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基于区块链的公共数据电子证据系统及关联性分析 被引量:22
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作者 李萌 刘文奇 米允龙 《智能系统学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期1127-1137,共11页
针对公共部门提供电子证据时,必须保证数据的真实性和证明力,同时要尽量保护当事人隐私和他人利益,而从公共数据库中提取电子数据并形成有效电子证据,既是法律难题也是技术难题这一问题,本文在电子证据可信性的影响因素分析基础上,提出... 针对公共部门提供电子证据时,必须保证数据的真实性和证明力,同时要尽量保护当事人隐私和他人利益,而从公共数据库中提取电子数据并形成有效电子证据,既是法律难题也是技术难题这一问题,本文在电子证据可信性的影响因素分析基础上,提出了自动生成中国公共数据库电子证据系统的区块链模型的取证技术体系,并从司法角度出发,提出了公共数据治理的电子证据生命周期、内容关联、载体关联和智能串并分析方法。本文的研究在一定程度上保证了司法、公证和公共事务中电子证据的可信性,并实现了从公共数据库中自动生成证据知识的原型系统。 展开更多
关键词 公共数据库 电子证据 区块链 关联分析 智能串并
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中国公共数据库数据质量控制模型体系及实证 被引量:18
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作者 刘文奇 《中国科学:信息科学》 CSCD 2014年第7期836-856,共21页
在讨论公共数据库的公共产品属性及其制造过程的特点基础上,确定了公共数据库中数据质量的维度,提出了公共数据库作为特殊公共产品的生产过程中非技术数据清洗和数据稽查的概念,并建立了数据质量的变权综合评估模型.对公共数据库的数据... 在讨论公共数据库的公共产品属性及其制造过程的特点基础上,确定了公共数据库中数据质量的维度,提出了公共数据库作为特殊公共产品的生产过程中非技术数据清洗和数据稽查的概念,并建立了数据质量的变权综合评估模型.对公共数据库的数据制造过程质量控制进行了技术设计和博弈论模型分析,给出了各个环节的数据质量控制措施,并以此分析了当前中国公共数据库建设和运行中存在的问题和政策建议.最后,作为实例,提供了质量技术监督公共数据库的设计、运行、数据制造过程质量控制方法. 展开更多
关键词 公共数据库 数据质量 数据清洗 数据制造过程控制 数据稽查 博弈分析 MAPREDUCE模型
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校园门户平台学工管理系统的集成研究 被引量:6
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作者 戴莹 《西安文理学院学报(社会科学版)》 2010年第1期84-87,共4页
当前校园门户平台建设工作的重点是通过系统集成的方法,将校内成熟的、运行良好的异构系统整合于门户平台中。学工系统是高校内部重要的管理业务系统,其集成内容包括统一身份认证集成、信息门户集成及共享数据集成。本文详细介绍了此三... 当前校园门户平台建设工作的重点是通过系统集成的方法,将校内成熟的、运行良好的异构系统整合于门户平台中。学工系统是高校内部重要的管理业务系统,其集成内容包括统一身份认证集成、信息门户集成及共享数据集成。本文详细介绍了此三大领域的集成目标与集成方式,并针对共享数据集成中以学生为主题的共享数据库数据模式进行了详尽的分析探讨,为其他院校从事该方面的研究工作提供一定的借鉴。 展开更多
关键词 校园门户平台 学工管理系统 单点登录 IDSta 信息门户集成 共享数据集成 公共数据库
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基于免疫组织化学、组织芯片和RNA测序数据分析MACC1在结直肠癌的临床病理学意义 被引量:5
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作者 吴共发 邱丽浈 +5 位作者 刘海盛 曾宇婷 黄绮亭 曾炼坤 徐润强 李海刚 《中国组织化学与细胞化学杂志》 CAS CSCD 2021年第2期166-173,共8页
