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Natural selection maintains the transcribed LTR retrotransposons in Nosema bombycis 被引量:7
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作者 Heng Xiang Guoqing Pan +5 位作者 Ruizhi Zhang Jinshan Xu Tian Li Wenle Li Zeyang Zhou Zhonghuai Xiang 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 2010年第5期305-314,共10页
Eight intact LTR retrotransposons (Nbr1-Nbr8) have been previously characterized from the genome of Nosema bombycis, a eu- karyotic parasite with a compact and reduced genome. Here we describe six novel transcribed ... Eight intact LTR retrotransposons (Nbr1-Nbr8) have been previously characterized from the genome of Nosema bombycis, a eu- karyotic parasite with a compact and reduced genome. Here we describe six novel transcribed Nbr elements (Nbr9-Nbr14) identified through either cDNA library or RT-PCR. Like previously determined ones, all of them belong to the Ty3/Gypsy superfamily. Retrotransposon diversity and incomplete domains with insertions (Nbr12), deletions (Nbrll) and in-frame stop codons in coding regions (Nbr9) were detected, suggesting that both defective and loss events of LTR retrotransposon have happened in N. bornbycis genome. Analysis of selection showed that strong purifying selection acts on all elements except Nbr11. This implies that selective pressure keeps both these Nbrs and their functions in genome. Interestingly, Nbrll is under positive selection and some positively selected codons were identified, indicating that new functionality might have evolved in the Nbrll retrotransposon. Unlike other transposable elements, Nbrll has integrated into a conserved syntenic block and probably resulted in the inversion of both flanking regions. This demonstrates that transposable element is an important factor for the reshuffling and evolution of their host genomes, and may be maintained under natural selection. 展开更多
关键词 MICROSPORIDIA LTR retrotransposon transcribed purifying selection positive selection
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念珠藻类(蓝藻)psb A基因的进化分析 被引量:1
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作者 魏爱丽 杨谢 +3 位作者 王捷 巩超彦 王清华 李艳晖 《河南师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第1期114-120,I0004,I0005,共9页
蓝藻psbA基因家族编码不同形式的D1蛋白,该蛋白是光系统II反应中心的重要组成部分.以39条念珠藻属(Nostoc)及与其同源性较高的psbA基因序列为研究对象,构建最大似然树进行系统发育分析,然后运行PAML4.9软件,使用分支模型、位点模型和分... 蓝藻psbA基因家族编码不同形式的D1蛋白,该蛋白是光系统II反应中心的重要组成部分.以39条念珠藻属(Nostoc)及与其同源性较高的psbA基因序列为研究对象,构建最大似然树进行系统发育分析,然后运行PAML4.9软件,使用分支模型、位点模型和分支-位点模型估测氨基酸位点ω值,进一步探讨psbA基因所受到的选择压力.结果表明:(1)系统发育树呈现出内类群中念珠藻分为2个大分支.(2)在分支-位点模型和位点模型下检测出13S,42V,75S,152R和255K为统计学上显著的正选择位点,绝大多数为负选择位点.揭示了念珠藻psbA基因所经历的正选择可能在其适应极端环境中起着重要作用. 展开更多
