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比较三种DNA指纹分析方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用 被引量：62
1
作者 王凤格 赵久然 +2 位作者 郭景伦 佘花娣 陈刚 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第5期655-661,共7页
本项研究归纳出三种DNA指纹分析方法 ,即特征谱带法、引物组合法和核心引物组合法 ,并比较了这三种方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用价值。在玉米基因组上均匀选取 6 2对SSR引物对 6 0个玉米自交系进行分析。 6 2对SSR引物共检测到... 本项研究归纳出三种DNA指纹分析方法 ,即特征谱带法、引物组合法和核心引物组合法 ,并比较了这三种方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用价值。在玉米基因组上均匀选取 6 2对SSR引物对 6 0个玉米自交系进行分析。 6 2对SSR引物共检测到 2 38个等位基因变异 ,平均每个位点的等位基因数4 0 8个 ,平均多态性信息量 (PIC) 0 6 12 ,平均标记索引系数 (MI) 2 5 8,评估引物多态性的三个指标并不完全一致。三种方法的比较研究表明 ,特征谱带法仅在固定的材料范围内有效 ,当扩大范围后 ,原来具有特征带的样品往往不再具有特征带 ,且需要筛选大量的引物 ,效率很低 ;引物组合法通过不同引物的有限组合 ,完全可以区分全部材料 ,避免了筛选大量引物的工作 ;核心引物组合法是引物组合法的扩展 ,不同实验室通过使用固定的一套核心引物组合 ,其指纹图谱可以相互比较和整合 ,为玉米DNA指纹图谱分析的标准化奠定基础。 展开更多
关键词 DNA指纹 玉米 品种 纯度鉴定 真伪鉴定 特征谱带法 引物组合法 核心引物组合法
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引物组合法在利用DNA指纹鉴定玉米自交系真伪中的应用研究 被引量：24
2
作者 郭景伦 赵久然 +3 位作者 孔艳芳 尉德铭 卢柏山 王元东 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2000年第2期27-31,共5页
利用RAPD分子标记方法对我国 4 6个骨干玉米自交系进行了鉴定研究 ,结果表明 ,仅用A6 ,C6 ,D2 ,F10 ,H19,N19等 6个引物的指纹组合即可将这 4 6个自交系相互区分开来 ,不需要针对每个自交系筛选特异性标记 ,克服了利用特异性标记鉴定玉... 利用RAPD分子标记方法对我国 4 6个骨干玉米自交系进行了鉴定研究 ,结果表明 ,仅用A6 ,C6 ,D2 ,F10 ,H19,N19等 6个引物的指纹组合即可将这 4 6个自交系相互区分开来 ,不需要针对每个自交系筛选特异性标记 ,克服了利用特异性标记鉴定玉米自交系的局限性 ;研究出基于WINDOWS98操作平台的玉米DNA指纹数据库和指纹分析软件。并且该数据库和分析软件对自交系的数量和引物数量都是开放性的 ,如果要区分开m个自交系 ,最多只用n个引物即可 ,二者的关系是 :2 n≥m。 展开更多
关键词 引物组合法 玉米 DNA指纹鉴定 自交系
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不同引物组合对中国杏品种资源S基因特异扩增效果比较 被引量：9
3
作者 张立杰 陈学森 +3 位作者 陈晓流 冯建荣 刘晓丽 慈志娟 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期1141-1146,共6页
