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石松类和蕨类植物研究进展:兼论国产类群的科级分类系统 被引量：50
1
作者 刘红梅 王丽 +1 位作者 张宪春 曾辉 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2008年第6期808-829,共22页
综述了石松类和蕨类植物系统发育的最新研究成果。目前研究表明传统的蕨类植物概念(包括石松类和真蕨类)需要修订,一个关于蕨类植物的分类系统也已经发表。中国的植物多样性很丰富,包括了世界上石松类和蕨类植物各个主要类群的代表。本... 综述了石松类和蕨类植物系统发育的最新研究成果。目前研究表明传统的蕨类植物概念(包括石松类和真蕨类)需要修订,一个关于蕨类植物的分类系统也已经发表。中国的植物多样性很丰富,包括了世界上石松类和蕨类植物各个主要类群的代表。本文还利用rbcL基因序列(包括国产蕨类63科中的62科179属184种)构建了系统发育树。基于rbcL序列分析所获得的石松类和蕨类各主要类群间的系统演化关系同以往对各个特定类群开展的较为密集的类群取样和多性状分析(形态学+分子序列证据)的结果基本一致。在参考Smith等人系统的基础上,我们尝试性地对中国石松类和蕨类植物进行了科级水平上的系统发育重排。 展开更多
关键词 中国 蕨类 石松类植物 蕨类植物 rbcl基因 系统重排
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部分苔藓植物rbcL基因PCR-RFLP分析 被引量：21
2
作者 王艇 朱建明 +2 位作者 苏应娟 范国宽 李雪雁 《西北植物学报》 CAS CSCD 2000年第6期968-973,共6页
运用 RFL P方法对苔藓类 6个科 9种植物叶绿体 rbc L基因的 PCR产物进行酶切分析 ,根据样本之间多态性片段 ,采用单联法对它们的遗传距离进行聚类分析 ,构建树状分支图 ,以此对苔藓植物的系统发育及其系统位置进行了初步探讨。
关键词 苔藓植物 rbcl基因 系统学
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射干及类似药用植物叶绿体rbcL基因序列分析 被引量：21
3
作者 秦民坚 黄芸 +2 位作者 杨光 徐珞珊 周开亚 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期147-152,共6页
目的　对射干Belamcandachinensis(L .)DC .,鸢尾IristectorumMaxim .,野鸢尾I .dichotomaPall.,蝴蝶花I.japonicaThunb .和德国鸢尾I.germaicaL .等 5种药用植物进行叶绿体rbcL基因序列分析 ,并对其亲缘关系进行探讨。方法　CTAB(Cetyl... 目的　对射干Belamcandachinensis(L .)DC .,鸢尾IristectorumMaxim .,野鸢尾I .dichotomaPall.,蝴蝶花I.japonicaThunb .和德国鸢尾I.germaicaL .等 5种药用植物进行叶绿体rbcL基因序列分析 ,并对其亲缘关系进行探讨。方法　CTAB(Cetyltrimelhylammoniumbromide,CTAB)法提取总DNA ,用作者设计的引物对鸢尾科 5种药用植物的叶绿体rbcL(ribulose 1,5 bisphosphatecarboxyloseLargeGene ,rbcL)基因进行扩增 ,PCR扩增产物纯化后 ,用ABI3 10DNA自动测序仪测序。结果　获得射干和 4种鸢尾属药用植物叶绿体rbcL基因部分序列 (约 75 0bp) ,除德国鸢尾外 ,其余 4种药用植物的rbcL基因序列为首次获得 ;用clustal 8 0 ,MEGA 2 0等软件分析统计获得的目的基因片段 ,得到碱基突变点 ,遗传距离 [碱基差异数 ( 1 0 0 0～ 2 0 0 0 0 )、颠换数为 ( 0 0 0 0～ 9 0 0 0 )、转换数为 ( 0 0 0 0～ 14 0 0 0 ) ],根据rbcL基因部分序列数据建立分子系统树。结论　根据叶绿体rbcL基因序列数据可以很好的鉴别 展开更多
关键词 射干 药用植物 叶绿体 rbcl基因 序列分析
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马尾树科的系统位置:来自rbcL基因核苷酸序列的证据 被引量：21
