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基于16S rRNA基因测序的黄连对2型糖尿病大鼠肠道微生物多样性影响研究 被引量:23
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作者 顾宁宁 张兴德 +4 位作者 郁红礼 谢辉 朱潇潇 李莹 郑兴忠 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2017年第19期3998-4004,共7页
目的探索黄连提取物对2型糖尿病模型大鼠肠道微生物多样性的影响,探讨黄连治疗消渴证的机制。方法随机选取10只SD大鼠为对照组,其余大鼠采用特殊膳食诱导与ip链脲佐菌素(STZ)联合制备2型糖尿病模型,造模成功大鼠随机分为3组:模型组、黄... 目的探索黄连提取物对2型糖尿病模型大鼠肠道微生物多样性的影响,探讨黄连治疗消渴证的机制。方法随机选取10只SD大鼠为对照组,其余大鼠采用特殊膳食诱导与ip链脲佐菌素(STZ)联合制备2型糖尿病模型,造模成功大鼠随机分为3组:模型组、黄连提取物(4.36 g/kg)组、二甲双胍(0.097 g/kg)组,每组10只;各组均ig给药,对照组与模型组ig等体积的0.5%羟甲基纤维素钠(CMC-Na),每周监测体质量、血糖值各1次,给药4周后测定口服糖耐量以及胰岛素水平,给药4周后取其结肠内容物,进行16S rRNA基因测序。结果黄连提取物对2型糖尿病大鼠症状均有改善作用,16S rRNA基因得到了951个OTU,15个门、25个纲、43个目、69个科、182个属、357个种;门水平,模型组放线菌门(Actinobacteria)细菌的量明显高于对照组与黄连提取物组(P<0.05);脱铁杆菌门(Deferribacteres)只在模型组中检出;厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetae)、柔膜菌门(Tenericutes)、迷踪菌门(Elusimicrobia)在模型组中的量均高于对照组,而给予黄连提取物后,丰度有所降低;同时黄连提取物组中变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度略高于对照组与模型组。结论经膳食联合STZ诱导的2型糖尿病大鼠中放线菌门与脱铁杆菌门可能是潜在的标志菌;给予黄连提取物后,肠道菌群多样性发生改变,提示黄连提取物可以改善2型糖尿病大鼠肠道菌群紊乱。 展开更多
关键词 黄连 16S rrna基因测序 肠道菌群 2型糖尿病 放线菌门 脱铁杆菌门
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整合代谢组学与肠道菌群分析酸枣仁汤改善失眠大鼠的作用机制 被引量:17
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作者 杜鹤 刘佳星 +1 位作者 闫艳 杜晨晖 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第24期6741-6752,共12页
为探讨酸枣仁汤(SZRD)改善对氯苯丙氨酸(PCPA)致失眠大鼠模型的作用机制,通过腹腔注射PCPA溶液(400 mg·kg^(-1))制备失眠大鼠模型。利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术对大鼠海马样本进行代谢产物轮廓分析,并结合多元统计分析结合筛选差异... 为探讨酸枣仁汤(SZRD)改善对氯苯丙氨酸(PCPA)致失眠大鼠模型的作用机制,通过腹腔注射PCPA溶液(400 mg·kg^(-1))制备失眠大鼠模型。利用UPLC-Q-TOF-MS/MS技术对大鼠海马样本进行代谢产物轮廓分析,并结合多元统计分析结合筛选差异代谢物,借助MetaboAnalyst 5.0构建相关代谢通路。利用16S rRNA基因V3~V4区高通量测序,通过LEfSe、OPLS-DA、PICRUSt2预测功能分析肠道菌群的结构及相对丰度变化。在海马中共鉴定出22个差异代谢物,包括氨基酸类、脂肪酸类、核苷类、有机酸类、维生素类、其他类等;共涉及8条代谢通路,主要为丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,D-谷氨酰胺和D-谷氨酸代谢,苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成,精氨酸生物合成等。16S rRNA基因测序显示,瘤胃球菌属Ruminococcus、真杆菌属Eubacterium是SZRD组与模型组的差异菌群;PICRUSt2与LEfSe整合分析表明瘤胃球菌属Ruminococcus可能是SZRD改善PCPA失眠大鼠的标志性菌属。进一步采用Spearman相关性分析,结果显示SZRD干预的海马差异代谢物2-氧基-4-甲基硫代丁酸和棕榈烯酸与差异菌呈显著正相关。综上,SZRD通过影响氨基酸等代谢通路,调控菌群结构,从而间接发挥改善失眠作用。研究结果为从肠道菌群角度阐释经典名方酸枣仁汤改善失眠作用机制提供了新机制、新思路。 展开更多
关键词 酸枣仁汤 失眠 海马代谢组学 16S rrna基因测序 肠道菌群
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红花多糖对肠道微生态失调小鼠肠黏膜sIgA、血浆内毒素和肠道菌群的影响 被引量:15
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作者 代书景 石学魁 +3 位作者 佟雷 张静 史嘉翊 王妍 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2022年第1期12-17,共6页
