期刊文献+
共找到351篇文章
< 1 2 18 >
每页显示 20 50 100
植物DNA条形码技术 被引量:158
1
作者 任保青 陈之端 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期1-12,共12页
DNA条形码技术是利用标准的、具有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段在物种内的特异性和种间的多样性而创建的一种新的生物身份识别系统,从而实现对物种的快速自动鉴定。尽管这一技术在理论上和具体应用上仍存在很多争论,但DNA条... DNA条形码技术是利用标准的、具有足够变异的、易扩增且相对较短的DNA片段在物种内的特异性和种间的多样性而创建的一种新的生物身份识别系统,从而实现对物种的快速自动鉴定。尽管这一技术在理论上和具体应用上仍存在很多争论,但DNA条形码概念自2003年由加拿大分类学家Paul Hebert首次提出后就在世界范围内受到了广泛关注。在植物类群中条形码的研究和应用尚处于探索阶段,稍落后于对动物类群的研究,这主要表现在:(1)DNA条形码的选择及其评价仍没有统一的标准;(2)对类群较全面的形态分类学修订和植物DNA条形码研究的结合十分缺乏;(3)以往研究在取样上尺度较大,而对具体类群的研究较少,一个科或一个属只用有限的种类作为代表,同一种内的取样个体数量也不足,这样虽然表面上看来利用选定的DNA条形码可以较容易地把代表物种区分开,但实际上目前建议的植物DNA条形码(例如由生命条形码咨询委员会植物工作组最近提出的rbcL和matK)由于其分子进化速率较慢,在种级水平上,特别是对于那些经历了适应辐射或快速进化的属来说,分辨率较低。而DNA条形码的应用主要集中在属内物种水平的鉴别,因此只有针对具体类群进行探索研究,发现进化速率较快、分辨率高且通用性好的条形码,才可能为建立完整的条形码数据库起到积极有效的作用。 展开更多
关键词 ITS.matK 形态分类学 植物DNA条形码 rbcl TRNH-PSBA
下载PDF
应用离子选择性电极进行溶液热力学研究──ⅠⅩ.RbCl在水及混合溶剂中相对偏摩尔自由能、焓和熵的测定 被引量:48
2
作者 李林尉 褚德萤 刘瑞麟 《华中师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1998年第2期186-191,共6页
应用Corning一价阳离子选择性电极和Orion氯离子选择性电极组成可逆电池,测定其电动势(E/mV),用扩展的Debye-Hückel公式,求得7个实验温度下(283.15K~318.15K),4个指定组成溶... 应用Corning一价阳离子选择性电极和Orion氯离子选择性电极组成可逆电池,测定其电动势(E/mV),用扩展的Debye-Hückel公式,求得7个实验温度下(283.15K~318.15K),4个指定组成溶剂和浓度的RbCl的活度系数(γ±)及其温度系数(lnγ±/T)p,mi,计算了RbCl在水及混合溶剂(H2O-DMF)中的相对偏摩尔自由能(GB、R)、焓(HB、R)和熵(SB、R),并对RbCl的相对偏摩尔性质的某些变化规律作了初步讨论. 展开更多
关键词 活度系数 氯化铷 溶液热力学 离子选择电极
下载PDF
忍冬科药用植物DNA条形码通用序列的筛选 被引量:31
3
作者 刘震 陈科力 +2 位作者 罗焜 潘宏林 陈士林 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第19期2527-2532,共6页
目的:从4条DNA片段(psbA-trnH,matK,rbcL,和ITS2)中筛选可用于忍冬科药用植物鉴定的DNA条形码通用序列。方法:通过比较各序列的PCR扩增成功率、测序效率、种内和种间变异、barcoding gap和鉴定成功率等指标评价不同序列在忍冬科植物中... 目的:从4条DNA片段(psbA-trnH,matK,rbcL,和ITS2)中筛选可用于忍冬科药用植物鉴定的DNA条形码通用序列。方法:通过比较各序列的PCR扩增成功率、测序效率、种内和种间变异、barcoding gap和鉴定成功率等指标评价不同序列在忍冬科植物中的鉴定能力。结果:对忍冬科13个属,33个物种,58个样本进行分析,ITS2序列在属水平上的鉴定成功率为100.0%,物种水平上的鉴定成功率为96.6%。结论:ITS2序列可以作为忍冬科植物的DNA条形码候选序列,同时推荐psbA-trnH序列作为ITS2序列的补充序列。 展开更多
关键词 DNA条形码 忍冬科 ITS2 PSBA-TRNH MATK rbcl
原文传递
Morphological observation and rbcL gene sequences studies of two new species,Grateloupia dalianensis H.W.Wang et D.Zhao,sp.nov.and G.yinggehaiensis H.W.Wang et R.X.Luan,sp.nov.(Halymeniaceae,Rhodophyta) from China 被引量:32