4
作者 陈之端 汪小全 +4 位作者 孙海英 韩英 张志宪 邹喻苹 路安民 《植物分类学报》 CSCD 1998年第1期1-7,共7页
本文根据叶绿体基因ｒｂｃＬ的核苷酸序列证据讨论了单型科———马尾树科的系统关系。数据矩阵中包括了马尾树科及其它“高等”金缕梅类各科，并分别利用Ｃｕｎｏｎｉａｃｅａｅ科的Ｂａｕｅｒａ属，“低等”金缕梅类植物连香树属和枫... 本文根据叶绿体基因ｒｂｃＬ的核苷酸序列证据讨论了单型科———马尾树科的系统关系。数据矩阵中包括了马尾树科及其它“高等”金缕梅类各科，并分别利用Ｃｕｎｏｎｉａｃｅａｅ科的Ｂａｕｅｒａ属，“低等”金缕梅类植物连香树属和枫香树属作为外类群进行分支分析。两种分析的结果是一致的。在ｒｂｃＬ基因树上，马尾树属和被用于分析的胡桃科各属紧密地结合在一起，支持马尾树科和胡桃科有非常近的亲缘关系。 展开更多
关键词 马尾树科 rbcl基因 核苷酸 序列分析
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rbcL基因序列分析对连香树科和交让木科系统位置的重新评价———兼论低等金缕梅类的关系 被引量：13
5
作者 俸宇星 汪小全 +1 位作者 潘开玉 洪德元 《植物分类学报》 CSCD 1998年第5期411-422,共12页
测定了悬铃木科和金缕梅科５个亚科的６个代表种的ｒｂｃＬ基因序列，对低等金缕梅类植物及新近提出的相关类群进行了分子系统发育分析，获得４个最简约树。简约树步长为８９３，其ＣＩ值和ＲＩ值分别为０．５５８和０．５９１。连香树... 测定了悬铃木科和金缕梅科５个亚科的６个代表种的ｒｂｃＬ基因序列，对低等金缕梅类植物及新近提出的相关类群进行了分子系统发育分析，获得４个最简约树。简约树步长为８９３，其ＣＩ值和ＲＩ值分别为０．５５８和０．５９１。连香树科和交让木科与金缕梅科及虎耳草科关系较近。尽管增加了金缕梅科的取样密度，它们之间进一步的关系仍未得到分辨，结合它们的形态特征，连香树科和交让木科应置于金缕梅目内。ｒｂｃＬ基因树上反映出传统的“低等”金缕梅类成员领春木科与毛茛类植物聚在一起；悬铃木科与昆栏树科和水青树科关系较近，而与金缕梅科关系较远；杜仲科与低等金缕类的核心科———金缕梅科的关系似乎较除连香树科之外的其它低等金缕类成员近。低等金缕类植物由一些古老、孤立的科组成，且是多系的。 展开更多
关键词 连香树科 交让木科 分子系统发育 rbcl基因
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黄角苔叶绿体rbcL基因编码区的序列分析 被引量：11
6
作者 王艇 苏应娟 +1 位作者 朱建明 周勤 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期70-73,共4页
测定了黄角苔（Ｐｈａｅｏｃｅｒｏｓｌａｅｖｉｓ（Ｌ．）Ｐｒｏｓｋ）叶绿体ｒｂｃＬ基因编码区的１３９８个核苷酸序列，并且由此推导出对应的氨基酸序列．此基因中密码子的第２和第３位上Ａ／Ｔ所占的比例较高，分别为５３６％和... 测定了黄角苔（Ｐｈａｅｏｃｅｒｏｓｌａｅｖｉｓ（Ｌ．）Ｐｒｏｓｋ）叶绿体ｒｂｃＬ基因编码区的１３９８个核苷酸序列，并且由此推导出对应的氨基酸序列．此基因中密码子的第２和第３位上Ａ／Ｔ所占的比例较高，分别为５３６％和７７５％．黄角苔ｒｂｃＬ基因的编码区与花旗松、菠菜、玉米和雷氏衣藻间在核苷酸序列上的同源性分别为８４０％，８１５％，７９３％和７６３％；在氨基酸序列上的同源性分别为９１．０％，８９．９％，８８．５％和８９．３％．为研究角苔植物的系统发育提供了核苷酸序列方面的资料． 展开更多
关键词 黄角苔 rbcl基因 编码区 序列分析 角苔
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叶绿体rbcL基因序列在植物系统学研究中的应用 被引量：19
7
作者 王艇 苏应娟 朱建明 《武汉植物学研究》 CSCD 1999年第A09期8-14,共7页
关键词 叶绿体 rbcl基因 植物系统学
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从叶绿体DNA rbcL序列分析探讨五味子科的系统发育 被引量：14
8
作者 王彦涵 张寿州 +2 位作者 高建平 李晓波 陈道峰 《复旦学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期550-554,共5页