目的研究红花多糖对肠道微生态失调小鼠的调节作用,探讨红花多糖改善微生态失调与肠黏膜免疫、血浆内毒素及肠道菌群的关系。方法应用盐酸林可霉素灌胃建立肠道微生态失调小鼠模型,然后用红花多糖进行治疗,同时设正常对照组(n=5)、自然... 目的研究红花多糖对肠道微生态失调小鼠的调节作用,探讨红花多糖改善微生态失调与肠黏膜免疫、血浆内毒素及肠道菌群的关系。方法应用盐酸林可霉素灌胃建立肠道微生态失调小鼠模型,然后用红花多糖进行治疗,同时设正常对照组(n=5)、自然恢复组(n=5)和丽珠肠乐组(n=5)。于给药7 d后处死小鼠,进行肠黏膜sIgA、血浆内毒素的检测,以及采用16S rRNA测序技术,对肠道菌群进行群落结构和多样性分析。结果给药治疗后,小鼠肠黏膜sIgA水平升高(F=3.9900,P=0.0090),血浆内毒素水平降低(F=3.8660,P=0.0100);基因测序结果显示红花多糖组和丽珠肠乐组菌群丰度与多样性均有提升,并能显著增加小鼠肠道菌群中毛螺菌属(t=2.6028,P=0.0092)、粪球菌属(t=4.5510,P<0.0001)、真杆菌属(t=2.3786,P=0.0173)、萨特菌属(t=6.2449,P<0.0001)等的相对比例,减少副拟杆菌属的含量(t=-4.6351,P<0.0001)。结论红花多糖可能通过提高小鼠肠黏膜sIgA含量,抑制血浆内毒素含量并通过增加肠道有益菌、降低致病菌、部分恢复和改善肠道菌群而发挥对微生态失调小鼠肠道菌群结构的调整作用。 展开更多
关键词 红花多糖 微生态失调 分泌型免疫球蛋白 内毒素 肠道菌群 16S rrna基因测序
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基于高通量测序技术研究靛玉红对溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响 被引量:15
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作者 梁艳妮 程雯 +4 位作者 吴柯楠 于金高 张东博 张珍 王征 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第13期3896-3904,共9页
目的研究靛玉红对葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium,DSS)诱导的溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)模型小鼠肠道菌群的影响及其作用机制。方法雄性昆明种小鼠随机分为对照组、模型组、柳氮磺胺吡啶(125 mg/kg)组和靛玉红低、中、... 目的研究靛玉红对葡聚糖硫酸钠(dextran sulfate sodium,DSS)诱导的溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)模型小鼠肠道菌群的影响及其作用机制。方法雄性昆明种小鼠随机分为对照组、模型组、柳氮磺胺吡啶(125 mg/kg)组和靛玉红低、中、高剂量(7.5、15.0、30.0 mg/kg)组,采用3%DSS自由饮用7 d诱导小鼠UC模型,第8天ig药物,连续干预7 d后,观察小鼠体征进行疾病活动指数(disease activity index,DAI)评分;采用苏木素-伊红(HE)染色观察小鼠结肠组织病理变化;采用ELISA法检测小鼠血清中白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、IL-8、IL-10、IL-1β和肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)水平;各组收集5份小鼠肠道内容物样本,采用细菌16S rRNA基因V4~V5区高通量测序,分析小鼠肠道内容物的菌群变化。结果与模型组比较,靛玉红组小鼠DAI评分显著降低(P<0.05),结肠组织损伤减轻,炎性细胞浸润减少,血清中促炎细胞因子IL-6、IL-8、IL-1β和TNF-α水平显著降低(P<0.05),抗炎细胞因子IL-10水平呈升高趋势。16S rRNA基因测序结果显示,模型组小鼠肠道菌群多样性降低,靛玉红组小鼠肠道菌群多样性升高,在门水平主要表现为拟杆菌门与厚壁菌门比例回升,属水平7个菌属Lachnospiraceae_FCS020_group、Ruminiclostridium_9、Eubacterium_brachy_group、别样棒菌属Allobaculum、链球菌属Streptococcus、Erysipelotrichaceae_UCG_003和Tyzzerella可能与靛玉红对UC的治疗作用相关。结论靛玉红能够通过调节UC小鼠肠道菌群、抑制肠道炎性反应,从而治疗UC。 展开更多
关键词 靛玉红 溃疡性结肠炎 16S rrna基因测序 肠道菌群 多样性分析
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基于化学成分与肠道菌群探讨消癌解毒方中黄连-乌梅药对的配伍机制 被引量:9
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作者 史悦华 范汇森 +4 位作者 刘晓 肖平 沈卫星 程海波 孙东东 《南京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期199-204,共6页