4
作者 ZHAO Dan WANG Hongwei +2 位作者 SHENG Yingwen LV Jianzhou LUAN Rixiao 《Acta Oceanologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2012年第2期109-120,共12页
A few species in the genus Grateloupia (Halymeniaceae, Rhodophyta) have been investigated in detail with respect to morphological observations and molecular analyses. In this study, the au- thors document the vegeta... A few species in the genus Grateloupia (Halymeniaceae, Rhodophyta) have been investigated in detail with respect to morphological observations and molecular analyses. In this study, the au- thors document the vegetative and reproductive structures of two new species of Grateloupia, G. dalianensis H.W.Wang et D.Zhao, sp.nov, and G. yinggehaiensis H.W.Wang et R.X.Luan, sp.nov. They both have the morphological character that carpogonial ampullae and auxiliary cell ampullae are the simple Grateloupia-type. The two species can be distinguished from other species of the genus by their distinctive morphological features respectively. Bused on ribulose-l,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (rbcL) gene sequences, the phylogenetic tree obtained in the study indicated that they are both embedded within the Grateloupia clade. G. dalianensis clusters a subclade with G. asiatica, and G. yinggehaiensis forms a single monophyletic subclade with G. hawaiiana. 展开更多
关键词 HALYMENIACEAE GRATELOUPIA Grateloupia dalianensis Grateloupia yinggehaiensis morphology rbcl gene
下载PDF
葫芦科植物通用DNA条形码的筛选 被引量:26
5
作者 李妮 陈士林 +1 位作者 刘义梅 陈科力 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1396-1401,共6页
目的评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcodinggap,并采取相似性探索... 目的评价几个热点DNA条形码候选序列对葫芦科植物的鉴别能力。方法使用ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列的通用引物对葫芦科植物进行PCR扩增和测序,通过比较各序列的扩增和测序成功率、种内和种间的变异、barcodinggap,并采取相似性探索BLAST 1和最近距离Nearest Distance方法评价不同序列的鉴别能力。结果 ITS2序列对葫芦科33个属、90个物种、182个样本进行分析,其鉴定成功率较高,在属水平为100.0%,在物种水平为88.5%;psbA-trnH序列对201个样本进行分析,其鉴定成功率在属水平为93.0%,在物种水平为73.1%,但其可以补充部分ITS2不能分析的物种区域。结论 ITS2和psbA-trnH是适合葫芦科植物鉴别的一个较好的DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 葫芦科 PSBA-TRNH MATK rbcl ITS2
