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基于序列特征的人类Pol Ⅱ启动子理论预测
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作者 杨科利 许强 《生命科学研究》 CAS CSCD 2009年第5期403-407,共5页
基于已知的人类Pol Ⅱ启动子序列数据,综合选取启动子序列内容和序列信号特征,构建启动子的支持向量机分类器.分别以启动子序列的6-mer频数作为离散源参数构建序列内容特征,同时选取24个位点的3-mer频数作为序列信号特征构建PWM,将所得... 基于已知的人类Pol Ⅱ启动子序列数据,综合选取启动子序列内容和序列信号特征,构建启动子的支持向量机分类器.分别以启动子序列的6-mer频数作为离散源参数构建序列内容特征,同时选取24个位点的3-mer频数作为序列信号特征构建PWM,将所得到的两类参数输入支持向量机对人类启动子进行预测.用10折叠交叉检验和独立数据集来衡量算法的预测能力,相关系数指标达到95%以上,结果显示结合了支持向量机的离散增量算法能够有效的提高预测成功率,是进行真核生物启动子预测的一种很有效的方法. 展开更多
关键词 启动子 离散增量 位置权重矩阵(PWM) 支持向量机(SVM)
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人CyclinD3基因启动子区的分子克隆及在A2780细胞中的功能分析 被引量:1
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作者 孟凡凯 谭细友 +4 位作者 李春蕊 黄丽芳 刘文励 周剑峰 孙汉英 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期9-12,共4页
目的对Cyclin D3启动子的结构和功能进行分析。方法用PCR的方法扩增不同长度的Cyclin D3启动子片段。将PCR产物克隆入荧光素酶报道载体pGL3-Basic Vector,构建含有Cyclin D3启动子片段的重组子pD3-。双荧光素酶报道系统检测重组子pD3-在... 目的对Cyclin D3启动子的结构和功能进行分析。方法用PCR的方法扩增不同长度的Cyclin D3启动子片段。将PCR产物克隆入荧光素酶报道载体pGL3-Basic Vector,构建含有Cyclin D3启动子片段的重组子pD3-。双荧光素酶报道系统检测重组子pD3-在A2780细胞中的启动子活性,筛选关键转录调控区域。TFSEARCH 1.3 v分析该区域,结合文献复习筛选可能的转录因子。结果用PCR方法扩增出了不同长度的Cyclin D3启动子片段。上述片段克隆到pGL3-Basic中,构建了重组子pD3-。双荧光素酶报道系统发现在Cyclin D3启动子上游-1044 bp至-766 bp之间、-362 bp至-197 bp之间,分别存在一个正性调控区域。-766 bp至-551 bp之间存在一负性调控区域。TFSEARCH发现在上述调控区中存在C/EBP、SP1、AP1、HSF和MZF1等转录因子的结合基序。结论在Cyclin D3启动子片段上游-1044 bp至-766 bp之间、-362 bp至-197 bp之间,分别存在一个正性调控区域;-766 bp和-551 bp之间存在一负性调控区域。转录因子C/EBP、SP1、AP1、HSF和MZF1等可能在Cyclin D3的转录调控中发挥重要作用。 展开更多
关键词 细胞周期蛋白D3 启动子 卵巢癌
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基于离散增量结合支持向量机方法的果蝇启动子预测 被引量:1
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作者 杨科利 许强 《生物技术》 CAS CSCD 2008年第2期39-42,共4页
目的:改进真核生物启动子的理论预测方法。方法:基于启动子序列的信号特征和内容特征,构建6个标准离散源,计算每条序列相对于标准离散源的离散增量;构建信号特征的启动子位置权重矩阵,计算其对应位置的位置权重打分函数,将所得到的两类... 目的:改进真核生物启动子的理论预测方法。方法:基于启动子序列的信号特征和内容特征,构建6个标准离散源,计算每条序列相对于标准离散源的离散增量;构建信号特征的启动子位置权重矩阵,计算其对应位置的位置权重打分函数,将所得到的两类参数输入支持向量机对果蝇启动子进行预测。结果:利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明五种转录因子结合位点的预测成功率均超过91%。结论:结果显示结合了支持向量机的离散增量算法能够有效的提高预测成功率,是进行真核生物启动子预测的一种很有效的方法。 展开更多
关键词 启动子 位置权重矩阵(PWM) 支持向量机 信号参数 内容参数
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核酸与分子建模及结构表达启动子强度预测