关键词 念珠藻 psb A基因 正向选择 负向选择
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皱边喉毛花及其近缘种叶绿体基因组结构与进化分析 被引量:1
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作者 韩霜 余静雅 +2 位作者 李孝平 牛玉 张发起 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1629-1639,共11页
喉毛花属植物是藏茵陈入药基原植物之一,其属下物种关系一直存在争议。为建立稳定的喉毛花属下系统发育关系,本研究为重建喉毛花属下系统发育关系,通过对皱边喉毛花及其4个近缘种进行Illumina二代测序,共获得12个叶绿体基因组,并分析其... 喉毛花属植物是藏茵陈入药基原植物之一,其属下物种关系一直存在争议。为建立稳定的喉毛花属下系统发育关系,本研究为重建喉毛花属下系统发育关系,通过对皱边喉毛花及其4个近缘种进行Illumina二代测序,共获得12个叶绿体基因组,并分析其结构特征与系统发育关系,为喉毛花属下物种分化研究提供可靠的分子依据。结果表明,(1)皱边喉毛花及其近缘种的叶绿体基因组均在150 kb左右,基因总数均为131个,其中编码基因81个,IR区核苷酸多态性较低,编码区比非编码区更保守;(2)除ndhB基因外,其余编码基因均受到纯化选择的作用,皱边喉毛花及其近缘种的密码子偏好性较弱;(3)基于蛋白编码序列(CDS)、第一、二位密码子位置(CDS1+2)、第三位密码子位置(CDS3)以及筛选出的高度变异基因间隔区(ndhC_trnV-UAC、psbC_trnS-UGA和psbK_psbI)序列等不同数据集构建的系统发育关系高度一致,皱边喉毛花、镰萼喉毛花及长梗喉毛花相互嵌套。总之,皱边喉毛花及其近缘种的叶绿体基因组相似度极高,物种之间存在相互嵌套的系统发育关系。研究可加深对喉毛花属系统发育关系的理解,为喉毛花属下物种分化研究提供可靠的分子依据。 展开更多
关键词 喉毛花属 叶绿体基因组 密码子偏好性 纯化选择 系统发育
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传粉和非传粉榕小蜂线粒体基因组进化差异 被引量:3
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作者 王建霞 周怡 +3 位作者 信召哲 赵丹 肖金花 黄大卫 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期479-489,共11页
【目的】目前关于榕小蜂类群的线粒体基因组报道很少,本研究旨在探讨传粉和非传粉榕小蜂两个群体的线粒体基因组的进化差异。【方法】以15种榕小蜂的线粒体基因组(其中11种的线粒体基因组为新测定)数据为基础,采用比较线粒体基因组学方... 【目的】目前关于榕小蜂类群的线粒体基因组报道很少,本研究旨在探讨传粉和非传粉榕小蜂两个群体的线粒体基因组的进化差异。【方法】以15种榕小蜂的线粒体基因组(其中11种的线粒体基因组为新测定)数据为基础,采用比较线粒体基因组学方法,分析榕小蜂的线粒体基因组序列和进化特征。【结果】本研究新测定的11个榕小蜂物种的近全长线粒体基因组的长度范围为12768~17060 bp,AT含量均大于80%,除了非传粉榕小蜂Philotrypesis tridentata外,其余物种的AT偏斜为负,GC偏斜为正。榕小蜂线粒体基因重排事件很丰富,并且重排情况可能会对该类群的系统发育分析具有重要的价值。进一步的选择压力分析显示,榕小蜂线粒体基因组中的蛋白质编码基因的ω值均远远小于1,表明这些基因经历了纯化选择,传粉榕小蜂线粒体基因组中的大部分基因比非传粉榕小蜂积累了更多的非同义突变。此外与非传粉榕小蜂相比,传粉榕小蜂的线粒体基因组还具有更丰富的基因重排、更高的核苷酸多态性和更高的氨基酸替换率。【结论】传粉榕小蜂比非传粉榕小蜂的线粒体基因组进化更快,这可能与两个群体显著不同的生活方式或进化史有关。 展开更多
关键词 榕小蜂 线粒体基因组 基因重排 核苷酸多态性 纯化选择 氨基酸替换
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植物盐超敏感基因(SOS1)的演化分析与选择压力检测 被引量:3
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作者 杨平 周峰 +3 位作者 张边江 王立科 钱保俐 陈全战 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期2098-2105,共8页
以植物盐超敏感基因(Salt Overly Sensitive 1,SOS1)为研究对象,通过探讨SOS1基因在演化过程中所受到的选择压力,为植物逆境生长适应性的研究提供依据。通过生物信息学分析方法,从NCBI等网站获取完整的植物SOS1基因编码区核酸序列和蛋... 以植物盐超敏感基因(Salt Overly Sensitive 1,SOS1)为研究对象,通过探讨SOS1基因在演化过程中所受到的选择压力,为植物逆境生长适应性的研究提供依据。通过生物信息学分析方法,从NCBI等网站获取完整的植物SOS1基因编码区核酸序列和蛋白质氨基酸序列,并利用MEGA和Mrbayes软件构建演化关系树;用PAML等软件剖析了61条SOS1基因序列受到生物选择压力,并计算了相关系数。系统进化树揭示了植物SOS1基因能被划分为3个分支,分别为SOS1单子叶植物分支,SOS1双子叶植物类群分支,SOS1苔藓植物分支。利用PAML软件对植物SOS1基因序列位点进行正选择位点分析,发现:(1)M8模型检测出39个正选择位点,22个位点达到显著水平,其中17个达到极显著水平;(2)净化选择对SOS1基因起主导作用。 展开更多