原文传递
甘蔗属及其近缘属种的rbcL基因序列变异和系统发育初步研究(英文) 被引量:22
6
作者 张云武 龙火生 +3 位作者 范源洪 姚永刚 蔡青 张亚平 《云南植物研究》 CSCD 北大核心 2002年第1期29-36,共8页
甘蔗属及其近缘属种在分类关系上非常复杂 ,存在不少混乱。目前关于它们的分类学研究主要是基于形态学和同工酶水平 ,而基因水平上的报道很少。我们对甘蔗属及其近缘属种的部分rbcL基因片段 (1137bp)进行了测序比较 ,以期探讨rbcL基因... 甘蔗属及其近缘属种在分类关系上非常复杂 ,存在不少混乱。目前关于它们的分类学研究主要是基于形态学和同工酶水平 ,而基因水平上的报道很少。我们对甘蔗属及其近缘属种的部分rbcL基因片段 (1137bp)进行了测序比较 ,以期探讨rbcL基因能否用于研究甘蔗属及其近缘种之间的亲缘关系。序列比较显示rbcL基因在甘蔗属和近缘属种间的变异极低 ,一些来自不同属的个体序列完全一致 ,而某些同属内不同种个体却略有差异。这些结果表明rbcL基因在甘蔗属及其近缘属种之间的进化速率缓慢而不稳定 ,难以用于系统发育研究。不过 ,不同聚类方法都将斑茅与其它属种分开 ,放在玉米与甘蔗属和其它近缘属种分枝的外部 ,提示斑茅不应列入甘蔗属或蔗茅属 ,而应独立为一属。 展开更多
关键词 rbcl 进化 甘蔗属 蔗茅属 斑茅 近缘属种 基因序列变异 系统发育
下载PDF
连翘败毒丸中原料药材的分子鉴别 被引量:25
7
作者 崔占虎 蒋超 +3 位作者 李旻辉 陈敏 周立社 袁媛 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期590-596,共7页
为研究分子标记技术在成药鉴定方面的应用,本文选用连翘败毒丸为研究对象,采用改良CTAB法提取其总DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分别对psbA-trnH和rbcL两个叶绿体序列进行梯度扩增,将扩增产物与pEASYTM-T5 vec... 为研究分子标记技术在成药鉴定方面的应用,本文选用连翘败毒丸为研究对象,采用改良CTAB法提取其总DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)分别对psbA-trnH和rbcL两个叶绿体序列进行梯度扩增,将扩增产物与pEASYTM-T5 vector连接后,转化到大肠杆菌Trans1-T1感受态细胞中,挑取单克隆,并选择阳性克隆进行测序。所得序列校正、比对后,进行BlastN比对分析,同时采用MEGA 4.0软件构建系统聚类树。结果表明,通过psbA-trnH序列分析可以鉴定出9种原料药材,rbcL序列分析可以鉴定出6种原料药材。本研究结果说明采用分子标记技术鉴定中成药原料具有一定的可行性。 展开更多
关键词 中成药 分子鉴别 PSBA trnH rbcl
原文传递
鳞毛蕨科植物的系统发育:叶绿体rbcL序列的证据 被引量:19
8
作者 李春香 陆树刚 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2006年第5期503-515,共13页
运用MEGA2和MrBayes3.0b4软件包对105种鳞毛蕨类及近缘植物(其中新测定36种)的叶绿体DNArbcL基因序列进行系统发育分析,探讨了其主要分类群(属级水平)的系统演化关系。用最大简约法、邻接法和贝叶斯分析方法构建的系统树基本一致,结果显... 运用MEGA2和MrBayes3.0b4软件包对105种鳞毛蕨类及近缘植物(其中新测定36种)的叶绿体DNArbcL基因序列进行系统发育分析,探讨了其主要分类群(属级水平)的系统演化关系。用最大简约法、邻接法和贝叶斯分析方法构建的系统树基本一致,结果显示:(1)秦仁昌系统所定义的鳞毛蕨科Dryopteridaceae,除了拟贯众属Cyclopeltis外,均包含在两个单系群之中,支持鳞毛蕨族Dryopterideae和耳蕨族Polysticheae的成立;但是鳞毛蕨族还包含秦仁昌系统所定义的球盖蕨科Peranemaceae和三叉蕨科Tectariaceae肋毛蕨属Ctenitis的部分种类;耳蕨族还包含产于美洲的Phanerophlebia属和Polystichopsis属;确认石盖蕨属Lithostegia属鳞毛蕨族的成员,且与复叶耳蕨属Arachniodes具有较近的亲缘关系。(2)拟贯众属与所分析的其他任何鳞毛蕨类植物的关系都比较疏远,单独为一支。(3)秦仁昌系统所定义的球盖蕨科与肉刺蕨属Nothoperanema聚成一个分支,属于鳞毛蕨族的成员。(4)鳞毛蕨属Dryopteris为多系类群,耳蕨属Polystichum和贯众属Cyrtomium均为并系类群。(5)黔蕨属Phanerophlebiopsis、毛枝蕨属Leptorumohra和石盖蕨属与复叶耳蕨属构成一支;柳叶蕨属Cyrtogonellum与Polystichum属和Cyrtomium属的部分种类聚成一支;肉刺蕨属与球盖蕨科及鳞毛蕨属的部分种类聚成一支。对鳞毛蕨科的系统关系、球盖蕨科与鳞毛蕨科的系统关系、肋毛蕨属与鳞毛蕨科的系统关系以及中国或亚洲特有属(拟贯众属、肉刺蕨属、黔蕨属、毛枝蕨属、石盖蕨属和柳叶蕨属)的系统位置进行了讨论。 展开更多