目的探讨黄连-乌梅药对与消癌解毒方水煎液中部分生物碱类成分的含量差异,并比较药对与全方对小鼠肠道菌群的影响。方法采用Extend-C18(100mm×2.1mm,1.8μm)色谱柱,以0.1%甲酸水(A)-乙腈(B)进行梯度洗脱,流速0.3mL/min,柱温35℃,... 目的探讨黄连-乌梅药对与消癌解毒方水煎液中部分生物碱类成分的含量差异,并比较药对与全方对小鼠肠道菌群的影响。方法采用Extend-C18(100mm×2.1mm,1.8μm)色谱柱,以0.1%甲酸水(A)-乙腈(B)进行梯度洗脱,流速0.3mL/min,柱温35℃,进样量2μL;离子化模式为电喷雾离子化(ESI),以正离子模式检测,开展方法学验证和含量测定研究。按照给药不同将小鼠分为正常组、全方高浓度组、全方低浓度组、药对高浓度组和药对低浓度组,连续灌胃给药7d,每组分别收集粪便样本,进行16S rRNA基因测序。结果建立的含量测定方法在一定浓度范围内线性关系良好,方法学验证结果均符合相关要求,木兰花碱与非洲防己碱在黄连、药对以及全方中的含量分别为:(4.433±0.133)(8.905±0.154)mg/g,(3.545±0.033)(9.170±0.051)mg/g,(5.287±0.038)(13.861±0.690)mg/g。全方组和药对组中拟杆菌门Bacteroides的丰度均高于正常组,而全方组和药对组中厚壁菌门Firmicutes的丰度均低于正常组。药对高浓度组中的疣微菌门Verrucomicrobia和变形菌门Proteobacteria的丰度高于其他组。结论液质联用方法和相关参数简便、可靠,可用于有关成分的含量检测。与单味药中含量相比,经过药对配伍后,非洲防己碱含量增加,而木兰花碱含量则略有降低;经过全方配伍后,2种成分的含量均增加。此外,肠道菌群实验表明无论是药对还是全方在给药后,会不同程度地影响肠道菌群内部占比改变,其可能对调节肠道系统平衡,具有一定帮助作用,从而为进一步阐释黄连-乌梅在消癌解毒方中配伍机制提供了参考和依据。 展开更多
关键词 黄连-乌梅 配伍 肠道菌群 16S rrna基因测序 含量测定
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参附注射液对阿霉素诱导的心力衰竭大鼠肠道细菌多样性的影响 被引量:9
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作者 赵震宇 胡炎芝 +3 位作者 董振华 刘嘉豪 张曦宁 李琳 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期2334-2340,共7页
目的 探讨参附注射液对阿霉素诱导的心力衰竭大鼠肠道菌群多样性的影响。方法 15只大鼠随机分为空白组、模型组、参附组,每组5只,模型组和参附组采用腹腔注射阿霉素(3 mg/kg,每周1次)的方法制备心衰大鼠模型,7周后参附组按6 mL/kg腹腔... 目的 探讨参附注射液对阿霉素诱导的心力衰竭大鼠肠道菌群多样性的影响。方法 15只大鼠随机分为空白组、模型组、参附组,每组5只,模型组和参附组采用腹腔注射阿霉素(3 mg/kg,每周1次)的方法制备心衰大鼠模型,7周后参附组按6 mL/kg腹腔注射参附注射液,空白组和模型组腹腔注射等量生理盐水,每天1次,连续15 d。给药结束后,取大鼠新鲜粪便,进行高通量16S rRNA测序分析。结果 Alpha多样性分析显示,模型组大鼠肠道细菌丰度和多样性较空白组增加,给药后参附组大鼠肠道细菌丰度和多样性较模型组减少。PCoA分析显示,在PC2轴上参附组与空白组距离较空白组与模型组距离缩短。门水平分析显示,与空白组比较,模型组的厚壁菌门丰度减少,拟杆菌门丰度增加,F/B值减小;与模型组比较,给药后参附组厚壁菌门丰度增加,拟杆菌门的丰度减少,F/B值增加。属水平分析显示,参附注射液可恢复因心衰导致的肠道细菌结构紊乱,给药后短链脂肪酸产生菌(如粪球带菌属)丰度增加,可能与参附注射液治疗心衰潜在机制有关。结论 参附注射液对心力衰竭大鼠肠道微生物环境有积极作用,可改善因心衰导致的大鼠肠道细菌结构紊乱,具有抑制致病菌生长,促进有益菌生长的作用。 展开更多
关键词 参附注射液 心力衰竭 阿霉素 肠道菌群 16S rrna基因测序
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肠道微生态与宫颈癌合并放射性肠损伤的临床研究 被引量:8
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作者 盛翔 朱瑞娟 李苏宜 《肠外与肠内营养》 CSCD 北大核心 2020年第2期78-83,共6页
目的:探讨肠道微生态结构变化与宫颈癌放疗致放射性肠损伤的相关性。方法:以RTOG/EORTC晚期放射损伤分级为依据,将纳入研究34例宫颈癌放疗后病人肠道损伤分为0~4级,将入组病人分为放射性肠损伤组(RG)和无放射性肠损伤组即健康组(HG)。利... 目的:探讨肠道微生态结构变化与宫颈癌放疗致放射性肠损伤的相关性。方法:以RTOG/EORTC晚期放射损伤分级为依据,将纳入研究34例宫颈癌放疗后病人肠道损伤分为0~4级,将入组病人分为放射性肠损伤组(RG)和无放射性肠损伤组即健康组(HG)。利用Illumina MiSeq高通量测序平台对粪便标本中肠道微生物的16S rRNA基因v4区序列进行测序,使用QIIME 2.0处理测序数据并分析肠道微生物丰富度和多样性,并通过PICRUSt预测了肠道微生物群的功能特征。结果:两组在肠道微生物丰富度、多样性均无显著性差异(P>0.05)。在菌群组成上,筛选出了5个与放射性肠损伤最为相关的菌属,分别为Acidaminococcus(氨基酸球菌属)、Pyramidobacter、Dialister(小杆菌属)、Megasphaera(巨球型菌属),f-Dethiosulfovibrionaceae uncl;在功能代谢上,发现RG肠道微生物群代谢类型出现了适应厌氧环境代谢途径和致病菌相关代谢途径上调的现象。结论:盆腔放射治疗直接或间接引起肠道粘膜受损、修复功能减弱和肠道抑菌能力降低,继而引起肠道微生态失衡。 展开更多
关键词 宫颈癌 放射性肠损伤 16S rrna基因测序 肠道微生态 KEGG代谢通路
