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猪新基因PFN3电子克隆、RT-PCR验证和组织表达分析 被引量：1
1
作者 张永云 赵跃 +9 位作者 王锐 秦彩艳 王配 王淑燕 李福泉 刘丽仙 霍海龙 李卫真 卢健 霍金龙 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2014年第2期179-186,共8页
通过NCBI下载猪近缘物种的PFN3基因序列,在线BLAST比对获得猪EST序列,利用Lasergene软件电子克隆猪PFN3基因编码区序列及部分侧翼序列。针对编码区设计特异引物并以滇南小耳猪为研究材料进行实验验证,同时应用半定量RT-PCR技术对30个组... 通过NCBI下载猪近缘物种的PFN3基因序列,在线BLAST比对获得猪EST序列,利用Lasergene软件电子克隆猪PFN3基因编码区序列及部分侧翼序列。针对编码区设计特异引物并以滇南小耳猪为研究材料进行实验验证,同时应用半定量RT-PCR技术对30个组织进行了表达分析。研究获得了猪PFN3 414 bp的编码区序列(GenBank登录号:JX457348,对应的氨基酸登录号:AFU74013)。生物信息学分析表明,该基因编码137个氨基酸,预测的蛋白质分子量(Mw)为14.73 ku,等电点(pI)为9.30。蛋白质结构分析显示,PFN3存在1个保守域,无信号肽;疏水性分析表明其N端和C端均具有亲水性;亚细胞定位显示,该蛋白位于细胞质的概率是94.1%。系统进化分析表明,猪与牛亲缘关系最近。组织表达分析表明,PFN3基因在30个被检组织中均有表达,在睾丸、肝、肾、结肠、盲肠、直肠及食管中高表达,在胸腺、甲状腺、附睾、淋巴结、十二指肠、空肠、回肠、胃、皮肤、大脑、小脑、垂体及下丘脑中中度表达,在颌下腺、肺、心、脾、肾上腺、肌肉、胰脏、脑干、舌下腺及脊髓中低表达。研究结果将为该基因在猪中的进一步功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 肌动蛋白结合蛋白-3 电子克隆 滇南小耳猪 生物信息学 组织表达
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