目的探讨结肠癌转移相关基因-1(metastasis-associated in colon cancer-1,MACC1)在结直肠癌(colorectal carcinoma,CRC)的表达及临床病理意义。方法免疫组织化学检测MACC1在77例CRC及其正常黏膜组织的表达及分析其临床病理意义。HPA和G... 目的探讨结肠癌转移相关基因-1(metastasis-associated in colon cancer-1,MACC1)在结直肠癌(colorectal carcinoma,CRC)的表达及临床病理意义。方法免疫组织化学检测MACC1在77例CRC及其正常黏膜组织的表达及分析其临床病理意义。HPA和GEPIA数据库分析MACC1在CRC的mRNA和蛋白表达以及与预后的关系,GEPIA数据库分析MACC1表达与错配修复基因的相关性及与CRC临床分期的关系。结果MACC1在CRC的阳性表达率为75.32%,显著高于癌旁正常黏膜的11.69%。MACC1的表达与CRC的淋巴结转移、神经侵犯和临床分期有关,而与患者性别、年龄、肿瘤大小、分化程度、侵犯深度和部位无关。公共数据库分析证实MACC1在CRC表达增加。GEPIA数据库分析显示在不同的临床分期各组间MACC1表达差异具有统计学意义,MACC1基因的表达与错配修复基因MSH2、MSH6、MLH1和PMS2的表达均呈显著相关性。两个数据库分析均显示高表达MACC1的CRC患者生存预后差。结论MACC1 mRNA和蛋白在结直肠癌均高表达,并与结直肠癌侵袭、转移、预后和错配修复基因密切相关,MACC1在结直肠癌恶性进展中起到致瘤作用,具有重要临床价值。 展开更多
关键词 结直肠癌 结肠癌转移相关基因-1 公共数据库 临床病理特征 基因表达分析
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基于焦亡和铁死亡基因构建食管癌预后模型
5
作者 孙希野 蒋灿 +4 位作者 罗旭 舒佩 王森 周科讯 黄媚娟 《四川大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期335-345,共11页
为了解并评估食管癌患者的预后,提前预测其疾病进展和生存情况.本研究在基因表达综合数据库(GEO)中收集食管癌相关基因和临床数据,筛选与预后相关的细胞焦亡和铁死亡基因,并利用随机森林算法开发构建食管癌预后风险模型,最终在癌症基因... 为了解并评估食管癌患者的预后,提前预测其疾病进展和生存情况.本研究在基因表达综合数据库(GEO)中收集食管癌相关基因和临床数据,筛选与预后相关的细胞焦亡和铁死亡基因,并利用随机森林算法开发构建食管癌预后风险模型,最终在癌症基因组图谱(TCGA)-ESCA队列中进行验证,同时分析不同风险组肿瘤微环境中免疫细胞的浸润情况.结果显示训练队列中低风险组的生存明显优于高风险组(P<0.05).训练队列中低风险组与高风险组患者相比有更多CD4+T细胞,低风险组中CD8A、GZMB、PRF1的表达水平高于高风险组(P<0.05).以上结果表明基于焦亡和铁死亡基因组学所构建的ESCA预后模型可为食管癌患者的临床治疗提供参考. 展开更多
关键词 食管癌 焦亡 铁死亡 预后风险模型 公共数据库
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缺氧微环境对转移性皮肤黑色素瘤预后及免疫治疗的影响
6
作者 杨文超 秦瑞宁 张俊瑕 《中国美容整形外科杂志》 CAS 2024年第8期471-476,共6页
目的建立一种基于缺氧基因模型来评估皮肤黑色素瘤(skin cutaneous melanoma,SKCM)预后和免疫微环境.方法自2023年3-7月,河西学院附属张掖人民医院公卫科通过检索公共数据库(TCGA、GEO、GTEx)查找SKCM病例,Cox回归分析筛选缺氧相关性状... 目的建立一种基于缺氧基因模型来评估皮肤黑色素瘤(skin cutaneous melanoma,SKCM)预后和免疫微环境.方法自2023年3-7月,河西学院附属张掖人民医院公卫科通过检索公共数据库(TCGA、GEO、GTEx)查找SKCM病例,Cox回归分析筛选缺氧相关性状的基因.构建了一个包含7个缺氧基因的风险模型.GSEA用于比较两组的富集差异,使用CIBERSORT工具研究免疫细胞和基因特征之间潜在的相关性.结果发现SKCM缺氧模型含有的7个基因(FBP1、GPI、BGN、SERPINE1、SDC4、PGM1、EGFR)高风险组患者的存活率低于低风险组.此外,9种免疫细胞在高、低风险组患者的组织中有明显的浸润差异.结论缺氧与SKCM患者的预后和免疫细胞浸润的发生率相关,这为个性化治疗的发展提供了免疫学视角. 展开更多
