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基于PacBio 16S rRNA基因全长测序调查某校园水体微生物群落结构及多样性研究
1
作者
叶珏妃
张逸博
+2 位作者
万晶
党晨原
付杰
《环境科学与管理》
CAS
2023年第6期110-115,共6页
水体是校园环境的重要部分,了解水体特征对于校园水体治理和完善校园生态环境研究具有重要意义。采用PacBio 16S rRNA基因全长测序技术,对某校园水体微生物群落的结构及多样性进行分析。结果显示各处校园水体的群落丰度与多样性呈现出差...
水体是校园环境的重要部分,了解水体特征对于校园水体治理和完善校园生态环境研究具有重要意义。采用PacBio 16S rRNA基因全长测序技术,对某校园水体微生物群落的结构及多样性进行分析。结果显示各处校园水体的群落丰度与多样性呈现出差异,源湖、南一楼西湖和东湖的微生物群落丰度和多样性要高于东九湖、醉晚亭西湖和东湖。具体表现为水体的菌门和菌属的组成与丰度有所不同,呈现出复杂的变化情况。Beta多样性分析结果显示空间距离小的水体的微生物组成更为相似。水体微生物群落多样性受到NH_(3)-N、TP、DO等多种环境因子的共同作用。
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关键词
微生物多样性
群落结构
水体
16S
rrna
基因
全长
测序
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职称材料
锡林郭勒牧场人畜肠道微生物及土壤微生物多样性的比较分析
被引量：
2
2
作者
王佼
王彦杰
+4 位作者
侯强川
徐海燕
孙志宏
张和平
孙天松
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期337-347,共11页
以内蒙古锡林郭勒镶黄旗呼日敦高勒嘎查牧场内牛、山羊、绵羊、马、人的粪便和土壤为研究对象,利用Pac Bio SMRT测序平台对细菌16S rRNA基因全长进行测序,运用生物信息学分析方法对人畜肠道微生物及土壤微生物多样性进行全面评估.结果发...
以内蒙古锡林郭勒镶黄旗呼日敦高勒嘎查牧场内牛、山羊、绵羊、马、人的粪便和土壤为研究对象,利用Pac Bio SMRT测序平台对细菌16S rRNA基因全长进行测序,运用生物信息学分析方法对人畜肠道微生物及土壤微生物多样性进行全面评估.结果发现,人畜肠道菌群均以厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,而土壤以酸杆菌门和变形菌门为优势菌门.在属水平,人畜以梭菌属、拟杆菌属为优势菌属,而土壤以Blastocatella和芽孢杆菌属为优势菌属.在种水平人以Escherichia/Shigella dysenteriae和Streptococcus salivarius为优势菌种,而4种家畜的优势菌种均为Oscillibacter valericigenes和Eubacterium coprostanoligenes.土壤以Blastocatella fastidiosa和Bacillus longiquaesitum为优势菌种.比较各样品α多样性发现,人肠道微生物的多样性显著低于其他食草动物.通过主坐标和层次聚类分析发现可将6种样品分为:组1(人)、组2(马)、组3(绵羊、牛、山羊)和组4(土壤)4组.本研究对差异OTU进行比对分析探究了造成该分组的原因.因此本研究揭示了土壤、人和家畜肠道微生物组成和结构存在显著的差异,为进一步研究不同生境中微生物多样性提供数据参考.
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关键词
肠道微生物
土壤微生物
单分子实时
测序
多样性
16S
rrna
基因
全长
测序
原文传递
题名
基于PacBio 16S rRNA基因全长测序调查某校园水体微生物群落结构及多样性研究
1
作者
叶珏妃
张逸博
万晶
党晨原
付杰
机构
华中科技大学环境科学与工程学院
出处
《环境科学与管理》
CAS
2023年第6期110-115,共6页
基金
国家自然科学基金资助项目(91851110&52100217)
湖北省自然科学基金资助项目(2020CFA106&2021CFB016)。
文摘
水体是校园环境的重要部分,了解水体特征对于校园水体治理和完善校园生态环境研究具有重要意义。采用PacBio 16S rRNA基因全长测序技术,对某校园水体微生物群落的结构及多样性进行分析。结果显示各处校园水体的群落丰度与多样性呈现出差异,源湖、南一楼西湖和东湖的微生物群落丰度和多样性要高于东九湖、醉晚亭西湖和东湖。具体表现为水体的菌门和菌属的组成与丰度有所不同,呈现出复杂的变化情况。Beta多样性分析结果显示空间距离小的水体的微生物组成更为相似。水体微生物群落多样性受到NH_(3)-N、TP、DO等多种环境因子的共同作用。
关键词
微生物多样性
群落结构
水体
16S
rrna
基因
全长
测序
Keywords
microbial diversity
community structure
waterbody
16S
rrna
gene full-length sequencing
分类号
X171 [环境科学与工程—环境科学]
下载PDF
职称材料
题名
锡林郭勒牧场人畜肠道微生物及土壤微生物多样性的比较分析
被引量：
2
2
作者
王佼
王彦杰
侯强川
徐海燕
孙志宏
张和平
孙天松
机构
内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室农业农村部奶制品加工重点实验室
出处
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期337-347,共11页
基金
国家自然科学基金(31720103911
31622043)
+1 种基金
国家现代农业产业(奶牛)技术体系建设(CARS-36)
内蒙古自治区科技重大专项资助
文摘
以内蒙古锡林郭勒镶黄旗呼日敦高勒嘎查牧场内牛、山羊、绵羊、马、人的粪便和土壤为研究对象,利用Pac Bio SMRT测序平台对细菌16S rRNA基因全长进行测序,运用生物信息学分析方法对人畜肠道微生物及土壤微生物多样性进行全面评估.结果发现,人畜肠道菌群均以厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,而土壤以酸杆菌门和变形菌门为优势菌门.在属水平,人畜以梭菌属、拟杆菌属为优势菌属,而土壤以Blastocatella和芽孢杆菌属为优势菌属.在种水平人以Escherichia/Shigella dysenteriae和Streptococcus salivarius为优势菌种,而4种家畜的优势菌种均为Oscillibacter valericigenes和Eubacterium coprostanoligenes.土壤以Blastocatella fastidiosa和Bacillus longiquaesitum为优势菌种.比较各样品α多样性发现,人肠道微生物的多样性显著低于其他食草动物.通过主坐标和层次聚类分析发现可将6种样品分为:组1(人)、组2(马)、组3(绵羊、牛、山羊)和组4(土壤)4组.本研究对差异OTU进行比对分析探究了造成该分组的原因.因此本研究揭示了土壤、人和家畜肠道微生物组成和结构存在显著的差异,为进一步研究不同生境中微生物多样性提供数据参考.
关键词
肠道微生物
土壤微生物
单分子实时
测序
多样性
16S
rrna
基因
全长
测序
Keywords
gut microbiota
soil microbiota
single-molecule real-time (SMRT)sequencing technology
diversity
16S
rrna
full-length sequencing
分类号
S154.3 [农业科学—土壤学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于PacBio 16S rRNA基因全长测序调查某校园水体微生物群落结构及多样性研究
叶珏妃
张逸博
万晶
党晨原
付杰
《环境科学与管理》
CAS
2023
0
下载PDF
职称材料
2
锡林郭勒牧场人畜肠道微生物及土壤微生物多样性的比较分析
王佼
王彦杰
侯强川
徐海燕
孙志宏
张和平
孙天松
《科学通报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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