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作者 李波 仇亮加 +2 位作者 李劲为 叶楠 李志良 《重庆大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第7期63-65,共3页
从核酸分子的一级结构出发 ,基于分子中原子间距离及各原子电负性 ,构建了能描述核酸分子结构的系列参数 :分子电性边数矢量简称分子电边矢量。据此对 38个脱氧核糖核酸 (DNA)启动子序列的强度进行定量结构活性相关 (QSAR)及定量序列活... 从核酸分子的一级结构出发 ,基于分子中原子间距离及各原子电负性 ,构建了能描述核酸分子结构的系列参数 :分子电性边数矢量简称分子电边矢量。据此对 38个脱氧核糖核酸 (DNA)启动子序列的强度进行定量结构活性相关 (QSAR)及定量序列活性模型 (QSAM)研究 ,取得良好结果。与其它方法相比 ,分子电边矢量具结构分辨率高、活性相关性好、计算简便等特点 。 展开更多
关键词 定量构效相关模型 定量序效模型 QSAM 分子电边矢量 脱氧核糖核酸 启动子序列 DNA链结构 生物大分子
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牛MyoG基因启动子的克隆及功能的初步分析 被引量:25
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作者 王秋华 曹允考 +4 位作者 李树峰 佟慧丽 兴孝友 李光鹏 严云勤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期37-43,共7页
本研究旨在比较日本和牛MyoG基因的不同长度片段启动子的活性强弱并初步探讨其中的机制。根据GenBank已公布的牛MyoG基因的启动子序列,设计特异性PCR引物扩增日本和牛MyoG基因的一系列启动子缺失序列,构建重组克隆载体pMD18-T-MyoGpro,... 本研究旨在比较日本和牛MyoG基因的不同长度片段启动子的活性强弱并初步探讨其中的机制。根据GenBank已公布的牛MyoG基因的启动子序列,设计特异性PCR引物扩增日本和牛MyoG基因的一系列启动子缺失序列,构建重组克隆载体pMD18-T-MyoGpro,对阳性克隆进行限制性酶切鉴定、测序及生物信息学分析,进而构建一系列启动子缺失片段的pGL3-MyoGpro双荧光素酶表达载体,转染牛肌源干细胞(MDSCs)和牛胎儿成纤维细胞,并进行双报告基因活性检测。结果表明,日本和牛MyoG基因的166~2 125bp启动子都能不同程度的启动双荧光素酶报告基因在牛肌源干细胞中的表达,且具有肌肉特异性。通过生物信息学分析得知日本和牛MyoG启动子序列中有1个TATA盒,15个E-box,并可能含有MyoD、MEF2、MEF3、MTBF、TEF1、PRDF、Sp1、多个SRF、ERE、GRE及多个Oct-1等转录因子调控结合位点,本试验通过比较不同长度启动子片段的活性并结合对上述转录因子的分析,认为这些转录因子可能对启动子活性起着重要的调控作用。对牛MyoG基因启动子的克隆与功能和序列分析为进一步研究MyoG基因的表达调控奠定了基础。 展开更多
关键词 MYOG基因 启动子序列 转染 双报告检测 肌肉特异性 生物信息学分析
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论所有人抵押权——基于对德国法和瑞士法的分析 被引量:12
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作者 陈华彬 《现代法学》 CSSCI 北大核心 2014年第5期39-48,共10页
所有人抵押权是所有人于自己的财产上存在的抵押权,它是近现代私法上的一项特殊制度。其中,德国法对此制度于较大范围内予以认可,规定了三种类型的所有人抵押权形态,并就每种形态的所有人抵押权的发生事由定有明文。瑞士法在所有人抵押... 所有人抵押权是所有人于自己的财产上存在的抵押权,它是近现代私法上的一项特殊制度。其中,德国法对此制度于较大范围内予以认可,规定了三种类型的所有人抵押权形态,并就每种形态的所有人抵押权的发生事由定有明文。瑞士法在所有人抵押权制度上更加严格地贯彻了顺位固定规则。要理解所有人抵押权的法律构成,有必要厘清其与顺位固定、顺位保留、抵押权的附随性(附从性)、对自己之物的权利及混同之间的关系。我国现行法制仅于混同的例外情形认可所有人抵押权的立场应予变更。为有利于我国不动产信用关系与金融资本信用关系的发展,我国应在较大范围内认可所有人抵押权,摒弃抵押权的不可分性规则,改采顺位固定规则。 展开更多
关键词 抵押权 所有权人 顺位固定 顺位升进 抵押权的不可分
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一种改良的启动子序列克隆的染色体步查法 被引量:7
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作者 吴蔼民 刘进元 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期243-246,共4页