关键词 SOS1基因 选择压力 适应性演化 净化选择
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偶蹄目牛科和鹿科SRY基因编码区进化研究 被引量:3
6
作者 侯佩兴 孙立彬 赵洪波 《上海交通大学学报(农业科学版)》 2009年第4期350-352,共3页
在大多数哺乳动物中,SRY基因是Y染色体上的一个单拷贝基因,其在胚胎发育过程中起到性别决定作用。本文针以性别作为重要经济性状的偶蹄目牛科和鹿科SRY基因编码区开展进化研究,探讨进化分析模式。Site模型结果显示ω0=0.7156,即为纯化... 在大多数哺乳动物中,SRY基因是Y染色体上的一个单拷贝基因,其在胚胎发育过程中起到性别决定作用。本文针以性别作为重要经济性状的偶蹄目牛科和鹿科SRY基因编码区开展进化研究,探讨进化分析模式。Site模型结果显示ω0=0.7156,即为纯化选择。M2a和M8估计约5.3%位点是正选择位点,Branch-Site model结果显示SRY基因是总体上是纯化选择(ω<1),但在牛科中存在两个显著的正选择位点,为进一步的基因打靶,牛科和鹿科动物的性别筛选提供基础。 展开更多
关键词 鹿 纯化选择 性别决定
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CVNH结构域的进化分析和选择压力检测 被引量:3
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作者 齐小琼 高磊 +1 位作者 苏应娟 王艇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期87-94,共8页
蓝藻抗病毒蛋白-N(Cyanovirin-N,CV-N)具有广谱抗病毒活性,其同源物构成CVNH(Cyanovirin-N homology)蛋白家族,并且家族成员的抗人类免疫缺陷病毒结构域在进化上非常保守。文章通过重建基因树对CVNH结构域的"零散分布"特点作... 蓝藻抗病毒蛋白-N(Cyanovirin-N,CV-N)具有广谱抗病毒活性,其同源物构成CVNH(Cyanovirin-N homology)蛋白家族,并且家族成员的抗人类免疫缺陷病毒结构域在进化上非常保守。文章通过重建基因树对CVNH结构域的"零散分布"特点作了更为细致的了解,发现在黑曲霉、费氏曲菌、产黄青霉、粗糙脉孢霉、蓝杆藻和水蕨等物种中存在多份该结构域拷贝。在此基础上,分别采用机理式模型(Mechanistic model)和MEC模型(Mechanistic-empirical combination model)对CVNH结构域序列位点进行适应性进化分析,结果显示:1)两类模型均未检测到统计上显著的正选择位点;2)净化选择对CVNH起主导作用;3)MEC模型更适合所研究的数据。进一步使用"支-特异"模型和"支-位点"模型对蓝杆菌菌株7822和7424的祖先分支进行检测,发现该分支经历过适应性进化,并且鉴定出6个正选择位点(34L、63L、13H、76C、78K和80I)。 展开更多
关键词 CVNH 蓝藻抗病毒蛋白-N 基因复制 净化选择 适应性进化
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Molecular Cloning,Genomic Organization and Functional Analysis of the Ribosomal Protein S30(RPS30) Gene from Arachis hypogaea 被引量:1
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作者 WU Qi WANG Xiuzhen +2 位作者 TANG Yueyi WANG Zhiwei WANG Chuantang 《Journal of Donghua University(English Edition)》 EI CAS 2019年第3期267-276,共10页
The ribosomal proteins are crucial for the maintenance of ribosomal translational efficiency and fidelity.In the study,we characterized the ribosomal protein S30(RPS30)gene from Arachis hypogaea that has been isolated... The ribosomal proteins are crucial for the maintenance of ribosomal translational efficiency and fidelity.In the study,we characterized the ribosomal protein S30(RPS30)gene from Arachis hypogaea that has been isolated through Genefishing analysis during defense responses to Ralstonia solanacearum.The cDNA of RPS 30 contained a 189 base pair(bp)open-reading frame encoding 62 amino acids.The genomic DNA consists of 272 bp containing two exons and one 83 bp intron.The RPS 30 mRNA transcript was mainly expressed in roots and leaves.The