以广玉兰Magnoliagrandiflora,蝙蝠葛Menispermumdauricum,牡丹Paeoniasuffruticosa和Illiciumparviflorum为外类群,对五味子科的叶绿体rbcL基因进行序列分析,探讨其系统发育关系.结果表明,五味子科为一单系类群,与八角科关系最近,与木... 以广玉兰Magnoliagrandiflora,蝙蝠葛Menispermumdauricum,牡丹Paeoniasuffruticosa和Illiciumparviflorum为外类群,对五味子科的叶绿体rbcL基因进行序列分析,探讨其系统发育关系.结果表明,五味子科为一单系类群,与八角科关系最近,与木兰科关系较远.在严格一致性树中(Length=256,CI=0.8725,RI=0.8192),五味子科被分为二支,一支由五味子属中的中华五味子亚属Subgen.Sinoschisandra,多蕊五味子亚属Subgen.Pleiostema和少蕊五味子亚属Subgen.Maximowixzia构成,支持率82%;另一支包括南五味子属和五味子属中的团蕊五味子亚属Subgen.Sphaerostema,重瓣五味子亚属Subgen.Plenischisandra.由此推断,五味子属和南五味子属关系密切,它们之间存在交叉和重叠,两属可能起源于共同的祖先.通过基因树分析,结合形态学、解剖学和化学证据认为,五味子S.chinensis和红花五味子S.rubriflora是五味子属中的原始类群. 展开更多
关键词 五味子科 五味子属 南五味子属 系统发育 rbcl基因
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红豆杉科及相关类群rbcL基因PCR-RFLP分析 被引量：10
9
作者 王艇 苏应娟 +2 位作者 朱建明 黄超 李雪雁 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2001年第6期714-721,共8页
运用RFLP方法对红豆杉科及相关类群 1 4种植物叶绿体rbcL基因PCR产物进行限制酶酶切分析 ,共获 2 9个酶切变异位点。采用PHYLIP软件包对限制位点变异数据进行极大简约法分析得到 1 8个步长为 6的最简约树并求得一致树 ,结果显示 :(1 )... 运用RFLP方法对红豆杉科及相关类群 1 4种植物叶绿体rbcL基因PCR产物进行限制酶酶切分析 ,共获 2 9个酶切变异位点。采用PHYLIP软件包对限制位点变异数据进行极大简约法分析得到 1 8个步长为 6的最简约树并求得一致树 ,结果显示 :(1 )红豆杉科和三尖杉科属单系群 ;(2 )穗花杉属Amento taxus以置于红豆杉科内为宜 ,不支持将穗花杉属独立成科的处理方式 ;(3 )白豆杉应为红豆杉科内一个属Pseudotaxus;(4)三尖杉属内篦子三尖杉地位特殊 ,可设篦子三尖杉组 ;(5 )不赞同将竹柏类从罗汉松属中分离出去成立新科 ;(6 )红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科三者间 ,前两者的关系更为接近。 展开更多
关键词 红豆杉科 rbcl基因 PCR-RFLP 相关类群
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石斛属植物rbcL基因序列变异和系统发育初步研究 被引量：15
10
作者 袁佐清 张建勇 刘涛 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1836-1837,共2页
目的探讨10种石斛植物叶绿体rbcL基因序列变异和系统发育关系。方法根据Genebank已经公布的植物rbcL基因序列设计一对引物,用于石斛rbcL基因PCR扩增。基因序列排列用Clustal X软件完成,应用Seqnconverter软件分析序列的长度、GC含量、Gp... 目的探讨10种石斛植物叶绿体rbcL基因序列变异和系统发育关系。方法根据Genebank已经公布的植物rbcL基因序列设计一对引物,用于石斛rbcL基因PCR扩增。基因序列排列用Clustal X软件完成,应用Seqnconverter软件分析序列的长度、GC含量、GpC量、GCskew值等;用Mega4.1软件分析转换值、颠换值、转换/颠换比;采用最大简约法（maximum parsimony method）获得最大简约系统树;应用自展法（bootstrap）检验系统树,自展次数为1000次。结果10种石斛植物叶绿体rbcL基因的长度范围为944~950bp,其中536bp为保守位点,466bp为变异位点,439bp为具有系统发育信息的信息位点。基因中GC含量为40.61%~41.37%,GpC含量为4.03%~4.78%,GCskew值为0.0432~0.0821。序列转换/颠换比（Si/Sv）为0.9。结论利用PCR和核酸测序方法可以获得rbcL基因的核苷酸序列,能为石斛植物的系统发育研究提供核苷酸序列方面的资料。 展开更多