利用染色体步行法,从已知DNA序列克隆侧翼未知序列是非常有效的方法之一,但由于所选用的特定限制性内切酶对目标基因组不能酶解成合适大小的片段,因而受PCR扩增能力的局限,往往扩增不出有效产物.针对这一点,这里我们介绍一种简单有效的... 利用染色体步行法,从已知DNA序列克隆侧翼未知序列是非常有效的方法之一,但由于所选用的特定限制性内切酶对目标基因组不能酶解成合适大小的片段,因而受PCR扩增能力的局限,往往扩增不出有效产物.针对这一点,这里我们介绍一种简单有效的改良方法,它包括以下步骤:首先用不同的限制性内切酶(包括平末端和粘性末端)酶解目标基因组DNA,接着,选择能将基因组酶切成弥散、分布均匀的限制性内切酶,如DraⅠ和HindⅢ,合成相对应的接头;然后,选择弥散的、分布均匀的限制性内切酶的酶解产物,构建成含相应接头的基因组DNA文库,用作PCR的模板;最后,用接头引物和特异引物,通过巢式PCR扩增目的片段,获得了理想的扩增效果.采用改进后的染色体步查法,有效地从较复杂的棉花核DNA中克隆出6个棉花启动子序列. 展开更多
关键词 连接介导的步查法 限制性内切酶 棉花 启动子序列 方法改良
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牛Nramp1基因5′调控区序列的克隆及序列分析 被引量:7
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作者 张利博 王洪梅 +4 位作者 王长法 李秋玲 黄金明 仲跻峰 刘松财 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期1174-1178,共5页
采用LA-PCR技术扩增牛Nramp1基因2 515 bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEASY-T3-Nramp1,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明,试验成功构建了包含Nramp1基因5′调控区的重组质粒。经同... 采用LA-PCR技术扩增牛Nramp1基因2 515 bp的5′调控区序列,构建了重组克隆载体pEASY-T3-Nramp1,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定、DNA测序及生物信息学分析。结果表明,试验成功构建了包含Nramp1基因5′调控区的重组质粒。经同源性比对发现,Nramp1基因5′调控区在不同物种中具有一定的保守性,在转录起始位点近端的启动子区域,牛与人、鼠、猪、羊的同源性分别是60.50%,58.52%,72.18%,81.95%。经预测,该调控区富含GR、SP1、c-Ets-1、NF-W2等转录因子结合位点。本研究为进一步确定牛Nramp1基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础。 展开更多
关键词 Nramp1基因 5′调控区 序列分析
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水稻谷氨酰胺合成酶同工型基因转录表达量与启动子结构关系分析 被引量:5
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作者 金正勋 李丹 +6 位作者 李明月 同拉嘎 潘冬 张玉磊 王海微 韩云飞 张忠臣 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1-10,共10页
研究选用籽粒蛋白质含量差异显著的5个品种(系),比较分析品种间GS同工型基因在灌浆过程中籽粒和叶片表达特性及启动子序列与结构特点。结果表明,不同品种间OsGS同工型基因表达量差异显著;OsGS1;1和OsGS1;2基因在籽粒和叶片中大量表达;Os... 研究选用籽粒蛋白质含量差异显著的5个品种(系),比较分析品种间GS同工型基因在灌浆过程中籽粒和叶片表达特性及启动子序列与结构特点。结果表明,不同品种间OsGS同工型基因表达量差异显著;OsGS1;1和OsGS1;2基因在籽粒和叶片中大量表达;OsGS1;3和OsGS2基因分别仅在籽粒和叶片中大量表达;在灌浆过程中籽粒和叶片中OsGS同工型基因m RNA表达量均呈单峰曲线变化,灌浆前期m RNA表达量平稳升高,中期出现峰值,后期快速降低,且高蛋白质含量品种m RNA表达量高于低蛋白质含量品种。籽粒蛋白质含量差异显著品种间OsGS同工型基因启动子序列同源性高达99%以上;品种间有性杂交子代OsGS同工型基因启动子序列可发生碱基变化,但启动子核心元件无变化。在调控元件数量和功能上OsGS同工型基因启动子保守性很强,启动子在结构和功能上不易发生遗传变异,籽粒OsGS同工型基因m RNA表达量变化受OsGS基因启动子调控影响较小。 展开更多
关键词 水稻 超亲变异系 谷氨酰胺合成酶基因 转录表达 启动子序列
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家蚕丝心蛋白轻链cDNA和基因调控片段的克隆及序列分析 被引量:3
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作者 李维 刘辉芬 +1 位作者 王宇 张世英 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 2004年第5期614-617,共4页