expression level of the RPS 30 mRNA transcripts was up-regulated sharply 6 h after bacterial challenge and was 12 times greater than that of the control group.The phylogenetic analysis for genes encoding proteins showed that RPS30 were conserved within dicotyledonous and monocotyledonous plants.d S extremely exceeded d N in all branches of the tree(d N/d S<1.0),indicating that functional constraint have acted on RPS 30 throughout evolution. 展开更多
关键词 RIBOSOMAL protein S30(RPS30) ARACHIS HYPOGAEA Ri Hua 1 purifying selection
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7个灵长类物种PRSS12基因编码区序列测定与进化分析 被引量:1
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作者 徐怀亮 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期85-88,101,共5页
参考人的PRSS12基因组序列(NT016354),分段设计多对引物,对灵长类系统发育中代表不同谱系的7个物种的PRSS12基因蛋白质编码序列进行了PCR扩增、序列测定和拼接,结果获得了7个非人灵长类物种PRSS12基因的完全编码序列,全长为2628bp(大猩... 参考人的PRSS12基因组序列(NT016354),分段设计多对引物,对灵长类系统发育中代表不同谱系的7个物种的PRSS12基因蛋白质编码序列进行了PCR扩增、序列测定和拼接,结果获得了7个非人灵长类物种PRSS12基因的完全编码序列,全长为2628bp(大猩猩2631bp,黄猩猩2634bp),均含有13个完整的外显子。同源性分析表明,灵长类PRSS12的核苷酸和氨基酸序列均显示出高度的保守性。其基因进化速率也非常缓慢,每10亿年每个位点的平均非同义替换数仅为0.20个,平均同义替换数仅为1.13个。选择性检验表明,在灵长类的进化历程中,PRSS12其因保持着由纯化性选择所致的强烈的功能束缚,这暗示着该基因在灵长类的神经系统发育和认知能力发展中可能起着关键的功能性作用。进一步分析表明,纯化性选择实际上主要作用于PRSS12基因的SRCR功能结构域编码区,该结构域起着介导PRSS12基因编码蛋白结合于其它细胞表面或胞外蛋白质的重要作用。 展开更多
关键词 PRSS12基因 灵长类 分子进化 纯化性选择
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MHC Class I Exon 4 in the Multiocellated Racerunners(Eremias multiocellata): Polymorphism, Duplication and Selection
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作者 Xiuyun YUAN Xiaomao ZENG Xianguang GUO 《Asian Herpetological Research》 SCIE 2014年第2期91-103,共13页
The major histocompatibility complex (MHC) is a dynamic genetic region with an essential role in the adaptive immunity of jawed vertebrates. The MHC polymorphism is affected by many processes such as birth-and- deat... The major histocompatibility complex (MHC) is a dynamic genetic region with an essential role in the adaptive immunity of jawed vertebrates. The MHC polymorphism is affected by many processes such as birth-and- death evolution, gene conversion, and concerted evolution. Studies investigating the evolution of MHC class I genes have been biased toward a few particular taxa and model species. However, the investigation of this region in nonavian reptiles is still in its infancy. We present the first characterization of MHC class I genes in a species from the family Lacertidae. We assessed genetic diversity and a role of selection in shaping the diversity of MHC class I exon 4 among 37 individuals of Eremias