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题名不同血清型腺相关病毒衣壳蛋白氨基酸残基序列分析
被引量：1
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作者
侯宗文
秦玺
陶磊
史新昌
张怡轩
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机构
沈阳药科大学
中国食品药品检定研究院
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出处
《药物分析杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第12期2017-2024,共8页
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基金
北京市科技计划资助(2021YFF0600804)。
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文摘
目的:分析不同血清型腺相关病毒衣壳蛋白(VP1)氨基酸残基序列,建立相似性比较方法和数据库,预测VP1氨基酸残基序列突变后可能隶属的血清型。方法:对不同血清型腺相关病毒VP1氨基酸残基序列分析,找出共同序列,并对序列进行对齐。分别对疏水氨基酸残基、亲水氨基酸残基和酸/碱氨基酸残基进行单独赋值,赋值参数包括侧链长度、基团数量和解离/结合强度等,再用相关系数法和差值法计算相似度。规定全局电荷决定界值,判断电荷的变化是否会引起蛋白质周围电场的显著变化。最后综合考虑四者的关系,给出与已知血清型VP1氨基酸残基序相似度。通过其他已知血清型的VP1氨基酸残基序进行验证。结果:基本上可以区分不同的血清型,并且对相同血清型中的不同亚型具有一定的容忍度。结论:对腺相关病毒衣壳蛋白VP1氨基酸残基序列与其血清型间的联系进行了探讨,希望对重组腺相关病毒为载体的基因治疗研发提供支持。
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关键词
腺相关病毒
血清型
衣壳蛋白氨基酸残基序列
相似性比较
蛋白序列突变
预测
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Keywords
adeno-associated virus
serotype
capsid protein amino acid residue sequence
similarity comparison
protein sequence mutation
prediction
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分类号
R917
[医药卫生—药物分析学]
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