从家蚕品种菁松×皓月后部丝腺中提取总RNA ,用RT -PCR扩增技术克隆到家蚕丝心蛋白轻链cDNA .序列分析表明 ,该片段全长为 798个碱基 .比较 4种不同品种来源的家蚕丝心蛋白轻链基因外显子区域序列 ,同源性在98.0 %~ 99.4 %之间 ,... 从家蚕品种菁松×皓月后部丝腺中提取总RNA ,用RT -PCR扩增技术克隆到家蚕丝心蛋白轻链cDNA .序列分析表明 ,该片段全长为 798个碱基 .比较 4种不同品种来源的家蚕丝心蛋白轻链基因外显子区域序列 ,同源性在98.0 %~ 99.4 %之间 ,推测的氨基酸同源性在 98.0 %~ 99.6 %之间 ,4个品种间发生的变异比较一致地集中在不同位置的 8个碱基上 .提取家蚕品种菁松×皓月后部丝腺总DNA ,进行PCR反应 ,获得家蚕丝心蛋白轻链基因调控片段 ,长度约为 1.2kb,测定了其邻近起始密码子一端包括 5 76个碱基的DNA序列 .结果表明 ,该片段包括一些典型的调控元件和多个可能参与丝蛋白基因特异性表达调控的元件 ,该部分序列与J - 139L链基因相应区域同源性高达 98.8% .图 3参 展开更多
关键词 家蚕 丝心蛋白 轻链cDNA 基因调控片段 同源性分析
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牛结蛋白基因启动子的克隆及功能的初步分析 被引量:5
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作者 杜巍 李树峰 +3 位作者 佟慧丽 杨翠翠 刘丹 严云勤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期56-61,共6页
旨在克隆牛结蛋白基因不同长度的启动子片段,并对其进行功能分析。本研究采用PCR法扩增牛结蛋白基因不同长度的启动子缺失序列,构建pGL3-desminpro双荧光素酶表达载体,使其转染牛骨胳肌卫星细胞和胎儿成纤维细胞,进行活性检测。同时转染... 旨在克隆牛结蛋白基因不同长度的启动子片段,并对其进行功能分析。本研究采用PCR法扩增牛结蛋白基因不同长度的启动子缺失序列,构建pGL3-desminpro双荧光素酶表达载体,使其转染牛骨胳肌卫星细胞和胎儿成纤维细胞,进行活性检测。同时转染牛MyoG和βα-actin基因启动子的表达载体,以比较结蛋白启动子和MyoG及α-actin启动子的表达活性。结果表明,牛结蛋白基因的132~2106 bp启动子都能不同程度的启动双荧光素酶报告基因在牛骨胳肌卫星细胞中的表达,且都具有肌肉特异性。300bp的结蛋白基因启动子活性最高,且高于牛MyoG和α-actin基因启动子的活性。从而筛选出300 bp的结蛋白基因启动子为活性较高且大小合适的肌肉特异性启动子,这为转基因肉牛的生产方面奠定了重要的基础。 展开更多
关键词 结蛋白基因 启动子序列 转染 双荧光素酶报告检测 肌肉特异性
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野蚕DHPBAN基因启动子的克隆及序列分析 被引量:3
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作者 龚萍 徐卫华 《中国科学技术大学学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期446-449,共4页
为研究昆虫滞育激素性信息素合成激活肽基因在进化过程中的变化以及基因表达调控的异同,用PCR方法克隆了野蚕的DHPBAN基因的启动子并测序,这是第二个被克隆的昆虫DHPBAN基因启动子.与家蚕相比,在核苷酸水平上... 为研究昆虫滞育激素性信息素合成激活肽基因在进化过程中的变化以及基因表达调控的异同,用PCR方法克隆了野蚕的DHPBAN基因的启动子并测序,这是第二个被克隆的昆虫DHPBAN基因启动子.与家蚕相比,在核苷酸水平上同源性达94%.野蚕DHPBAN基因启动子的TATA框的保守序列为TATATAAA,位于-47—-40处;CAAT框是GGCCCATCT,位于-83—-75处;野蚕与家蚕一样具有TAAT保守序列,这段序列是一类调控蛋白的结合核心位点,家蚕的位于-185—-176,野蚕的位于-176—-167.在-64—-56部位,核苷酸序列表现出较大的不同. 展开更多
关键词 DH-PBAN基因 启动了序列 克隆 野蚕
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拟南芥GH3基因家族启动子序列分析 被引量:4
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作者 孙涛 柴团耀 张玉秀 《中国科学院研究生院学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期847-852,共6页