关键词 鳞毛蕨类植物 rbcl 系统发育
下载PDF
石斛属植物DNA条形码序列的筛选 被引量:22
9
作者 黄海 李劲松 +1 位作者 符岸军 严海 《热带作物学报》 CSCD 2010年第10期1769-1777,共9页
DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种新的物种鉴定技术,COI序列已成功应用于动物的鉴定,但目前国际上还没有找到一个通用序列能鉴定所有植物物种。为筛选出适合于石斛属的DNA条形码序列,本文首先应用Mega 4.0软件分析了石斛属的ITS、mat... DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种新的物种鉴定技术,COI序列已成功应用于动物的鉴定,但目前国际上还没有找到一个通用序列能鉴定所有植物物种。为筛选出适合于石斛属的DNA条形码序列,本文首先应用Mega 4.0软件分析了石斛属的ITS、matK、trnH-psbA、rbcL序列的特征,然后运用Wilcoxon秩和检验比较不同序列的种内和种间变异性,运用Taxon DNA软件评估这4个序列的barcoding gap。分析结果表明:ITS序列不仅种内变异和种间变异最大,而且有明显的barcoding gap,种内变异和种间变异重合较少,能较好地区分不同种类的石斛,可考虑作为石斛属DNA barcoding鉴定候选序列之一;matK、trnH-psbA和rbcL序列都不适合于石斛属DNA barcoding鉴定。在所分析的4个候选序列中,没有任何一个单一序列能完全鉴别出不同种类的石斛属植物。建议采用不同序列组合进行石斛属DNA barcoding鉴定。 展开更多
关键词 DNAbarcoding ITS MATK TRNH-PSBA rbcl 石斛属
下载PDF
植物DNA条形码促进系统发育群落生态学发展 被引量:23
10
作者 裴男才 张金龙 +1 位作者 米湘成 葛学军 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期284-294,388-389,共11页
系统发育群落生态学是近年兴起的一个重要生态学研究分支,它以群落生态学为基础并引入了系统发育的分析方法,全面动态地反映了群落中物种内和物种间的相互作用关系,揭示了群落格局形成的生态学过程,研究了生物多样性的形成及维持机制。... 系统发育群落生态学是近年兴起的一个重要生态学研究分支,它以群落生态学为基础并引入了系统发育的分析方法,全面动态地反映了群落中物种内和物种间的相互作用关系,揭示了群落格局形成的生态学过程,研究了生物多样性的形成及维持机制。巴拿马BCI(Barro Colorado Island)样地的成功例子说明,在固定样地进行长期的群落生态与系统发育研究切实可行且极具意义;DNA条形码的快速兴起对这一研究发挥着重要作用。本文先列举了群落生态与系统发育综合分析能解决的群落系统发育结构、群落生态位结构、生物地理学和性状进化等生态学问题;接着介绍了标准植物DNA条形码以及利用片段组合(rbcL+matK+trnH-psbA)进行快速物种识别和近缘种区分、精确群落系统发育关系的构建以及群落生态学研究;随后提出DNA条形码研究在类群水平上需注意两片段的条形码组合(matK+rbcL)在同属种鉴别能力上的不足,而在较大尺度群落水平上需对实验设计进行优化。DNA条形码将为探讨物种多样性及其维持机理、系统发育beta多样性以及群落水平上功能性状进化研究提供新的思路。 展开更多
关键词 群落系统发育重建 群落生态学 rbcl matK trnH-psbA 大型固定样地 APG分类系统
原文传递
串珠藻目植物的系统发育-基于rbcL序列的证据 被引量:22
11
作者 李强 吉莉 谢树莲 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期20-28,共9页