关键词 皮肤黑色素瘤 缺氧 免疫治疗 公共数据库 生物信息学
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基于芯片和公共数据库数据分析微RNA在乙型肝炎病毒感染中的可能机制 被引量:4
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作者 林升龙 王香梅 +7 位作者 马华晳 张冬青 吴雯军 林佳煌 廖资渊 林明华 郑瑞丹 高海兵 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 2020年第11期717-722,共6页
目的探讨微RNA(microRNA,miRNA)表达在乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染中的可能机制。方法采集2017年于福建医科大学孟超肝胆医院就诊的4例慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者和4名健康对照者的外周血标本。通过Affyme... 目的探讨微RNA(microRNA,miRNA)表达在乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染中的可能机制。方法采集2017年于福建医科大学孟超肝胆医院就诊的4例慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者和4名健康对照者的外周血标本。通过Affymetrix GeneChip microRNA 4.0芯片检测CHB患者和健康对照者的miRNA表达谱,获得CHB相关差异表达miRNA,并结合生物信息学工具和公共数据库分析其功能。结果共有7个miRNA在CHB患者外周血中差异表达,其中miRNA-122-5p[差异表达倍数(log2 fold change,log2 FC)=7.78,P=0.0073]、let-7c-5p(log2FC=3.52,P=0.0196)、miRNA-6794-5p(log2FC=1.15,P=0.0332)和miRNA-1226-5p(log2FC=0.68,P=0.0343)为高表达,miRNA-619-5p(log2FC=-1.83,P=0.0026)、miRNA-1273g-3p(log2FC=-2.69,P=0.0251)和miRNA-4440(log2FC=-3.99,P=0.0478)为低表达。进一步的分析提示这些差异表达miRNA可能直接作用于HBV基因序列,影响病毒复制。其中miRNA-122-5p、miRNA-6794-5p和miRNA-1226-5p可能通过负向调控其靶基因表达,影响富含纤胶凝蛋白-1颗粒体、富含纤胶凝蛋白-1管腔、伪足体和细胞膜褶皱的构成,共同参与细胞膜的运动及细胞基质附着。结论miRNA可能通过影响细胞膜的分子运动使病毒得以侵入肝细胞内,在HBV感染肝细胞过程中起到重要辅助作用。 展开更多
关键词 肝炎病毒 乙型 感染 微RNA芯片 公共数据库 细胞膜运动
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Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶8在肺腺癌中的作用及机制研究 被引量:4
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作者 樊晶 崔雁飞 +1 位作者 向东华 黄楚鹰 《中国医师进修杂志》 2022年第4期305-310,共6页