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基于16S rRNA基因测序比较分析不同抗生素干预对小鼠肠道菌群动态变化的影响 被引量:8
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作者 刘军 张楠 +3 位作者 张雨笑 庞洁 刘洪杉 何秋水 《微生物学免疫学进展》 CAS 2021年第2期20-27,共8页
目的探讨不同种类抗生素对小鼠肠道菌群多样性和组成动态变化的影响。方法采用健康SPF级雌性C57BL/6小鼠20只随机分为对照组(CON组)6只、万古霉素组(VAN组)6只和多黏菌素组(PMB组)8只,通过饮用抗生素方式连续处理5周,于3周、5周采集小... 目的探讨不同种类抗生素对小鼠肠道菌群多样性和组成动态变化的影响。方法采用健康SPF级雌性C57BL/6小鼠20只随机分为对照组(CON组)6只、万古霉素组(VAN组)6只和多黏菌素组(PMB组)8只,通过饮用抗生素方式连续处理5周,于3周、5周采集小鼠粪便样本进行16S rRNA基因的V4-V5区测序。结果与CON组相比,VAN组处理3周和5周菌群多样性显著降低,以疣微菌门(阿克曼菌科)、变形菌门(肠杆菌科)及无胆支原体科相对丰度显著增加,拟杆菌门(Muribaculaceae菌科、普雷沃菌科)和毛螺菌科显著减少为特征(P均<0.05)。PMB组处理3周后,菌群多样性显著增加,以普雷沃菌科和毛螺菌科相对丰度显著增加,疣微菌门(阿克曼菌科)和Muribaculaceae菌科显著减少为特征。PMB处理5周后,菌群多样性显著降低,以疣微菌门(阿克曼菌科)相对丰度显著增加,而厚壁菌门(毛螺菌科)显著减少为特征(P均<0.05)。结论用不同种类的抗生素处理不同时间后小鼠肠道菌群组成不同,但多样性均显著降低,且抗生素处理时间越长菌群多样性降低幅度越大,菌群种类越少。 展开更多
关键词 抗生素 肠道菌群 多样性 16S rrna基因测序 万古霉素 多黏菌素
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腹泻患者肠道菌群特点及益生菌的干预研究 被引量:8
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作者 王慕华 麻杰 +1 位作者 曹睿 彭晓光 《中国乳品工业》 CAS 北大核心 2022年第11期11-15,64,共6页
为阐明肠道菌群与腹泻的关系以及益生菌对腹泻的干预作用,以腹泻患者为研究对象,健康人群为对照,通过16S rRNA基因高通量测序,研究了腹泻患者人群与健康人群肠道菌群的差异,以及腹泻患者服用益生菌后肠道菌群的改变和腹泻症状的改善。... 为阐明肠道菌群与腹泻的关系以及益生菌对腹泻的干预作用,以腹泻患者为研究对象,健康人群为对照,通过16S rRNA基因高通量测序,研究了腹泻患者人群与健康人群肠道菌群的差异,以及腹泻患者服用益生菌后肠道菌群的改变和腹泻症状的改善。结果表明:细菌感染腹泻1患者人群的肠道菌群与健康人群存在显著差异,腹泻1患者人群肠道微生物多样性显著降低。肠道菌群在门水平上,健康人群以厚壁菌门、拟杆菌门为主,腹泻1患者人群主要以变形菌门为主;肠道菌群在属水平上,健康人群的核心菌群为拟杆菌属、粪杆菌属、普氏菌属,腹泻1患者人群以致病菌志贺氏杆菌和克雷伯氏杆菌属占主要地位。益生菌干预后,腹泻1患者人群的肠道菌群结构得到大幅改善,腹泻症状减轻或消除。 展开更多
关键词 腹泻 肠道菌群 16S rrna基因测序 益生菌干预
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自身免疫性肝病患者肝组织中菌群丰度和多样性的初步研究 被引量:8
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作者 周思敏 刘曼 +3 位作者 周璐 郭丽萍 常毅湘 王邦茂 《中华消化杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期244-250,共7页
目的通过分析自身免疫性肝病(AILD)患者肝组织中是否存在特异性细菌,拟为AILD发病机制的研究提供线索。方法纳入2017年8月至2018年8月在天津医科大学总医院消化科就诊的12例AILD患者[其中4例自身免疫性肝炎(AIH),4例原发性胆汁性胆管炎(... 目的通过分析自身免疫性肝病(AILD)患者肝组织中是否存在特异性细菌,拟为AILD发病机制的研究提供线索。方法纳入2017年8月至2018年8月在天津医科大学总医院消化科就诊的12例AILD患者[其中4例自身免疫性肝炎(AIH),4例原发性胆汁性胆管炎(PBC),4例PBC-AIH重叠综合征(OS)]和4例肝囊肿患者(对照),均行肝活组织穿刺检查。对所获无菌肝组织进行16SrRNA基因测序,基于线性判别分析效应量找出差异菌,以Spearman相关性分析探讨肝脏菌群与疾病的相关性,并对测得的16SrRNA基因序列进行代谢功能的预测。结果16例纳入患者肝组织中均检测到细菌。在种水平,AIH组莱比托游动球菌丰度为0.100%,高于其余3组的0,差异有统计学意义[线性判别分析(LDA)=3.31,P=0.034];PBC组嗜热厌氧芽孢杆菌相对丰度为0.200%,高于其余3组的0.100%,差异有统计学意义(LDA=3.34,P=0.014)。铜绿假单胞菌PAO1、坚强芽孢杆菌、土壤短芽孢杆菌、鲍曼不动杆菌、玉米鞘氨醇单胞菌、肠沙门菌的相对丰度与血清GGT水平均呈负相关(r=-0.68、-0.68、-0.67、-0.68、-0.68、-0.66,P均<0.01)。与肝囊肿组患者相比,AILD患者脂质代谢途径减弱。血清低密度脂蛋白和总胆固醇的水平与不饱和脂肪酸的生物合成均呈负相关(r=-0.55、-0.65,P均<0.05)。结论AIH组和PBC组患者肝组织中存在特异性细菌。与AILD发病机制密切相关的肝脏微生物群,可能是一种潜在的诊断和治疗靶点。 展开更多