关键词 石斛 rbcl基因 序列分析 系统发育
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凤尾蕨科植物rbcL基因的适应性进化分析 被引量：15
11
作者 森林 苏应娟 +1 位作者 张冰 王艇 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期1-8,共8页
为深入理解蕨类植物辐射式物种分化的分子适应机制,在时间框架下,采用位点模型和分支-位点模型对凤尾蕨科植物rbcL基因的进化式样进行了分析。通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上共鉴定出6个正选择位点:149I、251M、255V、282F... 为深入理解蕨类植物辐射式物种分化的分子适应机制,在时间框架下,采用位点模型和分支-位点模型对凤尾蕨科植物rbcL基因的进化式样进行了分析。通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上共鉴定出6个正选择位点:149I、251M、255V、282F、359S和375F,其中位点282F对维持Rubisco功能有重要作用。分别检验凤尾蕨科的附生分支和水蕨类分支发现,前者不具适应性进化位点,而后者有两个位点(230A和247C)经历正选择。相对于荫蔽的光条件,水生生境可能对RbcL亚基的选择作用更强。另外,基于UCLD分子钟模型估算出的凤尾蕨科各分支分化时间表明,该科物种丰富度的辐射式增长发生在新生代渐新世,推测古、始新世最热事件可能对物种分化的形成也产生一定作用。这对认识薄囊蕨类如何应对被子植物兴起导致的陆地生态系统改变具重要意义。 展开更多
关键词 凤尾蕨科 rbcl基因 核酮糖-1 5-二磷酸羧化酶/加氧酶 放松分子钟模型 正选择位点
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基于叶绿体基因rbcL和psbA-trnH间区探讨石杉科植物系统关系(英文) 被引量：12
12
作者 姬生国 霍克克 +1 位作者 王峻 潘胜利 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2008年第2期213-219,共7页
关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及... 关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及石杉科内部的分类关系,用最大简约法和邻接法对自测序列结合由GenBank下载的rbcL及psbA-trnH基因间区序列进行系统发育分析。结果显示,石杉科与Phylloglossum属关系较近,与石松科关系较疏远。在石杉科中热带石杉属Huperzia植物和马尾杉属Phlegmariurus植物的关系要比它们与其他石杉属植物更近。所以,我们的rbcL基因数据不支持秦仁昌关于石杉科分为石杉属和马尾杉属的分类处理。但是,因为我们的psbA-trnH序列没有包括热带种类,对石杉属植物和马尾杉属植物的关系无验证。因此需要更多的样品和序列数据进一步探讨石杉科的演化关系。 展开更多
关键词 石杉科 系统发育 PSBA-TRNH rbcl基因
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铃兰族rbcL基因的PCR-RFLP分析 被引量：5
13
作者 黄锦岭 邹喻萍 +1 位作者 张志宪 洪德元 《植物分类学报》 CSCD 1996年第5期531-537,共7页
本文用7属9种铃兰族Tribe convallarieae植物的叶绿体DNA中rbcL基因片段的PCR产物的RFLP结果进行聚类分析。结果表明:开口箭属与蜘蛛抱蛋属关系密切,夏须草属与族内其余各属亲缘关系稍远,与外部器官形态、核型和孢粉学资料所得出的结论... 本文用7属9种铃兰族Tribe convallarieae植物的叶绿体DNA中rbcL基因片段的PCR产物的RFLP结果进行聚类分析。结果表明:开口箭属与蜘蛛抱蛋属关系密切,夏须草属与族内其余各属亲缘关系稍远,与外部器官形态、核型和孢粉学资料所得出的结论基本一致。此外,本文对铃兰属的系统位置也进行了讨论。 展开更多
