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卵巢癌耐药相关的miRNAs筛选及其预后意义研究
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作者 朱轶昊 杨奕辰 马琳琳 《生命科学研究》 CAS CSCD 2022年第2期158-164,共7页
卵巢癌常因耐药复发,严重影响患者预后。本研究首先利用TCGA数据库下载卵巢癌的转录组数据及对应的临床信息,通过差异分析筛选出与卵巢癌耐药相关的miRNAs;其次,利用单因素Cox比例风险回归分析及Kaplan-Meier分析探讨这些miRNAs的预后价... 卵巢癌常因耐药复发,严重影响患者预后。本研究首先利用TCGA数据库下载卵巢癌的转录组数据及对应的临床信息,通过差异分析筛选出与卵巢癌耐药相关的miRNAs;其次,利用单因素Cox比例风险回归分析及Kaplan-Meier分析探讨这些miRNAs的预后价值,并通过多因素Cox比例风险回归分析构建预后风险评分模型;最后,基于预后风险评分及临床病理参数构建预测卵巢癌死亡风险的列线图模型。差异分析共筛选出84个与卵巢癌耐药相关的miRNAs。单因素Cox比例风险回归分析、Kaplan-Meier分析和前向逐步回归法筛选出8个与卵巢癌预后相关的miRNAs。构建的预后风险评分模型在预测复发风险上具有较好的敏感性及特异性,预后风险评分是影响卵巢癌患者预后的独立风险因子。基于风险评分及临床病理参数构建的列线图模型能够精准地对卵巢癌患者的死亡风险进行预测。 展开更多
关键词 卵巢癌 化疗耐药性 微RNA(miRNA) 预后风险评分模型 列线图模型
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基于RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型
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作者 胡力文 郭梓鑫 +4 位作者 宋丛宽 汪育锦 王青雯 李炫飞 胡卫东 《中华实验外科杂志》 CAS 北大核心 2022年第11期2211-2214,共4页
目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库的RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型。方法从TCGA数据库下载80例食管鳞癌组织及11例正常组织的转录组数据及临床资料。应用倍数差异法筛选队列中差异表达基因,分析其KEGG通路、GO... 目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库的RNA结合蛋白转录组数据构建食管鳞癌预后预测模型。方法从TCGA数据库下载80例食管鳞癌组织及11例正常组织的转录组数据及临床资料。应用倍数差异法筛选队列中差异表达基因,分析其KEGG通路、GO生物功能。使用survival程序包对食管癌数据RBPs进行单变量Cox分析,进一步筛选出重要的候选基因。利用LASSO-Cox回归分析,筛选出食管癌预后相关标志物,与食管癌预后相关的临床特征相结合,构建多变量Cox回归模型。利用Kaplan-Meier分析、ROC分析验证所构建的模型的预测性能。采用实时荧光定量PCR技术检测10例食管癌组织和10例癌旁组织中特征基因的表达,两组间比较采用t检验。结果在食管鳞癌组织和正常食管组织中进行差异基因分析筛选得到差异表达的38个RBPs,其中16个在肿瘤组织中上调、22个下调。经Cox回归分析后,3个RBPs(TRIT1、PIWIL4、ANG)被纳入模型的构建。根据中位风险评分生存分析,将患者分为低危组和高危组,结果表明,无论是在TCGA训练集还是测试集,高危亚组患者总体生存时间低于低危亚组患者,其结果具有统计学意义(P<0.05)。训练集中模型预测3年生存率的ROC曲线下面积为0.749,在测试集则为0.738,提示模型准确率较高。在独立预后分析中,单因素Cox、多变量Cox结果表明,风险评分与患者的OS相关(P<0.05),说明该预后模型可以作为独立的预后因子预测食管鳞癌患者的生存。最后通过qRT-PCR验证食管鳞癌患者的癌组织和癌旁组织中特征基因的表达,结果显示,食管鳞癌患者肿瘤组织ANG、TRIT1基因表达显著高于癌旁组织(13.661±10.354比2.500±2.333、24.551±22.518比1.752±2.057),差异有统计学意义(t=2.782、2.470,P<0.05),PIWIL4基因表达显著低于癌旁组织(0.229±0.341比1.511±1.180),差异有统计学意义(t=-2.763,P<0.05)。结论本研究构建的基于3个RBPs的� 展开更多
关键词 食管癌 RNA结合蛋白 预后风险评分模型 美国癌症基因组图谱
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