关键词 自身免疫性肝病 肝组织 16S rrna基因测序 菌群丰度 多样性
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呼吸道及肠道菌群在慢性阻塞性肺病发病机制中的研究进展 被引量:8
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作者 曹杨 舒磊 冯旰珠 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1843-1849,共7页
慢性阻塞性肺疾病(chronic obstractive pulmonary disease,COPD)是常见的肺部慢性疾病,相关发病机制尚未完全明确。近年来,呼吸道及肠道菌群在COPD的发病及治疗中所发挥的作用引起广泛关注。本文就不同表型COPD患者呼吸道菌群种属分布... 慢性阻塞性肺疾病(chronic obstractive pulmonary disease,COPD)是常见的肺部慢性疾病,相关发病机制尚未完全明确。近年来,呼吸道及肠道菌群在COPD的发病及治疗中所发挥的作用引起广泛关注。本文就不同表型COPD患者呼吸道菌群种属分布情况及其丰度、肠道菌群对COPD发病机制的影响等相关文献进行复习,旨在为拓展对COPD发病机制的认识,加深有关肠-肺轴对COPD发病影响的了解,探讨COPD的新型防治策略提供思路。 展开更多
关键词 呼吸道菌群 肠道菌群 慢性阻塞性肺疾病 16S rrna基因测序
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HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌的应用研究 被引量:7
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作者 张嵘 方玉才 +6 位作者 孙谦 张艳 柯文鸿 柳正卫 周宏伟 胡燕燕 陈功祥 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期839-842,共4页
目的采用HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌,评价其优缺点。方法收集浙江、安徽等地74株临床非结核分枝杆菌,采用HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌,并用16SrRNA基因测序方法对其进行比较和评价。结果74株非结核分... 目的采用HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌,评价其优缺点。方法收集浙江、安徽等地74株临床非结核分枝杆菌,采用HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌,并用16SrRNA基因测序方法对其进行比较和评价。结果74株非结核分枝杆菌HAIN基因分型试剂盒鉴定结果为:31株胞内分枝杆菌,12株脓肿分枝杆菌,8株偶发分枝杆菌,6株堪萨斯分枝杆菌,5株鸟分枝杆菌,3株耻垢分枝杆菌,2株草分枝杆菌,2株瘰疬分枝杆菌,1株戈登分枝杆菌,另外有4株菌株只能鉴定为分枝杆菌属,不能鉴定到种。8株结核分枝杆菌鉴定准确。与16S rRNA基因测序相比较,HAIN基因分型试剂盒除了4株菌株只能鉴定为分枝杆菌属以外,其余70株非结核分枝杆菌均能鉴定到种,鉴定符合率为94.59%;并且它能进一步区分脓肿分枝杆菌和龟分枝杆菌,以及堪萨斯分枝杆菌和胃分枝杆菌。如果单纯鉴定HAIN基因分型试剂盒菌株范围之内的临床最常见非结核分枝杆菌菌株,鉴定符合率为100%。结论HAIN基因分型试剂盒鉴定临床非结核分枝杆菌时间短、操作简单、结果准确,可在临床推广使用。 展开更多
关键词 非结核分枝杆菌 HAIN基因分型试剂盒 16S rrna基因测序
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基于肠道菌群探究一贯煎多糖的结构及改善小鼠肝纤维化作用 被引量:3
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作者 魏霞 王星星 +5 位作者 方勤勤 徐莹 秦路平 刘平 刘伟 吴建军 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1110-1123,共14页
目的探究一贯煎多糖(YGJP-W)的基本结构特征以及其改善四氯化碳(CCl4)诱导小鼠肝纤维化的活性,分析YGJP-W抗肝纤维化活性与其调节肠道菌群结构变化关系。方法采用水提醇沉和弱阴离子交换色谱制备一贯煎多糖组分YGJP-W,依次采用苯酚-硫... 目的探究一贯煎多糖(YGJP-W)的基本结构特征以及其改善四氯化碳(CCl4)诱导小鼠肝纤维化的活性,分析YGJP-W抗肝纤维化活性与其调节肠道菌群结构变化关系。方法采用水提醇沉和弱阴离子交换色谱制备一贯煎多糖组分YGJP-W,依次采用苯酚-硫酸法、间羟基联苯法、BCA蛋白定量分析试剂盒、高效凝胶渗透色谱法(high performance gel permeation chromatography,HPGPC)、FT-IR、离子色谱仪及扫描电镜法(scanning electron microscope,SEM)对一贯煎多糖的总糖含量、糖醛酸含量、蛋白含量、相对分子质量分布、官能团、单糖组成及形貌特征进行表征,采用CCl4诱导的小鼠模型,检测YGJP-W(50、100 mg/kg)干预3周后的小鼠血清谷丙转氨酶、谷草转氨酶及肝组织羟脯氨酸水平,并通过HE染色和天狼猩红染色观察肝脏组织学变化,评价YGJP-W改善肝纤维化活性;采用16S rDNA测序技术评价YGJP-W对小鼠肠道菌群的影响;采用抗生素联合YGJP-W干预,评价YGJP-W是否通过调节肠道菌群发挥药效作用。