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不同产地何首乌叶绿体psbA-trnH基因序列分析 被引量：16
1
作者 张宏意 袁林林 +2 位作者 饶秋红 李威 严寒静 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期1146-1149,共4页
目的采用叶绿体基因psbA-trnH间隔区序列探讨不同产地何首乌的分子鉴定方法。方法分别提取7省区15个居群116份何首乌样品的总DNA,经PCR扩增psbA-trnH间隔区序列,纯化后测序,采用MEGA 6.06软件对序列进行分析。结果何首乌各居群间的遗传... 目的采用叶绿体基因psbA-trnH间隔区序列探讨不同产地何首乌的分子鉴定方法。方法分别提取7省区15个居群116份何首乌样品的总DNA,经PCR扩增psbA-trnH间隔区序列,纯化后测序,采用MEGA 6.06软件对序列进行分析。结果何首乌各居群间的遗传距离为0.001~0.187,最大似然法系统树中何首乌15个居群样品聚为2支。结论何首乌的遗传变异较显著,psbA-trnH序列可作为道地种源德庆种源与其他种源分子鉴定的依据。 展开更多
关键词 何首乌 psba-trnh基因 最大似然法系统树
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禾本科psbA-trnH基因的序列分析及其在斑点野生稻鉴定中的应用 被引量：6
2
作者 许瑾 徐涛 +2 位作者 肖正康 朱水芳 张万霞 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期85-92,共8页
通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有... 通过对稻属(Oryza L.)及其近缘种等禾本科(Gramineae)植物叶绿体psbA-trnH基因进行扩增和测序,分析其系统进化关系及序列差异,并设计鉴定斑点野生稻(O.punctata)的特异分子标记。序列分析的结果表明,栽培稻材料间psbA-trnH基因序列没有或很少存在碱基差异,野生稻相对变异丰富,其中靠近3′端下游序列碱基变异较为丰富,5′端相对保守。根据斑点野生稻psbA-trnH基因序列的特异位点设计的引物,扩增的目的片段ptBD118长118bp,退火温度在62℃时特异性最佳。在条码基因差异位点分析的基础上,开发的特异分子标记用于物种的快速鉴定,为珍贵物种的口岸鉴定提供了检测方法。 展开更多
关键词 psba-trnh基因 斑点野生稻 分子标记 物种鉴定
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百合psbA-trnH基因序列变异及遗传多样性分析 被引量：4
3
作者 熊勇 陈名红 熊华斌 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期53-56,共4页
目的:通过对叶绿体基因psbA-trnH序列变化差异来研究百合遗传多样性。方法:利用PCR技术扩增百合叶绿体ps-bA-trnH基因片段并测序,再用生物软件Clustalx2、Mega5.0、DnaSP对测序结果进行分析。结果:扩增的psbA-trnH基因片段长度约为469～... 目的:通过对叶绿体基因psbA-trnH序列变化差异来研究百合遗传多样性。方法:利用PCR技术扩增百合叶绿体ps-bA-trnH基因片段并测序,再用生物软件Clustalx2、Mega5.0、DnaSP对测序结果进行分析。结果:扩增的psbA-trnH基因片段长度约为469～583bp,GC含量为34.47～35.20%,其核苷酸变异位点27个,信息位点12个,变异位点主要集中在88～107 bp区域,根据这些变异位点供试材料可以分为3类,核苷酸的多样性为0.01150。结论:叶绿体基因trnH-psbA序列可以区分百合种间的差异,可以作为一种很好方法来研究遗传多样性。 展开更多
关键词 百合 psba-trnh基因 遗传多样性
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基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定肉苁蓉属植物(英文) 被引量：25
4
作者 韩建萍 宋经元 +6 位作者 刘昶 陈君 钱俊 朱英杰 石林春 姚辉 陈士林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期126-130,共5页
肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, ... 肉苁蓉的干燥肉质茎是常用中药材, 药典收录基源植物有管花肉苁蓉和荒漠肉苁蓉两种, 但是市场上经常会与黄花列当、草苁蓉、盐生肉苁蓉及沙苁蓉等混用。本文对不同类群肉苁蓉及混淆品的叶绿体 psbA-trnH基因间区进行 PCR 扩增并测序, 获得了该区间的完整序列, 用 K-2P 法建立了系统进化树, 聚类结果与形态分类相符。所得结果显示, psbA-trnH 片段序列在肉苁蓉及混淆品种间存在丰富的变异, 肉苁蓉属各种的种间遗传距离从 0.077% 到 0.743%, 种内遗传距离从 0% 到 0.007%, 种内和种间存在明显的"barcoding gap"。肉苁蓉属各种与黄花列当的遗传距离为 0.979% 至 1.149%, 与草苁蓉的遗传距离为 1.066% 至 1.224%。研究结果表明psbA-trnH 基因间区可以作为条形码来鉴定肉苁蓉及其混淆品。 展开更多
关键词 psba-trnh基因间区 肉苁蓉 鉴定
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基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定山东丹参为新种 被引量：12
5
作者 李晓娟 韩建萍 +5 位作者 李建秀 陈晓辰 张龙霏 李佳 顾正位 张永清 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1338-1344,共7页
为从分子水平鉴定山东丹参(Salvia shandongensis)及其近缘物种,本研究采用psbA-trnH序列对山东丹参、丹参(S.miltiorrhiza)和白花丹参(S.miltiorrhiza f.alba)共计33份材料进行了PCR扩增并测序,获得了该间隔区的完整序列。采用CodonCod... 为从分子水平鉴定山东丹参(Salvia shandongensis)及其近缘物种,本研究采用psbA-trnH序列对山东丹参、丹参(S.miltiorrhiza)和白花丹参(S.miltiorrhiza f.alba)共计33份材料进行了PCR扩增并测序,获得了该间隔区的完整序列。采用CodonCodeAligner进行序列拼接,应用MEGA5.0计算山东丹参及其近缘种的种内、种间的K2P距离,构建UPGMA树。结果显示,山东丹参psbA-trnH序列长度约为391 bp,丹参和白花丹参psbA-trnH序列长度约为386 bp,psbA-trnH序列在山东丹参及其近缘种种间存在丰富的变异,山东丹参种内平均K2P遗传距离为0,丹参和白花丹参种内平均K2P遗传距离分别为0.002和0.001,山东丹参与丹参种间遗传距离为0.034～0.04,与白花丹参种间遗传距离为0.005～0.008,山东丹参种内平均K2P遗传距离均远远小于丹参和白花丹参种间平均K2P遗传距离;聚类结果显示山东丹参与丹参、白花丹参(变型)可明显区分,这与形态分类特征相符。本研究首次从分子水平确立了山东丹参在植物分类学上的地位,揭示了山东丹参与近缘种之间的亲缘关系,为山东丹参药用植物新资源的开发提供DNA遗传分子鉴定的科学依据。研究结果表明psbA-trnH基因间区可作为条形码来鉴定山东丹参及其近缘种。 展开更多
关键词 psba-trnh基因间区 山东丹参 丹参 白花丹参 DNA分子鉴定
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