multiocellata from a population in Lanzhou, China. We generated 67 distinct DNA sequences using cloning and sequencing methods, and identified 36 putative functional variants as well as two putative pseudogene-variants. We found the number of variants within an individual varying between two and seven, indicating that there are at least four MHC class I loci in this species. Gene duplication plays a role in increasing copy numbers of MHC genes and allelic diversity in this species. The class I exon 4 sequences are characteristic of low nucleotide diversity. No signal of recombination is detected, but purifying selection is detected in β2-microglobulin interaction sites and some other silent sites outside of the function-constraint regions. Certain identical alleles are shared by Eremias multiocellata and E. przewalskii and E. brenchleyi, suggesting trans-species polymorphism. The data are compatible with a birth-and-death model of evolution. 展开更多
关键词 MHC class I Eremias multiocellata trans-species polymorphism balancing selection purifying selection birth-and-death evolution
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木质素单体合成基因的分子进化分析
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作者 唐珍 郭冬梅 《四川师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2016年第5期760-764,共5页
近年来,人们对基因所受的净化选择压力强度与基因在代谢途径或调控网络中所处的位置之间是否具有显著相关性进行了激烈争论.为解决这一争论,本研究通过挖掘6个十字花目物种的全基因组序列库,获得了它们所拥有的全部10个参与木质素单体... 近年来,人们对基因所受的净化选择压力强度与基因在代谢途径或调控网络中所处的位置之间是否具有显著相关性进行了激烈争论.为解决这一争论,本研究通过挖掘6个十字花目物种的全基因组序列库,获得了它们所拥有的全部10个参与木质素单体合成的基因家族成员.在此基础上,分别对每一基因家族进行分子进化分析.结果表明,参与木质单体合成的但基因所受到的净化选择压力强度与其在代谢途径中所处的位置之间无相关性.本研究通过合理的取样、可靠的分析方法以及理想的代谢途径获得了可靠的研究结果,并为解决解决以上争议提供了有力的依据. 展开更多
关键词 木质素单体合成途径 基因家族 分子进化 净化选择
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梨火疫病病原菌(Erwinia amylovora)三型分泌系统的鉴别及Erwinia spp. HrpA的分析
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作者 朱勃 金谷雷 +1 位作者 怀雁 谢关林 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期505-510,共6页
【目的】明确梨火疫病病原菌(Erwinia amylovora)三型分泌系统(type Ⅲ secretion system,TTSS)的所在区域、相关基因及Erwinia spp.的HrpA(hypersensitive response and pathogenicity gene A)选择压水平。【方法】利用生物信息学方法... 【目的】明确梨火疫病病原菌(Erwinia amylovora)三型分泌系统(type Ⅲ secretion system,TTSS)的所在区域、相关基因及Erwinia spp.的HrpA(hypersensitive response and pathogenicity gene A)选择压水平。【方法】利用生物信息学方法,通过BLAST程序对梨火疫病菌基因组的核苷酸数据库进行同源比对,同时对Erwinia spp.与宿主互作的表面蛋白HrpA进行选择压分析。【结果】TTSS分析结果显示在40kb大小的毒力岛上有27个TTSS相关基因。通过与看家基因及毒力岛上的致病性相关的重要基因HrpN的比较、选择压分析、多序列比较,发现HrpA基因处于较强的选择压作用下,且HrpA蛋白N端主要受正向选择,C端主要受净化选择。NJ法构建的HrpA系统发育树显示Erwinia spp.形成两个明显的分支,表明HrpA基因可能在种间分化后产生了不同的选择压变化。【结论】梨火疫病病原菌基因组3.14-3.18Mb为其TTSS分布区域。该病原菌通过TTSS侵染寄主植物,在其病原菌表面有一种类鞭毛结构的TTSS蛋白HrpA,HrpA作为传输者起着将效应分子输送到宿主内部的功能,在进化上受到了较强的选择压影响。 展开更多