结果YGJP-W总得率为11.60%,总糖质量分数为92.48%,至少由相对分子质量为1.74×10^(5)和5.6×10^(3)的2种多糖组成,单糖组成包含半乳糖、葡萄糖、甘露糖和果糖,其物质的量比为1.0∶2.8∶1.4∶1.6。YGJP-W干预3周后,能够显著改善CCl4引起的肝功能异常、肝组织病理损伤、胶原沉积和纤维化。YGJP-W在改善肝纤维化的同时能够引起小鼠肠道菌群结构变化,在门水平上,YGJP-W显著性降低拟杆菌门丰度[(57.4±14.6)%vs(79.3±8.1)%,P<0.01],增加变形菌门[(10.4±4.7)%vs(2.1±1.9)%,P<0.01]和放线菌门[(3.7±2.4%)%vs(0.3±0.1)%,(P<0.01)]丰度,在属水平上,YGJP-W增加狄氏副拟杆菌属Parabacteroides、埃希氏菌-志贺氏菌属Escherichia-Shigella、活泼瘤胃球菌属Ruminococcus_gnavus_group、萨特氏菌属Sutterella、毛螺菌属NK4A136组Lachnospiraceae_NK4A136_group和梭杆菌属Fusobacterium共6个菌属的丰度(LDA score> 展开更多
关键词 一贯煎 多糖 肝纤维化 16S rrna基因测序 肠道菌群
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合作猪夏冬季的肠道菌群结构 被引量:7
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作者 裴利君 杨巧丽 +1 位作者 王鹏飞 滚双宝 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 2021年第4期8-15,共8页
【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P>0.05)... 【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P>0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P<0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P<0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P<0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P<0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64(Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P<0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关. 展开更多
关键词 合作猪 季节 肠道菌群 16S rrna基因测序
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Graves病患者肠道菌群多样性分析 被引量:7
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作者 孙博文 杨孟雪 +3 位作者 刘军 周雪 李飞 杨波 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2020年第6期767-773,共7页
目的初步探究Graves病(Graves disease,GD)患者肠道菌群的多样性变化。方法选择遵义医科大学附属医院就诊的初诊Graves病患者(n=18例),同期于体检中心体检的健康人群(n=11例),受试者均排除近1个月内合并感染性疾病、其他自身免疫疾病、... 目的初步探究Graves病(Graves disease,GD)患者肠道菌群的多样性变化。方法选择遵义医科大学附属医院就诊的初诊Graves病患者(n=18例),同期于体检中心体检的健康人群(n=11例),受试者均排除近1个月内合并感染性疾病、其他自身免疫疾病、应用益生菌及抗生素等。并收集其粪便样本,提取肠道菌群DNA,16S rRNA基因扩增,Illumina平台测序,对测序结果进行物种注释、多样性及物种差异分析。结果测序共测得1200665条高质量序列,每个样本平均含有(41402±6733)条有效序列。2组间Chao1指数、ACE指数、Shannon指数及Simpson指数没有统计学差异(P>0.05),但GD组均小于NC组,表明Graves病患者肠道菌群多样性降低。2组间肠道菌群组成和结构存在显著差异,门水平上GD组厚壁菌门相对丰度低于NC组,而放线菌门高于NC组(P<0.05)。属水平上GD组双歧杆菌属、柯林斯氏菌属、Pediococcus、N09、02d06等相对于NC组优势丰度分布,而罗斯氏菌属、小杆菌属、Thermus、Slackia、[Prevotella]等相对丰度低于NC组(P<0.05)。结论通过对Graves病患者肠道菌群的多样性分析,可得出Graves病患者与正常人肠道菌群确有差异,肠道菌群紊乱导致肠道慢性炎症状态及免疫激活可能是Graves病的发病机制之一。 展开更多
关键词 GRAVES病 肠道菌群 16S rrna基因测序 Th17/Treg轴 短链脂肪酸
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大豆和猪肉来源的高蛋白饮食对小鼠肥胖及肠道菌群的影响 被引量:2