目的探究Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶8(ADAMTS8)基因在肺腺癌中的作用及机制。方法选取肺腺癌数据集GSE75037和GSE116959以及TCGA数据库中肺腺癌转录组数据和临床信息;使用R软件分析肺腺癌组织中差异基因,并对差异基... 目的探究Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶8(ADAMTS8)基因在肺腺癌中的作用及机制。方法选取肺腺癌数据集GSE75037和GSE116959以及TCGA数据库中肺腺癌转录组数据和临床信息;使用R软件分析肺腺癌组织中差异基因,并对差异基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析;分析ADAMTS8基因在肺腺癌中的表达及与患者生存和预后的相关性;CCK-8实验检测ADAMTS8过表达或敲低对A549细胞增殖的影响;Western blot检测ADAMTS8过表达或敲低对Wnt/β-catenin信号通路的影响。结果联合分析发现,有395个基因在肺腺癌样本中发生上调,716个基因发生下调;ADAMTS8在肺腺癌组织中低表达,其表达水平与肿瘤分期有关;ADAMTS8低表达与患者生存时间短、预后差相关,Cox回归分析表明,ADAMTS8可作为肺腺癌患者独立的预后标志物;CCK-8结果表明,过表达ADAMTS8能抑制A549细胞的增殖,敲低ADAMTS8能促进A549细胞的增殖(P<0.05);Western blot结果表明,过表达ADAMTS8后,细胞中β-catenin、cyclin D1和c-Myc的蛋白水平显著降低(P<0.05),而敲低ADAMTS8可引起细胞中β-catenin、cyclin D1和c-Myc的蛋白水平显著升高(P<0.05)。结论 ADAMTS8在肺腺癌中低表达,可作为患者独立的预后标志物,过表达ADAMTS8可能是通过抑制Wnt/β-catenin信号通路活性发挥对肺腺癌细胞增殖的抑制作用。 展开更多
关键词 肺肿瘤 基质金属蛋白酶8 WNT/Β-CATENIN信号通路 公共数据库
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基于公共数据库挖掘并分析雄激素性脱发的关键基因
9
作者 董姝颖 芦桂青 《蚌埠医学院学报》 CAS 2024年第6期763-766,共4页
目的:利用生物信息学方法探讨雄激素性脱发(AGA)的潜在分子机制。方法:从美国国立生物技术信息中心公共数据平台的基因表达数据库中下载基因芯片数据集(GSE45512、GSE36169),利用GEO2R在线分析工具对其进行分析并获得各自的差异基因(DEG... 目的:利用生物信息学方法探讨雄激素性脱发(AGA)的潜在分子机制。方法:从美国国立生物技术信息中心公共数据平台的基因表达数据库中下载基因芯片数据集(GSE45512、GSE36169),利用GEO2R在线分析工具对其进行分析并获得各自的差异基因(DEGs),采用DAVID线上工具对差异基因进行GO、KEGG富集分析。利用STRING数据库对DEGs进行蛋白网络的构建,利用Cytoscape软件中的Cytohubba插件计算,并根据MCC评分由高到低排序,根据评分结果,选取排名前三的基因作为Hub基因,并在临床样本中进一步验证。结果:从2个芯片数据集中分别筛选出与AGA相关DEGs,并进一步取交集,得出共有的DEGs 29个,其中上调13个,下调16个。对29个DEGs进行GO富集分析,提示蛋白质加工、淀粉样蛋白代谢等生物学过程与疾病的发病相关。KEGG富集分析提示扩张型心肌病、阿尔兹海默病等相关的通路与其相关。利用STRING数据库构建蛋白网络,结果上传Cytoscape软件,根据MCC评分筛选出3个评分最高的关键基因MYH11、TPM4、SORBS1作为Hub基因。Hub基因在临床样本中验证显示,与健康对照组相比,MYH11在AGA病人中表达明显下调(P<0.01),TPM4、SORBS1表达均明显上调(P<0.01)。结论:利用生物信息学方法筛选AGA关键基因TPM4、SORBS1、MYH11,对探寻AGA的发病机制和治疗方案具有潜在价值。 展开更多
关键词 雄激素性脱发 公共数据库 关键基因 生物信息学
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基于公共数据库识别与乳腺癌发生发展及预后的相关基因 被引量:4
10
作者 潘小锋 周玮 方芳 《兰州大学学报(医学版)》 2022年第4期23-29,共7页