世界范围内报道的全部串珠藻目种类均生活于淡水中,而在淡水红藻中,70%约有130种属于串珠藻目。研究以目前获取的来自世界各大洲串珠藻目植物43种的rbcL基因序列,结合其形态和生物地理特征,构建了该目的系统发育关系,以期探讨整个串珠... 世界范围内报道的全部串珠藻目种类均生活于淡水中,而在淡水红藻中,70%约有130种属于串珠藻目。研究以目前获取的来自世界各大洲串珠藻目植物43种的rbcL基因序列,结合其形态和生物地理特征,构建了该目的系统发育关系,以期探讨整个串珠藻目植物的系统发育关系及发生途径,进而为研究该目以至淡水红藻的起源提供基本资料。运用PAUP*4.0b10和MrBayes 3.0b4等软件对43种串珠藻目植物的叶绿体DNA rbcL基因序列进行系统发育分析,探讨了其主要分类群的系统演化关系。用最大简约法、邻接法和贝叶斯分析方法构建的系统树基本一致,结果显示:(1)基于分子数据分析结果显示,红索藻目植物均独立于串珠藻目植物,构成一个单独的分支,支持红索藻目的建立。(2)鱼子菜科属于串珠藻目植物中较为进化的类群。(3)串珠藻属扭曲组与杂生组的差异度较小,结合其形态特点,倾向于将杂生组并入扭曲组。(4)串珠藻科属于串珠藻目中最大的科,包括较多的种类,其系统关系也较为复杂。因此,串珠藻科系统发育关系的明确有待于进一步结合更多的分子数据和形态学特征加以分析研究。 展开更多
关键词 串珠藻目 系统发育 rbcl
下载PDF
千斤拔属药用植物DNA条形码鉴定研究 被引量:22
12
作者 张忠廉 宋美芳 +4 位作者 李海涛 管燕红 牛迎凤 马小军 张丽霞 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期118-122,共5页
目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种2... 目的筛选一种可准确、高效鉴别千斤拔属Flemingia Roxb.ex Ait.et Ait.f.药用植物的DNA条形码序列。方法对4种14份千斤拔属药用植物的ITS2、rbc L、psb A-trn H序列进行扩增和测序,同时查找NCBI数据库中千斤拔属植物的相应序列,共计7种20份,比较不同序列的扩增效率及测序成功率,并对其进行种内、种间变异分析,barcoding gap检验及NJ聚类图分析,以评估不同序列对千斤拔属植物的物种鉴别能力。结果测序成功率方面,ITS2与rbc L序列对所分析样品的测序成功率为100%,psb A-trn H的测序成功率为85.71%;3条序列中,只有ITS2在barcoding gap检验中具有显著gap;从NJ聚类图来看,ITS2可明显区分千斤拔属植物的不同物种(除F.philippinensis与F.stricta外)。结论 ITS2序列能准确鉴别千斤拔属药用植物,可作为千斤拔药材基原植物鉴定的条形码序列。 展开更多
关键词 千斤拔属 DNA条形码 ITS2 rbcl PSBA-TRNH
原文传递
江苏如东近海绿潮藻分子检测与类群演替分析 被引量:21
13
作者 田晓玲 霍元子 +11 位作者 陈丽平 何建华 张建恒 贾睿 刘红 王金辉 徐韧 杨建强 胡翔 房建孟 马家海 何培民 《科学通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期309-317,共9页
2007年以来,中国青岛、连云港、如东等黄海沿海连续4年爆发绿潮现象,尤其2008年青岛爆发了世界最大规模绿潮,造成了严重的生态危害.2009年,我们对江苏省如东海域绿潮藻进行了调查和监测,选取紫菜养殖架和防波堤坝上的11个固着样品以及海... 2007年以来,中国青岛、连云港、如东等黄海沿海连续4年爆发绿潮现象,尤其2008年青岛爆发了世界最大规模绿潮,造成了严重的生态危害.2009年,我们对江苏省如东海域绿潮藻进行了调查和监测,选取紫菜养殖架和防波堤坝上的11个固着样品以及海区15个漂浮样品,对其ITS及5.8S rDNA和叶绿体rbcL基因序列进行了分子系统发育和类群演替分析.结果显示,如东沿岸堤坝和紫菜养殖筏架具有大量固着生长的浒苔类绿潮藻,其海区漂浮绿潮藻团出现时间也最早,并逐渐北移;ITS序列分析将如东样品聚为5个类群,即Ulva compressa类群(6个样品)、Ulva linza-procera-prolifera(LPP)复合体类群(12个样品)、Ulva flexuosa类群(3个样品)、Blidingia sp.类群(3个样品)以及Urospora spp.类群(2个样品),而rbcL序列较为保守,26个样品只聚为4个类群.DNA序列分析表明,如东海区漂浮与固着绿潮藻类群构成相同,亲缘关系较近,漂浮绿潮藻优势类群先后出现次序为:U.compressa,U.flexuosa及LPP,最终漂浮种与2008年黄海绿潮优势种的ITS序列完全相同.本研究为今后黄海绿潮溯源及其预测防控奠定了重要基础. 展开更多
关键词 绿潮 浒苔 ITSrbcl溯源
原文传递
基于matK和rbcLDNA序列条形码鉴定柑橘及其近缘属植物 被引量:16
14
作者 于杰 闫化学 +1 位作者 鲁振华 周志钦 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期1733-1740,共8页