GH3基因家族是植物生长素早期响应基因家族之一.拟南芥10个GH3基因启动子序列分析表明:GH3基因的转录起始位点一般在起始密码子上游65~145bp之内,TATA box大多分布在(-24)~(-40)bp区域.MDB和MatInspector分析显示,AtGH3s基因的上游调... GH3基因家族是植物生长素早期响应基因家族之一.拟南芥10个GH3基因启动子序列分析表明:GH3基因的转录起始位点一般在起始密码子上游65~145bp之内,TATA box大多分布在(-24)~(-40)bp区域.MDB和MatInspector分析显示,AtGH3s基因的上游调控区域普遍存在组织和器官特异性表达元件、激素响应元件以及环境响应元件,表明GH3基因的表达受到多因素调控;同时,基因芯片数据显示AuxREs对生长素的响应非常重要,但也可能存在其他的生长素响应元件. 展开更多
关键词 GH3基因 启动子 顺式作用元件
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组蛋白与转录因子在hAMFR基因启动子序列上的结合及相互作用 被引量:3
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作者 曾庆华 尹东 +2 位作者 孙迎春 黄百渠 吕延成 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1999年第4期329-335,共7页
采用从鸡红细胞中分离纯化的组蛋白H1、核心组蛋白H2A+H2B和H3+H4,以及从HeLa细胞中萃取的含有RNA聚合酶Ⅱ和多种Ⅱ类基因转录因子的可溶性HeLa细胞核抽提物,通过凝胶迟滞电泳,对组蛋白和HeLa细胞核抽提物中的转录因子在人自泌移... 采用从鸡红细胞中分离纯化的组蛋白H1、核心组蛋白H2A+H2B和H3+H4,以及从HeLa细胞中萃取的含有RNA聚合酶Ⅱ和多种Ⅱ类基因转录因子的可溶性HeLa细胞核抽提物,通过凝胶迟滞电泳,对组蛋白和HeLa细胞核抽提物中的转录因子在人自泌移动因子受体(Humanautocrinemotilityfactor,简称为hAMFR)基因上游启动子序列的相互作用关系进行了初步研究,得到以下结论:组蛋白Hl对hAMFR基因启动子序列的结合是相对稳定的,H1在稳定染色质小体中起着重要的作用。组蛋白及其组份和转录因子可以同时结合在hAMFR基因启动子序列上形成三元复合物,提示转录因子和组蛋白在与DNA竞争结合过程中不是简单地排斥对方。 展开更多
关键词 组蛋白 核小体 转录因子 启动子序列 电泳
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Structure and oxygen sensitivity of nifLA promoter of Enterobacter cloacae 被引量:2
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作者 邓小兵 沈善炯 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS 1995年第1期60-66,共7页
The nudeotide sequence of the nifLA promoter of Enterobacter cloacae E26 was determined, and the transcription start site of nifLA was mapped by the primer extension. Studies on the oxygen regulation of E. cloacae nif... The nudeotide sequence of the nifLA promoter of Enterobacter cloacae E26 was determined, and the transcription start site of nifLA was mapped by the primer extension. Studies on the oxygen regulation of E. cloacae nifLA promoter with the nifL’-lacZ fusion showed that the nifLA promoter was sensitive to oxygen as Kebsiella pneumoniae nifLA promoter reported previously. Comparison between the nifLA promoter sequences of E. cloacae and K. pneumoniae revealed the presence of an 11-bp conserved sequence between the - 24/ -12 consensus of σ54-dependent promoter and NtrC binding motif. The 11-bp sequence is speculated to be involved in the oxygen regulation of the nifLA promoter of both enteric bacteria. 展开更多
关键词 nif regulation promoter sequence TRANSCRIPTION START site LACZ fusion FNR consensus.