目的从基因等分子角度探索乳腺癌发生、发展的机制和预后潜在生物标志物。方法perl平台用于基因名注释;limma包进行基因差异表达分析;WGCNA包对两数据集差异基因加权共表达分析;clusterProfiler包对重叠基因进行基因功能注释;STRING数... 目的从基因等分子角度探索乳腺癌发生、发展的机制和预后潜在生物标志物。方法perl平台用于基因名注释;limma包进行基因差异表达分析;WGCNA包对两数据集差异基因加权共表达分析;clusterProfiler包对重叠基因进行基因功能注释;STRING数据库、Cytoscape软件及Cytohubba插件用于构建PPI网络、可视化处理和筛选关键基因;GEPIA2数据库、相关R包、Ualcan及HPA在线数据库用于分析关键基因的表达模式、预后价值和蛋白表达情况,探索它们与临床病理特征和乳腺癌亚型的关系。结果从癌症基因组图谱和基因表达综合数据库下载乳腺癌数据经整理分析得到PTGS2、KRT18、SFRP1、RGS2、FGF1、LTF、TUBB6、KRT15、CSN1S1、RND3共10个关键基因。Kaplan-Meier Plotter生存分析表明,基因SFRP1与KRT15低表达水平的患者总体生存期较短,差异有统计学意义(P<0.05);与正常组织相比,肿瘤组织基因SFRP1与KRT15的蛋白表达水平较低,差异有统计学意义(P<0.05)。结论与生存显著相关的基因SFRP1与KRT15可能作为乳腺癌潜在的生物标志物,有助于临床医生判断患者预后。 展开更多
关键词 乳腺癌 生物信息学分析 公共数据库 加权基因共表达网络分析 关键基因
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基于公共数据库的校园一卡通系统数据库集成研究 被引量:3
11
作者 李坤伦 罗郁 +1 位作者 李院春 孙勇 《现代计算机》 2011年第11期66-68,共3页
校园一卡通系统是数字化校园建设中的重要基础平台。重点研究基于数字化校园公共数据库的校园一卡通系统的数据库集成,实现一卡通系统从公共数据库共享身份信息,并设计数据库同步策略。
关键词 公共数据库 一卡通系统 数据库
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基于公共数据库和cDNA芯片研究CCT6A在肝细胞癌中的表达及意义 被引量:3
12
作者 程武 褚剑锋 《福建医药杂志》 CAS 2018年第5期16-19,共4页
目的分析CCT6A在肝癌中的表达及其与肝癌预后的关系。方法采用Oncomine、GEPIA、HPA数据库和肝癌cDNA芯片检测研究CCT6A在肝癌等恶性肿瘤及其癌旁组织中的差异表达,并且分析CCT6A在肝癌组织中的表达与肝癌预后的关系。结果 Oncomine数... 目的分析CCT6A在肝癌中的表达及其与肝癌预后的关系。方法采用Oncomine、GEPIA、HPA数据库和肝癌cDNA芯片检测研究CCT6A在肝癌等恶性肿瘤及其癌旁组织中的差异表达,并且分析CCT6A在肝癌组织中的表达与肝癌预后的关系。结果 Oncomine数据库分析发现,CCT6A在乳腺癌、肺癌、胃癌、肝癌等多种癌组织中的表达显著高于其对应的正常组织。Oncomine、GEPIA、HPA数据库和肝癌cDNA芯片结果分析证实,CCT6A的mRNA和蛋白表达在肝癌组织均明显高于癌旁组织(P<0.05)。GEPIA数据库生存期分析,CCT6A在肝癌组织中高表达与肝癌患者生存期短密切相关。结论 CCT6A在肝癌组织中显著升高,且其高表达与肝癌患者的预后差密切相关。 展开更多
关键词 肝癌 CCT6A Oncomine 公共数据库
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环境工程标准与共享数据库的建立 被引量:3
13
作者 王琦 王洁 杨美华 《装备环境工程》 CAS 2011年第1期82-85,共4页
环境数据积累工作薄弱、可用数据少是制约环境剪裁技术的重要因素。为提高产品的设计效率和设计水平,通过分析国内外环境工程标准的制定与发展过程,以环境分析、环境适应性设计、环境试验和环境工程管理的完善和合理为目标,对共享数据... 环境数据积累工作薄弱、可用数据少是制约环境剪裁技术的重要因素。为提高产品的设计效率和设计水平,通过分析国内外环境工程标准的制定与发展过程,以环境分析、环境适应性设计、环境试验和环境工程管理的完善和合理为目标,对共享数据库的构建提出建议,为环境剪裁技术提供了可靠的基础数据和依据,并依此提出了产品(装备)设计必须经受的气候环境试验项目及各试验的参数、试验程序和试验项目顺序。 展开更多