利用已报道的5对蔷薇科李属通用引物组合对起源于我国的30个杏(Prunus armentaca L.)品种进行了S等位基因的专一性PCR扩增(S-allele-specific PCR),并依据扩增系数和扩增成功率两个指标对扩增效果进行了评价。结果表明:①不同的引物组... 利用已报道的5对蔷薇科李属通用引物组合对起源于我国的30个杏(Prunus armentaca L.)品种进行了S等位基因的专一性PCR扩增(S-allele-specific PCR),并依据扩增系数和扩增成功率两个指标对扩增效果进行了评价。结果表明:①不同的引物组合对参试杏品种的扩增系数和扩增成功率差异很大,其中引物组合EM-PC2consFD+EM-PC3consRD扩增系数和扩增成功率均为最高(66.7%和53.3%),效果最好;②引物组合EM-PC2consFD+EM-PC3consRD对‘华县大接杏’和‘猪皮水杏’未能扩增出任何条带,而PruC2+PruC4R和PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R两对组合却能对其扩增出两条带;此外,5对组合均没有对‘兰州大接杏’和‘白木杏’这两个品种扩增出任何条带,表明要对中国杏品种资源的S基因型进行全面、准确鉴定,除了采用不同的引物组合外,还需要根据中国杏的S基因序列进一步开发、设计新的专用引物;③EM-PC2consFD+EM-PC3consRD和PruC2+PruC4R两对组合对‘红丰’、‘新世纪’、‘红荷包’和‘二花槽’等4个品种的扩增结果表明,依据本试验所提出的扩增系数和扩增成功率两个指标评价不同引物组合的扩增效果是有效的。 展开更多
关键词 杏 S基因 引物组合 扩增效果
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黑果枸杞MSAP技术体系的构建
4
作者 刘晓雯 张得芳 王占林 《青海大学学报》 2024年第2期35-42,共8页
为利用甲基化敏感多态性扩增技术(MSAP)构建黑果枸杞MSAP技术反应体系,本试验采用CTAB法提取黑果枸杞DNA,通过双酶切、预扩增和选择性扩增对16对引物的多态性进行初步筛选并构建MSAP技术体系。结果表明:双酶切进行12 h,DNA模板能够酶切... 为利用甲基化敏感多态性扩增技术(MSAP)构建黑果枸杞MSAP技术反应体系,本试验采用CTAB法提取黑果枸杞DNA,通过双酶切、预扩增和选择性扩增对16对引物的多态性进行初步筛选并构建MSAP技术体系。结果表明:双酶切进行12 h,DNA模板能够酶切完全;预扩增反应产物条带集中在250~1000 bp处,选择性扩增可筛选出6对引物组合,条带明显。本研究为后续黑果枸杞DNA甲基化水平的相关分析研究奠定了基础。 展开更多
关键词 黑果枸杞 甲基化敏感多态性扩增技术(MSAP) DNA甲基化 引物组合
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大白菜的适宜AFLP-Pst Ⅰ/Mse Ⅰ引物组合 被引量：5
5
作者 许磊 李宏博 +1 位作者 林荣杓 朴钟云 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2009年第4期96-101,共6页
基于PCR的DNA指纹鉴定技术AFLP广泛应用于生物多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子系统发育和品种鉴定等方面。为了筛选出大白菜适宜的AFLP引物组合,研究以抗根肿病大白菜双单倍体CR Shinki、感病自交系94SK及其后代F2构成的纯合抗病... 基于PCR的DNA指纹鉴定技术AFLP广泛应用于生物多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子系统发育和品种鉴定等方面。为了筛选出大白菜适宜的AFLP引物组合,研究以抗根肿病大白菜双单倍体CR Shinki、感病自交系94SK及其后代F2构成的纯合抗病和纯合感病DNA混合池为材料,利用256对Pst Ⅰ/Mse Ⅰ引物组合进行了AFLP分析。结果表明:平均每个组合检测到55条带,共扩增13079条带,平均每1000条带检测到1.30个根肿病抗性基因连锁标记;多态性带数为3167条,双亲间多态性频率约为0.24;扩增带数与多态性带数呈线性正相关,引物组合中的不同GC含量与扩增带数和多态性带数存在显著性差异,并表现出线性负相关。筛选出的适宜53对引物组合共扩增出4381条带,占总扩增片断的33.50%,平均每对扩增出83条,其中9个组合扩增出与抗根肿病基因连锁标记。 展开更多
关键词 大白菜 AFLP 引物组合 GC含量
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20份棉花品种DNA指纹图谱的构建 被引量：4
6
作者 冯艳芳 曲延英 +4 位作者 耿洪伟 高文伟 李雪源 刘光辉 陈全家 《作物杂志》 CAS 北大核心 2015年第3期64-69,共6页
