^(3)的病毒,灵敏度是RT-PCR的100倍。同时,发现有1份来自北京的西瓜种苗检出了CiLCV,而其余地区的西瓜、黄瓜、甜瓜和南瓜(砧木)种苗均未检出该病毒,表明我国葫芦科作物主产区种苗带毒情况总体不高。【结论】建立的TaqMan-qPCR检测CiLCV技术特异性强、灵敏度高,适用于口岸和实 展开更多
关键词 西瓜潜隐病毒 实时荧光定量PCR TaqMan探针法 葫芦科作物 种传病害
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土壤镰孢菌Real-Time QPCR定量方法的建立及应用 被引量:8
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作者 魏巍 许艳丽 +4 位作者 刘金波 李春杰 韩晓增 李文滨 李淑娴 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期655-658,662,共5页
基于镰孢菌ITS序列,设计一对应用于实时荧光定量PCR(Real-Time QPCR)反应的镰孢菌属特异性引物TS和TR,并建立了相应的Real-Time QPCR体系。应用该反应体系,绝对定量了无肥(NF)、化肥(NP)以及化肥配施有机肥(NPM)等3种施肥措施下大豆田... 基于镰孢菌ITS序列,设计一对应用于实时荧光定量PCR(Real-Time QPCR)反应的镰孢菌属特异性引物TS和TR,并建立了相应的Real-Time QPCR体系。应用该反应体系,绝对定量了无肥(NF)、化肥(NP)以及化肥配施有机肥(NPM)等3种施肥措施下大豆田土壤镰孢菌DNA含量。结果表明:引物TS和TR对镰孢菌属真菌有较好的特异性;Real-Time QPCR反应的扩增曲线中各梯度浓度标准品的循环阈值(Ct值)间隔均匀,熔点曲线无杂峰,标准曲线的相关系数R2=0.993,斜率为-0.2927;在大豆生育时期的苗期,NF、NP及NPM措施下土壤镰孢菌总DNA每克干土中含量分别为18.33、44.61和140.83 pg,且NPM措施含量极显著高于NF及NP措施(P<0.01)。 展开更多
关键词 镰孢菌 实时荧光定量PCR 绝对定量
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红螯螯虾虹彩病毒在两种螃蟹内的研究 被引量:8
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作者 潘长坤 袁会芳 +2 位作者 王甜甜 杨丰 陈建明 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2017年第1期82-86,共5页
最近报道从患病的红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)中分离出一种新的虹彩病毒,被暂时命名为红螯螯虾虹彩病毒.它还能感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)和凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei),为了探究红螯螯虾虹彩病毒是否能够感染同... 最近报道从患病的红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)中分离出一种新的虹彩病毒,被暂时命名为红螯螯虾虹彩病毒.它还能感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)和凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei),为了探究红螯螯虾虹彩病毒是否能够感染同属于甲壳纲、十足目的螃蟹.选取中华绒鳌蟹(Eriocheir sinensis)和粗腿厚纹蟹(Pachygrapsus crassipes)作为实验对象,应用实时荧光定量PCR技术和透射电子显微镜技术,结论证明了红螯螯虾虹彩病毒能够感染中华绒鳌蟹和粗腿厚纹蟹.推测其他蟹类也可能是其潜在的宿主,这暗示着红螯螯虾虹彩病毒对螃蟹的养殖是一种潜在的威胁. 展开更多
关键词 海洋生物学 红螯螯虾虹彩病毒 中华绒鳌蟹 粗腿厚纹蟹 实时荧光定量PCR
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乳腺癌患者血浆中三种microRNA的表达水平分析 被引量:7
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作者 张学营 甄林林 +3 位作者 韩学东 施建华 邱小兰 宋玮 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期136-140,共5页