关键词 标准 环境剪裁 共享数据库 环境工程专家
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CCL23在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响 被引量:3
14
作者 汪建业 赵之聪 +1 位作者 侯嘉杰 夏强 《肝脏》 2019年第4期368-372,376,共6页
目的研究肝细胞癌组织中的表达变化最显著的趋化因子及其对于肝癌患者预后的临床价值。方法通过使用公共数据库筛选出肝细胞癌及癌旁组织中差异最明显的趋化因子—CCL23,使用qPCR以及免疫组化验证其在肝细胞癌组织中的表达,并分析CCL23... 目的研究肝细胞癌组织中的表达变化最显著的趋化因子及其对于肝癌患者预后的临床价值。方法通过使用公共数据库筛选出肝细胞癌及癌旁组织中差异最明显的趋化因子—CCL23,使用qPCR以及免疫组化验证其在肝细胞癌组织中的表达,并分析CCL23表达与临床病理特征、肝癌患者预后的关系。结果通过公共数据库发现多种趋化因子在肝癌中发生显著改变,而CCL23在公共数据库及患者的肝细胞癌组织中均显著降低(TCGA、GSE14520、GSE25097:P<0.01,GE64041:P=0.0003,GSE57957:P=0.0001,本院:P<0.01),肝癌组织中CCL23高表达者术后总体生存期及无复发生存期均显著延长(总体生存期:TCGA:P=0.0026,GSE14520:P=0.0014,本院:P<0.01;无复发生存期:TCGA:P=0.0306,GSE14520:P=0.0189,本院:P<0.01)。结论肝癌组织中的CCL23表达显著降低,可预测肝细胞癌患者预后并可作为临床治疗的潜在靶标。 展开更多
关键词 肝细胞癌 公共数据库 趋化因子 CCL23 预后
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智慧城市建设中公共数据库构建的思考 被引量:3
15
作者 陆中骞 《现代城市研究》 CSSCI 北大核心 2014年第4期93-96,108,共5页
智慧城市已成为我国目前热门的发展战略。本文在国家智慧城市试点指标体系基础上,分析了影响公共教据库构建的主要技术因素,并从数据采集与更新、数据查询与分析等方面阐述了具体的应对措施。
关键词 智慧城市 公共数据库 构建
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基于甲基化组学数据建立并验证肝细胞癌预后评价模型研究 被引量:1
16
作者 李冠群 梁超杰 夏峰 《生物技术进展》 2023年第2期282-290,共9页
利用甲基化CG位点建立并验证肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关模型是当前的研究热点。利用R语言平台分析肝癌基因组图谱数据库(TCGA-LIHC)和基因表达综合数据库(GSE136380)甲基化组学数据,采用limma包分析TCGA-LIHC和GSE... 利用甲基化CG位点建立并验证肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)预后相关模型是当前的研究热点。利用R语言平台分析肝癌基因组图谱数据库(TCGA-LIHC)和基因表达综合数据库(GSE136380)甲基化组学数据,采用limma包分析TCGA-LIHC和GSE136380数据差异甲基化CG位点,采用wgcna包对GSE136380进行加权基因共表达网络分析,确定三者交集为关键甲基化CG位点集,共获得83个甲基化CG位点。利用LASSO-COX风险比例回归分析筛选出6个甲基化CG位点,包括cg15744128、cg24282479、cg17922226、cg13090969、cg23505966和cg08708079,构建并验证HCC外科切除术后的预后模型。拟合模型在训练集中1、3和5年的AUC分别是0.756(95%CI:0.644~0.876)、0.749(95%CI:0.638~0.854)和0.797(95%CI:0.661~0.920);测试集中1、3和5年的AUC分别为0.848(95%CI:0.680~0.990)、0.833(95%CI:0.697~0.974)和0.685(95%CI:0.553~0.903)。Kaplan-Meier曲线展示出模型能精准鉴别出HCC切除术后的预后差的高危患者(logrank检验P<0.001)和易复发患者(logrank检验P<0.001),研究结果有助于进一步制定治疗方案使患者受益。 展开更多