选取20份棉花品种,利用SSR分子标记法进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。本研究从92对引物中筛选到15对核心引物,共检测到57种基因型,平均每对引物检测到的基因型数为3.8个,变幅为2-12;引物多态信息含量（PIC）值介于0.7308-0.95... 选取20份棉花品种,利用SSR分子标记法进行DNA指纹图谱的构建和遗传多样性分析。本研究从92对引物中筛选到15对核心引物,共检测到57种基因型,平均每对引物检测到的基因型数为3.8个,变幅为2-12;引物多态信息含量（PIC）值介于0.7308-0.9571,平均值为0.8782。结果表明,所选的15对引物中,TMB1152是10615-3、新陆早52、ND359-1、新陆早35、Y1169、新陆早36和新陆早47的特异性引物;BNL2646、CGR5565、NAU2238分别是ND359-1、ND359-2和08283、ND012以及10615-3、新陆早36的特异性引物;JESPR157、CIR332分别是新陆早48和Y1169的特异性引物,剩余品种利用引物组合法予以区分,成功建立了20份棉花品种的指纹图谱。 展开更多
关键词 棉花 SSR 引物组合 指纹图谱
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不同引物组合对新疆扁桃品种S-基因特异扩增效果比较
7
作者 郭春苗 杨波 +4 位作者 吐迪.麦麦提 唐亚萍 李宁 王继勋 龚鹏 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期641-646,共6页
【目的】比较供试品种的S-RNase基因不同引物组合扩增效果。【方法】利用已报道的3对蔷薇科通用引物组合,对新疆23个扁桃品种进行自交不亲和S-RNase基因的PCR扩增,比较扩增系数和扩增成功率,评价3对引物组合的扩增效果。【结果】不同的... 【目的】比较供试品种的S-RNase基因不同引物组合扩增效果。【方法】利用已报道的3对蔷薇科通用引物组合,对新疆23个扁桃品种进行自交不亲和S-RNase基因的PCR扩增,比较扩增系数和扩增成功率,评价3对引物组合的扩增效果。【结果】不同的引物组合对供试扁桃品种的扩增系数和扩增成功率差异较大,其中引物组合AS1Ⅱ+Amy C5R扩增系数和扩增成功率均为最高(84.78%和65.21%),效果最好,其次为Pa Cons Ⅱ-F+Pa Cons Ⅱ-R引物组合(65.22%和34.78%)和Pru C2+Pru C4R引物组合(63.04%和30.43%)。【结论】3对蔷薇科S-RNase基因扩增通用引物均可用于扁桃S-RNase的扩增,扩增效果AS1Ⅱ+Amy C5R最佳,Pa Cons Ⅱ-F+Pa Cons Ⅱ-R次之,Pru C2+Pru C4R最不理想。单一使用某一对引物均不能扩增出供试材料的所有S-RNase基因条带,需多对引物组合使用,必要时需设计扁桃S-RNase扩增专用引物。 展开更多
关键词 扁桃 S-RNASE基因 引物组合 扩增效果
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基于引物“随机组合”构建观赏桃SSR指纹图谱 被引量：5
8
作者 王清明 程怡 +2 位作者 马建伟 张云婷 张勇 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期289-296,341,共9页
近年来，我国观赏桃新品种日渐繁多、名称混乱、市场难以监管。同时用以区分品种的SSR指纹图谱的构建方法在研究界无统一的科学标准，尤其是构成最终引物组合的核心引物的确定。具体操作流程层出不穷、五花八门。为探索筛选SSR指纹图谱... 近年来，我国观赏桃新品种日渐繁多、名称混乱、市场难以监管。同时用以区分品种的SSR指纹图谱的构建方法在研究界无统一的科学标准，尤其是构成最终引物组合的核心引物的确定。具体操作流程层出不穷、五花八门。为探索筛选SSR指纹图谱核心引物的科学方法，同时构建观赏桃SSR指纹图谱，该研究选用35对已报道的SSR引物对22份观赏桃种质进行试验。结果表明：通过PCR扩增与分析，多态性较高的8对引物——候选引物总共扩增出31个多态性条带，变幅为3～5个．PIC值变幅为0．458～0．668，MI值变幅为1．374～3.340。采用“随机组合”法对8对引物进行C18、C28、C38…依次分析，得到区分能力最强的3种不同的最少引物组合方式——候选组合，并能区分出18份种质．