对柑橘及其近缘属植物59份样品进行叶绿体matK和rbcL的序列测定,序列比对与人工校正,计算属间、种间以及种内的遗传距离,比较序列间的差异,构建系统发育树。结果表明,matK、rbcL及其组合(matK+rbcL)可以对柑橘及其近缘属属间进行鉴定,... 对柑橘及其近缘属植物59份样品进行叶绿体matK和rbcL的序列测定,序列比对与人工校正,计算属间、种间以及种内的遗传距离,比较序列间的差异,构建系统发育树。结果表明,matK、rbcL及其组合(matK+rbcL)可以对柑橘及其近缘属属间进行鉴定,在种间水平上三者的鉴定率分别为55.9%、37.3%和83.0%。由此可见,与单一片段相比,matK+rbcL序列组合鉴定率更高,可用于对柑橘及其近缘属植物进行物种鉴定。 展开更多
关键词 柑橘属 近缘属 MATK rbcl DNA条形码
原文传递
ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物 被引量:16
15
作者 陈倩 刘义梅 +2 位作者 刘震 陈士林 陈科力 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1107-1113,共7页
目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest... 目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH,rbcL,matK,ITS2和ITS序列进行评价,使用各序列的通用引物进行扩增和测序,用扩增及测序成功率,种内种间差异,barcod-ing gap,基于BLAST 1和Nearest Distance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现,matK的扩增成功率太低,未纳入后续分析;ITS,ITS2,psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%,83.6%,96.4%,98.2%,其鉴定成功率除rbcL为77.8%,75.9%外都为100%,但ITS2序列的种间,种内差异,barcoding gap较psbA-trnH,ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%,87.6%。结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率,ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。 展开更多
关键词 DNA条形码 ITS2 ITS rbcl PSBA-TRNH 马鞭草科
原文传递
山药原植物薯蓣及其近缘种的分子鉴别和亲缘关系研究 被引量:12
16
作者 郑玉红 夏冰 +3 位作者 杭悦宇 王筱璐 周义峰 吴宝成 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期55-59,共5页
采用CTAB法提取总DNA,应用PCR产物直接测序法,测定了山药原植物薯蓣及其近缘种共10个种和1个变种的trnL-F和rbcL序列。序列分析结果表明:薯蓣及其近缘种trnL-F序列长689-834 bp,当空位始终作缺失处理时,有变异位点67个,其中信息位点11个... 采用CTAB法提取总DNA,应用PCR产物直接测序法,测定了山药原植物薯蓣及其近缘种共10个种和1个变种的trnL-F和rbcL序列。序列分析结果表明:薯蓣及其近缘种trnL-F序列长689-834 bp,当空位始终作缺失处理时,有变异位点67个,其中信息位点11个,占序列总长度的1.43%;种间碱基差异百分率为1.6%,其中转换率为0.6%,颠换率为1.0%;序列的G+C含量为32.5%。薯蓣及其近缘种rbcL序列长1 096-1 160 bp,存在变异位点42个,其中信息位点10个,占序列总长度的0.93%;种间碱基差异百分率为0.6%,其中转换率为0.3%,颠换率为0.3%;序列G+C含量为44.1%。基于2个序列分别重建了薯蓣及其近缘种的系统发育树。结果表明2个系统树的结构基本一致,均支持经典分类方法对薯蓣及其近缘种的亲缘关系的划分。同时,本研究也证实叶绿体基因组序列测定是鉴定山药原植物薯蓣及其近缘种的快速、可靠、有效的方法。 展开更多
关键词 薯蓣 TRNL-F rbcl 分子鉴别 亲缘关系 近缘种 山药原植物
下载PDF
单子叶植物高级分类阶元系统演化:matK、rbcL和18S rDNA序列的证据 被引量:13
17
作者 李晓贤 周浙昆 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2007年第2期113-133,共21页