关键词 百合科 铃兰族 RFLP 分子系统学 rbcl基因
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大豆rbcL基因克隆、序列分析及原核表达 被引量：10
14
作者 刘晓庆 崔喜艳 +1 位作者 丁志鑫 李海燕 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期226-230,共5页
利用叶绿体基因组保守性的特征,根据菜豆、豌豆、烟草的rbcL基因序列设计引物,从大豆叶绿体DNA中克隆rbcL基因,全长序列为1 488bp,包括1 449bp的开放阅读框,编码482个氨基酸。相似性比较显示,此序列与其它10个物种rbcL基因核苷酸的同源... 利用叶绿体基因组保守性的特征,根据菜豆、豌豆、烟草的rbcL基因序列设计引物,从大豆叶绿体DNA中克隆rbcL基因,全长序列为1 488bp,包括1 449bp的开放阅读框,编码482个氨基酸。相似性比较显示,此序列与其它10个物种rbcL基因核苷酸的同源性为85.37%～95.31%,氨基酸的同源性为90.87%～96.47%。将该基因与表达载体pET-30a(+)连接,转化大肠杆菌Rosseta感受态细胞,PCR和酶切鉴定筛选阳性克隆,阳性菌液IPTG诱导后经10%SDS-PAGE分析,结果显示,诱导表达出分子量约为60kD的特异融合蛋白。 展开更多
关键词 大豆 rbcl基因 基因克隆 原核表达
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红豆杉科及相关类群叶绿体rbcL基因与trnL-trnF间隔区序列的分支分析 被引量：4
15
作者 王艇 苏应娟 +1 位作者 郑博 李雪雁 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期70-74,共5页
运用对PCR产物克隆后测序和对PCR产物直接测序的方法对红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科 16种植物的叶绿体rbcL基因和trnL -trnF基因间隔区序列进行了测定。选用PAUP软件分别对rbcL基因、trnL_trnF间隔区和rbcL基因—trnL_trnF间隔区联合... 运用对PCR产物克隆后测序和对PCR产物直接测序的方法对红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科 16种植物的叶绿体rbcL基因和trnL -trnF基因间隔区序列进行了测定。选用PAUP软件分别对rbcL基因、trnL_trnF间隔区和rbcL基因—trnL_trnF间隔区联合数据矩阵进行分支分析 ,结果显示 :①穗花杉属以置于红豆杉科内为宜 ,将穗花杉属独立成科的意见未得到支持 ;②三尖杉属内篦子三尖杉地位特殊 ,赞同成立篦子三尖杉组 ;③罗汉松科属单系群 ,竹柏类应归属罗汉松科 ,不同意将其从该科中分离出来成立新科竹柏科 ;④不支持红豆杉科独立成目 ,其单生单轴球果可能是由复合双轴球果减化而来。 展开更多
关键词 叶绿体 分支分析 红豆杉科 三尖杉科 罗汉松科 rbcl基因 trnL-trnF间隔区 系统发育 序列测定
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青藏高原北部湖泊表层沉积物参与卡尔文循环的固碳基因多样性及其影响因素 被引量：11
16
作者 唐阳 刘永超 +1 位作者 杨渐 蒋宏忱 《地球科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第A01期19-30,共12页