关键词 梨火疫病 三型分泌系统 HrpA 正向选择 净化选择
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Natural Selection on Human Mitochondrial DNA
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作者 Siqi Huang Chuanchao Wang Hui Li 《生物工程前沿(中英文版)》 2014年第1期1-7,共7页
关键词 人类线粒体DNA 自然选择 人类群体遗传学 线粒体基因组 分子人类学 MTDNA 人类起源 简单模型
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裸子植物PHY基因GAF结构域纯化选择位点的研究
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作者 王静 李万昌 王艇 《西北师范大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2012年第4期60-65,共6页
光敏色素分子由位于N端的光感受区和位于C端的光调节区组成.光感受区包括PAS(Per/Arndt/Sim)、GAF(cGMP phosphodiesterase/adenyl cyclase/FhlA)以及PHY(phytochrome domain)结构域,光调节区包括PAS1、PAS2以及HKRD(histidine kinase r... 光敏色素分子由位于N端的光感受区和位于C端的光调节区组成.光感受区包括PAS(Per/Arndt/Sim)、GAF(cGMP phosphodiesterase/adenyl cyclase/FhlA)以及PHY(phytochrome domain)结构域,光调节区包括PAS1、PAS2以及HKRD(histidine kinase related domain)结构域.GAF结构域是发色团结合的部位,高度保守.该结构域的保守性是确保光敏色素光逆转和光信号转导等功能正常运行的先决条件之一.为了研究裸子植物PHY的GAF结构域经历纯化选择作用的位点,本文基于位点模型对裸子植物中68条GAF结构域序列所受到的选择压力进行分析.结果表明:在GAF结构域中,有41个位点经历了纯化选择作用,其中有16个位于α螺旋结构区,有15个位于β折叠结构区,有3个位于套索区,另外7个位点位于这些结构之间,这说明,相对于其他区域,α区和β区在功能上更为保守. 展开更多
关键词 裸子植物 PHY基因 GAF结构域 纯化选择
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三白草AP1基因的表达和进化选择压力分析
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作者 穆彦峰 何丽莲 +1 位作者 梁受文 赵银河 《种子》 北大核心 2019年第1期1-4,12,共5页
为了探究选择压力对三白草AP1基因进化的影响,本研究在已克隆三白草AP1基因的基础上,对AP1a和AP1b两个同源基因做RT-PCR分析,并对AP1a和AP1b 2个同源基因和29个AP1同源基因做多序列比对,通过生物信息学软件包PAML 4.9中的codeml程序对... 为了探究选择压力对三白草AP1基因进化的影响,本研究在已克隆三白草AP1基因的基础上,对AP1a和AP1b两个同源基因做RT-PCR分析,并对AP1a和AP1b 2个同源基因和29个AP1同源基因做多序列比对,通过生物信息学软件包PAML 4.9中的codeml程序对三白草AP1基因和29个供试物种的AP1基因的CDS序列进行了进化选择压力分析。结果显示,AP1a和AP1b基因在花中的表达明显高于叶;所有的31个CDS序列的选择压力测度参数ω均小于1,表明AP1基因所承受的选择压力总体趋势为纯化选择。而多序列比对结果表明AP1基因在不同品种植物间有所保守,但在同一个物种中AP1基因又存在着分化。 展开更多
关键词 AP1基因 进化 选择压力分析 纯化选择
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线粒体假基因用作分子化石推算两个榕小蜂姐妹种的分化时间(英文)
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作者 娄文静 滕文佳 +4 位作者 刘海洋 李子 肖金花 魏重远 黄大卫 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期548-553,共6页
线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,NUMTs)是指由生物体的线粒体基因组转移至核基因组内的DNA片段。由于其独立进化的特点,NUMTs在用于系统发育分析时是一把双刃剑。我们用基于PCR扩增的方法研究了对叶榕Ficus hispida上... 线粒体假基因(nuclear mitochondrial pseudogenes,NUMTs)是指由生物体的线粒体基因组转移至核基因组内的DNA片段。由于其独立进化的特点,NUMTs在用于系统发育分析时是一把双刃剑。我们用基于PCR扩增的方法研究了对叶榕Ficus hispida上两姐妹种榕小蜂Philotrypesis pilosa和Philotrypesis sp.中起源于线粒体Nad1-12S片段的NUMTs。该两姐妹种榕小蜂由同域物种形成过程产生,它们生活在同一生态环境里(即同一榕果内),因此可以用作很好的模型来研究在相同生态环境里物种的行为学及遗传学细微差异的进化。这些深入研究都依赖于对两个物种分化时间的正确估算。通过对所获取的NUMTs进行进化分析,我们发现:1)这些NUMTs都是最近引入核基因组事件;2)NUMTs引入事件发生在物种分化之前。由于这些NUMTs引入核内时间尚短,其碱基替换速率与线粒体基因相似,而节肢动物线粒体基因的平均碱基替换速率约为2.3×10-8替换/位点·年。根据这些进化历史特征可帮助我们将这两个姐妹种榕小蜂的分化时间追溯至0.40-0.48百万年以前。结果提示,一些线粒体假基因可以很好的用作分子化石来推断一些重要进化事件如物种形成。 展开更多