基于两个叶绿体基因(matK和rbcL)和一个核糖体基因(18S rDNA)的序列分析,对代表了基部被子植物和单子叶植物主要谱系分支的86科126属151种被子植物(单子叶植物58科86属101种)进行了系统演化关系分析。研究结果表明由胡椒目Piperales、樟... 基于两个叶绿体基因(matK和rbcL)和一个核糖体基因(18S rDNA)的序列分析,对代表了基部被子植物和单子叶植物主要谱系分支的86科126属151种被子植物(单子叶植物58科86属101种)进行了系统演化关系分析。研究结果表明由胡椒目Piperales、樟目Laurales、木兰目Magnoliales和林仙目Canellales构成的真木兰类复合群是单子叶植物的姐妹群。单子叶植物的单系性在3个序列联合分析中得到98%的强烈自展支持。联合分析鉴定出9个单子叶植物主要谱系(广义泽泻目Alismatales、薯蓣目Dioscoreales、露兜树目Pandanales、天门冬目Asparagales、百合目Liliales、棕榈目Arecales、禾本目Poales、姜目Zingiberales、鸭跖草目Commelinales)和6个其他被子植物主要谱系(睡莲目Nymphaeales、真双子叶植物、木兰目、樟目、胡椒目、林仙目)。在单子叶植物内,菖蒲目Acorales(菖蒲属Acorus)是单子叶植物最早分化的一个谱系,广义泽泻目(包括天南星科Araceae和岩菖蒲科Tofieldiaceae)紧随其后分化出来,二者依次和其余单子叶植物类群构成姐妹群关系。无叶莲科Petrosaviaceae紧随广义的泽泻目之后分化出来,无叶莲科和剩余的单子叶植物类群形成姐妹群关系,并得到了较高的支持率。继无叶莲科之后分化的类群形成两个大的分支:一支是由露兜树目和薯蓣目构成,二者形成姐妹群关系;另一支是由天门冬目、百合目和鸭跖草类复合群组成,三者之间的关系在单个序列分析和联合分析中不稳定,需要进一步扩大取样范围来确定。在鸭跖草类复合群分支内,鸭跖草目和姜目的姐妹群关系在3个序列联合分析和2个序列联合分析的严格一致树中均得到强烈的自展支持,获得的支持率均是100%。但是,对于棕榈目和禾本目在鸭跖草类中的系统位置以及它们和鸭跖草目-姜目之间的关系,有待进一步解决。值得注意的是,无叶莲科与其他单子叶植� 展开更多
关键词 单子叶植物 高阶分类阶元 系统发育 MATK rbcl 18S RDNA
下载PDF
钩藤属植物分子鉴定的DNA条形码筛选 被引量:14
18
作者 蔡一鸣 代江鹏 +5 位作者 郑雨欣 任英毅 陈浩明 冯婷婷 高晓霞 朱爽 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1828-1837,共10页
目的应用分子生物学鉴定技术,筛选出应用于鉴定钩藤属物种的最佳DNA条形码,建立快速、准确、便捷的钩藤属植物鉴定方法。方法从广东、广西等地收集了8个钩藤属物种的叶片、茎枝作为材料,共计44份样品。提取样品总DNA,分别对条形码ITS、m... 目的应用分子生物学鉴定技术,筛选出应用于鉴定钩藤属物种的最佳DNA条形码,建立快速、准确、便捷的钩藤属植物鉴定方法。方法从广东、广西等地收集了8个钩藤属物种的叶片、茎枝作为材料,共计44份样品。提取样品总DNA,分别对条形码ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trnF序列进行扩增、测序、拼接、校对;利用MEGA 7.0分析比对序列特征;基于Taxon DNA计算种内、种间的遗传距离以分析barcoding gap及Best Match、Best Close Match评估DNA条形码的鉴别能力;使用MEGA7.0、Phylosuite等软件构建单条形码及组合条形码的最大似然法(maximum likelihood,ML)、最大简约法(maximum parsimony,MP)、贝叶斯推断法(bayesian inference,BI)系统发育树。结果条形码ITS、matK、psbA-trnH、rbcL、trnL-trn F序列均扩增成功且具有较高的测序成功率,其中psb A-trn H具有最多的变异位点,ITS次之,rbc L最少;Best Match、Best Close Match与Barcoding gap分析结果显示:5个单一条形码中,ITS鉴定钩藤属物种效果突出且具有明显的Barcoding gap,而组合条形码ITS+rbcL序列表现更为优异。基于所有单一条形码构建的系统发育树,ITS序列的物种鉴别成功率最高,能够准确鉴定8个钩藤属物种;基于组合条形码构建的系统发育树,ITS+rbcL序列具有最高的平均节点支持率,且该序列集包含的11个钩藤属物种均能单独聚为一支。结论应用ITS+rbc L的序列组合能够实现钩藤属不同物种的准确鉴定。 展开更多
关键词 钩藤属 DNA条形码 物种鉴定 ITS rbcl TaxonDNA 系统发育分析
原文传递
基于分子标记的藻类鉴定研究进展 被引量:14
19
作者 张军毅 孙蓓丽 +7 位作者 朱冰川 石浚哲 周克茹 吕学研 葛芹玉 张咏 陆祖宏 张虎军 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1607-1625,共19页