目的:分析乳腺癌患者血浆、血清中三种microRNA(miRNA)的表达水平,探讨血浆、血清中miRNA表达水平之间关系以及血浆中miRNA作为乳腺癌肿瘤标志物的可行性。方法:于2010年12月至2011年3月间收集符合入选条件的31例患者的血液标本,分离血... 目的:分析乳腺癌患者血浆、血清中三种microRNA(miRNA)的表达水平,探讨血浆、血清中miRNA表达水平之间关系以及血浆中miRNA作为乳腺癌肿瘤标志物的可行性。方法:于2010年12月至2011年3月间收集符合入选条件的31例患者的血液标本,分离血浆、血清,提取其中miRNA,通过定量PCR,检测其中miR-31、miR-155及miR-200c表达水平。结果:三种miRNA在血清、血浆中表达水平基本相同;乳腺癌患者血浆中的miR-155较非乳腺癌表达上调,miR-200c表达下调;两组间miR-31表达差异无统计学意义;miR-155的表达与肿瘤的大小、淋巴结转移、临床病理分期、ER、PR表达状态有关;miR-200c的表达与肿瘤的大小、淋巴结转移、临床病理分期、ER表达状态有关,与PR的表达状态无关;miR-31的表达与肿瘤的大小有关,与淋巴结转移、临床病理分期、ER、PR表达状态无关。结论:乳腺癌患者血清、血浆中三种miRNA的表达水平相同;血浆中三种miRNA的表达与乳腺癌的临床病理特征密切相关,因此血浆中miRNA有望成为乳腺癌新一代的肿瘤标志物。 展开更多
关键词 乳腺癌 微小RNA 血清 血浆 实时定量PCR
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红苞凤梨实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选 被引量:7
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作者 李瑞雪 余三淼 +4 位作者 李夏 熊颖媛 蔺珍 唐琰琪 马均 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期250-256,共7页
为筛选表达稳定的内参基因,以红苞凤梨(Ananas comosus var.bracteatus)不同发育时期的全绿、全白苗为材料,对10个组成型表达基因EF1、UBQ、ACT、GADPH、Histone、TUA、TUB、18S、elf-5A、α-tubulin进行筛选,并分析PetF基因的表达模式... 为筛选表达稳定的内参基因,以红苞凤梨(Ananas comosus var.bracteatus)不同发育时期的全绿、全白苗为材料,对10个组成型表达基因EF1、UBQ、ACT、GADPH、Histone、TUA、TUB、18S、elf-5A、α-tubulin进行筛选,并分析PetF基因的表达模式。结果表明,10个候选内参基因在红苞凤梨全绿、全白苗不同生长阶段中的表达稳定性不同。红苞凤梨不同生长时期以Histone和α-tubulin为最适内参基因,而全绿苗和全白苗的对比分析以18S、EF1和α-tubulin为最理想的内参组合。PetF基因在红苞凤梨发育过程及绿、白苗对比分析中的表达水平变化趋势一致,因此,所选的内参基因是合适的。 展开更多
关键词 红苞凤梨 实时荧光定量PCR 内参基因
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土壤木霉菌实时荧光定量PCR检测体系的建立及应用 被引量:6
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作者 魏巍 许艳丽 +3 位作者 朱琳 董楠 韩晓增 Li S 《土壤与作物》 2013年第1期53-58,共6页
基于木霉菌属真菌内转录间隔区(ITS)序列,设计特异性引物DG和DT应用于土壤木霉菌属基因组DNA的实时荧光定量检测,并建立相应的实时荧光定量PCR体系。应用该反应体系对黑土区长期无施肥(NF)、长期施用N、P化肥(NP)以及长期配施N、P化肥... 基于木霉菌属真菌内转录间隔区(ITS)序列,设计特异性引物DG和DT应用于土壤木霉菌属基因组DNA的实时荧光定量检测,并建立相应的实时荧光定量PCR体系。应用该反应体系对黑土区长期无施肥(NF)、长期施用N、P化肥(NP)以及长期配施N、P化肥和有机肥(NPM)3种方式下大豆田土壤木霉菌基因组DNA进行绝对定量检测。结果表明,引物DG和DT对木霉菌属真菌有较好的特异性;实时荧光定量PCR反应标准曲线相关系数R2=0.993,斜率为-0.2829,而熔点曲线无杂峰;在大豆生育时期的苗期,NF、NP及NPM措施下每克干土中木霉菌基因组DNA含量分别为0.4ng、0.8ng和1.2ng,且NPM措施含量显著高于NF及NP措施(P<0.05)。图4,参17。 展开更多