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作者 王涛 季珊珊 +4 位作者 汤鑫磊 李倩 王恒鹏 孟祥忍 姜松松 《食品科学技术学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期120-130,共11页
肥胖是一种复杂的代谢性疾病,与肠道菌群有一定的联系。为分析大豆和猪肉来源的高蛋白饮食对小鼠肥胖的干预作用及对肠道菌群结构的影响,采用高脂膳食诱导构建C57BL/6J小鼠肥胖模型,随后将肥胖小鼠按体质量随机分为4组,高脂饮食(HF)组... 肥胖是一种复杂的代谢性疾病,与肠道菌群有一定的联系。为分析大豆和猪肉来源的高蛋白饮食对小鼠肥胖的干预作用及对肠道菌群结构的影响,采用高脂膳食诱导构建C57BL/6J小鼠肥胖模型,随后将肥胖小鼠按体质量随机分为4组,高脂饮食(HF)组、普通恢复(NR)组、高大豆蛋白饮食(HSP)组和高猪肉蛋白饮食(HPP)组,进行为期12周的膳食干预,同时设置空白对照(NC)组,通过对炎症因子及脂肪结构等指标的检测,分析大豆和猪肉来源的高蛋白饮食对肥胖小鼠的干预作用;同时,取盲肠内容物通过16S rRNA高通量测序技术分析各组小鼠肠道菌群的差异性。与NR组相比,HSP组及HPP组小鼠体质量和血清脂多糖水平、肿瘤坏死因子α质量浓度均有不同程度的下降;同时,肝脏苏木精-伊红染色和油红O染色结果显示,HSP组和HPP组小鼠肝脏脂肪沉积明显减轻(P<0.05)。高脂饮食和高蛋白饮食显著降低了小鼠肠道菌群物种丰富度及进化关系的多样性,而对物种多样性与均匀度无显著影响(P>0.05)。高蛋白饮食改善了小鼠的肥胖,并改变了肥胖小鼠的肠道菌群结构。研究旨在为通过饮食干预调控肠道菌群预防和改善肥胖提供新的见解。 展开更多
关键词 高蛋白饮食 16S rrna基因测序 肥胖 小鼠 肠道菌群
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儿童感染沙门菌耐药特点及鉴定方法的研究 被引量:6
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作者 胡立新 宋文琪 +2 位作者 苏建荣 董方 王艳 《首都医科大学学报》 CAS 北大核心 2016年第3期364-369,共6页
目的研究引起儿童感染的沙门菌耐药特点及快速鉴定方法。方法选择沙门菌75株,使用标准生物化学和血清学试验对所有菌株进行鉴定;使用16S rRNA基因测序法鉴定;使用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption io... 目的研究引起儿童感染的沙门菌耐药特点及快速鉴定方法。方法选择沙门菌75株,使用标准生物化学和血清学试验对所有菌株进行鉴定;使用16S rRNA基因测序法鉴定;使用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)法鉴定,以上两种方法结果与传统培养方法结果进行比对分析。使用Kerby-Bauer纸片扩散法对常用抗生素进行敏感性试验,使用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)测定对广谱β-内酰胺类药物耐药的基因。结果 75株沙门菌中,鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌检出率最高,分别为32株和26株。16S rRNA基因测序法与传统培养法的符合率为100%。MALDI-TOF-MS法的属符合率为100%,其中鉴定率在99.9%以上的为17株,90%以上的为32株,80%以上的为26株,结果均可信,但其对具体血清型的符合率不高。75株沙门菌中,耐药率最高的是氨苄西林(69.3%,52/75),其次是氨苄西林/舒巴坦(44.0%,33/75),第三是萘啶酸(42.7%,32/75)。75株沙门菌中共检出19株对广谱β-内酰胺类药物耐药,占25.3%。19株中有15株携带bla CTX-M基因(8株为bla CTX-M-14,2株为bla CTX-M-9,1株为bla CTX-M-34,2株为bla CTX-M-3,2株为bla CTX-M-15),8株携带bla TEM-1基因,4株携带bla OXA-1基因。结论 16S rRNA基因测序法作为细菌鉴定的金标准,以其快速准确著称,可作为传统鉴定法的补充方法。MALDI-TOF-MS法可以快速鉴定沙门菌,但仅在科研模式下指向性地提示血清型,因此需采用其他辅助技术进行鉴定。引起儿童腹泻的沙门菌对多种抗生素耐药,对3代头孢菌素类的耐药主要由bla CTX-M型引起。 展开更多
关键词 沙门菌 16S rrna基因测序 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 耐药 BLA CTX-M
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基于高通量测序技术研究色胺酮对溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响 被引量:6
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作者 梁艳妮 唐志书 +4 位作者 李璐含 乔帆帆 武伟伟 吴柯楠 王征 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2021年第4期380-387,393,共9页