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巴戟天MoDXS基因及其启动子的克隆与分析 被引量:3
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作者 谢德金 周成城 +5 位作者 杨柯 任可 杨德明 陈凌艳 荣俊冬 郑郁善 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期577-589,共13页
从药用植物巴戟天根部组织中克隆了3个1–脱氧–D–木酮糖5–磷酸合成酶基因MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2,其全长cDNA分别为2676、2667和2610 bp,编码区序列长度为2154、2121和2190 bp,编码717、706和729个氨基酸。BlastP序列比对分析表... 从药用植物巴戟天根部组织中克隆了3个1–脱氧–D–木酮糖5–磷酸合成酶基因MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2,其全长cDNA分别为2676、2667和2610 bp,编码区序列长度为2154、2121和2190 bp,编码717、706和729个氨基酸。BlastP序列比对分析表明MoDXS蛋白与其他植物的DXS蛋白高度同源;系统进化发育树分析显示,MoDXS蛋白与中粒咖啡和小粒咖啡DXS蛋白亲缘关系最近。MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2蛋白被分别归为clade 1、clade 3和clade 2。MoDXS1在巴戟天根中表达量最高;MoDXS2-1在巴戟天根、茎、叶中的相对表达量差异显著,叶中最高;MoDXS2-2在根中表达量最高,而在茎和叶中最低。MoDXS1、MoDXS2-1和MoDXS2-2基因的5′端上游启动子序列长度分别为2538、732和1744 bp。亚细胞定位预测3个MoDXS均在叶绿体上。 展开更多
关键词 巴戟天 1–脱氧–D–木酮糖5–磷酸合成酶 启动子序列 亚细胞定位
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草鱼诱导型一氧化氮合酶cDNA和启动子的克隆及分析 被引量:1
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作者 汪新艳 赵太强 +2 位作者 郭嘉聪 杨牧 周红 《四川动物》 CSCD 北大核心 2011年第4期510-516,共7页
应用PCR和RACE技术,以细菌脂多糖(LPS)刺激的草鱼头肾白细胞cDNA为模板,获得草鱼iNOS(In-ducible nitric oxide synthase)全长cDNA序列。该序列共4286 bp,编码含1080个氨基酸残基的蛋白。氨基酸序列比对分析发现草鱼iNOS与金鱼iNOS a和... 应用PCR和RACE技术,以细菌脂多糖(LPS)刺激的草鱼头肾白细胞cDNA为模板,获得草鱼iNOS(In-ducible nitric oxide synthase)全长cDNA序列。该序列共4286 bp,编码含1080个氨基酸残基的蛋白。氨基酸序列比对分析发现草鱼iNOS与金鱼iNOS a和b、斑马鱼iNOS 2b以及鲤鱼iNOS高度保守,序列一致性均大于80%;它们的血红素、四氢生物蝶呤、钙调蛋白、FMN、FAD和NADH等辅因子结合区域也十分保守。用NJ法对新获得的序列和其它脊椎动物NOS的编码序列进行进化分析证实它属于诱导型NOS。在此基础上,运用基因步移技术分离草鱼iNOS基因的启动子序列,共有1978 bp。生物信息学分析发现该序列含有包括GR、AP1、C/EBP、ER、YY1、IRF1和IL-6 REBP在内的多个转录因子的潜在结合位点。 展开更多
关键词 INOS CDNA序列 启动子序列 序列分析
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鸭MyoG基因启动子的生物信息学分析及其甲基化频率对基因表达的影响 被引量:2
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作者 吴乾锋 刘贺贺 +3 位作者 张涛 罗俊 胡博 王继文 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期187-194,共8页