关键词 肝细胞癌 公共数据库 预后评价 甲基化 列线图
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基于公共数据库筛选与识别恶性胸膜间皮瘤相关基因 被引量:2
17
作者 于曼 张幸 《中国职业医学》 CAS 北大核心 2021年第1期51-58,共8页
目的基于公共数据库中恶性胸膜间皮瘤(MPM)的基因芯片和二代测序数据集,筛选与MPM发生发展相关的信号通路、生物标志物和预后相关基因。方法从基因表达数据库下载MPM基因芯片表达数据集GSE51024和GSE2549,分别包括MPM患者82和49例;从癌... 目的基于公共数据库中恶性胸膜间皮瘤(MPM)的基因芯片和二代测序数据集,筛选与MPM发生发展相关的信号通路、生物标志物和预后相关基因。方法从基因表达数据库下载MPM基因芯片表达数据集GSE51024和GSE2549,分别包括MPM患者82和49例;从癌症基因图谱(TCGA)数据库下载86例MPM患者的RNA测序数据。通过Rstudio 4.0软件对GSE51024数据集采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)、差异表达基因(DEGs)筛选进行hub基因筛选与识别,并进行基因集富集分析(GSEA),探究相关信号通路。最后利用GSE2549数据集和TCGA数据库中共135例MPM的基因表达数据对筛选出的hub基因进行验证。结果 WGCNA识别出的绿色关键基因模块与MPM高度相关,相关系数为0.83(P<0.01)。DEGs分析共筛选出3 245个DEGs;其中,上调基因1 229个,下调基因2 016个。GSEA结果显示,在MPM组织样本中G2/M检查点、上皮间质转换、E2F靶标基因、有丝分裂纺锤体通路富集显著。共筛选出3个hub基因,分别为增殖细胞核抗原关联因子(PCLAF)、核仁纺锤体相关蛋白1(NUSAP1)和拓扑异构酶ⅡA(TOP2A)。与正常的癌旁组织、胸膜组织或肺组织比较,MPM组织中PCLAF、NUSAP1和TOP2A相对表达水平均升高(P值均<0.05);且该3个基因的表达下调时患者预后较好,上调时预后较差。结论 G2/M检查点、上皮间质转换、E2F靶标基因、有丝分裂纺锤体通路是MPM发生发展的关键信号通路;PCLAF、TOP2A和NUSAP1基因可能是MPM生物标志物和判断预后的关键基因。 展开更多
关键词 恶性胸膜间皮瘤 公共数据库 基因芯片 差异基因 加权基因共表达网络分析 关键基因
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转移性前列腺癌生物信息学分析 被引量:2
18
作者 李强 王喻 +2 位作者 黄东红 余刚 陈桂芳 《医学综述》 2019年第14期2879-2885,2892,共8页
目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片及测序数据,筛选前列腺癌差异表达基因及其转移相关的基因。方法 前列腺癌转移相关数据取自基因芯片公共数据库(GSE6919),前列腺癌及正常组织数据取自癌症基因组图谱数据库(TCGA)。利... 目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片及测序数据,筛选前列腺癌差异表达基因及其转移相关的基因。方法 前列腺癌转移相关数据取自基因芯片公共数据库(GSE6919),前列腺癌及正常组织数据取自癌症基因组图谱数据库(TCGA)。利用R语言、SRTING、Cytoscape等软件对两个数据集进行组间差异分析、基因模块聚类分析和富集分析等。结果 TCGA数据集中差异基因共3 336个(上调1 161个,下调2 175个),GSE6919数据集中差异表达基因共758个(上调370个,下调388个),取交集后得到基因206个。