目的研究色胺酮对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠肠道菌群的影响。方法用3%DSS自由饮用7 d诱导昆明种小鼠UC模型,灌胃125 mg/kg柳氮磺胺吡啶作为阳性对照,色胺酮组以78 mg/kg水溶液灌胃给药,观察小鼠给药前后的体征,进... 目的研究色胺酮对葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导溃疡性结肠炎(UC)模型小鼠肠道菌群的影响。方法用3%DSS自由饮用7 d诱导昆明种小鼠UC模型,灌胃125 mg/kg柳氮磺胺吡啶作为阳性对照,色胺酮组以78 mg/kg水溶液灌胃给药,观察小鼠给药前后的体征,进行疾病活动指数(DAI)评分,观察结肠组织形态变化;ELISA法检测小鼠血清中IL-6、IL-8、IL-10、IL-1β和TNF-α水平变化;每组收集5个粪便样本,利用Illumina MiSeq测序平台采用细菌的16S rRNA进行V4-V5区高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果色胺酮和阳性药干预后,DAI评分表明小鼠体征有所改善,HE染色显示UC小鼠结肠组织损伤有一定程度修复,炎性细胞减少;ELISA检测显示小鼠血清中促炎性细胞因子IL-6、IL-8、IL-1β和TNF-α水平下调,抑炎性细胞因子IL-10水平上升;测序后菌群物种注释及生物多样性分析显示色胺酮干预后UC小鼠失调的厚壁菌门/拟杆菌门比例得到一定程度恢复,菌群多样性有一定程度回调,菌群结构向正常状态恢复;肠道菌群LEfSe组间差异显著性分析结果表明4个菌属ErysipelotrichaceaeUCG003、Sellimonas、RikenellaceaeRC9gutgroup和Tyzzerella丰度可能与色胺酮对UC治疗作用相关。结论色胺酮治疗UC小鼠后,小鼠体征、结肠组织病理结构、细胞因子水平及肠道菌群变化等结果均表明色胺酮对UC小鼠肠道微生态具有调节作用,为色胺酮抗UC作用机制研究提供了新思路。 展开更多
关键词 色胺酮 溃疡性结肠炎 16S rrna基因测序 肠道菌群 多样性分析
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对饮用水中疑似铜绿假单胞菌的复核鉴定 被引量:2
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作者 田雨 周鹏飞 吴海平 《工业微生物》 CAS 2024年第1期177-183,共7页
铜绿假单胞菌是一种不允许在饮用水中检出的条件致病菌,本文对10株分离自饮用水样品的菌株进行了菌落形态观察及生化反应确证,并使用HK-MID细菌鉴定系统、VITEK 2全自动微生物鉴定系统和16S rRNA基因测序等多种手段进行进一步鉴定。鉴... 铜绿假单胞菌是一种不允许在饮用水中检出的条件致病菌,本文对10株分离自饮用水样品的菌株进行了菌落形态观察及生化反应确证,并使用HK-MID细菌鉴定系统、VITEK 2全自动微生物鉴定系统和16S rRNA基因测序等多种手段进行进一步鉴定。鉴定结果表明,部分菌株并非铜绿假单胞菌,但均为条件致病菌,从食品安全的角度考虑,不应出现在饮用水、矿泉水中。本文除了探讨以往的研究普遍关注的检验方法的准确性与时效性,还对这些菌株进行了分析,为相关管理部门进行质量监督、制定标准提供了研究依据和借鉴。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 HK-MID细菌生化鉴定系统 VITEK 2全自动微生物鉴定系统 16S rrna基因测序
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基于全长16S rRNA测序的高尿酸血症人群肠道菌群特征 被引量:5
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作者 贾海英 胡峰 +4 位作者 杨利 邹晓宁 王珍 孟令军 李业荣 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期265-274,共10页
目的:对高尿酸血症(hyperuricemia,HUA)患者和健康对照人群的肠道菌群特征进行差异性分析,探索肠道菌群与高尿酸之间的相关性。方法:在中国人民解放军战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募63名成年志愿者,其中HUA患者25例... 目的:对高尿酸血症(hyperuricemia,HUA)患者和健康对照人群的肠道菌群特征进行差异性分析,探索肠道菌群与高尿酸之间的相关性。方法:在中国人民解放军战略支援部队特色医学中心2021年健康体检人群中招募63名成年志愿者,其中HUA患者25例,健康对照人群38例,采集他们的粪便样本,通过使用全长16S rRNA测序技术,对所有受试者粪便样本进行分析,研究不同尿酸水平人群的肠道菌群构成特征。结果:HUA组与健康对照组肠道菌群的整体组成存在差异,α多样性指数在HUA组明显降低,β多样性分析可以看出两组间存在明显差异。在菌群组成上,HUA组表现为拟杆菌门增多,厚壁菌门降低。通过LEfSe差异分析,发现HUA组具有独特的菌群结构,以普拉梭菌( Faecalibacterium prausnitzii)为代表的多种短链脂肪酸(SCFAs)产生菌明显降低;唾液链球菌( Streptococcus salivarius)、脆弱拟杆菌( Bacteroides fragilis)、 Fusobacterium hwasookii、 Flavonifractor plautii、黏液分枝杆菌( Mycobacterium mucogenicum B)、 Blautia sp003287895在HUA组明显升高。此外,通过PICRUSt2功能基因预测发现HUA组人群肠道菌群短链脂肪酸合成途径等相关代谢降低,与特有的菌群结构一致。 结论:HUA人群与健康对照人群比较,存在特有的肠道菌群构成和代谢特征。 展开更多
关键词 肠道菌群 高尿酸血症 全长16S rrna基因测序
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