关键词 木霉菌 实时荧光定量PCR 长期施肥
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中草药添加剂对绵羊瘤胃微生物区系的影响 被引量:6
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作者 贾斌 刘守江 +1 位作者 姜宁 张爱忠 《黑龙江八一农垦大学学报》 2010年第6期49-54,共6页
为研究中草药添加剂对绵羊瘤胃微生物区系的影响,选用15只装有永久性瘤胃瘘管的绵羊羯羊,按完全随机试验设计分为5组。其中4个试验组1个对照组,4个试验组分别添加4个中草药配方。运用分子生物学方法,对瘤胃内三种主要纤维分解菌:黄色瘤... 为研究中草药添加剂对绵羊瘤胃微生物区系的影响,选用15只装有永久性瘤胃瘘管的绵羊羯羊,按完全随机试验设计分为5组。其中4个试验组1个对照组,4个试验组分别添加4个中草药配方。运用分子生物学方法,对瘤胃内三种主要纤维分解菌:黄色瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)和产琥珀酸丝状杆菌(Fibrobacter succinogenes)进行实时定量PCR(real-time qPCR)测定。试验表明:添加中草药添加剂促进纤维分解菌的生长,各试验组中纤维分解菌数量均高于对照组。其中配方Ⅲ能够促进黄色瘤胃球菌(P>0.05)和白色瘤胃球菌(P<0.05)的生长。配方Ⅱ则有效地促进产琥珀酸丝状杆菌的生长(P>0.05)。 展开更多
关键词 中草药 瘤胃微生物 实时定量PCR 绵羊
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牙鲆epigen基因的克隆以及在变态过程中的表达 被引量:6
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作者 谢彩霞 邢巨斌 鲍宝龙 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期577-582,共6页
为了调查表皮细胞分裂原epigen基因是否与牙鲆变态发育有关,分析了从变态期牙鲆仔鱼cDNA文库中测序得到的epigen基因。发现epigen基因编码162个氨基酸,具有信号肽序列,一个跨膜结构域和EGF-like结构域。EGF-like结构域包含有可形成3个... 为了调查表皮细胞分裂原epigen基因是否与牙鲆变态发育有关,分析了从变态期牙鲆仔鱼cDNA文库中测序得到的epigen基因。发现epigen基因编码162个氨基酸,具有信号肽序列,一个跨膜结构域和EGF-like结构域。EGF-like结构域包含有可形成3个二硫键的6个半胱氨酸残基,是表皮生长因子家族的结构特征。此外,利用荧光实时定量RT-PCR,调查了epigen基因在牙鲆眼睛移动过程中的变化。相比眼睛移动之前(17DAH,day after hatching),epigen基因在眼睛移动初期(19DAH)表达明显增强,为17DAH时的2.363倍;而在眼睛移动过程的高峰期(23DAH),表达量明显回落,相对19DAH的表达量降低了80%;变态结束后(27DAH)epigen基因的表达没有重新增强或进一步的回落,提示epigen基因可能与眼睛移动初期的变态发育事件有关,而与变态高峰期和变态后期的发育事件关系不明显。 展开更多
关键词 牙鲆 epigen基因 实时定量PCR 表皮生长因子
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实时荧光定量PCR扩增特异性vapA基因检测杀鲑气单胞菌 被引量:6
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作者 刘帅 王荻 +4 位作者 卢彤岩 曹永生 杨晨 朱国建 李绍戊 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1928-1935,共8页
为实现杀鲑气单胞菌早期快速准确定量检测,研究旨在建立杀鲑气单胞菌的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测方法。根据GenBank中杀鲑气单胞菌毒力阵列蛋白基因(vapA)保守序列设计并合成一对特异性引物,对其特异性、灵敏度... 为实现杀鲑气单胞菌早期快速准确定量检测,研究旨在建立杀鲑气单胞菌的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR(Real-time PCR)检测方法。根据GenBank中杀鲑气单胞菌毒力阵列蛋白基因(vapA)保守序列设计并合成一对特异性引物,对其特异性、灵敏度、可重复性和应用性进行评价。结果显示,研究设计的引物具有良好的种间特异性,仅对杀鲑气单胞菌及其亚种有阳性扩增,与其他细菌不发生交叉反应。构建的Real-time PCR标准曲线质粒拷贝数与循环阈值呈良好的线性关系,扩增所得标准曲线分别为y=–4.8345x+42.535,相关系数R^2为0.998,最低检测限为34拷贝/μL,较常规PCR的灵敏度高出约1000倍。应用建立的方法检测人工感染的虹鳟病样,15个被检样品呈阳性反应,与细菌常规鉴定方法结果一致。研究表明,所建立的基于实时荧光定量PCR技术的杀鲑气单胞菌检测方法快速、特异、灵敏,可用于临床诊断和疫病监测。 展开更多