研究青藏高原北部湖泊表层沉积物参与卡尔文循环固碳基因多样性及其对盐度的响应.采用构建克隆文库、聚合酶链式反应、rbcL基因系统发育分析等方法,研究青藏高原6个典型湖泊(洱海、青海湖、托素湖、尕海、小柴旦湖、茶卡盐湖)表层沉积... 研究青藏高原北部湖泊表层沉积物参与卡尔文循环固碳基因多样性及其对盐度的响应.采用构建克隆文库、聚合酶链式反应、rbcL基因系统发育分析等方法,研究青藏高原6个典型湖泊(洱海、青海湖、托素湖、尕海、小柴旦湖、茶卡盐湖)表层沉积物微生物rbcL基因多样性,揭示不同湖泊中固碳微生物种群构成,同时初步分析各个湖泊中固碳微生物种群组成与环境参数的关系.结果显示:所有表层沉积物样品中固碳微生物共分3个门,即:变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)和绿藻门(Chlorophyta),分属于以下8个纲:Acidithiobacillia、α-Proteobacteria、β-Proteobacteria、γ-Proteobacteria、Chroococcidiopsidales、Oscillatoriophycideae、Synechococcales和Chlorophyceae.其具体分布情况有较大差异,从整体上分为3大类:在淡水湖泊(洱海)中,Synechococcales纲是主要固碳菌群,相对丰度为71.32%;在咸水湖泊(青海湖、托素湖)中,β-Proteobacteria纲、Synechococcale纲和Oscillatoriophycideae纲是主要固碳菌群,相对丰度分别是36.20%、23.47%和22.02%;在超盐湖泊(尕海、小柴旦湖、茶卡盐湖)中,Acidithiobacillia纲和Chlorophyceae纲是主要固碳菌群,相对丰度分别是53.33%和30.40%. Mantel检验结果显示,固碳微生物群落分布与盐度、溶解有机碳(DOC)、总磷、总氮、溶解无机碳(DIC)、pH及叶绿素a浓度存在显著的相关关系(P <0.05).ABT进一步分析显示,总磷对微生物群落的影响强度最大,相对影响强度百分比是20.04%.其次是盐度,相对影响强度百分比是16.81%.变形菌门(主要为Acidithiobacillia)和Synechococcale纲是青藏高原北部表层沉积物主要固碳微生物.不同盐度环境中的固碳微生物群落组成差异较大,盐度相似的环境中固碳微生物群落组成相似.因此,盐度和总磷是影响湖泊固碳微生物群落分布的主要因素. 展开更多
关键词 青藏高原湖泊 盐度 固碳微生物 rbcl基因 环境地质
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水龙骨科附生蕨类Rubisco大亚基的适应性进化:正向选择位点的鉴定 被引量：9
17
作者 苏应娟 王艇 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期74-80,共7页
核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)在植物光合作用中起重要作用,既负责碳同化又引发光呼吸。催化固定CO2的活性位点位于Rubisco大亚基,由叶绿体rbcL基因编码。水龙骨科是现存蕨类中最为衍生的类群,多为附生植物。为... 核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)在植物光合作用中起重要作用,既负责碳同化又引发光呼吸。催化固定CO2的活性位点位于Rubisco大亚基,由叶绿体rbcL基因编码。水龙骨科是现存蕨类中最为衍生的类群,多为附生植物。为验证蕨类植物在白垩纪适应被子植物兴起而发生分化的观点,本研究以水龙骨科附生蕨类为对象,利用位点间可变ω(非同义替换率dN和同义替换率dS的比值)模型对其rbcL基因的适应性进化进行分析。通过比较模型M1a/M2a和模型M7/M8,在氨基酸水平上,共鉴定出7个正向选择位点:133L,251M,262A,265V,282Y,326I和362I。其中位点262A,265V,282Y及326I对维持Rubisco功能的重要性也得到已发表实验数据的支持。这些结果一方面显示了基于ω比值检验DNA编码序列分子适应的有效性,另一方面也提示水龙骨类可借助rbcL等功能基因的适应性进化,应对白垩纪被子植物引发的陆地生态系统改变。 展开更多
关键词 水龙骨科 核酮糖-1 5-二磷酸羧化酶/加氧酶 rbcl基因 正向选择位点
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长菱形藻(Nitzschia longissima)和新月细柱藻(Cylindrotheca closterium)分子分类研究 被引量：8
18
作者 李海涛 杨官品 +2 位作者 石媛嫄 吴岁寒 孙颖 《海洋湖沼通报》 CSCD 北大核心 2006年第3期67-72,共6页