关键词 榕小蜂 线粒体DNA 线粒体假基因 净化选择 物种分化时间 分子化石
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芯片检测家禽繁殖和适应性特征候选基因的选择特征(英文)
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作者 0MMEH Sheila Cecily 肖宁 《贵州师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2017年第6期30-49,共20页
家禽是非常重要的农业资源,对妇女和青年占较高人口比例的发展中国家的农村贫困人口具有重要意义。然而,家禽养殖业正受到全球气候变化引起的低产量、低繁殖和致命的疾病暴发和热应激条件的威胁。基于公共数据库中的候选基因序列,及开源... 家禽是非常重要的农业资源,对妇女和青年占较高人口比例的发展中国家的农村贫困人口具有重要意义。然而,家禽养殖业正受到全球气候变化引起的低产量、低繁殖和致命的疾病暴发和热应激条件的威胁。基于公共数据库中的候选基因序列,及开源的BLASTp软件和程序可用于物种间的同源染色体基因选择比较分析。MUSCLE软件的FastMe命令可以执行多个序列比对之前的系统发育史重建。为探测候选基因的特征,采用PAML包的嵌套密码替换模型,通过似然比检验(LRTs)和贝叶斯(BEB)后验概率来计算非同义的替换率。该计算方法检测了蛋白质激酶(PKR)、2',5'-寡腺苷酸合成酶(OAS)、toll样受体7(TLR7)和toll样受体3(TLR3)免疫基因的适应和纯化选择的特征。热休克蛋白70(HSP70)、热休克蛋白90(HSP90)和小热休克蛋白(sH SP)基因中也检测到了纯化选择。在vipr1和生长激素受体中,所有的品系均证明发生了催乳素中的纯化选择,而品系导致家禽和其他鸟类物种受到积极的正选择。对于生长激素基因,在偶蹄类中检测到正向选择。胰岛素生长因子I受体基因在位于受体L域的460位置处的异亮氨酸上具有正选择。这些结果为后续的体外和体内研究的统计检测和实验验证奠定了基础,对发展中国家家禽养殖业的分子标记和品种的遗传改良的深入研究非常重要。 展开更多
关键词 适应进化 纯化选择 候选基因 计算分子进化 土著家禽 芯片 家禽 后农业 dN/dS
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佩妃延腹小蜂属榕小蜂CYP6家族进化分析
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作者 刘英 万东光 +2 位作者 孙铮 肖金花 黄大卫 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第8期849-854,共6页
采用PCR方法获得了佩妃延腹小蜂属Philotrypesis榕小蜂9条CYP6基因片段:CYP6CK1,CYP6AQ2,CYP6AQ3,CYP6AS20,CYP6AS21,CYP6AS22,CYP6AS23,CYP6AS24和CYP6AS25。这些基因序列都包含编码蛋白疏水螺旋区Ⅰ和血红素结合域的区域。使用MEGA4.... 采用PCR方法获得了佩妃延腹小蜂属Philotrypesis榕小蜂9条CYP6基因片段:CYP6CK1,CYP6AQ2,CYP6AQ3,CYP6AS20,CYP6AS21,CYP6AS22,CYP6AS23,CYP6AS24和CYP6AS25。这些基因序列都包含编码蛋白疏水螺旋区Ⅰ和血红素结合域的区域。使用MEGA4.0构建基因树,用PAML4.0检测选择压力。结果表明:榕小蜂的CYP6AS,CYP6AQ,CYP6CK基因亚家族的扩张可能是在自然选择下通过基因复制方式完成的。基于最大似然法的位点特异性模型对蛋白编码序列选择压力检测发现:榕小蜂CYP6AS亚家族的基因接受净化选择,在氨基酸序列上表现出较高的保守性。 展开更多
关键词 佩妃延腹小蜂属 细胞色素P450 CYP6基因家族 基因复制 净化选择
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含氯废气净化吸收装置的防腐 被引量:1
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作者 吴培德 张诗光 +1 位作者 邢利华 张永庆 《中国有色冶金》 北大核心 2015年第2期48-50,共3页
介绍了含氯冶炼废气净化吸收装置的设计、构造及工作原理,详细介绍了设备材质的选用以及采取的防腐措施。
关键词 含氯废气 净化吸收 吸收塔 防腐 选材
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中小型水厂净水设备的选型
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作者 赵丰 黄进 《环境卫生工程》 2009年第S1期71-72,共2页
在中小型水厂建设中,原采用最广泛的是水力循环澄清池与无阀滤池相配套的定型标准图,但在实际运行过程中不理想。通过对组合式净水池与原组合式净水设备比较分析,提出选择组合式净水池是比较理想的净水设备。
关键词 水厂 净水 澄清池 滤池 组合 选型
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