对206个基因分别进行相关性分析并取交集,最终得到14个基因(MYLK、ACTA2、MYH11、TPM1、LMOD1、CALD1、FLNA、RND3、PPP1R12B、KCNMB1、CHRDL1、CSRP1、SPARCL1、SYNM)。对这14个基因进行富集分析,发现其主要富集到血管平滑肌收缩、局部黏着、Apelin信号通路、催产素信号通路、环鸟苷酸蛋白激酶G信号通路中,蛋白互作网络分析发现10个基因间存在相互作用,并且MYH11、MYLK和ACTA2是其中的关键基因。前列腺增生组、局限性前列腺癌组、转移性前列腺癌组的免疫组织化学染色评分分别为(7.43±0.49)分、(4.85±0.22)分、(2.66±0.27)分,各组比较差异有统计学意义(P<0.01)。Gleason评分≥7分的患者ACTA2低表达率高于Gleason评分<7分的患者(P<0.05);转移性前列腺癌患者ACTA2低表达率高于局限性前列腺癌患者(P<0.05)。结论 前列腺癌的发生、发展存在复杂的调控网络,生物信息学分析可以从中筛选出有效信息,为进一步研究前列腺癌分子机制提供思路和理论基础。 展开更多
关键词 前列腺癌 转移 公共数据库 生物信息学分析 免疫组织化学
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基于免疫基因组学构建食管癌的预后风险模型 被引量:1
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作者 党志成 章龙珍 《徐州医科大学学报》 CAS 2021年第8期547-553,共7页
目的借助生物信息学技术,基于免疫相关基因(IAGs)构建食管癌(ESCA)的预后风险模型。方法自公共数据库下载ESCA的基因表达数据和临床数据,筛选与预后有关的IAGs,基于此构建ESCA预后风险模型并对其预测效能进行评价。结果共计鉴定出9个与... 目的借助生物信息学技术,基于免疫相关基因(IAGs)构建食管癌(ESCA)的预后风险模型。方法自公共数据库下载ESCA的基因表达数据和临床数据,筛选与预后有关的IAGs,基于此构建ESCA预后风险模型并对其预测效能进行评价。结果共计鉴定出9个与预后相关的IAGs用于构建ESCA预后风险模型,高风险组患者的预后明显劣于低风险组,ROC曲线提示该模型具有良好的预测效能(AUC=0.833),可作为ESCA患者的独立预后危险因素。结论基于IAGs构建的ESCA预后风险模型可为具有不同临床特征ESCA患者提供精准的预后评估。 展开更多
关键词 食管癌 免疫相关基因 预后风险模型 公共数据库
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利用公共数据库探索UBE2C在肝细胞癌中的表达及意义 被引量:1
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作者 高庆祥 吴越 +4 位作者 姜小清 沈洋 袁磊 李志臻 吴英俊 《临床和实验医学杂志》 2020年第18期1922-1926,共5页
目的探讨泛素偶联酶2C(UBE2C)在肝细胞癌组织中的表达及临床意义。方法整合目前公共数据库和公共网站资源,深入探讨分析并验证UBE2C在肝细胞癌组织中的异常表达及临床病理、预后相关性,探索肝细胞癌预后的独立影响因素。结果在肝细胞癌... 目的探讨泛素偶联酶2C(UBE2C)在肝细胞癌组织中的表达及临床意义。方法整合目前公共数据库和公共网站资源,深入探讨分析并验证UBE2C在肝细胞癌组织中的异常表达及临床病理、预后相关性,探索肝细胞癌预后的独立影响因素。结果在肝细胞癌组织中UBE2C无论在mRNA水平还是蛋白质水平,均呈现显著高表达;随着病理分期增高,UBE2C表达显著增高;在2个独立队列中,UBE2C高表达组肝细胞癌患者预后均显著优于低表达组患者;Cox单因素及多因素分析结果提示,病理分期和UBE2C是肝细胞癌的独立预后影响因素。结论UBE2C在肝细胞癌组织中显著高表达,且与肝细胞癌患者不良预后密切相关,是肝细胞癌患者的预后独立影响因素,未来其抑制剂可能在肝细胞癌的临床治疗中发挥重要作用。 展开更多
关键词 肝细胞癌 公共数据库 泛素偶联酶2C 预后
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