藻类鉴定被广泛应用于藻类遗传学、生理学、生态学和应用藻类学,尤其是藻类调查和评估.然而,基于形态学的鉴定往往因为分类特征未出现或不典型、设备限制和人员经验欠缺等原因带来较大误差.随着测序技术的不断发展,分子标记已成为藻类... 藻类鉴定被广泛应用于藻类遗传学、生理学、生态学和应用藻类学,尤其是藻类调查和评估.然而,基于形态学的鉴定往往因为分类特征未出现或不典型、设备限制和人员经验欠缺等原因带来较大误差.随着测序技术的不断发展,分子标记已成为藻类鉴定的一个通用工具.由于藻类类群众多且差异很大,分子标记的选择成为藻类鉴定的关键.本文综述了蓝藻、硅藻、绿藻、甲藻、裸藻、隐藻、金藻、黄藻、红藻和褐藻等主要门类分子标记的选择及应用进展,包括分子标记选择原则、常用标记和相应序列数据库,以及各个分子标记在不同类群应用中的优缺点等.藻类分子鉴定源于编码核糖体RNA的基因(rDNA),发展于细胞核、线粒体、叶绿体DNA等.然而,当前藻类分子鉴定逐渐细化和完善,单一的核糖体DNA、内转录间隔区(ITS)和保守蛋白编码基因等短序列分子标记已经很难满足藻类鉴定的需求,多标记组合成为一种必然选择.同时,线粒体基因组、叶绿体基因组、核基因组、转录组和宏基因组等提供了更多遗传进化信息,弥补了短序列分子标记在系统分类应用中的不足.对于藻类鉴定,单纯依赖分子标记或形态学都不足以保证鉴定的准确性,采用将分子生物学、形态学、生理生化学等结合的多相学方法,才能准确地完成鉴定工作.此外,藻类分子数据库的建立和完善是未来分子鉴定的重要工作,快速鉴定方法也必将在未来获得广泛的应用和发展. 展开更多
关键词 藻类鉴定 分子标记 数据库 SSU LSU ITS COI rbcl
下载PDF
Aian origin for Polystichum (Dryopteridaceae) based on rbcL sequences 被引量:14
20
作者 LIChunxiang LUShugang YANGQun 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2004年第11期1146-1150,共5页
Chloroplast rbcL sequences of 60 species of Polystichum sensu lato (S.l.), including 23 new sequences from southwest China, were used to assess the phylogenetic relatipmships within the genus. On the basis of estimate... Chloroplast rbcL sequences of 60 species of Polystichum sensu lato (S.l.), including 23 new sequences from southwest China, were used to assess the phylogenetic relatipmships within the genus. On the basis of estimated evolution rate of rbcL gene and the genetic distance data that passed relative-rate tests, we further estimated the diver- gence times betwcen some clades of the genus. The phyloge- netic relationships were inferred using the neighbor-joining and maximim-parsimony methods, both methods producing trees with completely congruent topology. These trees reveal that all species of Polystichum s.I. in this study (including Cyrtomium and Cyrtomidictyum) form a monophyletic group. The basal split in Polystichum s.I. separates a clade with all Asian members from a elade containing other species from all over the world. The phylogenetic and divergence time estimation results lead us to suggest that Polystichum S.I. originated in Asia in the late Late Cretacous (≈76 Ma) and migrated into other places in the world in early Eocene (≈ 46 Ma). 展开更多
关键词 亚洲起源 系统发育 分歧时间 rbcl 基因序列 耳蕨
原文传递
上一页 1 2 18 下一页 到第
使用帮助 返回顶部