从中发现区分能力最强的3种引物组合方式并不都是由引物PIC值、alleles数量或MI值等多态性指标最高的引物组成，而是由互补性最强的引物组成。选用组合内各引物多态性条带总数最多的组合方式“4—3”（BPPCT001＋BPPCT015a＋BPPcT017＋BPPcT025）为22份观赏桃种质构建了指纹图谱。基于此，通过常规多态性指标筛选候选引物可以确定出单对引物鉴别能力最强的少量引物；通过“随机组合”筛选候选组合可以进一步确定出引物之间互补性最强的几种组合方式；根据组合内各引物的多态性条带总数确定最终核心引物可以确定出可扩容性最大的引物组合。该研究最终建立了候选引物——候选组合——核心引物组合“三步法”确定SSR指纹图谱核心引物组合的科学方法，不仅为22份供试观赏桃种质构建了SSR指纹图谱，也为其它作物SSR指纹图谱的构建提供了新的思路。 展开更多
关键词 观赏桃 种质 SSR标记 分子身份证 引物组合法
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富士苹果MSAP优异分析系统的建立及应用初探 被引量：2
9
作者 刘学卿 宋来庆 +5 位作者 赵玲玲 刘美英 唐岩 孙燕霞 姜中武 杜晓云 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期2914-2923,共10页
本研究以13份苹果为试材,构建富士苹果品种优异甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitivity amplification polymorphism, MSAP)分析系统并进行应用初探,结果获得理想MSAP分析体系,从112个MSAP引物组合中筛选到20个综合性能最优组合... 本研究以13份苹果为试材,构建富士苹果品种优异甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitivity amplification polymorphism, MSAP)分析系统并进行应用初探,结果获得理想MSAP分析体系,从112个MSAP引物组合中筛选到20个综合性能最优组合。利用其开展甲基化分析,检测到平均33.21%全基因组甲基化率,发现双链内侧胞嘧啶全甲基化是供试基因型主要甲基化方式。相似指数计算和UPGMA聚类分析表明,供试的芽变基因型间存在表观变异,DNA甲基化可能参与芽变的发生;DNA甲基化水平与倍性相关性不大。对几个身份存在争议品种间的表观遗传关系有一定程度的了解。 展开更多
关键词 MSAP引物组合筛选 DNA甲基化 品种鉴别 亲缘关系 芽变
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甜瓜种质鉴定的高效引物(引物组合)适用性分析 被引量：1
10
作者 王掌军 王建设 +3 位作者 刘生祥 蒋全熊 张晓岗 马宏玮 《作物杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期136-140,共5页
以30份甜瓜种质资源为材料,采用RAPD(random amplified polymorphic DNA)、DAMD(directed amplification of minisatellite-region DNA)和SRAP(sequence-related amplified polymorphism)3种分子标记构建各自的DNA指纹图谱。针对图谱上... 以30份甜瓜种质资源为材料,采用RAPD(random amplified polymorphic DNA)、DAMD(directed amplification of minisatellite-region DNA)和SRAP(sequence-related amplified polymorphism)3种分子标记构建各自的DNA指纹图谱。针对图谱上扩增的条带分子量大小和分布,用统计软件逐一聚类,根据不同引物(引物组合)所得聚类图鉴别的品种数目,筛选出高分辨率的4个RAPD引物、3个DAMD引物和6个SRAP引物组合。同时,利用高效引物(引物组合)评价了甜瓜遗传多样性,将30份甜瓜分为薄皮和厚皮两类,厚皮甜瓜包括网纹和无网纹两种类型。 展开更多
关键词 甜瓜 种质鉴定 高效引物(引物组合)
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