本研究自胶州湾分离了两种底栖硅藻,形态学初步鉴定为长菱形藻和新月细柱藻。对其18S rDNA和rbcL基因进行了测序并用邻接法构建了系统树。结果表明,两藻在18S rD-NA和rbcL基因序列上均存在较大的差异,基于DNA序列的分类结果与形态学分... 本研究自胶州湾分离了两种底栖硅藻,形态学初步鉴定为长菱形藻和新月细柱藻。对其18S rDNA和rbcL基因进行了测序并用邻接法构建了系统树。结果表明,两藻在18S rD-NA和rbcL基因序列上均存在较大的差异,基于DNA序列的分类结果与形态学分类结果一致。在依据形态指标难以确定藻类分类地位的情况下,18S rDNA和rbcL基因序列是有用的鉴定工具。 展开更多
关键词 长菱形藻 新月细柱藻 18S RDNA rbcl基因 分子鉴定
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凤尾蕨科旱生蕨类rbcL基因的适应性进化和共进化分析 被引量：9
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作者 周媛 王博 +1 位作者 高磊 王艇 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期409-416,共8页
核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)是植物参与光合作用的关键酶,其大亚基由叶绿体rbcL基因编码。为深入理解凤尾蕨科植物对干旱生境的分子适应机制,本研究以53种凤尾蕨科旱生植物的rbcL基因为对象,展开适应性进化和... 核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)是植物参与光合作用的关键酶,其大亚基由叶绿体rbcL基因编码。为深入理解凤尾蕨科植物对干旱生境的分子适应机制,本研究以53种凤尾蕨科旱生植物的rbcL基因为对象,展开适应性进化和共进化研究。采用位点间可变ω比值模型以及SLAC、REL和FEL等方法进行的适应性进化分析显示:在氨基酸水平上共有15个正选择位点(66S、84E、139L、235G、245I、252A、273Y、295K、296N、299M、307G、330E、349S、365F、404A),其中位点245I、252A和273Y对维持Rubisco功能起重要作用。共进化分析共鉴定出2组共进化位点,分别由139L、273Y、295K和273Y、295K、349S组成,这些氨基酸位点间的共进化方式与蛋白质的疏水性和分子量都显著相关。以上结果一方面支持基于ω比值检验DNA编码序列发生适应性进化的有效性,另一方面也提示凤尾蕨科植物对干旱生境的适应可能与rbcL基因的适应性进化有关。 展开更多
关键词 凤尾蕨科 rbcl基因 适应性进化 共进化
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蕨类植物rbcL基因正选择和负选择位点的鉴定 被引量：8
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作者 陈洁 张丽君 王艇 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期2391-2400,共10页
基于分支模型、位点模型及分支-位点模型对蕨类的rbcL基因所受到的选择压力进行了分析。结果显示:分支模型下检测到大部分分支处于负选择,仅4个分支处于正选择压力下,并且仅2分支具有统计上的显著性;在位点模型下,通过比较模型M1a/M2a和... 基于分支模型、位点模型及分支-位点模型对蕨类的rbcL基因所受到的选择压力进行了分析。结果显示:分支模型下检测到大部分分支处于负选择,仅4个分支处于正选择压力下,并且仅2分支具有统计上的显著性;在位点模型下,通过比较模型M1a/M2a和M7/M8,在氨基酸水平上模型M2a和模型M8均鉴定出98L位点被正选择;在模型M8下,鉴定负向选择位点共228个,占总序列的83.82%,从而揭示出负选择对rbcL基因的进化起着非常重要的作用;在分支位点-模型c下鉴定出262A被正选择。98L、262A位点分别位于rbcL羧基末端α/β桶结构域的第3和第8个α螺旋上。蕨类通过该结构域的适应性进化,适应白垩纪被子植物兴起而引发的陆地生态系统改变,研究结果为以后实验分析提供了首选位点。 展开更多
关键词 蕨类 rbcl基因 分支模型 位点模型 分支-位点模型 正向选择 负向选择
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