关键词 虹鳟 杀鲑气单胞菌 vapA基因 实时荧光定量PCR
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渗透胁迫下扁穗冰草生理变化与PLD基因的表达差异 被引量:4
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作者 焦志军 韩冰 +2 位作者 王树彦 黄文华 赵萌莉 《内蒙古农业科技》 2014年第4期1-3,76,共4页
为分析扁穗冰草(Agropyron cristatum)抗旱特性,以扁穗冰草实生苗为研究材料,进行干旱胁迫条件下脯氨酸、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)、丙二醛(MDA)、可溶性糖生理指标的测定及用Real-time qPCR方法分析扁穗冰草PLD基因表达差异... 为分析扁穗冰草(Agropyron cristatum)抗旱特性,以扁穗冰草实生苗为研究材料,进行干旱胁迫条件下脯氨酸、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)、丙二醛(MDA)、可溶性糖生理指标的测定及用Real-time qPCR方法分析扁穗冰草PLD基因表达差异。结果表明,不同渗透胁迫条件下扁穗冰草的脯氨酸、POD和可溶性糖含量的变化以及扁穗冰草PLD基因表达量都与扁穗冰草渗透胁迫相关。 展开更多
关键词 扁穗冰草 渗透胁迫 生理指标 PLD基因 real-time qpcr
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三氯乙烷污染地地下水中Dehalobacter属细菌定量与多样性分析 被引量:4
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作者 靳利蕊 张晓君 +4 位作者 李辉 任红燕 林匡飞 刘勇第 赵立平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1522-1530,共9页
【目的】对某公司6个以1,1,1-三氯乙烷(1,1,1-Trichloroethane,1,1,1-TCA)为主要污染物的地下水样品中的降解微生物Dehalobacter spp.(Dhb)进行相对定量和多样性分析。【方法】采用气相色谱法测定6个样品中1,1,1-TCA、1,1-二氯乙烷(1,1-... 【目的】对某公司6个以1,1,1-三氯乙烷(1,1,1-Trichloroethane,1,1,1-TCA)为主要污染物的地下水样品中的降解微生物Dehalobacter spp.(Dhb)进行相对定量和多样性分析。【方法】采用气相色谱法测定6个样品中1,1,1-TCA、1,1-二氯乙烷(1,1-DCA)和氯乙烷(CA)的浓度;通过定量PCR法分别测定6个样品中Dhb占总菌的百分比;以16S rRNA基因通用引物和Dhb特异性引物扩增获得的PCR产物构建了6个样品的Dhb特异性克隆文库,所得序列与GenBank中的最相似序列构建系统发育树。【结果】6个样品中均有1,1-DCA和(或)CA的检出,推测此6处地下水中1,1,1-TCA可能存在生物降解。定量PCR结果表明,6个样品中Dhb丰度差异较大。6个Dhb特异性克隆文库获得41条序列,序列比对结果表明,与它们最相似的已知分类地位的序列全部属于Dhb属。这些序列按99%的相似性被划分成7个可操作性分类单元(OTU)。其中24条序列属于OTU1,该OTU的序列与已知能降解1,1,1-TCA的Dehalobacter sp.str.TCA1的16S rRNA基因序列相似性达98%;文库中的3个OTU与GenBank中16S rRNA基因序列同源性最高仅为95%?96%。【结论】该污染场地地下水中存在多样性较丰富的降解微生物Dehalobacter属细菌,它们可能与现场的1,1,1-TCA生物降解有关。 展开更多
关键词 1 1 1-三氯乙烷 Dehalobacter 16SrRNA基因克隆文库 real-time qpcr生物降解 多样性
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