采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 7... 采用RT–PCR技术扩增和克隆鸭Myo G基因启动子,并对其启动子序列进行生物信息学分析,采用Sequenom Mass Array技术检测Cp G岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平,用q RT–PCR检测Myo G基因的表达量。结果表明,扩增得到鸭Myo G基因启动子序列2 730 bp,对启动子序列预测后,发现存在2个Cp G岛,其中Cp G岛(–2 536~–1 997 bp)存在5个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明:在鸭的个体和组织水平上,启动子甲基化率均未聚类在一起;Cp G位点甲基化频率存在个体差异,22%Cp G位点的甲基化频率与Myo G的m RNA表达量呈负相关(P>0.05),78%Cp G位点的甲基化频率呈正相关(P>0.05),其中,腿肌甲基化位点Cp G_1、Cp G_26.27.28.29的甲基化频率与Myo G基因表达水平均呈显著相关(P<0.05)。Myo G基因在鸭与在哺乳动物中的转录调控机制存在差异。试验中发现多个影响鸭Myo G基因转录的潜在甲基化位点,其中Cp G_1与Cp G_26.27.28.29能通过DNA甲基化修饰影响Myo G基因在鸭腿肌中的转录。本研究结果可为鸭Myo G基因转录调控提供参考依据。 展开更多
关键词 肌细胞生成素 启动子 DNA甲基化
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甘蔗乙烯受体Sc-ERS启动子的克隆与序列分析 被引量:2
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作者 黄静丽 牛俊奇 +3 位作者 朱惠 杨丽涛 李杨瑞 王爱勤 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期722-729,共8页
【目的】克隆甘蔗乙烯受体Sc-ERS基因启动子序列,分析Sc-ERS基因启动子序列的作用元件。【方法】采用基于热不对称交错式PCR原理的染色体步移技术,从甘蔗ROC22基因组DNA中克隆Sc-ERS基因启动子序列,利用启动子预测软件PlantCARE和PLACE... 【目的】克隆甘蔗乙烯受体Sc-ERS基因启动子序列,分析Sc-ERS基因启动子序列的作用元件。【方法】采用基于热不对称交错式PCR原理的染色体步移技术,从甘蔗ROC22基因组DNA中克隆Sc-ERS基因启动子序列,利用启动子预测软件PlantCARE和PLACE在线工具对Sc-ERS启动子序列的作用元件进行预测。【结果】克隆获得Sc-ERS启动子序列1410bp,该序列与玉米ERS25、ERS14核苷酸同源性分别为82%和80%。PlantCARE在线分析结果表明,该序列具有启动子基本作用元件TATA-BOX和CAAT-BOX,还含有参与光响应元件、干旱诱导MYB结合位点、茉莉酸甲酯响应元件、水杨酸响应元件、胚乳表达顺式调控元件、热胁迫响应元件等。【结论】从甘蔗基因组DNA中克隆获得乙烯受体Sc-ERS基因上游1410bp的启动子序列,该序列含有多个特异性调控元件,推测Sc-ERS基因的表达可能受生理周期、激素、干旱、光照等因素调控。 展开更多
关键词 甘蔗 乙烯受体基因 启动子序列 克隆
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小麦TaDEP1基因启动子区转录增强序列的鉴定 被引量:1
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作者 谷玉娟 毛丰 +3 位作者 路芳芳 刘斌 刘磊 高慧 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1100-1107,共8页
RNAi干涉小麦TaDEP1基因导致小穗密度下降以及小穗数减少,表明该基因转录水平的降低会引起基因功能的丧失。为挖掘影响TaDEP1转录水平的作用元件,通过特异扩增D组TaDEP1基因启动子并进行测序,发现不同品种间存在132 bp序列差异,该序列位... RNAi干涉小麦TaDEP1基因导致小穗密度下降以及小穗数减少,表明该基因转录水平的降低会引起基因功能的丧失。为挖掘影响TaDEP1转录水平的作用元件,通过特异扩增D组TaDEP1基因启动子并进行测序,发现不同品种间存在132 bp序列差异,该序列位于TaDEP1基因起始密码子上游1529~1660 bp处。利用小麦微核心种质材料,鉴定到132 bp序列与TaDEP1基因的转录水平呈正相关,即启动子序列中含有132 bp序列的TaDEP1基因转录水平明显高于不含该序列的转录水平。启动子顺式作用元件分析结果显示,该132 bp序列未包含特殊的顺式作用元件。结合荧光素酶(LUC)活性试验,在小麦原生质体中证明该序列能够显著提高LUC的转录活性,表明该序列可作为小麦基因转录增强序列。本研究鉴定到新的小麦基因转录增强序列,为小麦分子标记辅助选择育种提供了基因资源与技术支持。 展开更多
关键词 小麦 TaDEP1 启动子序列 转录水平
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